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World File Search System组学
Tofersen上的靶向蛋白质组学确定候选人...
此预印本版的版权持有人于2024年4月24日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.04.22.24306165 doi：medrxiv preprint
组学技术改善乳腺癌研究和诊断
摘要：乳腺癌（BC）在过去两年中在全球范围内新发病例约 226 万，导致近 68.5 万人死亡，是全球最常见的癌症类型。BC 是由肿瘤微环境和恶性细胞组成的复杂生态系统，其异质性影响治疗反应。由于高通量测序革命、快速发展和广泛应用，生物医学研究已进入海量组学数据时代。这些技术——液体活检、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学、药物组学和人工智能成像——可以帮助研究人员和临床医生更好地了解 BC 的形成和演变。本综述重点介绍了最近应用于乳腺癌研究的多组学研究成果，介绍了每种组学技术及其在不同乳腺癌表型、生物标志物、靶向疗法、诊断、治疗和预后中的应用，全面概述了乳腺癌研究的可能性。
苜蓿组学和基因工程方法的生物技术视角
几十年来，研究人员一直致力于开发适应性更强、对环境胁迫耐受性更强的改良主要作物。饲用豆科植物因其巨大的生态和经济价值而在世界范围内广泛传播。非生物胁迫和生物胁迫是限制豆科植物生产的主要因素，而苜蓿（Medicago sativa L.）对干旱和盐胁迫表现出较高的耐受性。对苜蓿改良的努力已导致推出了具有高产量、更好的胁迫耐受性或饲用品质等新的农艺重要性状的品种。苜蓿与固氮细菌有高效的共生关系，因此具有非常高的营养价值，而深根系统有助于防止干旱土地的土壤水分流失。与它的近亲苜蓿（Medicago truncatula Gaertn.）不同，苜蓿的全基因组尚未发布，因此现代生物技术工具在苜蓿中的使用具有挑战性。识别、分离和改良与非生物或生物胁迫反应有关的基因，对我们了解农作物如何应对这些环境挑战做出了重大贡献。在这篇综述中，我们概述了高通量测序、非生物或生物胁迫耐受基因的表征、基因编辑以及具有苜蓿改良生物技术潜力的蛋白质组学和代谢组学技术方面取得的进展。
现代医学中的放射组学和人工智能的整合
1恩纳大学“ Kore”大学医学与外科学院，意大利Enna 94100； antonino.maniaci@unikore.it（a.m.）; salvatore.lavalle@unikore.it（s.l. ）; caterina.gagliano@unikore.it（c.g.） 2 ASP Ragusa，乔瓦尼·保罗二世医院，意大利拉古萨97100； marlentini@tiscali.it 3放射科，部门临床和实验，实验成像中心，Vita-Salute San Raffaele大学，20132年意大利米兰4医学和外科科学系和高级技术“ GF Ingrassia”，ENT，ENT，CATANIA，CATANIA，S.SOFIA，S.SOFIA，S. SOFIA，78，955125 CATANIA，CATANIA，955125 CATANA. federicamariaparisi@gmail.com 5'有机化学系''sapienza”，Vialedell'università，33，00185，意大利罗马； giannicola.iannella@uniroma1.it 6恩纳大学“ Kore”计算机工程系，意大利Enna 94100； nicoledalia.cilia@unikore.it 7计算机与信息科学研究所，拉德布德大学，尼亚梅根（Nijmegen），6544 Nijmegen，荷兰8号荷兰8工程与建筑系，恩纳（Kore University of Enna），恩纳大学（Kore University of Enna），意大利94100 ENNA，意大利； valerio.salerno@unikore.it 9大学医院Policlinico“ G. Rodolico-萨曼·马可（San Marco），95123，意大利卡塔尼亚； giacomo.cusumano@unict.it 10通用外科手术和医学外科专业系，卡塔尼亚大学95123 CATANIA，意大利卡塔尼亚，意大利 *通信 *通信：luigilavia7@gmail.com1恩纳大学“ Kore”大学医学与外科学院，意大利Enna 94100； antonino.maniaci@unikore.it（a.m.）; salvatore.lavalle@unikore.it（s.l.）; caterina.gagliano@unikore.it（c.g.）2 ASP Ragusa，乔瓦尼·保罗二世医院，意大利拉古萨97100； marlentini@tiscali.it 3放射科，部门临床和实验，实验成像中心，Vita-Salute San Raffaele大学，20132年意大利米兰4医学和外科科学系和高级技术“ GF Ingrassia”，ENT，ENT，CATANIA，CATANIA，S.SOFIA，S.SOFIA，S. SOFIA，78，955125 CATANIA，CATANIA，955125 CATANA. federicamariaparisi@gmail.com 5'有机化学系''sapienza”，Vialedell'università，33，00185，意大利罗马； giannicola.iannella@uniroma1.it 6恩纳大学“ Kore”计算机工程系，意大利Enna 94100； nicoledalia.cilia@unikore.it 7计算机与信息科学研究所，拉德布德大学，尼亚梅根（Nijmegen），6544 Nijmegen，荷兰8号荷兰8工程与建筑系，恩纳（Kore University of Enna），恩纳大学（Kore University of Enna），意大利94100 ENNA，意大利； valerio.salerno@unikore.it 9大学医院Policlinico“ G.Rodolico-萨曼·马可（San Marco），95123，意大利卡塔尼亚； giacomo.cusumano@unict.it 10通用外科手术和医学外科专业系，卡塔尼亚大学95123 CATANIA，意大利卡塔尼亚，意大利 *通信 *通信：luigilavia7@gmail.com
AMMS 2024 - 活性代谢组学和质谱法
我衷心感谢斯克里普斯代谢组学和质谱中心的同事们，他们的辛勤审阅和编辑非常宝贵。特别感谢 Mirna Tobea，她参与了本书的许多细节工作，以及 Elizabeth Billings、Winnie (Heim) Uritboonthai、Linh Hoang、Bill Webb、Corey Hoang 和 Aries Aisporna 的杰出奉献。我非常感谢 Martin Giera、Carlos Guijas、Caroline H. Johnson、Oscar Yanes、Julijana Ivanisevic、Gary J. Patti、Ralf Tautenhahn、Colin A. Smith、Richard A. Lerner、Benjamin F. Cravatt、Xavier Domingo-Almenara 和 Markus M. Rinschen 的开创性工作，他们的创新贡献对活动代谢组学的成功至关重要。最重要的是，我要深深感谢我的人生伴侣 Mary E. Spilker，她的无限好奇心和支持让我的每一步都取得了成功
人工智能、放射组学和身体领域的其他领域......
像放射组学和人工智能这样的研究开辟了广阔的前景并提供了意想不到的可能性，将“传统测量方法”整合到这些新的研究技术中，目的是建立肥胖估计值与其对多种疾病发病的影响之间的相关性。为此，测量脂肪组织（AT）最准确的方法是计算机断层扫描（CT）和核磁共振成像（MRI）。这些图像可以应用于放射组学分析所需的数据提取和人工智能工具的开发，以便为医生的决策过程提供支持，并建立放射组学特征和结果疾病之间的新相关性。这些断层扫描生成的图像在临床上被收集用于各种疾病的诊断、分类和治疗评估，因此它们可以用于研究目的。
1 前体的生物学和转录组学表征...
作者 D Sisou · 2021 · 被引用 19 次 — 通过第二层防御，称为效应触发免疫 (ETI)，以前称为基因。72 基因抗性 (Boller and He 2009)。...
档案乳腺癌临床的蛋白质组学分析...
作者：K Asleh · 2022 · 被引用 83 次 — ...免疫。磷脂酶活性的调节。免疫球蛋白受体结合。对病毒的反应。对病毒的防御反应。肥大细胞的调节...
可扩展的蛋白质组学与药物发现兼容...
用分子胶化合物靶向蛋白质降解（TPD）是一种突破性的治疗方式，可消除以前认为不可用的疾病蛋白质。尽管具有巨大的潜力，但迄今为止，新型分子胶的系统发现及其细胞降解靶标仍然具有挑战性。在这里，我们提出了一个深度的蛋白质组学筛选和验证平台，以在各个阶段推进TPD药物发现计划，并创建新型高价值目标的广泛管道。深蛋白质组学筛选是基于数据独立的采集（DIA）技术，用于在空前的吞吐量，覆盖范围和敏感性下针对细胞蛋白质组的（潜在）分子胶的筛选化合物库。它从用分子胶水处理的细胞系中识别并量化了每样品的11,000多个蛋白质，从而实现了综合蛋白质组学的药物和药物靶标的发现。
代谢组学与PD-1抑制剂加的关联...
抽象背景癌症免疫疗法（包括免疫检查点抑制剂）仅对有限的癌症患者有效。因此，预计新型癌症免疫疗法的发展。在初步研究中，我们证明了四环素增强了T细胞反应。因此，我们在这里研究了四环素对人外周T细胞，鼠模型和非小细胞肺癌患者（NSCLC）患者的抗肿瘤T细胞反应的疗效，重点是T细胞中的信号途径。使用双特异性T细胞Engager（Bite）技术（咬合分析系统）评估外周和肺肿瘤浸润的人T细胞对肿瘤细胞的细胞毒性。与抗编织细胞死亡1（PD-1）抗体Nivolumab相比，使用咬合测定系统检查了健康供体血液和NSCLC患者肿瘤组织T细胞的影响。通过流式细胞仪，ELISA和QRT-PCR分析 T细胞信号分子。为了研究四环素的体内抗肿瘤作用，在存在或不存在抗小鼠CD8抑制剂的情况下，将四环素口服给植入鼠肿瘤细胞系的BALB/C小鼠。结果获得的结果表明，四环素随着颗粒酶B的上调增强了抗肿瘤T细胞毒性，并增加了人外周T细胞中干扰素-γ的分泌，而NSCLC患者的肺肿瘤组织则增强。在相同条件下用抗PD-1抗体处理的T细胞中未观察到这些变化。T-细胞信号传导的分析表明，CD4 +和CD8 + T细胞中的CD69被米诺环素上调。T细胞受体信号传导，ZAP70磷酸化和NUR77的下游也在T细胞激活后的早期阶段被米诺环素上调。在鼠肿瘤模型中，四环素的给药表现出抗肿瘤疗效，CD69的上调和肿瘤抗原特异性T细胞的增加。通过抗小鼠CD8抑制剂的给药取消了这些变化。结论是，四环素通过ZAP70信号传导增强了抗肿瘤T细胞免疫。这些结果将有助于新型癌症免疫疗法的发展。