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全基因组鉴定和表达分析...
通用应激蛋白（USP）主要参与细胞对生物和非生物胁迫的应答，在植物的生长发育以及对逆境的应激反应中起着重要作用。在拟南芥、玉米和水稻中分别鉴定出23、26和26个USP基因。根据USP基因的理化性质，USP Ⅰ类蛋白质被鉴定为具有高稳定性的亲水性蛋白质。基于系统发育分析，USP基因家族分为6组，USP Ⅲ和USP Ⅴ表现出更多的多样性。此外，同一亚组的成员具有相近的内含子/外显子数量和共同的保守结构域，表明进化关系较近。基序分析结果显示USP基因间具有较高的保守性。染色体分布表明USP基因可能通过片段重复在拟南芥、玉米和水稻中发生了基因扩增。大部分的Ka/Ks值小于1，说明USP基因在拟南芥、玉米和水稻中经历了纯化选择。表达谱分析表明USP基因在水稻中主要响应干旱胁迫，在玉米中主要响应温度和干旱胁迫，在拟南芥中主要响应低温胁迫。基因共线性分析可以揭示基因间的相关性，有助于后续的深入研究。本研究为理解USP基因在单子叶植物和双子叶植物中的进化提供了新的思路，为更好地理解USP基因家族的生物学功能奠定了基础，可用于葫芦科育种相关项目。
EXO70 和 MLO 蛋白的相互作用调节毛状体细胞壁组成和对白粉病的易感性
70 kDa (EXO70) 蛋白的胞外囊泡成分是胞外囊泡复合物的组成部分，与胞吐过程中的囊泡束缚有关。抗霉菌位点 O (MLO) 蛋白是植物特异性钙通道，一些 MLO 同工型可促进真菌白粉病的致病。我们在此检测到拟南芥 exo70H4 和 mlo2 mlo6 mlo12 三重突变体植物在叶毛状体次生细胞壁的生物发生方面存在意外的表型重叠。生化和傅里叶变换红外光谱分析证实了这些突变体中毛状体细胞壁组成的缺陷。表达荧光团标记的 EXO70H4 和 MLO 的转基因系表现出这些蛋白质的广泛共定位。此外，mCherry-EXO70H4 错误定位在 mlo 三重突变体的毛状体中，反之亦然，MLO6-GFP 错误定位在 exo70H4 突变体的毛状体中。GFP 标记的 PMR4 胼胝体合酶（EXO70H4 依赖性胞吐的已知货物）的表达表明，mlo 三重突变体植物的毛状体中 GFP-PMR4 的细胞壁输送减少。植物和酵母细胞中的体内蛋白质-蛋白质相互作用测定揭示了 EXO70.2 亚家族成员和 MLO 蛋白之间的异构体优先相互作用。最后，exo70H4 和 mlo6 突变体结合时表现出协同增强的对白粉病攻击的抗性。总之，我们的数据表明 EXO70 和 MLO 蛋白在调节毛状体细胞壁生物合成和白粉病易感性方面存在异构体特异性相互作用。
组织项目管理成熟度的竞争优势：澳大利亚的定量描述性研究
大豆是全球种子蛋白和油的主要来源，在种子中平均成分为40％蛋白质和20％的油。这项研究的目的是确定使用种子蛋白和油含量的定量性状基因座（QTL），该蛋白质和油含量利用跨平均蛋白质含量线构建的种群，PI 399084，PI 399084到另一个具有低蛋白质含量值的线，PI 507429，均来自USDA Soybeanbeanbeanebean soybeanbean soybeanbean soybeanbeanbean collection。在四年内，对重复的近交系（RIL）人群，PI 507429 X PI 399084进行了评估（2018-2021）；使用近红外反射光谱分析种子的种子蛋白质和油含量。使用测序使用基因分型重新列出了重组近交系和两个父母。总共12,761个分子标记物来自基因分型，通过测序，Soysnp6k Beadchip和来自已知蛋白质QTL染色体区域的选择的简单序列重复（SSR）标记来映射。在2号染色体上鉴定出一个QTL，该QTL解释了种子蛋白含量的56.8％的56.8％，种子油含量最高可达43％。15染色体上鉴定出的另一个QTL解释了种子蛋白质变异的27.2％和种子油含量变化的41％。这项研究的蛋白质和油QTL及其相关分子标记物将在繁殖中有用，以改善大豆的营养质量。
鉴定控制大豆种子蛋白和油含量的定量性状基因座
大豆是全球种子蛋白和油的主要来源，在种子中平均成分为40％蛋白质和20％的油。这项研究的目的是确定使用种子蛋白和油含量的定量性状基因座（QTL），该蛋白质和油含量利用跨平均蛋白质含量线构建的种群，PI 399084，PI 399084到另一个具有低蛋白质含量值的线，PI 507429，均来自USDA Soybeanbeanbeanebean soybeanbean soybeanbean soybeanbeanbean collection。在四年内，对重复的近交系（RIL）人群，PI 507429 X PI 399084进行了评估（2018-2021）；使用近红外反射光谱分析种子的种子蛋白质和油含量。使用测序使用基因分型重新列出了重组近交系和两个父母。总共12,761个分子标记物来自基因分型，通过测序，Soysnp6k Beadchip和来自已知蛋白质QTL染色体区域的选择的简单序列重复（SSR）标记来映射。在2号染色体上鉴定出一个QTL，该QTL解释了种子蛋白含量的56.8％的56.8％，种子油含量最高可达43％。15染色体上鉴定出的另一个QTL解释了种子蛋白质变异的27.2％和种子油含量变化的41％。这项研究的蛋白质和油QTL及其相关分子标记物将在繁殖中有用，以改善大豆的营养质量。
鉴定新的免疫突触定位...
摘要 尽管已鉴定出许多免疫突触 (IS) 蛋白种类，但仍有许多 IS 定位蛋白种类未知。了解靶细胞和淋巴细胞之间 IS 的蛋白质组对于推进免疫肿瘤学至关重要。然而，IS 的低丰度和缺乏明确的富集标记阻碍了有效的蛋白质组学分析。在本研究中，我们利用 MicroscoopTM，这是一种集成显微镜、机器学习和光化学标记的创新系统，可以精确且空间特异性地富集 IS 蛋白，从而促进 IS 的蛋白质组学发现。我们使用 Raji B 细胞作为抗原呈递细胞 (APC)，并用 Jurkat T 细胞诱导 IS 形成。该系统首先采用 CD3（Jurkat T 细胞中常见的 IS 标记）的免疫荧光成像，并利用基于卷积神经网络的深度学习算法从 CMTPX 染色的 Raji B 细胞中识别 IS 形成。我们的自动化系统通过多轮成像、深度学习驱动的模式生成和光化学标记，成功实现了 IS 处蛋白质的空间靶向生物素标记。随后的链霉亲和素下拉和质谱分析使 IS 特异性蛋白质得以鉴定。值得注意的是，我们的空间蛋白质组学方法分离和鉴定了 IS 界面上的数百种不同物种，包括与 T 细胞受体 (TCR) 信号通路关键成分相关的蛋白质，例如 TCR/CD3 复合物、Src 和 Tec 家族酪氨酸激酶和关键 NF-kB 信号蛋白。此外，我们还发现了大量以前与 IS 不相关的蛋白质。我们的研究不仅阐明了 IS 界面上免疫调节的未知方面，而且对癌症研究具有重要意义，特别是在理解和操纵免疫反应以用于治疗目的方面。
免疫史改变疾病严重程度，以应对高致病性禽流感 H5N1 分支 2.3.4.4b 病毒攻击
近期爆发的牛高致病性 H5 禽流感 (HPAI) 病毒现已在美国广泛传播，并蔓延至其他哺乳动物，包括人类。已报告数例人类病例，临床症状包括结膜炎和呼吸道疾病。然而，大多数感染者报告的症状为轻度至中度，而之前报告的人类高致病性 H5Nx 感染死亡率高达 50%。我们最近报告称，对 A/Puerto Rico/08/1934 H1N1 病毒具有免疫力的小鼠可免受高致病性 2.3.4.4b 型 H5N1 流感病毒的致命攻击。在这里，我们证明感染 2009 年大流行 H1N1 病毒株 A/California/04/2009 (Cal09) 或接种减毒活流感疫苗 (LAIV) 的小鼠对致命的 A/bovine/Ohio/B24OSU-439/2024 H5N1 病毒攻击具有中等至高度保护。我们还观察到，具有混合预先存在的免疫力（来自 LAIV 疫苗接种和/或 Cal09 感染）的雪貂对从猫中分离出的 HPAI H5N1 进化枝 2.3.4.4b 病毒具有保护作用。值得注意的是，这种保护作用独立于任何可检测到的针对 H5N1 病毒的血凝抑制滴度 (HAI)。为了探索可能有助于保护的因素，我们使用之前发布的 H1N1 毒株序列进行了详细的 T 细胞表位图谱分析。这项分析表明，我们牛 HPAI H5N1 病毒株内部蛋白质的氨基酸序列具有高度保守性。这些数据强调了探索有助于预防 HPAI H5N1 病毒的其他因素的必要性，例如除了 HA 抑制或中和抗体之外的记忆 T 细胞反应。
与 F 相关的球虫寄生虫 - UEA 数字存储库
摘要：小隐孢子虫（C. parvum）是一种原生动物寄生虫，已知会导致断奶前犊牛的隐孢子虫病。免疫抑制的动物和患者有患上这种疾病的风险，这种疾病可能会导致致命的腹泻。本研究旨在基于小隐孢子虫感染者的差异表达基因（DEG）构建网络生物学框架。通过这种方式，小隐孢子虫感染个体的基因表达谱分析可以为我们提供感染条件下活跃表达的基因和转录本的快照。在本研究中，我们分析了微阵列数据集，并将患者的基因表达谱与健康对照的不同数据集进行了比较。使用网络医学方法来识别基因相互作用网络中最具影响力的基因，我们发现了与小隐孢子虫感染相关的必需基因和通路。我们鉴定了 164 个差异表达基因（109 个上调 DEG 和 54 个下调 DEG），并将它们分配到通路和基因集富集分析中。结果支持鉴定七个具有高中心度值的重要枢纽基因：ISG15、MX1、IFI44L、STAT1、IFIT1、OAS1、IFIT3、RSAD2、IFITM1 和 IFI44。这些基因与多种生物过程有关，不仅限于宿主相互作用、1 型干扰素产生或对 IL-gamma 的反应。此外，还发现四个基因（IFI44、IFIT3、IFITM1 和 MX1）参与先天免疫、炎症、细胞凋亡、磷酸化、细胞增殖和细胞信号传导。总之，这些结果加强了基于基因谱的工具的开发和实施，以便在早期识别和治疗隐孢子虫相关疾病。
关于聚苯乙烯/MWCNT的简短沟通研究...
摘要这项研究的目的是为任何量热法制造一种新型的温度传感器。引入了一种新的混合溶液方法，以制备聚苯乙烯/多壁碳纳米管纳米管纳米复合样品，其重量百分比为0.05、0.1、0.1、0.28、1和2的MWCNT。为了证明包含在聚合物基质中的分散状态，应用了SEM分析。另外，进行了XRD和拉曼光谱分析。在包含的约0.28重量％的情况下，研究并实现了电渗透阈值。最后，从室温到〜100ºC的样品测量样品的电阻。因此，对于大多数纳米复合材料样品，在T g之前和之后观察到正温系数和负温度系数效应。在20-50ºC下实现了电阻 - 温度曲线的最佳线性响应，该曲线使用二阶拟合曲线可以用来将T0〜70ºC用光。结果表明，在渗透阈值附近的聚苯乙烯/多壁碳纳米管纳米复合材料可以用作量热法的温度传感器。关键字：温度传感器，量热法，电渗透阈值，聚苯乙烯/MWCNT纳米复合材料，电阻。1。在过去的二十年中，由于纳米填充剂（例如碳纳米管（CNT））增强的聚合物材料（CNTS）吸引了科学和工业社区的广泛关注。CNT是聚合物基质的理想增强填充剂，因为它们的纳米尺寸，高纵横比，更重要的是它们出色的机械强度，电气和导热率[1]。聚合物-CNT纳米复合材料在柔性电池，太阳能电池，抗固定器件，电磁干扰屏蔽，辐射屏蔽和电池，超电容器，超电容器，压电电气传感器，温度传感器和辐射传感器[2-11]中具有巨大的潜在应用[2-11]。
2025 年 Hanna H. Gray 研究员计划竞赛 成功科学研究提案示例
摘要 mTORC1 蛋白激酶响应各种输入（包括氨基酸）调节细胞生长，这些输入向 Rag GTPases 发出信号，促进 mTORC1 易位到溶酶体表面（其激活位点）。这种途径在许多疾病中失调，包括糖尿病和癌症；然而，我们对氨基酸激活 mTORC1 的机制的理解并不完整。长期以来，一个谜团是氨基酸缺乏时抑制 mTORC1 的成分的身份。作为一名研究生，我推断负调节剂可能会影响 Rags，因为它们在营养感知中起着核心作用。我们对 Rags 进行了免疫沉淀，然后进行质谱分析 (IP/MS)，结果发现了两个相互作用的蛋白质复合物，我们称之为 GATOR1 和 GATOR2。GATOR2 正向调节 mTORC1 并在 GATOR1 上游或与 GATOR1 并行发挥作用，GATOR1 是一种 Rag GTPase 激活蛋白，也是 mTORC1 的关键抑制剂。 GATOR1 成分在癌症中发生突变，可能有助于识别对 mTORC1 抑制有反应的癌症。第二个未解之谜是 mTORC1 上游氨基酸传感器的身份。为了识别假定的传感器，我们对已知的 mTORC1 调节剂进行了广泛的 IP/MS。我们发现 Sestrin2 和 CASTOR1 是与 GATOR2 相互作用的蛋白质，分别起到亮氨酸和精氨酸传感器的作用。Sestrin2 和 CASTOR1 与 GATOR2 结合以抑制 mTORC1，并且在存在氨基酸的情况下这种抑制会得到缓解。重要的是，这些传感器的氨基酸结合能力是 mTORC1 感知氨基酸存在所必需的。总之，这些成分的发现澄清了我们对氨基酸如何向 mTORC1 发出信号的理解，并提供了在疾病状态下调节 mTORC1 活性的目标。
通过分形维数表征抗癫痫药物对脑电图神经动力学的影响
到目前为止，ASM 反应的两个最可靠的 EEG 生物标志物是发作间期癫痫样放电和功率谱分析，而个体 Alpha 频率 (IAF) 峰值的使用仍存在争议，但可能代表一种有前途的生物标志物 (Reynolds et al., 2023 )。然而，这些线性方法主要捕捉 EEG 信号的振荡分量，不考虑 EEG 信号中存在的非平稳性和非线性 (Stam, 2005; Klonowski, 2009 )。正如 Cole 和 Voytek 以及 Jones 及其同事 (Jones, 2016; Cole 和 Voytek, 2017) 所述，脑信号不仅仅代表特定频率的持续振荡，而是代表间歇性重复的短暂活动 (Feingold 等人, 2015; Lundqvist 等人, 2016)。神经调节研究表明，在调节大脑（Somers 和 Kopell，1993 年；Fröhlich 和 McCormick，2010 年；Fröhlich，2015 年；Dowsett 和 Herrmann，2016 年；Cottone 等人，2018 年；Porcaro 等人，2019 年）和调节大脑节律（Somers 和 Kopell，1993 年；Dowsett 和 Herrmann，2016 年）方面，复杂非正弦波形的应用比正弦振荡器更有效。分形维数分析等非线性方法捕获的这种“隐藏信息”可能是线性方法的补充和补充，可以揭示健康人以及患有神经病理学疾病的患者的生理神经通讯、计算和认知（Goldberger，2001；Goldberger 等人，2002；Zhang 和 Raichle，2010；Rodríguez-Bermúdez 和 García-Laencina，2015；Porcaro 等人，2017、2019、2020a、b、2022）。这就是为什么时间序列分形分析越来越多地用于从基础到科学的不同研究领域的原因