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对复杂气候风险的预警与综合性Arti ...
111图2：Isala观察性研究中的性交和伙伴关系对阴道微生物组的影响（n = 3,043 112名参与者，其中439名最近发生了性交）。面板从左到右：（a）对β多样性的影响（即样品之间的多样性113），（b）对α多样性的影响（即样品中的多样性），以及（c）对特定细菌的相对丰度114的影响。每个细胞中的数量是指差分丰度方法的数量，对给定的分类单元显示115个显着效果。分类单元效应大小来自Maaslin2。（d）阴道样品和内衣样品之间ASV 116的Genedoe差异丰度，以及在阴道和内衣样品中分别在阴道和内衣样品中分别进行性交（比较第1、3、4、5和7天，第2天和第6天）。单元格中的数量表示统计方法118（Maaslin2，limma和CLR转换丰度上的线性回归）的数量，标称P值为119显着（p <0.05）。所示的效果大小来自Maaslin2。（E）在7天内阴道样品中潜在的120个驱动型分类群的中心对比比率转化（CLR）。peptoniphilus ASV1，葡萄球菌ASV1和链球菌ASV4（分别为右，左和121个中间面板）。122
打破Metabarcoding中的生物信息学瓶颈
fi g u r e 2多价协议的品种。仅通过组合在此处可视化的双向品种来可视化仅可视化双向算法协议，三向和四向算法协议测试也可以进行。（a）分配和聚类算法之间的协议。显示了三个群集，其中每个等级的组件ASV的比例分配给每个分类单元，而大型蓝色圆圈中的分类学分配代表了所有组件ASV收到的分类。例如，cluster1包含三个ASV，均分配给了节肢动物和玛拉科斯特拉卡类，但它们被分配给不同的顺序（decapoda和euphausiaceae）。因此，一种保守的方法是将群集分配给Malacostraca级，但在较低的排名中将其分配得不明。（b）聚类算法之间的一致性。显示了两个替代聚类输出（红色和蓝色椭圆形，包含由黑条表示的ASV）。例如，蓝色cluster1包含两个红色簇，每个簇包含三个和四个ASV。在这种情况下，聚类算法之间的一致性和分歧提供了其他信息，以询问特定感兴趣的特定簇之间的内部结构或潜在关系。（c）分配方法之间的协议。显示了两个ASV，每个ASV都从IDTAXA和BLAST接收分配。ASV1在较低的等级（家庭和属）中获得不同的作业，而ASV2在所有等级中都从两种算法中接收相同的作业。因此，一种保守的方法将把ASV1分配给Charchariniformes的订单，但在较低的等级中将其分配给了。