XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System聚合酶链式反应
白细胞介素-10基因-592C/A多态性与2型糖尿病肾病的关联性
摘要 目的：确定白细胞介素 (IL)-10 基因 -592 C/A 多态性与 2 型糖尿病 (T2DM) 患者糖尿病肾病 (DNP) 之间的关联。研究设计：比较观察研究。研究地点和持续时间：巴基斯坦拉合尔梅奥医院和爱德华国王医科大学肾脏病科（与生物化学和生物医学科学高级研究中心 (ARCB) 合作），2021 年 1 月至 12 月。方法：该研究包括 282 名患有 T2DM ≥5 年且年龄≥40 岁的患者。患有和不患有 DNP 的患者分别分为 A 组和 B 组（每组 n = 141）。样本采集后，首先从全血中提取脱氧核糖核酸（DNA），然后通过特异性引物进行扩增，最后通过聚合酶链式反应和限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法进行基因分型。使用中位数和四分位距（IQR）描述偏态数据，使用频率描述分类数据。使用Mann-Whitney U检验进行数据组间比较。使用卡方检验建立关联。结果：A组患者的中位年龄为50.0（12）岁，B组患者的中位年龄为54.0（11）岁。A组男女性分布为39（27.7％）/ 102（72.3％），B组男女性分布为49（34.8％）/ 92（65.2％）。IL-10基因-592 C / A多态性在A组72（51.0％）中出现的频率高于B组63（44.7％），但无统计学意义（p = 0.283）。结论：本研究表明，T2DM患者IL-10基因-592位点的单核苷酸C / A多态性不会影响（增加/减少）其患DNP的易感性。
摘要：本研究旨在探讨脂质体氯膦酸盐联合顺铂或索拉非尼对 FOXQ1 表达的影响
摘要：本研究旨在探讨氯膦酸盐脂质体联合顺铂或索拉非尼对肝癌细胞系FOXQ1表达及生物学功能的影响。采用实时定量聚合酶链式反应（qRT-PCR）检测正常肝细胞系和肝癌细胞系中FOXQ1的表达。HepG2和MHCC97H细胞分别给予低、中、高浓度的顺铂（3、5和7 μg/ml）或索拉非尼（2、7和20 μg/ml）联合氯膦酸盐脂质体（LC，20μg/ml），检测各组FOXQ1的表达。采用细胞迁移、MTT和Transwell实验检测各处理对HepG2和MHCC97H细胞生物学功能的影响。 qRT-PCR结果显示，4种肝癌细胞系中FOXQ1 mRNA表达均高于正常细胞，且在HepG2和MHCC97H细胞中FOXQ1 mRNA的表达更占优势。所有试验剂量的顺铂均下调FOXQ1表达，但仅高剂量索拉非尼下调FOXQ1表达，而低、中浓度索拉非尼对FOXQ1表达无明显影响。顺铂或索拉非尼与LC联合应用时，FOXQ1表达水平明显降低。细胞迁移、MTT和transwell实验显示，各药物单独应用时增殖、迁移和侵袭均受到抑制，但与氯膦酸盐脂质体联合应用时作用更强。脂质体氯膦酸盐联合顺铂或索拉非尼可以下调HepG2和MHCC97H肝癌细胞中FOXQ1的表达，抑制其增殖、迁移和侵袭。
大肠杆菌基因分型的新方法
摘要：目前迫切需要一种操作简便、快速且成本低廉的大肠杆菌菌株种级鉴别方法。本文提出了两种用于大肠杆菌分离株基因分型的新型原始工具。所开发的第一种方法是 PCR-RFLP（聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性）检测，它使用一个高度可变的 fliC 基因，该基因编码 H 抗原作为分子靶标。在设计通用引物对和选择最佳限制性酶 Rsa I 之前，先对编码 53 种不同血清型 H 抗原（大肠杆菌鞭毛蛋白）的基因序列进行计算机比较分析。在对 16 个大肠杆菌基因组的完整序列进行生物信息学分析的基础上，选择了 MLST 方法的大肠杆菌基因组的目标片段。最初提出了七个分子靶点（七对引物），其中五种被发现可用于有效进行大肠杆菌菌株基因分型。两种开发的方法都显示出很高的区分能力，并且观察到所测试菌株的高度遗传多样性。在测试的 71 个菌株中，用 fliC RFLP-PCR 和 MLST 方法分别发现了 29 个和 47 个簇。用参考 BOX-PCR 方法区分菌株发现了 31 种不同的基因型。计算机分析显示，新 MLST 方法的鉴别能力与 Pasteur 和 Achtman 方案相当，并且高于 Clermont 开发的方法的鉴别能力。从流行病学的角度来看，我们的调查结果显示，在大多数情况下，患者感染了独特的菌株，可能来自环境来源。然而，从儿科、内科和神经内科病房的不同患者身上分离出的一些菌株在综合考虑三种方法的结果时被归类为同一基因型。这可能表明这些菌株在患者之间转移了。
94 个 CRISPR-Cas9 表达 T0 转基因烟草株系的基因编辑谱揭示了目标基因的高嵌合编辑频率
摘要：嵌合编辑是基因编辑中经常报道的技术。为了评估嵌合编辑的普遍情况，我们构建了携带标记β-葡萄糖醛酸酶基因（gusA）的转基因烟草品系，并将CRISPR-Cas9编辑载体引入转基因烟草品系中以敲除gusA，然后研究T0代及后续代中gusA的编辑效率。编辑载体携带一个由花椰菜花叶病毒35S启动子驱动的Cas9基因，以及两个引导RNA，gRNA1和gRNA2，分别由拟南芥U6（AtU6）和U3（AtU3）启动子驱动。两个gRNA被设计用于敲除gusA编码区的一个42个核苷酸的片段。利用农杆菌介导的转化和潮霉素选择将编辑载体转化到含有gusA的烟草叶中。使用抗潮霉素的独立 T 0 转基因株系通过组织化学 GUS 测定、聚合酶链式反应 (PCR) 和 PCR 扩增子的下一代测序来评估 gusA 编辑效率。94 个 T 0 转基因株系的靶序列图谱显示，这些株系是由未经编辑的细胞再生而来的，随后进行了编辑，并在再生期间或之后在这些株系中产生了嵌合编辑细胞。其中两个株系的 42 bp 核苷酸对的靶片段被去除。详细分析表明，在 4.3% 和 77.7% 的 T 0 转基因株系中分别发现了 AtU6-gRNA1 位点和 AtU3-gRNA2 位点的靶突变。为了解决 T 0 株系中编辑效率极低的问题，我们从嵌合株系进行了第二轮芽诱导，以提高获得所有或大多数细胞都经过编辑的株系的成功率。 T 0 转基因系中的突变谱为理解利用组成型表达的 CRISPR-Cas9 和 gRNA 进行植物细胞中的基因编辑提供了宝贵的信息。
肯尼亚西部霍马湾县灌溉区和非灌溉区细菌组成和水生栖息地代谢物对疟疾媒介幼虫可用性的影响
妊娠按蚊疟疾媒介依靠化学和物理（包括微生物）线索来选择优选的产卵栖息地。这项研究的重点是评估细菌组成和栖息地代谢物对灌溉和非灌溉潜在幼虫源中疟疾媒介幼虫可用性的影响。从霍马湾县灌溉和非灌溉地区的幼虫阳性和阴性栖息地采集水样。对从水样中培养的细菌进行基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱 (MALDI-TOF MS) 以进行物种鉴定。从菌落中提取 DNA，并进行聚合酶链式反应 (PCR) 和测序。最后，确定幼虫阳性和阴性栖息地的代谢物组成。MALDI-TOF MS 结果显示，芽孢杆菌是从非灌溉区幼虫源中鉴定出的唯一属。在灌溉区，志贺氏菌为优势属（47%），大肠杆菌为丰富种（13/51）。在测序的分离株中，65% 为芽孢杆菌。分离出杀幼虫分离株短芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌和深小芽孢杆菌，并将其与莫哈文芽孢杆菌、特基勒芽孢杆菌、粪类芽孢杆菌和农业短芽孢杆菌归为一类。有幼虫的灌溉区与无幼虫的灌溉区相比，粗脂肪（0.01%）和蛋白质含量（0.13%）降低。在灌溉区和非灌溉区，总叶绿素含量高的栖息地（1.12 μ g/g vs 0.81 μ g/g 和 3.37 μ g/g vs 0.82）都有幼虫存在。灌溉和非灌溉地区有幼虫的水生栖息地的糖浓度高于没有幼虫的栖息地；然而，相比之下，有幼虫的非灌溉地区的糖浓度高于灌溉地区的类似栖息地。此外，在灌溉和非灌溉地区含有幼虫的水生栖息地中发现了大量锰、钙和铜的浓度。这些结果允许对潜在的杀幼虫剂或杀虫剂进行前瞻性检查。
实时 TaqMan PCR 及其在兽医学中的应用...
实时 TaqMan PCR 及其在兽医学中的应用 Christian M. Leutenegger 加利福尼亚大学医学和流行病学系，美国加利福尼亚州戴维斯 95616。简介 聚合酶链式反应 (PCR) 于 1985 年首次描述，是一种用于检测核酸的高灵敏度和特异性技术 [55]。该技术的发明者因其成就获得了诺贝尔奖 [43,44]，该成就彻底改变了研究和诊断的可能性。定性 PCR 是一种成熟且简单的技术，但对样本中存在的特定核酸进行量化是一项艰巨的任务。样品制备、储存或反应过程中可能发生的许多变化阻碍了准确的定量。反应条件中的微小变化也会因 PCR 扩增的指数性质而大大放大。可以通过将特定模板的 PCR 产物量相对于内部参考模板进行标准化来部分克服这些变化。考虑到已发表的数百篇关于定量 PCR 使用的论文，存在各种各样的协议也就不足为奇了。这些方法几乎仅限于研究使用，因为它们有两个共同点：难以执行且运行成本高昂。为满足更快、更准确、更经济且具有高通量能力的系统的需求，三个关键词对于下一代 PCR 系统的开发变得非常重要：自动化、标准化和小型化。通过将计算机辅助 PCR 与激光技术相结合，开发过程得到了加速，因此现在借助所谓的 TaqMan 探针对 PCR 产物进行激光引导检测，以及每个 PCR 循环的荧光数据点的实时积累几乎取代了耗时的后扩增步骤。此外，使用国际标准化的 96 孔微量滴定板格式可以在几个小时内筛选大量样本。TaqMan 原理在 Applied Biosystems (ABI) 棱镜序列检测设备（Applied Biosystems，美国加利福尼亚州福斯特城）中实现，这是目前最先进的技术之一，为进一步开发提供了独特的平台。
微生物-12-01151.pdf
在某些分枝杆菌科和麻风分枝杆菌中，结核病的免疫诊断对其在结核病的特异性诊断中的应用造成了限制。因此，为了提高基于 ESAT- 6/CFP 10 的细胞介导免疫 (CMI) 检测的特异性，已将 esx-1 基因座的 RD 1 区域内外基因编码的其他蛋白质评估为 CMI 的候选抗原，以及研究与 ESAT-6 和/或 CFP 10 结合的体液反应，结果具有不同的特异性和敏感性。因此，在本研究中，我们评估了 NCBI 数据库中可用的各种非结核分枝杆菌 (NTM)、分枝杆菌、分枝杆菌和分枝杆菌种基因组，以了解 esx-1 基因座 RD1 区域的存在和组成。此外，我们还通过聚合酶链式反应 (PCR) 和测序对我们培养物保藏中的分枝杆菌科细菌进行检测，以确定编码 ESAT-6 和 CFP 10 的 esxA 和 esxB 基因的存在和序列多样性。全基因组序列 (WGS) 数据分析表明，在已发表的 100 多个除结核病以外的致病性和非致病性分枝杆菌科细菌基因组中，有 70 个存在 RD 1 基因直系同源物。在我们培养物保藏中评估的物种中，除了之前报道的某些分枝杆菌中存在 esxA 和 esxB 之外，还发现败血性分枝杆菌/分枝杆菌、猪分枝杆菌和分枝杆菌属 N845T 也含有这两个基因的直系同源物。仅在 Mycobacterium brasiliensis 、 Mycolicibacterium elephantis 和 Mycolicibacterium fluroantheinivorans 中检测到 esxA 的直系同源物，而在 Mycolicibacter engbackii 、 Mycolicibacterium mageritense 和 Mycobacterium paraffinicum 中仅检测到 esxB 直系同源物。基于 esxA 和 esxB 序列的系统发育分析将缓慢生长的细菌与快速生长的细菌区分开来。这些发现强化了先前的观点，即 esxA 和 esxB 可能在大多数分枝杆菌科中编码。Esx-1 系统在致病性和非致病性分枝杆菌科中的作用需要进一步研究，因为这些物种可能会限制结核病的免疫学检测。
J. A MER . S OC . H ORT . S CI . 148(6):266 – 275. 2023. https://doi.org/10.21273/JASHS05311-23 CRISPR/Cas9 介导的菊粉双靶向诱变
摘要 。橡胶蒲公英 ( Taraxacum kok-saghyz ) 是一种天然产橡胶的蒲公英，具有成为工业作物的潜力。菊粉是橡胶蒲公英中的储存碳水化合物，其合成与橡胶生产竞争同化碳。我们使用成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR)/CRISPR 相关蛋白 (Cas) 系统同时靶向编码 1-果聚糖的基因中的两个位点：果聚糖-1-果糖基转移酶基因 (1-FFT)，这是菊粉生物合成中的关键酶。使用发根农杆菌和根癌农杆菌介导的植物转化方法产生具有 CRISPR/Cas9 元件的转基因植物。通过 A 的转化率分别为 71% 和 64%。 rhizogenes 和 A. tumefaciens 介导的转化分别对转基因橡胶蒲公英和根癌农杆菌介导的转化进行了研究。通过限制性位点丢失法和桑格测序证实了诱变。在通过 A. rhizogenes 获得的 13 株转基因植物中，有 6 株显示 1-FFT 基因内的两个靶位点均进行了编辑。使用 A. rhizogenes 介导的转化在 10 周内获得了转基因橡胶蒲公英植物，这比 A. tumafaciens 转化子所需的 6 个月要快得多。在通过 A. tumefaciens 获得的 11 株转基因植物中，有 5 株在两个靶位点都发生了突变。逆转录聚合酶链式反应证实了所有编辑转化子中 Cas9 的表达。A. rhizogenes 介导的双突变转化子和 A. tumefaciens 介导的双突变转化子的菊粉含量都低于野生型植物。此外，A. rhizogenes 介导的转化体的橡胶含量高于野生型植物。因此，本研究验证了使用 CRISPR/Cas9 基因编辑作为橡胶蒲公英中产生有用突变的有效工具，并且可以在未来的作物改良方法中实施。
为 50 岁及以上的患者接种流感疫苗时，不要错过讨论 SHINGRIX 的机会。1 *†
参考文献：1. SHINGRIX 处方信息。2. Kilgore PE、Kruszon-Moran D、Seward JF 等。NHANES III 中美国人的水痘：对通过常规免疫进行控制的意义。J Med Virol。2003；70 (suppl 1):S111-S118。3. Kimberlin DW、Whitley RJ。用于预防带状疱疹的水痘-带状疱疹疫苗。N Engl J Med。2007；356(13):1338-1343。4. 疾病控制与预防中心。预防带状疱疹：免疫实践咨询委员会 (ACIP) 的建议。MMWR。2008；57(RR-5):1-30。5. Mahalingam R、Wellish M、Wolf W 等。人类三叉神经节和胸神经节中潜伏的水痘带状疱疹病毒 DNA。新英格兰医学杂志。 1990；323(10)：627-631。 6. Lungu O、Annunziato PW、Gershon A 等人。人类背根神经节中重新激活和潜伏的水痘带状疱疹病毒。美国国家科学院院刊。 1995;92(24):10980-10984。 7.Furuta Y、Takasu T、Fukuda S 等。聚合酶链式反应检测人膝状神经节中的水痘带状疱疹病毒 DNA。感染疾病杂志。 1992；166(5)：1157-1159。 8.Weinberg A、Lazar AA、Zerbe GO 等人。年龄和原发感染性质对水痘-带状疱疹病毒特异性细胞介导免疫反应的影响。《传染病杂志》。2010；201(7)：1024-1030。9. Levin MJ。免疫衰老和疫苗预防老年人带状疱疹。《免疫学最新观点》。2012；24(4)：494-500。10. Chlibek R、Smetana J、Pauksens K 等。三种不同配方佐剂型水痘-带状疱疹病毒亚单位候选疫苗在老年人中的安全性和免疫原性：一项 II 期随机对照研究。《疫苗》。2014；32(15)：1745-1753。 11. Patterson-Bartlett J、Levin MJ、Lang N、Schödel FP、Vessey R、Weinberg A。减毒带状疱疹疫苗体外T细胞反应的表型和功能特征。疫苗。2007；25(41)：7087-7093。
产生物膜芽孢杆菌的分子鉴定
众所周知，发酵食品中的微生物含有代谢产物，可能改善人类和动物的健康。然而，尽管对发酵食品的功能作用进行了一些研究，但有效芽孢杆菌菌株的分离和鉴定仍在进行中。本研究的目的是从分子上鉴定发酵食品来源中产生生物膜的芽孢杆菌属 (BPB) 和酵母，并研究它们与 Lysinibacillus louembei 菌株的相互作用。共获得 133 个芽孢杆菌分离株以及 32 个酵母分离株，以进行详细鉴定和研究。根据使用 fibE 聚合酶链式反应 (PCR) 多重和 ITS-PCR 技术的表型和分子表征，芽孢杆菌属的种类被鉴定为短小芽孢杆菌 (12%)、枯草芽孢杆菌 (12%)、萨法芽孢杆菌 (6%)、解淀粉芽孢杆菌 (6%)、地衣芽孢杆菌 (6%) 和酿酒酵母 (0.05%)。使用多重 PCR 扩增了枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和短小芽孢杆菌中参与生物膜形成过程的 yfi Q、eps H、ymc A 和 tas A 基因，并对其进行了鉴定和确认。作为表型结果，使用刚果红琼脂法 (CRA) 鉴定了 45% 的 BPB 分离株。使用乳化指数 (EI24) 测试了芽孢杆菌和酵母生产生物表面活性剂的能力。65% 和 69% 的芽孢杆菌和酵母分离株能够乳化汽油。56% 的芽孢杆菌分离株生物表面活性剂粗提取物对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和沙门氏菌表现出抗菌活性。在芽孢杆菌属、酿酒酵母和 L. louembei 之间进行了培养。结果，在酵母菌株 V3 与 B. pumilus 菌株 VB15 以及 L. louembei 与解淀粉芽孢杆菌中获得了类共生相互作用，在酿酒酵母菌株 P3 和芽孢杆菌属中获得了类竞争相互作用。菌株 VP11，以及与 B. pumilus 和 S. cerevisiae 以及芽孢杆菌属菌株 VP34 和 S. cerevisiae 菌株 P1 的类反式相互作用。这些结果表明，微生物在发酵过程中保持着不同的关系。关键词：芽孢杆菌、酿酒酵母、Lysinibacillus louembei、发酵食品、微生物相互作用、生物表面活性剂、生物膜。引言微生物对各种食品的发酵是最古老的食品生物保存形式之一（Diaz-