XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemARFS
arf：对抗随机森林
描述对抗随机森林（ARFS）将数据递归分配到完全分解的叶子中，其中特征是共同独立的。该过程是迭代的，具有交替的发电和歧视。数据在每一轮中都变得越来越现实，直到无法可靠地区分原始和合成样品为止。这对于几个无监督的学习任务（例如密度估计和数据综合）很有用。两者的方法都在此软件包中实现。ARF自然处理混合连续和分类协变量的非结构化数据。他们继承了随机森林的许多好处，包括速度，灵活性和稳定的性能和默认参数。有关详细信息，请参见Watson等。（2023）。
尺度 - 生成合理
反事实解释通过指出将导致替代性，期望的结果的方案来阐明算法决策。深入了解模型的行为，他们暗示用户采取可能的行动，并为决策提供理由。作为实现这些目标的关键因素，反事实必须是合理的，即描述数据歧管中现实的替代方案。本文利用了最近开发的生成建模技术 - 对抗随机森林（ARFS） - 以模型 - 不合Snostic的方式有效地产生了合理的反事实。ARF可以用作合理性措施或直接产生反事实解释。我们的基于ARF的方法超过了旨在产生合理的反事实解释的现有方法的局限性：易于训练和计算高效，自然而然地处理连续和分类数据，并允许以直接的方式整合诸如稀疏之类的其他DeSiderata。
ETTIN-生长素直接相互作用控制雌蕊发育过程中染色质的状态
摘要动物体内的激素信号传导通常涉及直接转录因子-激素相互作用，从而调节基因表达。相比之下，植物激素信号传导最常见的是基于通过转录阻遏物的降解来解除阻遏。最近，我们发现了一种植物激素生长素的非典型信号传导机制，其中生长素直接影响非典型生长素反应因子 (ARF) ETTIN 对靶基因的活性，而无需蛋白质降解。在这里，我们表明 ETTIN 直接结合生长素，导致与 TOPLESS/TOPLESS-RELATED 家族的辅阻遏蛋白分离，随后组蛋白乙酰化并诱导基因表达。这种机制让人想起动物激素信号传导，因为它影响对靶基因的调节活性，并提供了植物中 DNA 结合激素受体的第一个例子。虽然生长素通过促进 Aux/IAA 阻遏物的降解间接影响典型的 ARF，但 ETTIN-生长素直接相互作用允许以可立即逆转的方式在抑制和去抑制染色质状态之间切换。
博士学位学生：发现主机的决定因素...
病毒及其宿主的免疫系统之间存在着至高无上的进化武器竞赛。病毒依靠细胞资源和机械复制，细胞通过识别和阻断感染来捍卫自己免受病毒的侵害。因此，病毒不断发展新的策略（i），以颠覆细胞生物合成机制，以支持病毒复制，而（ii）逃脱了宿主细胞的抗病毒防御措施，而宿主反过来又反复发展以克服其抗病毒防御剂的病毒拮抗作用。哺乳动物配备了一个复杂的免疫系统，该系统通过专业免疫细胞的作用来识别并安装抗病毒免疫反应的作用，及其详细研究的过程。然而，还有另一层在细胞内发挥作用的免疫力，新感染的细胞试图在病毒接管细胞生物合成机械之前试图识别和流产感染。我们在细胞水平上研究了这些早期的病毒宿主相互作用。痘病毒感染了广泛的无脊椎动物和脊椎动物。人类痘病毒包括现已升级的天花病毒和重要的新兴病原体MPOX病毒。Capripoxviruses仅感染反刍动物，并在牲畜中引起物种特异性疾病，具有巨大的社会经济影响。有三种capripoxviruse：Sheeppox（SPPV）和山羊和山羊疾病，以及肿块的皮肤病病毒（LSDV），这些病毒（LSDV）感染并引起牛的疾病。例如，我们发现痘病毒蛋白模仿细胞lsdv是一种通知的病原体，其地理分布在过去几十年中一直在扩展，从而影响了粮食安全，生计和动物贸易，尤其是在非洲和亚洲受影响的发展中国家。目前针对LSDV的可用疫苗的安全性较差，但是缺乏有关病毒生物学的知识阻碍了更安全的疫苗的发展。对控制Capripoxviruses宿主偏好的分子机制知之甚少。我们假设特定的病毒蛋白通过颠覆细胞功能和（或）拮抗宿主免疫，从而增加了来自同源与非同类宿主物种的细胞中病毒复制适应性，从而增加了宿主特异性。我们以前的工作表征了痘病毒蛋白可以结合宿主细胞酶以降解感染细胞内的特定蛋白质的机制（Gao等，2019），以及它们如何诱导靶向蛋白质降解以除去特定的宿主抗病毒蛋白称为抗病毒限制因素（Arfs）（Arfs）（Soday等）。令我们惊讶的是，降解的ARF之一是TRIM5α，它以其限制HIV-1感染的活性而闻名，但我们发现TRIM5α也抑制痘病毒（Zhao等，2023）。靶向宿主蛋白以降解，痘病毒还演变为直接抑制其功能。
全基因组鉴定和生物信息学分析高蓝莓
摘要：生长素反应因子（ARFS）是调节生长素期反应基因表达的转录因子家族。在这里，我们对四倍体蓝莓（vocinium corymbosum cv。“ draper”）基因组序列。物理和化学特性，系统发育进化，基因结构，保守基序，染色体位置以及蓝莓ARF基因的顺式作用元素。在其基因组中发现了总共70个蓝莓ARF基因（VCARF），可以分为六个亚家族。VCARF基因在40个染色体上分布不均匀，并观察到编码长度从162到1117氨基酸的蛋白质序列。其外显子数量从2到22。VCARF启动子区域包含与光信号传导，有氧代谢，植物激素，压力和细胞周期调节相关的多个功能域。在蓝莓中发现的VCARF基因的家庭成员多于以前研究的植物，这可能是由于全基因组复制和/或串联复制的发生。vCARF表达模式，并观察到VCARF3，VCARF4，VCARF14，VCARF37和VCARF52都起着重要作用。vcarf3和vcarf4似乎充当阻遏物，而VCARF14则是公司和软质量品种之间果实差异的重要因素。
甘薯ARF转录因子基因家族的全基因组鉴定及其表达分析
摘要：生长素反应因子（ARF）是一类转录因子，通过与生长素反应元件结合在生长素调控中发挥重要作用。ARF 基因在植物中是一个大的多基因家族，但据我们所知，ARF 基因家族在红薯中尚未得到深入研究和表征。本研究在红薯中共鉴定出 25 个 ARF 基因。利用不同的生物信息学工具系统地研究了鉴定出的 ItrARF 基因的保守基序、染色体位置、系统发育关系和蛋白质特征。分析了 ItfARF 基因在发育早期储存根和正常根中的表达模式。ItfARF16b 和 ItfARF16c 均在储存根中高表达，在正常根中表达量极小或不表达。ItfARF6a 和 ItfARF10a 在正常根中表达量较高，但在储存根中表达量不高。随后，ItfARF1a、ItfARF2b、ItfARF3a、ItfARF6b、ItfARF8a、ItfARF8b 和 ItfARF10b 在两种根类型中均有表达，每种表达量为中等至高水平。这十个 ARF 基因及其突出的表达表明它们在每种根类型发育中的重要性。这项研究提供了有关红薯中 ARF 家族的全面信息，这将有助于未来研究进一步验证这些 ItfARF 基因的功能。
双胶抗抗苯纤维纤维及其与其他纤维的比较
摘要：无标签和多光子微观镜检查可以通过在癌症等疾病中提供诊断成像和手术治疗的原位工具来改变临床组织病理学。基于多光子成像的微观内镜装置的关键是光纤，用于无失真，有效地递送超短激光脉冲到样品和有效的信号收集。在这项工作中，我们研究了新的空心核心（充气）双层抗谐振纤维（DC-ARF）作为多光子微观内镜的高性能候选者。我们将DC-ARF的纤维特性与单层抗谐振纤维（SC-ARF）和固体芯纤维（SCF）进行比较。在这项工作中，而DC-ARF和SC-ARF启用低损失（<0.2 dbm-1），接近无散的激发脉冲输送（<10％脉冲宽度<10％脉冲宽度在900 nm / 1 m纤维中的脉冲宽度增加，而没有任何诱导的非线性，则在光谱宽宽和脉冲范围内导致ESCF（ecf）在> 2000 persthing> 2000 persth>> 2000 pers persth> 2000 pers ecf ins ecf ins ecf中，> 2000 e>> 2000 ex ex>> 2000 n 00 perss ef pers pers>> 2000 e;理想的光纤内窥镜需要长几米，并且应该通过纤维进行激发和收集。因此，我们在后散射的几何形状中对内窥镜兼容的1 m和3 m长度的纤维长度进行了多光子成像，其中直接收集了信号（未散布的检测）或通过纤维（降压检测）收集信号。第二次谐波图像是从钛酸钡晶体以及生物样品（小鼠尾部）中收集的。在非划定的检测条件下，ARF在图像的信噪比方面最多优于SCF 10次。显着，仅由于DC-ARF的高数值孔径（Na）为0.45和广泛的带宽（> 1 µm），才能在脱扫描的检测构型中提供图像，以进行内窥镜检查。因此，我们在不同图像收集配置下对不同光纤的系统表征和比较，确认并确定了DC-ARF的实用性，用于基于无标签的基于无标记的多光子成像。