样本反卷积方法可估计大量组织样本中的细胞类型比例和基因表达,但它们的性能和生物学应用仍未被探索,特别是在人脑转录组数据中。在这里,使用来自大量组织 RNA 测序 (RNA-seq)、单细胞/细胞核 (sc/sn) RNA-seq 和免疫组织化学的样本匹配数据评估了九种反卷积方法。使用了来自 149 个成人死后大脑和 72 个类器官样本的每个细胞总共 1,130,767 个细胞核。结果显示,dtangle 在估计细胞比例方面表现最佳,而 bMIND 在估计样本细胞类型基因表达方面表现最佳。对于八种脑细胞类型,通过反卷积表达 (decon-eQTL) 鉴定了 25,273 个细胞类型 eQTL。结果表明,decon-eQTL 比单独的块组织或单细胞 eQTL 更能解释精神分裂症 GWAS 遗传性。还使用解卷积数据检查了与阿尔茨海默病、精神分裂症和大脑发育相关的差异基因表达。我们的研究结果在块组织和单细胞数据中得到复制,为解卷积数据在多种脑部疾病中的生物学应用提供了见解。
在上述色谱图的3秒时间窗口中,真实信号反卷积的好处变得显而易见。在EI和CI条件下分析的相同样品在峰5和6之间产生了划分。顶部色谱图显示了在EI条件下的牵引,每个组件的独特离子在卡尺光谱中清晰可见(a)。两个组件的峰值真光谱(b)清楚地显示了切解卷积后的凝聚化合物独特离子(以红色)的去除,并与NIST库(C)匹配。底部色谱图显示了CI条件下的腔脉。再次通过反卷积去除了卷素化合物的唯一离子,如峰值真光谱(d)所示。此外,CI还允许质子化分子离子的可见性(蓝色)。
液相色谱 - 冰冻/融化,涡流和离心(10 000 g,5分钟,4°C)之前,然后使用Zeba Spin Desalting柱,7K MWCO,7K MWCO,0.5 mL(Thermo Fisher Scientific,Waltham,Ma)将上清液中的任何残留缓冲液与水交换。样品在分析之前将样品转移到新容器中,并在2 80°C下存储。完整的环球蛋白块通过使用水的生育BEH300 C4反相柱(2.1 3 100 mm,300°孔,1.7 m m;零件号;零件号186004496)在Agilent 1290 Infinity II超高性液相色谱仪上,与Agilent 6530精确的质量电喷雾电离四极杆飞行时间质量表格仪耦合。光谱被解卷积以计算球蛋白的修饰百分比。
摘要 - 描述了一种利用脉冲信号校准高带宽示波器的系统。快速脉冲示波器校准系统 (FPOCS) 用于确定带宽为 -20 GHz 的数字示波器的阶跃响应参数。该系统可提供测量可追溯性,以符合美国国家标准与技术研究所 (NIS) 维护的标准。它由快速电阶跃发生器硬件、个人计算机 (E) 和计算机以及参考波形 Le、包含阶跃发生器输出信号估计值的数据文件组成。参考波形由 NIST 对阶跃发生器输出信号 (校准阶跃信号) 的先前测量产生。使用 FPOCS 时,校准阶跃信号应用于设备 u n h te4,即示波器采样通道。测量的阶跃波形经过时基误差校正,然后反射系数从 I% 解卷积而来,结果为脉冲、阶跃和频率响应 edhata,以及它们的相关参数(例如过渡持续时间、过渡幅度、-3 dB 带宽)和不确定性。描述了系统及其组件,并给出了初步测试结果
摘要 使用光度测定法进行混响映射的精确方法受到高度追捧,因为它们本质上比光谱技术耗费的资源更少。然而,在红移高于 z ≈ 0.04 的情况下,光度混响映射对估计黑洞质量的有效性研究很少。此外,光度测定方法通常假设阻尼随机游走 (DRW) 模型,这可能并不普遍适用。我们使用 JAVELIN 光度 DRW 模型对 z = 0.351 处的 QSO SDSS-J144645.44 + 625304.0 进行光度混响映射,并估计 H β 滞后为 65 + 6 − 1 d,黑洞质量为 10 8 。22 + 0 。13 − 0 .15 M ⊙ .使用数千个模拟 CARMA 过程光变曲线进行的光度混响映射可靠性分析表明,考虑到我们目标的观测信噪比 > 20 和平均节奏为 14 d(即使不适用 DRW),我们可以将输入滞后恢复到平均 6% 以内。此外,我们使用我们的模拟光变曲线套件从我们的 QSO 的后验概率分布中解卷积混叠和伪影,将滞后的信噪比提高了 ∼ 2.2 倍。我们以每个物体四分之一的观测时间超越了斯隆数字巡天混响测绘项目 (SDSS-RM) 活动的信噪比,从而使信噪比效率比 SDSS-RM 提高了约 200%。
硅基锂离子电池已开始满足循环寿命指标,但其日历寿命较差。本文使用 EC:EMC:FEC 电解质中的 LiPF 6 与 EC:EMC 电解质中的 LiBOB 探究了电解质氟化对混合硅石墨阳极日历衰减的影响。我们利用组合实验建模方法,应用恒电位电压保持 (V-hold) 来评估电解质在缩短的测试时间范围内(约 2 个月)的日历寿命的适用性。我们的理论框架从 V-hold 电化学数据中解卷积了不可逆寄生容量损失(锂损失到固体电解质中间相)。与氟化电解质(主要为 FEC 还原)相比,非氟化电解质(主要为 LiBOB 还原)表现出更高的电池电阻。两种系统在电压保持期间均具有相似的不可逆容量,但 LiBOB 系统的寄生容量损失速度较慢。将寄生损耗外推至 20% 的寿命终止容量衰减表明,LiBOB 电解质在日历寿命方面优于 LiPF 6 电解质。结果证明了 V-hold 协议可用作快速材料筛选工具,提供半定量日历寿命估算。© 2023 作者。由 IOP Publishing Limited 代表电化学学会出版。这是一篇开放获取的文章,根据知识共享署名 4.0 许可条款分发(CC BY,http://creativecommons.org/licenses/ by/4.0/ ),允许在任何媒体中不受限制地重复使用作品,前提是对原始作品进行适当引用。[DOI:10.1149/ 1945-7111/ace65d]
发现肿瘤特异性分子依赖性可能会改善癌症疗法的开发。必需的工具包括遗传和化学扰动,每种方法都有其优点和局限性。化学扰动可以很容易地大规模应用于原发性癌症样本,但由于一种化合物对多种蛋白质具有亲和力,因此对命中的机制理解和进一步的药物开发通常很复杂。为了从体外药物敏感性曲线计算推断出单个癌症的特定分子依赖性,我们开发了一个数学模型,使用蛋白质-药物亲和力曲线的测量值对这些数据进行解卷积。通过整合药物激酶分析数据集和几种药物反应数据集,我们的方法 DepInfeR 正确识别了已知的蛋白激酶依赖性,包括 HER2+ 乳腺癌细胞系的 EGFR 依赖性、具有 FLT3 -ITD 突变的急性髓细胞白血病 (AML) 的 FLT3 依赖性以及两种主要慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 亚型对 B 细胞受体途径的差异依赖性。此外,我们的方法发现了新的亚组特定依赖性,包括以前未报告的高危 CLL 对检查点激酶 1 (CHEK1) 的依赖性。该方法还生成了 117 个 CLL 样本异构集中激酶依赖性的详细图谱。将多药理学表型反卷积为潜在的因果分子依赖性的能力应该会增加高通量药物反应检测在功能精准肿瘤学中的效用。