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天蓝色链霉菌中的 ARC2 反应：遗传和……
图 1.1. 天蓝色链霉菌线性基因组的表示。 ........................................................................... 2 图 1.2. 天蓝色链霉菌的发育生命周期 .............................................................................. 4 图 1.3. 来自链霉菌的抗生素的主要发现和日期。 ...................................................................... 11 图 1.4. 放线菌紫红素的生物合成。 ............................................................................................. 15 图 1.5. 普罗地金胺的生物合成。 ............................................................................................. 18 图 1.6. 参与调节天蓝色链霉菌次级代谢的双组分系统。 ............................................................................................. 22 图 1.7. 参与调节天蓝色链霉菌次级代谢的单组分和多组分系统。 ............................................................................................. 26 图 1.8. 激活次级代谢产物产生的遗传策略。 ............................................................................................. 31 图 1.9.激活次级代谢产物产生的合成策略。................................................................................................................ 33 图 1.10. 激活次级代谢产物产生的生态策略。...................................................................................................... 36 图 1.11. 激活次级代谢产物产生的化学策略。...................................................................................................... 38 图 2.1. ARC2 系列抑制脂肪酸生物合成途径中的 FabI (Craney 等，2012)。............................................................................................................................................. 43 图 2.2. ARC2 全面改变天蓝色链霉菌 M145 中的基因表达。............................................................................................. 45 图 3.1. 天蓝色链霉菌中涉及 AfsK/R/S 的信号转导途径的当前模型............................................................................................. 88 图 3.2. 响应 ARC2，P afsS - lux 和 P actII-ORF4 - lux 活性增加。 .................. 89 图 3.3. D afsR 和 D afsS 中的放线菌紫素生成受到影响 .............................................. 90 图 3.4. D afsK 中的放线菌紫素生成不受影响 ........................................................ 90 图 3.5. D afsR 和 D afsS 中的 ARC2 反应受到影响 ............................................................. 92 图 3.6. D afsK 中的 ARC2 反应不受影响 ............................................................................. 93 图 4.1. 天蓝色链霉菌基因组上的 afsK 、 afsR 和 afsS 基因的组织以及 AfsS 蛋白序列。 ............................................................................................................. 99 图 4.2. AfsS 是一种具有三个序列重复的保守蛋白。 ............................................................................. 100 图 4.3.AfsS 被预测为一种高度无序的蛋白质。 ........................................................................................... 101 图 4.4. AfsS 序列重复中的点突变损害了基础的放线菌素产生。 ......................................................................................................................... 102 图 4.5. D afsS[ermE *: afsS D31A ] 中的 ARC2 反应受到损害。 ............................................................................. 103 图 A1.1. 小家鼠 PkA 和结核分枝杆菌 PknB 的催化激酶结构域的一级序列比对 . ................................................................................................ 156 图 A1.2. 天蓝色链霉菌 M600 D SCO3820::apr 中的 ARC2 反应受到损害。 ......................................................................................................................... 160 图 A1.3. SCO6219 催化激酶结构域与天蓝色链霉菌的丝氨酸/苏氨酸激酶没有高度同源性。 ........................................................................................... 162 图 A1.4. AfsK、PkaG 和 SCO6219 中的蛋白质结构域预测摘要。 ............................................................................................. 167 图 A1.5. SCO3820 的缺失呈现天蓝色链霉菌 M145 的两种不同表型。 ........................................................................................................................... 168 图 A2.1. 委内瑞拉链霉菌基因组上的 afsR 和 afsS 直系同源物以及 AfsS Sv 蛋白序列的组织。 ........................................................................................... 183 图 A2.2. AfsS Sv 样蛋白在链霉菌中是保守的。 ........................................................................... 185 图 A2.3. AfsS Sv 被预测为一种无序蛋白质。................................................................ 186AfsK、PkaG 和 SCO6219 中的蛋白质结构域预测摘要。 ...................................................................................................................................... 167 图 A1.5. SCO3820 的缺失呈现了天蓝色链霉菌 M145 的两种不同表型。 ............................................................................................................................................. 168 图 A2.1. 委内瑞拉链霉菌基因组上的 afsR 和 afsS 直系同源物的组织以及 AfsS Sv 蛋白序列。 ............................................................................................................. 183 图 A2.2. AfsS Sv 样蛋白在链霉菌中是保守的。 ............................................................................................. 185 图 A2.3. AfsS Sv 被预测为无序蛋白。 ............................................................................................................. 186AfsK、PkaG 和 SCO6219 中的蛋白质结构域预测摘要。 ...................................................................................................................................... 167 图 A1.5. SCO3820 的缺失呈现了天蓝色链霉菌 M145 的两种不同表型。 ............................................................................................................................................. 168 图 A2.1. 委内瑞拉链霉菌基因组上的 afsR 和 afsS 直系同源物的组织以及 AfsS Sv 蛋白序列。 ............................................................................................................. 183 图 A2.2. AfsS Sv 样蛋白在链霉菌中是保守的。 ............................................................................................. 185 图 A2.3. AfsS Sv 被预测为无序蛋白。 ............................................................................................................. 186