主要版本(PE)保留了CRISPR的特定靶向靶向,但以RNA模型的形式采用了额外的货物,其中包含修改作为导向RNA(称为PEGARN)的连续估计。要求修饰蛋白质的情况,以使Cas9(H840A)仅裂解,而且还需要关联(PE1),或在其C端(PE2)合并与逆转录酶M-MLV(RT)(RT)(H840A)结束。使用Cas9(H840a)的使用(通常称为Nickase Cas9)避免形成双链DNA断裂(DSB),并简单地切割了PAM位点上游的DNA的非全面链。该表现出具有OH 3'基团的DNA瓣,该小组结合了RNA矩阵的引物(PBS)的联络位点,用作RT的底漆,该引物通过复制Pegarn的版本序列来扩展襟翼3'。尽管在热力学上,与5'未出版的皮瓣相比,杂交未发表的互补链的可能性较小,但内源性内核酸内核酸酶Fen1的固有偏好是消除5'碎片,导致3'编辑皮瓣的杂交导致了非常有效的基本版本。
在过去 20 年里,艾滋病毒感染者的寿命一直在延长 [1]。2015 年,65 岁以上的人占美国艾滋病毒阳性人口的 16% [2],2013 年全球 50 岁以上的艾滋病毒感染者 (PLWH) 数量超过 420 万,其中撒哈拉以南非洲地区的负担最重(250 万),其次是西欧/中欧和北美(* 80 万)和亚太地区(* 40 万)[3]。最近对瑞士艾滋病毒队列的分析发现,65 岁的 PLWH 比年轻的 PLWH 服用了更多的额外药物和更复杂的抗逆转录病毒疗法 (ART) 方案 [4]。法国的一项回顾性队列研究对 9000 名接受联合 ART 治疗的 65 岁以上艾滋病病毒感染者进行了研究,发现药物相互作用 (DDI) 很常见(17% 的个体经历过 1 次 DDI),这大大增加了医疗成本,相对于倾向评分匹配且没有 DDI 的艾滋病病毒感染者 [5]。由于老年人患合并症的风险较高,并且可能面临多种药物治疗的挑战,因此确保 ART 在该人群中的安全性和耐受性至关重要 [6]。一线 ART 通常由两种核苷逆转录酶抑制剂 (NRTI) 组成
Prime editing 是一种多功能且精确的基因组编辑技术,无需供体 DNA 即可将所需的基因修饰直接复制到目标 DNA 位点。该技术在基因功能分析、疾病建模和临床相关细胞(如人类多能干细胞 (hPSC))中的致病突变校正方面具有巨大前景。在这里,我们通过生成一个可由强力霉素诱导的 Prime editing 平台,全面测试了 hPSC 中的 Prime editing。Prime editing 成功诱导了所有类型的核苷酸替换以及小插入和缺失,与其他人类细胞类型中的观察结果相似。此外,我们比较了 Prime editing 和碱基编辑在纠正来自 α 1- 抗胰蛋白酶 (A1AT) 缺乏症患者的诱导多能干细胞中的疾病相关突变方面的表现。最后,全基因组测序表明,与胞嘧啶碱基编辑器的 21 胞苷脱氨酶结构域不同,22 引物编辑器的逆转录酶结构域不会导致基因组中不依赖 RNA 的脱靶突变。23 我们的结果表明,hPSC 中的引物编辑具有补充 24 先前开发的 CRISPR 基因组编辑工具的巨大潜力。25
结果 继续建议所有 HIV 感染者接受抗逆转录病毒疗法。对于大多数 HIV 感染者,建议初始治疗方案由整合酶链转移抑制剂 (InSTI)(特别是比克替拉韦或多替拉韦)和 2 种(在某些情况下为 1 种)核苷或核苷酸逆转录酶抑制剂组成。建议针对具有特殊临床情况(例如怀孕和活动性机会性疾病)以及无法服用 InSTI 的人。治疗方案可能需要因病毒学失败、不良反应、便利性或成本等原因而改变。对于那些不喜欢每天服用口服药物的人以及难以坚持每天治疗的人,可以使用长效注射疗法。建议针对实验室监测、物质使用障碍和体重变化管理以及使用他汀类药物预防心血管疾病。对于 HIV 预防,口服(每日或间歇性)和注射长效药物是 HIV 暴露可能性较高的人的有效选择。此外,还推荐了维持艾滋病毒感染者健康和福祉的新工具,例如使用强力霉素进行暴露后预防以避免性传播感染,以及治疗物质使用障碍的策略。讨论了艾滋病毒感染和护理机会方面的差异,并提出了解决方案。
8%聚丙烯酰胺凝胶。cDNA(-0.5 tg)范围为550至1500个碱基对,通过电装饰回收。使用末端脱氧核苷酸转移酶(20)与脱氧残基一起扩展了20 ng等分试样,并用PST I裂解并用Deoxyg残基尾巴(20)将PBR322的100 ng退火100 ng。通过公开的程序(23),使用退火的混合物用于转化大肠杆菌K-12菌株294(22)。制备诱导和未诱导的32P-CDNA探针。5 Zg的12S mRNA与2个寡核酸(DT)12-18(协作研究)或每个合成引物池(FIB 1至FIB 6)的2 Ig合并,在10mm Tris-HCl(pH 8),1 mm EDTA中。将混合物煮沸3分钟,然后在冰上淬火。60 ul of 40 mM Tris-HCl (pH 8.3), 40 mM KCl, 16mM MgCl2, 60 mM o-mercaptoethanol, 1 mM dATP, dGTP, dTTP and 5 x 10 7M (Q-32P) dCTP (Amersham, 2,000 - 3,000 Ci/mmole) was added to each template-primer mix at OC.在添加100个AMV逆转录酶后,将反应在42%C下孵育30分钟,并通过超过10 ml Sephadex G-50列的通道纯化。产品用
串联重复是基因组的频繁结构变化,并且在遗传疾病和CER中起重要作用。然而,解释串联重复的表型后果仍然具有挑战性,部分原因是缺乏建模这种变化的遗传工具。在这里,我们通过Prime Editing(TD-PE)制定了一种策略重复,以在哺乳动物基因组中创建有针对性,可编程和精确的串联重复。在此策略中,我们针对每个有针对性的串联复制设计了一对trans Prime编辑指南RNA(PEGRNA),该重复编码相同的编辑,但在相反的方向上介绍了单链DNA(SSDNA)扩展。每个扩展的逆转录酶(RT)模板设计与其他单个指南RNA(SGRNA)的目标区域同源,以促进编辑的DNA链的重新进行重复,并在中间的片段重复。我们表明,TD-PE产生了从约50 bp到约10 kb的基因组片段的鲁棒和精确的原位串联重复,最大效率高达28.33%。通过微调pegrnas,我们同时实现了目标重复和碎片插入。最后,我们成功地产生了多种疾病的串联重复,显示了TD-PE在遗传研究中的一般效用。
ABC 已获得美国食品药品管理局 (FDA) 批准,可用于年龄≥3 个月的 HIV 儿童,作为抗逆转录病毒疗法 (ART) 中核苷逆转录酶抑制剂 (NRTI) 的一部分。但是,世界卫生组织 (WHO) 为 ABC 作为 NRTI 主干的一部分,为出生时体重≥2 公斤的足月新生儿提供了剂量指导(参见附件 1:WHO 艾滋病毒预防、检测、治疗、服务提供和监测综合指南中的 ARV 药物剂量)。WHO 关于新生儿 ABC 剂量的指导增加了在特殊情况下管理新生儿的抗逆转录病毒 (ARV) 药物的选择,因为奈韦拉平或齐多夫定 (ZDV) 的缺货可能会影响有效提供新生儿 HIV 的产后预防或治疗的能力。世卫组织建议从 1 个月大开始对婴儿使用 ABC 剂量,这是基于世卫组织艾滋病毒预防、检测、治疗、服务提供和监测综合指南将 ABC 列为儿童一线和二线 ARV 方案的首选 NRTI 成分。这项建议还考虑到总统艾滋病紧急救援计划 (PEPFAR) 暂时批准的儿科仿制 ABC 制剂(包括含有 3TC 的复合制剂)的可用性以及资源有限环境中 ARV 药物的成本。
多韦林 - 伊斯兰特拉韦(div)正在接受人体免疫缺陷病毒1(HIV-1)患者的临床发育,这些患者在接受Bictegravir,Emtricegrabine和Tenofovir Alafenamide的结合后,其体内患有低水平的HIV(称为病毒学抑制)。HIV-1是一种攻击免疫系统细胞的病毒。对由HIV-1引起的免疫系统的损害可能导致可获得的免疫缺陷综合征(AIDS),这是一种慢性且潜在的威胁生命的疾病。艾滋病的症状可能包括体重减轻,慢性腹泻,夜汗,发烧,持续性咳嗽,口腔和皮肤问题,常规感染以及严重的疾病或疾病。有些人也可能对某些抗逆转录病毒疗法产生抗性,从而导致疾病进展。多韦林和Islatravir阻断了逆转录酶(RT)的活性,这是一种允许HIV-1复制的酶,从而使血液中的HIV量保持在较低水平。div> Doravirine和Islatravir组合阻止了对免疫系统的损害以及与艾滋病相关的感染和疾病的发展。Doravirine-Islatravir每天以单个口服片剂给出一次。如果获得许可,Doravirine-Islatravir将为HIV-1患者提供维护治疗选择,这些患者在Bictegravir,Emtricegrine和Tenofovir Alafenamide上均可抑制HIV-1的患者。
5倍交叉验证评估结果(1,2)表明,由于电离辐射和基因突变的影响,胶质瘤占中枢神经系统原发性肿瘤的27%(3-6)。胶质瘤的发病率随年龄增长而增加(1,2,6-8),不同级别的胶质瘤发病率不同。根据恶性程度,胶质瘤病理分为I至IV级,其中II级及以下为低级别胶质瘤(LGG),III级及以上为高级别胶质瘤(HGG)(9)。例如,HGG患者的中位生存期(MST)通常小于2年,而患有HGG的HGG患者的MST仅为4至9个月。此外,分子研究已发现了可增强诊断和提供生物标志物的特征(10)。异柠檬酸脱氢酶 1 和 2 (IDH1/2) 突变以及 X 编码蛋白 (ATRX) 和 TP53 突变的存在提示弥漫性星形细胞瘤,而 IDH1/2 突变与 1p19q 缺失相结合则提示少突胶质细胞瘤 (10)。受体酪氨酸激酶基因的局部扩增、端粒酶逆转录酶 (TERT) 启动子突变以及 10 号和 13 号染色体的缺失和 7 号染色体的三体性是胶质母细胞瘤的显著特征,可用于诊断目的 (10)。此外,LGG 中 B-Raf 原癌基因 (BRAF) 基因融合和突变的存在以及 HGG 中组蛋白 H3 的突变的存在也可以作为
引物编辑 2 (PE2) 系统包含一个切口酶 Cas9,该切口酶与逆转录酶融合,利用引物编辑向导 RNA (pegRNA) 在目标基因组位点引入所需突变。然而,PE 效率受到错配修复 (MMR) 的限制,错配修复会切除包含所需编辑的 DNA 链。因此,通过显性负 MLH1 (MLH1dn) 的瞬时表达抑制 MMR 复合物的关键成分,PE 效率比 PE2 提高约 7.7 倍,从而生成 PE4。在此,通过利用生成人工智能 (AI) 技术 RFdiffusion 和 AlphaFold 3,我们最终生成了一种从头 MLH1 小结合物(称为 MLH1-SB),它与 MLH1 和 PMS2 的二聚体界面结合,以破坏关键 MMR 成分的形成。MLH1-SB 的尺寸很小(82 个氨基酸),因此可以通过 2A 系统将其整合到预先存在的 PE 架构中,从而创建一个新颖的 PE-SB 平台。结果,通过将 MLH1-SB 整合到 PE7 中,我们开发了一种改进的 PE 架构,称为 PE7-SB,它表现出迄今为止最高的 PE 效率(在 HeLa 细胞中是 PE2 的 29.4 倍,是 PE7 的 2.4 倍),这表明生成式 AI 技术将促进基因组编辑工具的改进。