多样性多样性意味着变化。大型(艺术)多样性意味着丰富。通常,巨大的遗传多样性意味着人群中有许多动物,但也可能表明种群彼此混合在一起。在猛mm象死亡之前,人们可能会看到遗传多样性的急剧下降。
2021 年 6 月,四家知名的非洲律师事务所合并,成立了一家名为 ADNA 的综合性律师事务所,其中包括 Bourabiat Associés(阿尔及利亚)、EMIRE Partners(科特迪瓦)、SD Avocats(几内亚)和 BFR & Associés(摩洛哥)。ADNA 还是屡获殊荣的非洲法律网络 (ALN) 的成员,该网络为英语非洲和法语非洲之间架起了一座桥梁。ALN 在非洲的司法管辖区覆盖范围不断扩大,且覆盖范围不断扩大。
在两个个体之间共享的长DNA序列,称为下降(IBD)段相同,是识别亲密和遥远的生物学关系的强大信号,因为它们仅在两人共享一个最近的共同祖先时才会出现。由于通常较低的覆盖率和高基因分型错误率,因此无法直接应用于当今基因组之间的IBD段的现有方法。我们提出了ANCIBD,这是一种识别作为Python软件包实现的人类ADNA数据的IBD段的方法。我们的方法基于一个隐藏的马尔可夫模型,该模型使用基于现代参考物质变化的现代参考面板估算的输入基因型概率。通过模拟和下采样实验,我们证明了ANCIBD可牢固地识别IBD段的时间超过8厘米的aDNA数据,其中至少为0.25倍平均平均全基因组测序(WGS)覆盖率(WGS)覆盖率至少为1倍,或至少1倍的平均富集实验,以实现大量使用ADNA SNP'1240'1240。此应用程序范围使我们能够筛选IBD段的ADNA记录的很大一部分,并展示了两个下游应用程序。首先,我们利用以下事实:预计生物亲戚将共享多个长期IBD段,我们确定了10,156个古欧亚的个人之间的亲戚,并记录了长途迁移的证据,例如,通过确定一对约1410公里的五级亲戚,在中部中部是Asia中的1410公里。第二,通过应用ANCIBD,我们揭示了从5000年前开始与草原牧民有关的血统传播到欧洲的新细节。我们发现,中部和北欧的第一批人都携带大量的草原 - 经济学,与有线的商品文化相关,与长IBD(12-25厘米)的高速率与庞蒂式 - caspian steppe的Yamnaya牧民共享,这是一个强烈的瓶颈和近来的生物学连接,这是一定的生物学连接 - 饰有绳索的人。我们还检测到有绳的人与与球状两栖培养物(GAC)和乌克兰相关的人之间长长的IBD段的共享,这些人是尚未携带类似草原的血统的铜时代农民。这些IBD链接在我们的分析中出现在所有有线的商品组中,这表明与GAC背景有关的个人必须在遗传混合物的早期产生重大的人口影响,从而导致欧洲各种有线的Ware群体。这些结果表明,检测ADNA中的IBD段可以在小规模上产生新的见解,这与了解人们的生活故事以及与大规模文化历史事件有关的宏观相关。
生态系统对气候变化的反应很复杂。为了预测生态系统动力学,我们需要有关过去物种丰度变化的高质量数据,这些数据可以为基于过程的模型提供信息。沉积古代DNA(SED ADNA)已彻底改变了我们记录过去Ecosyss-Tems动态的能力。与微化石(花粉,孢子)相比,它提供了增加分类学分辨率的时间序列,并且通常可以提供物种水平的信息,尤其是对于过去的血管植物和哺乳动物丰度。时间序列的信息比当代空间分布信息更丰富,这些信息传统上被用来训练模型来预测生物多样性和生态系统对气候变化的反应。在这里,我们概述了SED ADNA对预测生态系统变化的潜在贡献。我们展示了如何量化生物系统动力学中生物相互作用的效果的物种级时序列,并在可用的地点密集网络可用时用于估计分散率。通过结合古时间系列,基于过程的模型和逆模型,我们可以恢复生态系统动力学基础的生物和非生物过程,这些过程传统上非常具有挑战性。由SED ADNA告知的动态模型可以进一步用于推断超出当前动态,并提供对未来气候变化的生态系统响应的强大预测。本文是主题问题的一部分,“生态新颖性和行星管理:转化生物圈中的生物多样性动态”。
Malcolm H. Wiener考古科学实验室正在提供长达一周的密集课程,向参与者介绍古代DNA(ADNA)研究中的方法和应用。来自考古学,德国大学考古学和古遗传学研究所的玛丽亚·A·斯皮洛(Maria A.此外,还将包括受邀演讲者的讲座:Viviane Slon博士(以色列特拉维夫大学),托马斯·布斯(Thomas Booth)博士(英国克里克学院),Thiseas lamnidis(MPI-Eva)和Christina Margariti博士和Panagiotis Christodoulou(Cruitting of Culturet of Culturet,Greece,Greece)。
科学和编辑委员会 /科学委员会和编辑委员会成员Savic-RadovanovićRadoslava-SerbiaMarijaCajić-Serbia Polonocatrebšetrebše-Slovenia danijeladanijela danijela danijelice至kovićKovićKovič-Serbiaaidalugušić--bosnia和Herzegovina Zarmaobradović-波斯尼亚和黑塞哥维那Alisa Tiro-Bosnia和Herzegovina vildana vildanadžemidžić-波斯尼亚和Herzegovina Enida enida Member-Kudra-Bosnia- kudra- bosnia-贾德里奇 - 波斯尼亚和黑塞哥维那Husein Ohran- Bosnia and Herzegovina Saida Ibragić- Bosnia and Herzegovina Azra Prcanovic- Bosnia and Herzegovina Lejla Drinčić- Bosnia and Herzegovina Adna Kumro-Bosnia and Herzegovina Technical Committee / Technical Committee President / Chairwoman Indira Mujić-Jahić- Bosnia and黑塞哥维那 div>
&!ƒպOLR-ubvom o = 1ou-ѵadna带有现有的cropoporids显示了古代样品中Acropora Palmata血统的占主导地位。(a)PCANGSD-构造的PCA显示了与现代物种簇相对于现代物种簇的位置。古老的样品(绿色三角形)小组与A. Palmata最接近。(b)基于投影的PCA结构在定性上产生了相似的结果。大约要点代表通过染色体夹克计算出的PC坐标不确定性。(c)ngsadmix图显示了具有k = 2的不同基团的祖先(k = 3,请参见图S4)。每个水平条代表一个来自标记人群的人。X轴标签显示在混合分析之前将每个样品分配给形态学上的种群。彩色条代表每组祖先的比例。[可以在wileyonlinelibrary.com上查看颜色图]
摘要在过去的十年中从古代样品中获得的序列数据量大大扩展,因此现在可以使用古代DNA解决的问题类型。在人类历史领域,虽然古代DNA为有关人的主要运动的长期辩论提供了答案,但它最近也开始为人类经验的其他重要方面提供信息。该领域现在主要从主要固定大规模上区域研究转变为还采用更本地的观点,阐明了社会经济过程,遗产规则,婚姻实践和技术扩散。在这篇综述中,我们总结了最近的研究,展示了这些类型的见解,重点是用于推断人类行为的社会文化方面的方法。这通常涉及跨学科的工作,直到最近才发展为分离。我们认为,多学科对话对于对人类历史的更融合和更丰富的重建至关重要,因为它可以产生有关过去社会,生殖行为甚至生活方式习惯的非凡见解,而这些习惯也无法获得其他可能获得。引言近年来,考古学领域为古代迁移的时机和组成以及它们如何塑造当今的人类多样性1-3提供了新的启示。多亏了提取和测序古代DNA(ADNA)方法的爆炸性改进,可用的古代基因组的数量从十年前的不到5年就增加到了3,000多个。在世纪之交,ADNA提取技术的改进提高了前景生物信息学和种群遗传推断的进一步改善也有助于从这些基因组中提取宝贵的信息,包括人口增长和收缩的模式,远距离相关组之间的杂交以及在表型重要的基因座上运行的自然选择的证据4,5。古代DNA还为考古学上的长期辩论提供了信息,包括“ Demic” 6-8的作用与“文化”扩散9在技术传播中的作用。在1970年代和1980年代,分子研究和统计迁移模型的出现重点是人口运动作为技术扩张的驱动力,例如农业的传播10。相比之下,许多考古学家倾向于极大地减少如果不简单地否认过去迁移的存在和影响11。
这项研究采用纳米颗粒亲和力珠技术来分离石油的DNA。研究确定了来自石油提取物(PDNA)的3,159,020个DNA序列,主要来自环境DNA(EDNA)。这项研究表明,石油如何通过与周围环境的分子交流捕获大量的埃德纳,包括古代(paedna)和更近代的碎片(predna)。建立了一种学术上严格的“大型筛查方法”来识别这些碎片,揭示了最原始的原位DNA(Oridna)的显着损失。有趣的是,Paedna的持久性提供了超过传统化石的宝贵生态和进化见解。石油被认为是新发现的化石,它通过发现海洋物种,祖先鸟类和未分类的古代人类种类的古老存在,揭示了地球的隐藏历史。此外,该研究还阐明了当地灭绝的动物的轨道,包括牛,火鸡和猕猴桃鸟。值得注意的是,这些古老的DNA(ADNA)片段不显示
fi g u r e 3在映射的分类法分配的鱼类化石的绘图读物中损坏。(a)胞质脱氨基的事后损害沿映射的测序读数不均匀地分布。在参考为c的读取中t的组合分数和a引用为g的a在映射的读取中的位置绘制了从3'端计数或5'端计数。由于这种化学改变在单链的悬垂中尤为普遍,因此明显的c> t和g>的相对丰度在读取末端的变化表明了真实的古代DNA。连接每个图的左右部分的虚线仅用于说明目的。(b)单个样品中单链悬垂(δs)中脱氨基的细胞固体的比例,以及在陆地环境下24°C环境温度在24°C环境温度下按样品年龄的预期δs模型。(c)读取针对其各自的核参考基因组的分类学样本映射的长度分布。超过最大读取长度的插入物中的人工峰通过忽略最后3 bp箱中的计数而省略了。读取长度很短,而对于aDNA也是如此。面板B中的传说适用于所有面板。ci,置信区间; nt,核苷酸。