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利用 CRISPR/Cas9 改造的麦胶蛋白基因家族
摘要：小麦的 α -麦胶蛋白与其他面筋成分一起决定了面包的粘弹性。然而，它们也与人类病理有关，如乳糜泻或非乳糜泻小麦敏感性。CRISPR/Cas 已成功用于敲除面包小麦和硬粒小麦中的 α -麦胶蛋白基因，从而获得低筋小麦品系。尽管如此，这些基因的突变分析很复杂，因为它们在 A、B 和 D 亚基因组中呈现多个高度同源的拷贝串联排列。在这项工作中，我们提出了一种基于 NGS 扩增子测序的生物信息学流程，用于分析两个单向导 RNA (sgRNA) 靶向的 α -麦胶蛋白基因中的插入和缺失 (InDels)。通过与最相似的野生型亲本序列进行比较，该方法可以识别突变的扩增子并分析 InDels。对样本间比较进行了 TMM 标准化；能够研究各代中每个 InDel 的丰度，并观察 Cas9 编码序列在不同细胞系中分离的影响。该工作流程的实用性与识别可能的基因组重排（例如由于 Cas9 切割活性而导致的大量缺失）有关。该流程能够快速表征多拷贝基因家族中多个样本的突变。
内部水相凝胶改善了双水/油/水乳液系统中益生菌细胞的生存能力
Afzaal，M.，Saeed，F.，Arshad，M.U。，Nadeem，M.T.，Saeed，M。，＆Tufail，T。（2019）。 封装对冰淇淋和模拟胃肠道条件中益生菌细菌稳定性的影响。 益生菌和抗菌蛋白，11（4），1348–1354。 Akhtar，M。和Dickinson，E。（2001）。 水中的水中多个emulsions通过聚合物和天然乳化剂稳定。 食物胶体：配方的基本原理，258，133。 Amirsadeghi，A.，Jafari，A.，Hashemi，S.-S.，Kazemi，A.，Ghasemi，Y. 可喷涂的抗菌波斯胶 - 胶丝纳米粒子敷料用于伤口愈合加速度。 Today Communications，27，102225。 Arboleya，J.-C。，Ridout，M。J.和Wilde，P。J. （2009）。 充气棕榈油/水乳液的流变行为。 食物水胶体，23（5），1358–1365。 Beldarrain-Isnaga，T.，Villalobos-Carvajal，R.，Leiva-Vega，J。，＆Armesto，E。S.（2020）。 使用双重乳液和离子胶凝方法，多层微囊泡对乳杆菌乳杆菌的生存能力的影响。 食物和生物生产加工，124，57-71。 Benichou，A.，Aserin，A。，＆Garti，N。（2004）。 双重乳液用天然聚合物的杂交稳定，可捕集和缓慢释放活性物质。 胶体和界面科学的进步，108，29-41。 Boricha，A。 A.，Shekh，S.L.，Pithva，S.P.，Ambalam，P.S。，＆Vyas，B.R.M。（2019）。 Bryant，C。和McClements，D。（2000）。Afzaal，M.，Saeed，F.，Arshad，M.U。，Nadeem，M.T.，Saeed，M。，＆Tufail，T。（2019）。封装对冰淇淋和模拟胃肠道条件中益生菌细菌稳定性的影响。益生菌和抗菌蛋白，11（4），1348–1354。Akhtar，M。和Dickinson，E。（2001）。水中的水中多个emulsions通过聚合物和天然乳化剂稳定。食物胶体：配方的基本原理，258，133。Amirsadeghi，A.，Jafari，A.，Hashemi，S.-S.，Kazemi，A.，Ghasemi，Y.可喷涂的抗菌波斯胶 - 胶丝纳米粒子敷料用于伤口愈合加速度。Today Communications，27，102225。Arboleya，J.-C。，Ridout，M。J.和Wilde，P。J.（2009）。充气棕榈油/水乳液的流变行为。食物水胶体，23（5），1358–1365。Beldarrain-Isnaga，T.，Villalobos-Carvajal，R.，Leiva-Vega，J。，＆Armesto，E。S.（2020）。使用双重乳液和离子胶凝方法，多层微囊泡对乳杆菌乳杆菌的生存能力的影响。食物和生物生产加工，124，57-71。Benichou，A.，Aserin，A。，＆Garti，N。（2004）。 双重乳液用天然聚合物的杂交稳定，可捕集和缓慢释放活性物质。 胶体和界面科学的进步，108，29-41。 Boricha，A。 A.，Shekh，S.L.，Pithva，S.P.，Ambalam，P.S。，＆Vyas，B.R.M。（2019）。 Bryant，C。和McClements，D。（2000）。Benichou，A.，Aserin，A。，＆Garti，N。（2004）。双重乳液用天然聚合物的杂交稳定，可捕集和缓慢释放活性物质。胶体和界面科学的进步，108，29-41。Boricha，A。A.，Shekh，S.L.，Pithva，S.P.，Ambalam，P.S。，＆Vyas，B.R.M。（2019）。Bryant，C。和McClements，D。（2000）。在体外评估食品和人类来源的乳杆菌种类的益生菌特性。LWT食品科学技术，106，201-208。Bou，R.，Cofrades，S。和Jiménez-Colmenero，F。（2014）。具有不同脂质源的双乳液中的物理化学特性和核黄素封装。LWT食品科学技术，59（2），621–628。Boutin，C.，Giroux，H。J.，Paquin，P。和Britten，M。（2007）。 表征和酸诱导的黄油油乳剂是由加热的乳清蛋白分散体产生的。 国际乳制品杂志，第17（6）期，696–703。 黄原胶对热变性乳清蛋白溶液和凝胶的物理特征的影响。 食物水胶体，14（4），383–390。Boutin，C.，Giroux，H。J.，Paquin，P。和Britten，M。（2007）。表征和酸诱导的黄油油乳剂是由加热的乳清蛋白分散体产生的。国际乳制品杂志，第17（6）期，696–703。黄原胶对热变性乳清蛋白溶液和凝胶的物理特征的影响。食物水胶体，14（4），383–390。
CDK12/13 和 BRD4 分子胶降解剂的合理设计
摘要：靶向蛋白质降解 (TPD) 是一种新兴的治疗方法，用于选择性消除与疾病相关的蛋白质。虽然分子胶水降解剂表现出类似药物的特性，但它们的发现传统上是偶然的，并且通常需要事后合理化。在这项研究中，我们展示了使用粘合部分合理设计分子胶水降解剂的方法。通过将化学粘合部分附加到几种小分子抑制剂上，我们成功地将它们转化为降解剂，从而无需特定的 E3 泛素连接酶募集剂。具体而言，我们发现将疏水性粘合部分整合到细胞周期依赖性激酶 12 和 13 (CDK12/13) 双重抑制剂中可以募集 DNA 损伤结合蛋白 1 (DDB1)，从而将高分子量二价 CDK12 降解剂转化为有效的单价 CDK12/13 分子胶水降解剂。我们还展示了将半胱氨酸反应弹头连接到 BRD4 抑制剂上，通过招募 DDB1 和 CUL4 相关因子 16 (DCAF16) E3 连接酶将其转化为降解剂。
授权的少突胶细胞前体细胞，一个新的...
Aberg，K.，Saetre，P.，Jareborg，N。，＆Jazin，E。（2006）。 人类QKI，人类少突胶质细胞相关基因的电量调节剂参与精神分裂症。 美国国家科学院会议录，103（19），7482 - 7487。https：//doi.org/10.1073/pnas.0601213103 Angelini，Angelini，Angelini，Angelini，J.，J.，Marangon，D.，Marangon，D.，Raffaele，S.，Raffaele，S.，Lecca，D.，D.，＆Abbrac，＆Abbrac，＆Abbrac，＆Abbrac，＆Abbrac，＆Abbrac，＆Abbrac，I。 表达GPR17细胞的分布与多发性硬化症患者脑组织中的白质炎症状态相关。 国际分子科学杂志，22（9），4574。https：//doi.org/10.3390/ijms22094574 Artegiani，B.，Lyubimova，A. 一项单细胞RNA测序研究揭示了海马神经元的细胞和分子动力学。 单元报告，21（11），3271 - 3284。https：//doi.org/10。 1016/j.celrep.2017.11.050 Bare，D.J.，Lauder，J.M.，Wilkie，M.B。，＆Maness，P.F。（1993）。 大鼠脑中的 p59fyn位于成年神经元和幻影的轴突谱和亚群中。 Oncogene，8（6），1429 - 1436。 Bergles，D。E.和Richardson，W。D.（2015）。 少突胶质细胞的发展和可塑性。 Cold Spring Harbors生物学的观点，8（2），A20453。 https://doi.org/10.1101/cshperspect.a020453 Boda，E.，Vigano，F.，Rosa，P.，Fumagalli，M. （2011）。 NG2表达细胞中的GPR17受体：关注体内细胞成熟和参与急性创伤和慢性损伤。Aberg，K.，Saetre，P.，Jareborg，N。，＆Jazin，E。（2006）。人类QKI，人类少突胶质细胞相关基因的电量调节剂参与精神分裂症。美国国家科学院会议录，103（19），7482 - 7487。https：//doi.org/10.1073/pnas.0601213103 Angelini，Angelini，Angelini，Angelini，J.，J.，Marangon，D.，Marangon，D.，Raffaele，S.，Raffaele，S.，Lecca，D.，D.，＆Abbrac，＆Abbrac，＆Abbrac，＆Abbrac，＆Abbrac，＆Abbrac，＆Abbrac，I。表达GPR17细胞的分布与多发性硬化症患者脑组织中的白质炎症状态相关。国际分子科学杂志，22（9），4574。https：//doi.org/10.3390/ijms22094574 Artegiani，B.，Lyubimova，A.一项单细胞RNA测序研究揭示了海马神经元的细胞和分子动力学。单元报告，21（11），3271 - 3284。https：//doi.org/10。1016/j.celrep.2017.11.050 Bare，D.J.，Lauder，J.M.，Wilkie，M.B。，＆Maness，P.F。（1993）。p59fyn位于成年神经元和幻影的轴突谱和亚群中。Oncogene，8（6），1429 - 1436。Bergles，D。E.和Richardson，W。D.（2015）。少突胶质细胞的发展和可塑性。Cold Spring Harbors生物学的观点，8（2），A20453。https://doi.org/10.1101/cshperspect.a020453 Boda，E.，Vigano，F.，Rosa，P.，Fumagalli，M.（2011）。NG2表达细胞中的GPR17受体：关注体内细胞成熟和参与急性创伤和慢性损伤。Glia，59（12），1958 - 1973。https：//doi.org/10.1002/glia.21237 Bonfanti，E.，Bonifacino，T.GPR17受体的异常上调导致SOD1 G93A小鼠中的少突胶质细胞功能障碍。 国际分子科学杂志，21（7），2395。https：//doi.org/10.3390/ijms21072395 Bonfanti，E.，E.，Gelosa，P.，Fumagalli，P. （2017）。 少突drocyte-drocyte前体细胞在中风后在脑重现中表达GPR17受体的作用。 细胞死亡与疾病，8（6），E2871。 https://doi.org/ 10.1038/cddis.2017.256GPR17受体的异常上调导致SOD1 G93A小鼠中的少突胶质细胞功能障碍。国际分子科学杂志，21（7），2395。https：//doi.org/10.3390/ijms21072395 Bonfanti，E.，E.，Gelosa，P.，Fumagalli，P. （2017）。少突drocyte-drocyte前体细胞在中风后在脑重现中表达GPR17受体的作用。细胞死亡与疾病，8（6），E2871。https://doi.org/ 10.1038/cddis.2017.256https://doi.org/ 10.1038/cddis.2017.256
用于细胞和组织制造的胶原水凝胶管微生物反应器
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年1月12日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.08.631570 doi：biorxiv preprint
Cereblon 的结构功能研究及其对新型分子胶发现的意义
Cereblon 是 CRL4-CRBN E3 泛素连接酶的组成部分，是骨髓瘤药物沙利度胺、来那度胺和泊马度胺的靶标。在发现 Cereblon 直接与沙利度胺结合后，结构研究对于了解分子胶水的作用机制至关重要。这些药物与 Cereblon 表面结合并重新利用 E3 连接酶来招募非天然底物，从而导致泛素化和降解。Cereblon 的重新利用可以通过异双功能药物或分子胶水降解剂实现。分子胶水药物的分子量低于异双功能药物，并且更广泛地依赖于稳定蛋白质-蛋白质相互作用。沙利度胺类似物作为原型分子胶水得到了非常深入的研究，已经确定了几种 Cereblon 复合物的晶体结构。除了 Cereblon-药物二元复合物外，还解决了几种底物结合的三元复合物。底物募集所需的关键“降解决定子”特征，可实现优化功效和选择性的合理设计。降解决定子存在于其他不相关的 cereblon 底物中，这些底物没有序列、折叠或功能相似性。
美国小麦品种中 α-麦胶蛋白基因的沉默
1 美国农业部农业研究服务处西部地区研究中心，美国加利福尼亚州奥尔巴尼，2 Takara Bio USA, Inc.，美国加利福尼亚州山景城，3 美国纽约州纽约市哥伦比亚大学医学系，4 美国纽约州纽约市哥伦比亚大学人类营养研究所，5 德国汉堡汉堡大学食品科学学院、食品化学研究所，6 美国堪萨斯州曼哈顿市美国农业部农业研究服务处谷物与动物健康研究中心硬质冬小麦品质实验室，7 美国纽约州纽约市哥伦比亚大学乳糜泻中心，8 美国纽约州瓦尔哈拉纽约医学院医学系
双胶抗抗苯纤维纤维及其与其他纤维的比较
摘要：无标签和多光子微观镜检查可以通过在癌症等疾病中提供诊断成像和手术治疗的原位工具来改变临床组织病理学。基于多光子成像的微观内镜装置的关键是光纤，用于无失真，有效地递送超短激光脉冲到样品和有效的信号收集。在这项工作中，我们研究了新的空心核心（充气）双层抗谐振纤维（DC-ARF）作为多光子微观内镜的高性能候选者。我们将DC-ARF的纤维特性与单层抗谐振纤维（SC-ARF）和固体芯纤维（SCF）进行比较。在这项工作中，而DC-ARF和SC-ARF启用低损失（<0.2 dbm-1），接近无散的激发脉冲输送（<10％脉冲宽度<10％脉冲宽度在900 nm / 1 m纤维中的脉冲宽度增加，而没有任何诱导的非线性，则在光谱宽宽和脉冲范围内导致ESCF（ecf）在> 2000 persthing> 2000 persth>> 2000 pers persth> 2000 pers ecf ins ecf ins ecf中，> 2000 e>> 2000 ex ex>> 2000 n 00 perss ef pers pers>> 2000 e;理想的光纤内窥镜需要长几米，并且应该通过纤维进行激发和收集。因此，我们在后散射的几何形状中对内窥镜兼容的1 m和3 m长度的纤维长度进行了多光子成像，其中直接收集了信号（未散布的检测）或通过纤维（降压检测）收集信号。第二次谐波图像是从钛酸钡晶体以及生物样品（小鼠尾部）中收集的。在非划定的检测条件下，ARF在图像的信噪比方面最多优于SCF 10次。显着，仅由于DC-ARF的高数值孔径（Na）为0.45和广泛的带宽（> 1 µm），才能在脱扫描的检测构型中提供图像，以进行内窥镜检查。因此，我们在不同图像收集配置下对不同光纤的系统表征和比较，确认并确定了DC-ARF的实用性，用于基于无标签的基于无标记的多光子成像。
凝胶状幼虫浮游动物可以增强营养转移和碳固隔
幼虫在整个海洋中都很丰富。幼虫在研究中被忽略了，因为它们很难进行，并且被认为在生物地球化学周期和食物奖中并不重要。我们综合证据，表明它们的独特生物学使幼虫可以将更多的碳转移到更高的营养水平，而深入海洋，而不是通常所欣赏的。幼虫在人类世可能变得更加重要，因为他们吃的小浮游植物被预计在气候变化下会更加普遍，从而减轻了预计的预计未来在海洋生产力和薄片中的下降。我们确定了批判性知识差距，并认为应将幼虫纳入生态系统评估和生物地球化学模型中，以改善对未来海洋的预测。