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World File Search System胚乳
在水百合胚乳中印刷和DNA甲基化
图1：水百合和实验工作流程中种子结构的概述。a）自摄取的N. thermarum（Nt）和Dimorpha（ND）的年轻种子，以及两个物种之间的相互交叉。在所有种子中，年轻的胚胎都被细胞，二倍体胚乳包围，而二倍体胚乳又被母体营养储存组织（Perisperm）所包围。b）对于这项研究，生成了三个主要数据集来定义种子特征。全基因组DNA甲基化的特征是胚胎和成熟种子和叶片组织分离的胚胎和胚乳。全基因组DNA甲基化的特征是幼虫的年轻胚乳，来自嗜热猪笼草和二甲状腺菌的倒数杂交种子。RNA-seq数据，用于从相互交叉的种子，以及自由的h. thermarum和Dimorpha种子中的幼植物中收集的。
光疗法和光遗传模型真菌胚乳埃默生的基因组序列组装揭示了多样化的核苷酸周期酶库
Chytrid真菌胚层艾美艾尔（Emersonii）产生带有游泳尾巴的孢子（Zoospores）；这些细胞可以感知并朝光线游动。对该物种的兴趣源于持续开发艾默生芽孢杆菌的努力，作为理解相关光遗传电路的光持续演变和分子细胞生物学的模型。在这里，我们报告了B. emersonii美国型培养物收藏品22665菌株的高度结合基因组组装和基因注释。我们在一个带有Illumina配对的基因组序列调查的PACBIO长阅读库中，导致组装21个重叠群，总计34.27 MB。使用这些数据，我们评估了编码基因的感觉系统的多样性。这些分析确定了G蛋白偶联受体，离子转运蛋白和核苷酸循环酶的丰富补体，所有这些都通过域重组和串联重复而多样化。在许多情况下，这些结构域的组合导致蛋白质结构域与跨膜结构域融合，将推定的信号传导与细胞膜绑定在一起。这种模式与B. emersonii感觉信号系统的多元化一致，后者可能在这种真菌的复杂生命周期中起着各种作用。