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在Agilent Avida的新目标富集方法的核心是一种互锁的三维结构,设计用于与常规混合捕获方法相比,DNA靶标的协同,间接捕获DNA靶标的DNA靶标相比提供了出色的均匀性,特异性和结合速度。至关重要的是,该方法允许在扩增和硫酸盐转化之前进行目标捕获,从而消除了与现有目标富集方法相关的常见问题,例如PCR偏见和费力的工作流程。
液体活检中癌组织DNA或CFDNA(无细胞DNA)的当前基因组和表观基因组分析依赖于单独的,时间和样品耗尽的技术来进行体细胞变异检测或甲基化分析。在这里,我们描述了使用Agilent Avida靶向富集溶液进行体细胞和甲基化分析的敏捷Bravo自动化液体处理平台的工作流程和性能。该溶液可以有效地分析低输入肿瘤DNA或CFDNA样品。Avida Duo工作流程可以高度敏感地检测单核苷酸变体(SNV),插入和缺失(Indel),拷贝数变化(CNV),转运(TL)和DNA甲基化谱,而没有任何样品分开。
靶向下一代测序可以深度覆盖特定区域,而成本仅为全基因组测序的一小部分。然而,传统的靶向富集引入了额外的工作流程步骤,并且靶分子捕获方法效率低下。在这里,我们提出了一种新型混合捕获靶向富集技术,该技术通过将简化的工作流程与高效且特定的文库制备和捕获相结合来解决这些挑战。与使用长寡核苷酸探针的传统方法不同,安捷伦 Avida 技术使用多个协同结合到目标区域的探针。这种协同结合将捕获效率提高了两到四倍,并确保了高特异性。这项研究重点介绍了该技术在多种应用中的性能,包括靶向 DNA 测序、靶向甲基测序和“Duo”测序,后者在一次测定中独特地结合了 DNA 和甲基测序。使用基因组 DNA 和无细胞样本,Avida 技术实现了从 1 到 100 ng 输入的线性捕获性能,同时捕获了样本中存在的高达 80% 的分子,提供了无与伦比的分子景观视图。