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World File Search System重叠群
厌氧硝酸盐还原的基因组草案，苯
Thermincola Mag的组装使用了多个先前报道的数据集（6）。Illumina配对端（NCBI登录：SRR24043423）和Mate-pair（NCBI登录：SRR24043417）读数是从2013年从称为NRBC亚养殖Cartcons19获得的。配对末端的读数进行了测序，并使用Nextera Mate Pair库制剂制备套件对配偶对读数进行了测序。使用Trimmomaticv。0.32（7）处理所有原始读数，然后使用Abyssv。1.3.7（8），以创建与All-Paths-LGv。4.7.0（9）中生成的脚手架合并的Unitigs，使用gap填充Perl Script（10）基于Tang S1中的script in Dang et et eT eT eT eT eT eT eT eT script。（11）。由于该元基因组组装中的不确定核苷酸数量大量（JARXNP010000000），因此采取了进一步的步骤。在2018年，使用HISEQ PE群集Kit v4 cbot（Illumina）对NRBC亚培养（FES-DIASIS）进行了测序，没有其他质量控制措施（NCBI登录：SRR24043422）使用IDBAv。1.1.1.1（12）（12）和BINNENNNEND和VINNEND。在157个重叠群（NCBI登录：Javsmv000000000.1）中分配给Thermincola的垃圾箱如前所述（6）。将这157个重叠群纳入上述深渊/全paths-lg间隙填充工作流程中，生成了一个26 contig组件，该组件是通过使用BBMAPv。38.94（14）来策划映射来解决歧义的26 contig组件。读取映射可视化是使用Geneiousv。8.1.8进行的，并使用NCBI的原始基因组注释进行了基因组注释Finally, long reads from a 2020 NRBC subculture called 10L-NRBC, sequenced according to the manufac turer's instructions using PacBio RSII with the SMRTbell Express Template Prep Kit 2.0 ( SRR24043419 ) without shearing or size selection (Pacific Biosciences), were used to join adjacent contigs using the de novo assembly tool in Geneious v. 8.1.8（15），导致20碳组装。
中风基因组的组装......
得到具有更长距离基因组信息的“细菌”，从而生成名为 Rnor3.1 [1] 的组装体。这产生了 128,000 个 N50 长度约为 38kb 的重叠群，它们被连接到 738 个超级细菌（N50 = 5.4Mb），这些超级细菌最终可以连接起来形成约 300 个更大的组装亚基。后续修订包括从雄性 SHR/Akr 大鼠中进行 Y 染色体测序，以补充用作 Rnor3.1 DNA 来源的两只雌性大鼠。通过引入额外的组装方法和序列数据，该基因组组装得到了逐步改进，一个显着的变化是纳入了单分子实时（SMRT）测序连续长读（CLR）数据（Pacific Biosciences），以增强 2014 年发布的 Rnor_6 版本中具有结构变异区域的组装。表 1 简要总结了这些组装体的属性。
无性异源多倍体根结线虫的分阶段染色体规模基因组组装揭示了复杂的亚基因组结构
我们展示了异源多倍体根结线虫Meloidogyne javanica的染色体级基因组组装。我们发现M . javanica基因组主要是异源多倍体，包含两个亚基因组A和B，最有可能起源于两个祖先亲本物种的杂交。使用全长非嵌合转录本、与参考数据库的比较和从头算预测技术对组装进行了注释，并使用祖先k聚体谱分析对亚基因组进行了分阶段。亚基因组B似乎显示染色体重叠群的分裂，虽然亚基因组之间存在大量同源性，但我们还确定了缺乏同源性的区域，这些区域可能在杂交之前或之后在祖先基因组中发生了分化。这种带注释和分阶段的基因组组装为了解这些全球重要植物病原体的起源和遗传学提供了重要资源。
2024年3月26日，星期二
摘要：蚊子（双翅目：Culicidae）是一个具有3600多种昆虫物种的世界性昆虫群，其中大多数是寄生虫，病毒和细菌的媒介。它们是许多病原体的重要全球识别向量。了解阿拉巴马州奥本的蚊子中病毒的多样性进行了一项关于收集的蚊子的病毒蛋白研究，我们提交了RNA Miseq分析。有79354626配对端序列，平均长度为35-150 bp，GC％45和PHRED分数36。生物信息学工作是在Galaxy平台上完成的。首先，使用Bowtie2工具映射序列，以绘制Culex Quinquesfasciatus的参考基因组（GCA_015732765.1）。然后，使用三位一体组装代表非摩斯奎特序列的未绘制读数，以生成重叠群，然后使用Megablast注释。最初的发现表明有大量的梅里达病毒序列。这项研究将证明在未表征的蚊子中可以发现的病毒多样性。
新的单倍型解析火鸡基因组，用于火鸡遗传学和基因组学研究
结果：通过采用三重分箱方法，我们能够利用长读技术和全基因组染色质相互作用数据 (Hi-C) 组装出高质量的染色体水平 F1 组装体和 2 个亲本单倍型组装体。从总共 40 条染色体 (2n = 80) 中，我们在单个支架中捕获了 35 条染色体，与旧的组装体相比，基因组完整性和连续性得到了很大的改善。这 3 个组装体的质量高于之前的草图质量组装体，与鸡组装体 (GRCg7) 相当，最大的重叠群 N50 (26.6 Mb) 和可比的 BUSCO 基因集完整性得分 (96-97%) 也显示出了这一点。比较分析证实了之前发现的 Z 染色体上约 19 Mbp 的大倒位，而其他鸡形目动物中没有发现这种倒位。已发现亲本单倍型之间的结构变异，这为育种提供了潜在的新目标基因。
大规模生产芽孢杆菌的大规模生产。在公司的制造安装中，agrosalgeiro
在自然界中越来越多的抗生素抗性菌株选择，寻找替代性抗菌策略的搜索变得越来越重要。肠球菌CUS粪cv167是本公告中突出的菌株，已经证明了对各种病原体的体外活性，包括金黄色葡萄球菌，表皮球菌，apisterpococcus agalactiae，链球菌，链球菌Uberis uberis uberis，coliica coli coli coli coli coli，使用斑点测定法（1）的抑制活性结果如图1。该细菌是从2022年2月在巴西米纳斯Gerais的Coronel Xavier Chaves的牛奶罐中存储在散装牛奶箱中的原始牛奶样品中分离出来的。用于细菌分离，将1 ml等分试样的牛奶样品串联在磷酸盐缓冲溶液（pH 6.2; Merck，德国）中串联稀释（10°至10°），并将100 µL铺在M17琼脂（美国Sigma-Aldrich，USA）上。在35°C下孵育48小时后，将分离的细菌菌落条纹划分到新鲜的M17琼脂上以进行纯化。分离株指定的CV167被识别为无氧化氢酶活性的革兰氏阳性球菌。然后使用苯酚 - 氯仿法提取细菌的DNA（2）。使用Nanodrop 1000 UV/VIS（Thermo Scientific，Massachusetts，EUA）评估了DNA数量和质量，并使用Illumina DNA Prep套件制备了测序文库。使用Illumina NextSeq 2000平台上的300 bp配对末端测序对DNA进行了测序，从而产生了1,169倍的序列深度。修剪过程导致仅删除1.37％的读数。确认fastQC 0.12.1（3）最初用于评估测序数据的质量，该质量总共产生了11,863,824读。这些读取使用三型0.39（4）进行修剪，并具有以下参数：尾随：10;领导：10;滑动窗口：4:20;最小长度为50 bp。使用黑桃3.15.4（5）进行简短读数的从头组装，将覆盖范围参数设置为“自动”，而K-Mers则将21、33、55、77、99和127。较短的重叠群从最终组装中排除了500 bp。使用Quast 5.2.0（6）评估组装质量。总共产生了61个重叠群，合并长度为2,736,418 bp，鸟嘌呤 - 环氨酸（GC）含量为37.93％，N50的N50为156,530。基因组完整性，揭示了杆菌类的完整性99.3％。
![常见问题全基因组_DRAFT2_FALL24 [40] [57]](/simg/g:\will\search\icon\source\e\e3ca71b52bb60e2bb34acdbd92a26ca566ece31e.webp)
常见问题全基因组_DRAFT2_FALL24 [40] [57]
A1。整个基因组测序（WGS）仅一次是对生物体的整个基因组的测序[1]。目的可能是确定先前未序列物种的基因组序列，以扩展进化生物学研究或寻找相似样品之间的差异，例如确定可能导致癌细胞和正常组织细胞之间表型差异的序列变化。几乎任何类型的细胞都可以成为WGS的DNA来源，包括人，小鼠，水母和细菌。请注意，在接受NISC之前，必须同意WGS的DNA样品进行测序。最常见的是，WGS数据与合适的参考顺序排列进行分析。或者，序列读取可以是从头组装的，尽管不完全，因为没有合适的支架，闪光读取的短长度会产生许多比层小的重叠群，比派生的染色体小。结合了很长的读数，例如来自PACBIO的序列数据，可以大大改善组件的连续性，并可以为细菌生成完整的成品基因组。Q2。 WGS在NISC上的表现如何？Q2。WGS在NISC上的表现如何？
面包小麦的野生相对timopheevii
小麦（Triticum aestivum）是最重要的食品作物之一，迫切需要增加其生产以养活不断增长的世界。triticum timopheevii（2n = 4x = 28）是一种同种二磷酸小麦野生物种，其中包含许多在小麦改善的预育前期计划中被利用的A T和G基因组。在这项研究中，我们报告了基于PACBIO HIFI读取和染色体构象捕获（HI-C）的T。Imopheevii登录PI 94760的染色体规模参考基因组组装。组件包含9.35 GB的总尺寸，其重叠群为42.4 MB，并包括线粒体和质体基因组序列。基因组注释预测了166,325个基因模型，其中包括70,365个基因，具有高置信度。DNA甲基化分析表明，G基因组的平均甲基化碱基比A T基因组更多。总而言之，T。timopheevii基因组组装为基因组知情发现农艺安全基因的粮食安全基因提供了宝贵的资源。
氟康唑抗性的解脂耶氏酵母临床分离株 CBS 18115 的基因组序列草图
arrowia lipolytica 属于子囊菌门、酿酒菌亚门和双足菌科 (1)。除了工业用途 (2) 之外，Y. lipolytica 还广泛存在于食品、环境和动物中 (1)。由于其能够在 32°C 以上不稳定地生长，因此通常认为该菌种可安全用于工业用途 (1)。Yarrowia lipolytica 是一种机会性病原体，可引起侵袭性念珠菌病 (3)。在体外，该菌种被认为对氟康唑敏感 (4)。第一个 Y. lipolytica 基因组 (CLIB122) 于 2004 年发布 (5)。我们报告了对氟康唑有抗性的 Y. lipolytica 临床分离株的基因组草图，该分离株是从溃疡性结肠炎手术后的血培养中采集的。有趣的是，尽管之前曾接触过唑类药物，但使用梯度浓度试纸法（Etest；bioMérieux），该菌株的氟康唑 MIC 为 0.256 mg/mL。患者成功地用卡泊芬净治疗。该菌株在 35°C 的显色琼脂平板（CAN2；bioMérieux）上生长，并使用 Vitek 基质辅助激光解吸电离 - 飞行时间质谱 (MALDI-TOF MS) 仪器（bioMérieux）进行鉴定。在溶菌酶细胞壁消化后，使用 QIAmp DNA minikit（Qiagen）提取基因组 DNA。使用 Illumina DNA 制备标记试剂盒（Illumina）构建文库。简而言之，使用珠状转座子技术和集成 DNA 技术 (IDT) 的 Illumina DNA/RNA 独特双重 (UD) 索引集将 30 ng 总 DNA 片段化并进行索引。使用 Qubit 高灵敏度试剂盒 (Thermo Fisher Scienti ) 对文库进行扩增、纯化和定量。最后，将 9 pM 汇集和变性文库放入 2 250-bp v2 试剂盒 (Illumina) 中，并使用 MiSeq 仪器 (Illumina) 进行测序。使用 CLC Genomics Workbench v22.0 (Qiagen) 中的 Trim Reads v2.5 和 De Novo Assembly v1.5 工具对原始读取进行修剪、组装成重叠群并进行搭建。使用覆盖率与长度图丢弃覆盖率为 , 10 且长度为 , 500 bp 的重叠群 (6)。使用 QUAST v5.0.2 对最终的 scaffold 集进行质量分析 (7)。总基因组大小为 20,255,408 bp，分布在 521 个 scaffold 上（覆盖率为 100 ），N 50 值为 105 kbp（最长 scaffold，397 kbp），GC 含量为 49.03%。AUGUSTUS v3.4.0 (8) 使用白色念珠菌训练数据集预测了 6,151 个蛋白质编码基因，使用 tRNAscan-SE 2.0 检测到了 484 个 tRNA 基因 (9)。使用 BUSCO v5.3.2 和 saccharomycetes_odb10 谱系数据集 (10) 估计基因组完整性为 95.3%。平均核苷酸同一性 (ANI) 计算
无色杆菌属细菌的全基因组测序揭示了其外来化合物生物降解的潜力
摘要：从自然环境中分离新的细菌菌株可以检测出具有潜在实际意义的微生物。可以使用经典的微生物学和分子生物学方法来表征此类微生物。目前，对新发现的微生物的研究基于测序技术。全基因组测序可以提供有关菌株来源、分类地位和表型特征的信息。这项研究是使用从玉米作物根际分离的细菌无色杆菌属 77Bb1 进行的。使用 Illumina 2 × 150 nt 技术对细菌基因组进行测序。使用生物信息学方法分析获得的序列，得到 57 个重叠群和包含 6,651,432 nt 的基因组。基于 16S rRNA 基因序列的系统发育分析使所分析的细菌能够归属为无色杆菌属。获得的基因组包含 4855 种具有功能分配的蛋白质基因。其中一些基因与外来生物的生物降解和代谢有关。在分析的基因组中发现了所有用于氨基苯甲酸降解的基因以及几乎所有用于苯甲酸和苯乙烯降解的基因，这表明分离的菌株具有用于天然生物修复方法的潜力。