XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemAnnotate
ART-Plan™注释：
问：部署 Annotate 是否需要任何额外的硬件基础设施？答：目前，您将收到一台服务器，安装在您的内部诊所网络中。ART-Plan TM 是一款基于 Web 的软件，其计算资源在服务器上运行。因此，从第一天起，它就可以通过连接到您诊所网络的任何计算机访问，并且结果可以推送到您医院网络中的任何 TPS 或 PACS 系统。您唯一需要的就是一台计算机和一个 Web 浏览器。无需额外的硬件。很快，Annotate 将通过云端提供，进一步优化和简化您的放射治疗工作流程。
mibig 3.0：以社区为导向的努力来注释...
在2015年，我们定义了有关生物合成基因簇（Mibig）的最小信息：一种标准化的数据格式，描述了最小必需的信息，以独特地表征BGC。我们同时以这种格式构建了一个随附的BGC条目的在线数据库，此后，该数据被社区广泛用作BGC的参考数据集。在这里，我们描述了Mibig 3.0，一个数据库更新，包括大规模验证和重新通知现有条目，与自然产品ATLAS数据库的广泛交联以及669个新条目。特别关注复合结构和生物活性的注释以及蛋白质领域的选择性。在一起，这些新功能使数据库保持最新，并将为科学社区提供新的机会，以便使用其免费可用的数据，例如培训新机器学习模型，以预测各种天然产品的序列结构功能关系。
幸存板：多摩斯癌症生存模型的标准化基准测试
单细胞测序技术，包括单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）和单细胞ATAC测序（SCATAC-SEQ），使研究人员能够量化细胞的OMIC PHE-NOTYPES。理想的单细胞数据分析有望帮助研究人员了解细胞上的异质性，提取感兴趣的细胞亚群，识别与细胞亚群相对应的特征基因集，并揭示细胞子源的关系。在这些分析任务中，识别特征基因集是一个关键步骤。特征基因集定义为在细胞亚群之间差异表达的基因集。它们通常用于注释细胞亚群并进行基因集富集分析。现有的特征基因鉴定方法经常采用两步方法（此后称为两步方法）：首先将细胞聚集（例如Seurat [1-4]，简单的Louvain [5]，通过插入性和维度降低（CIDR）（CIDR）[6]和Scanpy [7]和差异表达基因（例如9）（例如9）[8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [14,15]，limma-voom [16]和桅杆[17]）随后在细胞簇上进行以识别特异性特异性特征基因。但是，这种方法对具有复杂或微妙的异质性的数据具有可疑的精度，因为不准确的初始聚类步骤可能会导致随后的错误特征基因鉴定[18]。但是，这些方法不会将特征基因分离为亚群特异性基因集，从而限制了它们的注释细胞的效用。这些基因集用于计算细胞基因集富集评分，然后注释细胞。另外，某些方法通过检测高度可变基因（HVG）的偏差来识别特征基因，这些基因与人群相对于模型拟合的偏差[19]，辍学率[20]和UMI计数分布[21]（此后称为HVG方法）。为了克服现有方法的局限性，我们提出了Sifinet，这是一种直接识别特征基因集的独特方法，可消除对先前细胞聚类的需求。源于关键观察，即在细胞亚群中共差异表达的基因也表现出共表达模式（供应。注1），Sifinet构建了一个基因共表达网络，并检查其拓扑以识别特征基因集。此外，这些基因集中的网络意味着细胞亚群之间的关系（图1）。此外，Sifinet可以选择地整合SCATAC-SEQ数据，因为它形成了基因合作 - 染色质网络，并探讨了其拓扑以确定表观基因组特征基因集。Sifinet分析SCRNA-SEQ和SCATAC-SEQ数据的能力使研究人员深入了解了细胞多瘤异质性。我们证明，在识别特征基因集和增强细胞注释精度时，Sifinet优于现有的两步方法和HVG方法。此外，我们认为Sifinet可以鉴定细胞之间的复杂异质性，并揭示细胞亚群中潜在的发育谱系。Sifinet也可以缩放以分析数百万个单元的数据集。我们将Sifinet应用于五个已发表的实验数据集，并发现了一些潜在的新发现，例如潜在的新细胞周期标记和衰老标记，衰老细胞富集的亚群，髓样祖细胞的发育效果以及CD8细胞的发育效果以及CD8细胞的构造以及可能的过渡路径。
ursapgx：使用分阶段全基因组测序数据
药物基因组学（PGX）有益药物管理（Gharani等，2013; Dunnenberger等，2015; Relling and Evans，2015; Zhang et al。，2015; Bush等，2016; Relling et al。但是，药物遗传学注释通常很复杂（补充图S1）。功能性PGX注释和相应的临床PGX建议依赖于Star（*）等位基因注释（Caudle等，2014； Kalman等，2016）；恒星等位基因通常由多种遗传变异定义（Gaedigk等，2018; Gaedigk等，2020; Gaedigk等，2021）;当恒星等位基因定义变体是杂合的，需要分阶单倍型信息来解决注释。此外，随着新变体的特征并纳入临床PGX建议，注释可能会随着时间而变化。许多资源和现成工具可用于支持对PGX注释感兴趣的研究人员和临床医生。Several tools are well-suited for the PGx annotation of unphased data (e.g., StellarPGx and Stargazer ( Lee et al., 2019 ; Twesigomwe et al., 2021 )), and tools such as PharmCAT, while not computationally streamlined for multi-sample annotation, go a step further to incorporate clinical recommendations into the software output ( Sangkuhl et al., 2020 ）。新的长阅读测序技术提供了生成可靠PGX注释的高构度分阶段全基因组测序（WGS）数据的机会。在这里，我们描述了URSAPGX，该软件包旨在补充现有工具，以利用分阶段的全基因组测序数据进行PGX注释。ursapgx旨在使用多样本，分阶段的WGS VCFFILES在典型的笔记本电脑上运行，并为PharmVar注释的选定药物基因生成剂提供了Star等位基因注释的输出表。
数据发布 利用染色体长度的基因组组装来注释亚洲柑橘木虱（Diaphorina citri）的 Wnt 信号通路
表 2. 支持基因注释的证据。手工注释的柑橘木虱 Wnt 通路基因。总共有 24 个基因模型。每个基因模型都分配了一个标识符，并列出了用于验证或修改基因模型结构的证据。还列出了最能支持手工注释的 MCOT 转录组标识符。当存在从头转录组、Iso-Seq、RNA-Seq 和直系同源物支持的证据时，表中会标记“X”。MCOT：基于基因组 MAKER、Cufflinks、Oases 和 Trinity 转录本预测的综合转录组；MAKER：基因预测；从头转录组：使用 Iso-Seq 长读和 RNA-Seq 数据的独立转录组；Iso-Seq 转录本：用 Pacific Biosciences 技术生成的全长转录本； RNA-Seq：映射到基因组的读取也用作剪接点的支持证据；直系同源物证据：来自相关半翅目物种和果蝇的蛋白质。
人类计算机互动的历史
- 个人存储所有个人书籍，记录，通讯等的设备 - 通过索引，关键字，交叉引用迅速检索的项目，... - 可以用保证金注释，评论，评论... - 可以通过材料构建和保存一条小径（链路） - 充当外部记忆！
为什么生物医学科学和生物技术？
生物信息学•建立化学，生物学和遗传学技能的基础，这些技能将帮助您创建分析和解释生物学数据的工具。•了解基因组，转录组和表观基因组实验和数据集的设计和分析和解释的基本理论和技能。•学习不同的测序技术以及对用于对齐，组装和注释序列数据的算法的理解。
OTHM 5级物流和供应链管理文凭
应该让学习者意识到，总结性评估结果需要由内部验证者和外部质量保证人（EQA）确认，因此是临时的，可以被覆盖。评估者应注释学习者的工作，其中证据支持其针对评估标准的决定。学习者将需要熟悉评估和评分标准，以便他们可以理解所需内容的质量。