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World File Search System脱落酸
社论：植物非生物胁迫反应和耐受机制：生理、生化和分子干预，第二卷
在气候变化中，极端温度、干旱、盐度和重金属毒性等非生物胁迫严重影响植物的生长和生产力，导致形态发育受损并对植物健康产生负面影响（Hasanuzzaman 和 Fujita，2022；Bhardwaj 等，2023）。这些胁迫会导致植物的形态变化，例如芽和根生长减缓、花药开裂不良、花粉活力丧失、花朵掉落增加、花朵受精减少、种子萎缩和灌浆期缩短。此外，叶片衰老、失绿、坏死、灼伤和脱落进一步加剧了对植物生长的不利影响。 （ Saxena 等人，2019 年；Dumanovic ́ 等人，2021 年；Hasanuzzaman 和 Fujita，2022 年；More 等人，2023 年）。为了抵消这些有害影响，植物采用了各种适应和耐受机制。最近的研究集中于揭示植物对非生物胁迫的反应机制。生理干预，例如由脱落酸 (ABA) 信号通路介导的气孔调节、离子稳态和渗透调节，对于植物适应干旱和盐胁迫至关重要（ Kuromori 等人，2022 年；Li 等人，2020 年）。此外，活性氧 (ROS) 清除酶和抗氧化系统在减轻热诱导的氧化损伤和促进耐热性方面的作用也已得到阐明（Dumanovic ́ 等人，2021 年；Mittler 等人，2022 年）。激素信号通路与抗氧化防御系统、离子稳态和渗透调节的相互作用也已得到强调（Ramegowda 等人，2020 年；Singhal 等人，2021 年）。全基因组转录组研究为转录因子、microRNA 和应激反应蛋白等应激反应基因提供了宝贵的见解（Liu 等人，2022 年）。CRISPR-Cas9 技术已成功应用于开发抗非生物胁迫作物，这得益于用于设计合适 CRISPR/Cas9 的生物信息学工具
whirly1在大麦中与干旱诱导的基因表达的ABA相关重编程的上游作用，并影响与压力相关的组蛋白修饰
摘要：whirly1是一种小型植物特异性的ssDNA结合蛋白，双重位于叶绿体和核中，讨论是作为一种逆行信号，可作为逆行信号传递从叶绿素传递到细胞核的应激信号，并在那里触发与压力相关的基因表达。在这项工作中，我们调查了使用两条过表达线（OEW1-2和OEW1-15）在大麦的干旱应力反应中的功能。Whirly1的过表达延迟了原发性叶片中与干旱应力相关的发作。干旱应激的两个脱甲酸（ABA）依赖性标记基因HVNCED1和HVS40，其在干旱治疗期间诱导的野生型中的表达并未在过表达线中诱导。此外，叶片中的ABA浓度与干旱相关的浓度增加在Whirly1过表达线中被抑制。分析Whirly1功能获得的影响对核基因表达与干旱相关的重编程的影响，进行了RNASEQ进行比较野生型和过表达线的影响。群集分析揭示了一组高度上调的基因，该基因响应野生型的干旱，而不是在Whirly1过表达线中。是许多胁迫和脱落酸（ABA）相关的基因。与野生型相比，在OEW1系中上调的另一个簇包含上调的基因。这些与原代新陈代谢，叶绿体功能和生长有关。我们的结果表明，Whirly1充当枢纽，平衡与压力相关和发育途径之间的权衡。测试Whirly1的功能获得的功能是否影响与压力相关基因表达的表观遗传控制，我们分析了启动子不同区域和HVNCED1和HVS40的转录起始位点的干旱相关组蛋白修饰。有趣的是，在Whirly1过表达线中，两个基因的构想标记水平（H3K4ME3和H3K9AC）显然降低了。我们的结果表明，被讨论以作为逆行信号的Whirly1会通过差异组蛋白的修饰在干旱过程中影响与ABA相关的核基因表达的重编程。
Malbec葡萄种植品种的二倍体基因组组装启用了克隆表型变异的转录组差异的单倍型感知分析
为了保留其品种属性，已建立的葡萄藤品种（Vitis Vinifera L. ssp。vinifera）必须由于其高度杂合基因组而被克隆繁殖。马尔贝克（Malbec）是一种以法国原始的品种生产高质量的葡萄酒，是品种Prunelard和Magdeleine Noire des Charentes的后代。在这里，我们已经建立了Malbec的二倍体基因组组装，在PacBio Long的三人组合中读取了从任何一个父母继承的两个单倍体补充中。在单倍型的重复数据删除和校正后，以非常低的单倍型开关率（<0.025）获得了两个单倍相的完整组件。单倍相一致性识别> 25％的多态区域。基因注释，包括RNA-Seq转录组组装和从头算预测证据，两种单倍相的基因模型数量相似。在MALBEC的四个克隆辅助的转录组比较中，在浆果组成性状变化的四个克隆辅助中被利用。 使用任何一个单倍相作为参考的成熟果皮转录组分析产生了相似的结果，尽管观察到了一些差异。 尤其是，在仅以玛格德林属性单倍型为参考的差异表达基因中，我们观察到了假设半合子基因的过度占代表性。 总体而言，结果突出了产生二倍体组件以完全表示高度杂合木质作物品种的基因组多样性的重要性，并揭示了克隆表型变异的分子碱基。在浆果组成性状变化的四个克隆辅助中被利用。使用任何一个单倍相作为参考的成熟果皮转录组分析产生了相似的结果，尽管观察到了一些差异。尤其是，在仅以玛格德林属性单倍型为参考的差异表达基因中，我们观察到了假设半合子基因的过度占代表性。总体而言，结果突出了产生二倍体组件以完全表示高度杂合木质作物品种的基因组多样性的重要性，并揭示了克隆表型变异的分子碱基。克隆登录595的较高的浆果花青素含量与脱落酸反应增加有关，可能导致观察到观察到的苯基丙烷代谢基因的过表达以及对与非生物应激反应相关的基因失控。