单位V.氮代谢:硝化和反硝化,硝酸盐同化,生物氮固定,氨基酸的生物合成 - 还原动画和透射,蛋白质合成,氨基酸的分类,氨基酸和蛋白质,蛋白质,蛋白质和蛋白质,
摘要:可以在单氨基酸分辨率下准确测序肽的可扩展方法可以显着提高蛋白质组学研究。我们提出了一种基于肽序列信息的“反翻译”到DNA条形码中的蛋白质测序方法,该方法记录了每个氨基酸的身份,位置和起源肽。我们采用了修改后的EDMAN降解过程,该过程将肽转化为DNA-Barcoded氨基酸,随后通过接近扩展测定法检测到,产生了可以放大和测序的多键型DNA输出。使用我们的方法,我们测序了模型肽中多个连续的氨基酸。此方法还可以使单个氨基酸取代的区分,并同时鉴定翻译后修饰及其在多种肽中的位置。随着进一步的发展,我们预计该方法将使从单分子灵敏度具有高度平行的从头蛋白测序。
学习者应该能够绘制氨基酸的一般公式,并识别氨基(碱性),羧基(酸性)和R(可变)组。蛋白质是氨基酸的聚合物,其中有二十种类型的蛋白质在蛋白质中编码,而R组则不同。学习者不会回想起氨基酸的名称,但可以预期将它们识别为结构公式和显示R组的合适表。学习者应能够鉴定蛋白质结构各种水平的R组之间的肽,二硫化物,离子,氢键和疏水相互作用。学习者应熟悉表示蛋白质结构的不同方法,包括色带图和识别分子区域为具有主要结构的区域,例如氨基酸的序列,二级结构,例如α螺旋,β褶皱的床单,三级结构,例如多肽链和第四纪结构的进一步折叠是一个以上粘合在一起的多肽链。蛋白质内的键合影响分子的三维结构,因此影响其在细胞和生物中的功能,例如纤维蛋白(例如角蛋白) - 结构功能和球形蛋白(例如酶) - 代谢功能。
氮源氮是氨基酸和核酸的合成所需的。取决于生物体,氮,硝酸盐,氨或有机氮化合物作为氮来源。从添加到培养基生长因子(细菌维生素)的水中提供的氢和氧生长因子是有机化合物,例如氨基酸,嘌呤,嘧啶和维生素,细胞必须具有生长,但不能合成自身。矿物1。需要硫硫来合成含硫的氨基酸和某些维生素。2。磷磷是需要合成磷脂,核酸和辅酶的。3。跟踪元素
这种情况是由TTR基因中的突变引起的,该突变导致产生称为Val122ile的异常(“变体”)TTR蛋白,有时称为V122i。突变是DNA序列的永久变化,构成了体内所有细胞中的基因。DNA的作用像蓝图或配方,用于构建组成身体的蛋白质。蛋白质由氨基酸的细胞组成,以精确的顺序组装。DNA确定氨基酸组装的顺序。在患有Val122ile突变的人中,称为瓣膜的氨基酸被TTR分子中的位置为122的氨基酸代替。因此,体内产生的每个TTR分子与正常的“野生型” TTR略有不同。与正常的“野生型” TTR相比,这种不同的“变体” TTR具有更大的淀粉样蛋白生成性,这意味着它具有更大的形成淀粉样蛋白原纤维的趋势,它们沉积在心脏组织中,导致心脏僵硬,有时会导致腕部,从而导致腕隧道综合征。
作为氮酶。ATP的16个分子(ATP =三磷酸腺苷,一种能量存储化合物)代表BNF反应发生所需的能量。形成氨(NH 3),它被转化为氨基酸,例如谷氨酰胺。氨基酸中的氮可以用于植物合成蛋白质的生长和发育。
这个问题为我们提供了以下DNA胶带上的碱基序列:AAT-CAA-AGA-TTT-CCG,并询问最多可能从该片段形成的蛋白质可能有多少氨基酸。要这样做,必须知道,在翻译中,每组三个称为密码子的核苷酸首先对应于氨基酸。取决于密码子中这些核苷酸的组合和顺序,它将对应于不同的氨基酸。如果在给定序列中我们有5个三重核苷酸,则最多可能有5个氨基酸。ie,我们可以消除替代方案A(15)和B(10)。 为了能够消除替代方案d(3)和E(1),我们需要将DNA片段抄录到mRNA中,看看是否没有生成的密码子是终止密码子,这使得翻译停止并且不添加其他氨基酸。 成绩单将是这种方式:ie,我们可以消除替代方案A(15)和B(10)。为了能够消除替代方案d(3)和E(1),我们需要将DNA片段抄录到mRNA中,看看是否没有生成的密码子是终止密码子,这使得翻译停止并且不添加其他氨基酸。成绩单将是这种方式:
细胞利用核糖体化学,通过翻译遗传密码组装 α-氨基酸构件,生成序列定义的蛋白质。目前,人们对操纵这种化学反应以从非 L-α-氨基酸生产序列定义的化学聚合物非常感兴趣,从而实现新的骨架和聚合化学。虽然大肠杆菌核糖体在体外耐受某些非 L-α-氨基酸,但关于结构见解和有效形成键所需的边界条件的知识很少。美国国家科学基金会遗传编码材料中心 (CHE-2002182) 的 Zoe Watson 博士及其同事使用基于元动力学的计算方法来了解非 L-α-氨基酸如何适应核糖体活性位点。他们发现,反应性单体倾向于构象空间,其特征是 A 位亲核试剂与 P 位羰基之间的距离小于 4 Å,Bürgi-Dunitz 角为 90-110° (doi: 10.1038/s41557- 023-01226-w)。这些发现以及相关的计算工作流程应能加速单体设计和相关转化化学,以促进序列定义的非肽异寡聚体的核糖体合成。