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优化元基因组分析以早期检测结直肠癌：制定生物信息学方法和推进跨核心预测
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年2月27日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.22.639690 doi：Biorxiv Preprint
发作的大鼠的跨核6 Hz刺激引起的癫痫发作
被广泛认为是节气瓣癫痫发作的模型。尽管对啮齿动物进行了深入的研究，但没有研究暗示这种模型正在发展中。我们专注于七个男性和雌性大鼠的年龄组。持续时间为0.3 ms的双相脉冲，并将20至80 mA的电流强度跨胶施用3 s，以计算单个年龄组的阈值强度。阈值刺激强度对于诱发锁骨癫痫发作所需的阈值刺激强度是高年龄和性别依赖性的。在最年轻的（15天大）的组中观察到最高的阈值，然后降低到25天的年龄，并再次增加到成年。在所有年龄段的女性中，阈值电流趋于较低。抽搐性癫痫发作的发生率随着产后25年的刺激强度而增加。在31天大的大鼠中，无论刺激电流和性别如何，都会发生不规则。进行随后的分析，将这些动物分为两组：15至25天的少年和青少年/成年人，年龄31天及以上。我们的统计分析表明，在刺激刺激后，大量强度较高，但不是青春期/成年大鼠的刺激风险增加。女性倾向于对低水流的刺激比男性更敏感。与同龄男性相比，18至25天老年的女性癫痫发作严重程度更高，并且癫痫发作持续时间随少年而不是青春期/成年动物的刺激强度而增加。数据将大鼠6 Hz模型的使用扩展到未成熟的动物，并且可能是小儿颞叶癫痫发作的模型。
2型糖尿病中菌株特异性的肠道微生物特异性特异性微生物特征，通过对8117个元基因组的跨核病分析揭示了
相应的作者：哈佛T.H. Curtis Huttenhower博士Chan公共卫生学院，麻省理工学院和哈佛大学广泛研究所，chuttenh@hsph.harvard.edu；医学博士Dong D. Wang，SCD，Brigham and妇女医院以及哈佛大学T.H.的哈佛医学院 Chan公共卫生学院，麻省理工学院和哈佛大学广泛研究所，dow471@mail.harvard.edu。 *同样贡献了作者贡献Z.M.，F.W.，C.H。和D.D.W. 概念化了研究。 Z.M. 和F.W. 进行了数据分析。 Z.M.，F.W.，C.H。和D.D.W. 起草了手稿。 C.H. 和D.D.W. 监督研究。 E.B.R，M.D.，W.C.W.，R.K.，F.B.H.，Q.Q.，A.T.C.，R.D.B.，M.J.S.，E.R.S.，I.S.，I.S.，R.C.K.，C.H.和D.D.D.W. 收集了样本和数据，并获得了资金。 所有作者都讨论了结果，对文本进行了严格审查，并批准了最终手稿。Chan公共卫生学院，麻省理工学院和哈佛大学广泛研究所，chuttenh@hsph.harvard.edu；医学博士Dong D. Wang，SCD，Brigham and妇女医院以及哈佛大学T.H.的哈佛医学院Chan公共卫生学院，麻省理工学院和哈佛大学广泛研究所，dow471@mail.harvard.edu。 *同样贡献了作者贡献Z.M.，F.W.，C.H。和D.D.W. 概念化了研究。 Z.M. 和F.W. 进行了数据分析。 Z.M.，F.W.，C.H。和D.D.W. 起草了手稿。 C.H. 和D.D.W. 监督研究。 E.B.R，M.D.，W.C.W.，R.K.，F.B.H.，Q.Q.，A.T.C.，R.D.B.，M.J.S.，E.R.S.，I.S.，I.S.，R.C.K.，C.H.和D.D.D.W. 收集了样本和数据，并获得了资金。 所有作者都讨论了结果，对文本进行了严格审查，并批准了最终手稿。Chan公共卫生学院，麻省理工学院和哈佛大学广泛研究所，dow471@mail.harvard.edu。*同样贡献了作者贡献Z.M.，F.W.，C.H。和D.D.W.概念化了研究。Z.M.和F.W.进行了数据分析。Z.M.，F.W.，C.H。和D.D.W. 起草了手稿。 C.H. 和D.D.W. 监督研究。 E.B.R，M.D.，W.C.W.，R.K.，F.B.H.，Q.Q.，A.T.C.，R.D.B.，M.J.S.，E.R.S.，I.S.，I.S.，R.C.K.，C.H.和D.D.D.W. 收集了样本和数据，并获得了资金。 所有作者都讨论了结果，对文本进行了严格审查，并批准了最终手稿。Z.M.，F.W.，C.H。和D.D.W.起草了手稿。C.H. 和D.D.W. 监督研究。 E.B.R，M.D.，W.C.W.，R.K.，F.B.H.，Q.Q.，A.T.C.，R.D.B.，M.J.S.，E.R.S.，I.S.，I.S.，R.C.K.，C.H.和D.D.D.W. 收集了样本和数据，并获得了资金。 所有作者都讨论了结果，对文本进行了严格审查，并批准了最终手稿。C.H.和D.D.W.监督研究。E.B.R，M.D.，W.C.W.，R.K.，F.B.H.，Q.Q.，A.T.C.，R.D.B.，M.J.S.，E.R.S.，I.S.，I.S.，R.C.K.，C.H.和D.D.D.W.收集了样本和数据，并获得了资金。所有作者都讨论了结果，对文本进行了严格审查，并批准了最终手稿。
prefetchx：跨核cache-agnostic prefetcher- ...
摘要 - 在本文中，我们在现代英特尔处理器中揭示了一类新的Prefetcher XPT Prefetcher的存在，该处理器从未正式详细介绍。它在预测负载请求会导致LLC失误时，绕过最后一级缓存（LLC）查找。我们证明了XPT Prefetcher在不同的内核之间共享，这使攻击者能够构建跨核侧通道和掩护通道攻击。我们提出了一种跨核攻击机制P Refetch X，以泄露用户的敏感数据和活动。我们从经验上证明，Prefetch X可用于提取现实世界中RSA应用程序的私钥。fur-hoverore，我们表明precth x可以启用侧向通道攻击，以监视用户的击键和网络流量模式。我们的两次跨核秘密通道攻击也看到较低的错误率和122 KIB/s的最大通道容量。由于P Refetch X的无缓存功能，当前基于缓存的缓解措施对我们的攻击无效。总的来说，我们的工作发现了XPT Prefetcher的重要脆弱性，可以利用这些脆弱性，以损害密码学和处理器核心中敏感信息的机密性。
全面的 Bioconductor 生态系统，用于跨核酸酶和技术设计 CRISPR 引导 RNA
CRISPR 介导的基因扰动研究的成功高度依赖于 gRNA 的质量，并且已经开发了几种工具来实现最佳的 gRNA 设计。然而，这些工具并不都适用于最新的 CRISPR 模式或核酸酶，也没有提供全面的注释方法或用于高级 CRISPR 应用的可扩展性。在这里，我们介绍了一个新的 R 包生态系统，它能够为多种 CRISPR 技术实现高效的 gRNA 设计和注释，包括 CRISPR 敲除、CRISPR 激活 CRISPR 干扰和 CRISPR 碱基编辑。核心包 crisprDesign 提供了一个全面、用户友好且统一的界面，可通过几种比对方法添加靶向和脱靶注释、丰富的基因和 SNP 注释以及十几个靶向和脱靶活动分数。这些功能适用于任何 RNA 或 DNA 靶向核酸酶，包括 Cas9、Cas12 和 Cas13。我们通过为三个案例研究设计最佳 gRNA 来说明我们工具的普遍适用性：使用碱基编辑器 BE4max 平铺 BRCA1 的 CRISPRbe 库、使用 CasRx 平铺 CD46 和 CD55 的 RNA 靶向库以及使用 CRISPRa 激活 MMP7。我们的 R 软件包套件是开源的，并通过 Bioconductor 项目部署，以方便 CRISPR 社区使用它们。