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化学科学-RSC出版
候选生物合成基因簇（BGC）的数量远远超过了迄今为止在结构上表征（目前约80个结构）的套管肽的数量。12 - 14与许多天然产品的BGC一样，培养天然生产者细胞可能会具有挑战性。此外，缺乏相关的生物学理解，可以防止BGC在本机生产者中的转录激活。在拉索肽生物合成中，前体肽A（固定铅肽和核心肽的征为）是由蛋白酶B首先处理的，该蛋白酶b裂解了领位肽的裂解。在来自静脉细菌和坚果类似物的某些拉索肽的生物合成中，蛋白酶B是一种包含蛋白B1的酶复合物（RIPP前体肽识别元件的例子，RRE RRE）14,15和蛋白B2。a r型肽肽的裂解，所谓的“核心肽”是由环酶C酶催化的N末端大分子环形成的底物，从而产生成熟的宽松肽产物（图。1b）。尽管B/C蛋白采用的精确催化机制仍然没有表征，但有报道表明它们表现出一定程度的底物滥交。16 - 22这为使用基因工程方法提供了有效产生套索肽衍生物的机会。也就是说，只要可以通过下游加工B/C蛋白来耐受核心肽的氨基酸残基。在与本地生产者的BGC合作时回顾上述问题，毫不奇怪，这样的
程序开发/内容编写者征求建议书
关于 BGC 加拿大 120 多年来，BGC 加拿大为数百万加拿大儿童和青少年创造了机会。作为加拿大最大的儿童和青少年慈善和社区服务组织，我们的俱乐部在全国 736 个地点向所有年龄段的年轻人及其家人敞开大门。在课余时间，在大小城市、农村和土著社区，我们训练有素的员工和志愿者提供有针对性的计划和服务，以满足社区需求，帮助年轻人实现积极成果，成为终身学习者、持续幸福、积极的关系和鼓舞人心的领导者。机会改变一切。了解更多信息，请访问 bgccan.com 并在社交媒体上关注我们 @BGCC AN。
伯克利地质年代学中心舒斯特实验室和加州大学伯克利分校……
伯克利地质年代学中心和加州大学伯克利分校的舒斯特实验室 实验室描述 PI Shuster 负责 BGC 和 UCB 的实验室设施，用于样品制备、特性分析、(U-Th)/He 和 4 He/3 He 热年代学以及宇宙成因核素分析。 设施包括： BGC 惰性气体实验室。BGC 惰性气体实验室设有： • 惰性气体热年代学实验室 (NGTL)。该设施设计用于 4 He/3 He 热年代学、40 Ar/39 Ar 热年代学、通过控制热提取表征惰性气体扩散动力学以及宇宙成因 21 Ne 和 3 He 测量。该实验室还可用作传统的 (U-Th)/He 实验室。NGTL 包括 (i) 经过校准的双目显微镜和摄像系统，用于制备和测量样品的几何形状； (ii) 超高真空 NG 提取系统，包括三个带有光束传输光学器件和高温计和热电偶反馈控制的二极管激光系统，在 175-1500 o C 之间提供优于 +/- 10 o C 的精度和准确度；(iii) 气体净化系统，包括 Janis 低温系统和校准标准和气体加标系统；(iv) Pfeiffer 气源四极杆质谱仪，用于使用同位素稀释测量 NG 丰度；(v) 可调收集狭缝 MAP-215-50 扇区场 NG 质谱仪，用于高精度同位素比测量；(vi) 激光烧蚀 ICPMS 实验室（如下所述），用于测量 U 和 Th。NGTL 的初始建设部分由 NSF MRI 拨款 EAR-0618219 资助，授予 PI Shuster，并继续获得 Ann 和 Gordon Getty 基金会的支持。 NGTL 实验室包括第二个可调收集狭缝 MAP-215-50 NG 质谱仪，该质谱仪配备自动稀有气体提取和低温纯化系统，可与上面描述的 NGTL 激光加热系统耦合，并针对宇宙成因 3 He 和 21 Ne 测量进行了优化，最初由 NSF I&F 计划拨款 EAR-1054079 资助给 PI Shuster。BGC U 子实验室。BGC U 子实验室包括一个带有过滤空气供应的温控仪器室，其中设有 LA-ICPMS 设备；一个相邻的 HEPA 过滤清洁化学实验室；以及专用的样品制备设施。• 激光烧蚀 ICPMS 实验室。该设施用于通过同位素稀释和激光烧蚀测量磷灰石和/或锆石中的 U 和 Th 浓度，以进行 (U-Th)/He 测定和 4 He/3 He 热年代学。该设备还用于通过同位素稀释法测量石英中的铀和钍，这对于解释宇宙成因 21 Ne 测量结果必不可少。它由 Thermo Fisher Scientific Neptune Plus 多接收器 ICPMS 组成，配有九个法拉第探测器，带有计算机切换的 10 11 和 10 12 欧姆输入电阻、具有离子计数和高丰度灵敏度离子能量过滤器的离散倍增电极电子倍增器、大容量干式接口泵以及高性能样品和撇取锥。该实验室最初由 NSF MRI 拨款 EAR-0930054 资助给 PI W. Sharp 和 D. Shuster，并继续获得 Ann and Gordon Getty 基金会的支持。UCB 和 BGC 的湿化学实验室。BGC 和附近的加州大学伯克利分校地球和行星科学系的 PI Shuster 可以使用专用的湿化学实验室空间。这些实验室包括标准通风柜（适用于矿物分离、酸蚀样品制备和常规（即非空白限制）石英中的 Be 提取）和一个过滤空气层流下流罩（适用于低空白 Be 提取化学）。
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使用139 fb-1的TEV PP碰撞数据
由细菌（尤其是土壤放线菌）生产的天然产物（NP）通常具有多种生物活性，并且在人类健康，农业和生物技术中起着至关重要的作用。土壤放线菌基因组包含大量预测的生物合成基因簇（BGC）。了解在生态环境中管理NP产生的因素，并激活土壤放线菌中的隐性BGC，这将为研究人员提供大量分子，并具有潜在的新颖应用。在这里，我们重点介绍了采用生态启发的方法的NP发现策略的最新进展，并讨论了理解负责激活NP生产的环境信号的重要性，尤其是在土壤微生物社区环境中，以及仍然存在的挑战。
丝状真菌中生物合成基因簇的转录激活
丝状真菌是高产的细胞工厂，其中许多是酶、有机酸和次级代谢物的工业生产者。越来越多的真菌基因组测序揭示了转录沉默的次级代谢物生物合成基因簇 (BGC) 形式的巨大且未开发的生物合成潜力。人们已经采取了各种策略来探索和挖掘这种尚未开发的生物活性分子来源，随着合成生物学的出现，已经为丝状真菌开发了新的应用和工具。在这里，我们总结了旨在表达内源或外源天然产物 BGC 的方法，包括合成转录因子、人工转录单元的组装、基因簇重构、真菌穿梭载体和平台菌株。
新型植物相关的brevibacillus和Lysinibacillus Genomospecies具有丰富的抗菌化合物的生物合成潜力
摘要：我们以前已经报道了从越南作物植物中分离出的59种内孢子粒阳性细菌菌株的基因组序列草案，因为它们能够抑制植物病原体。基于其基因组序列草案，其中11项被分配给Brevibacillus，一个分配给了莱西比氏菌属。进一步的分析（包括完整的基因组测序）表明，其中几种菌株代表了新型基因组菌。体外和体内测定表明了它们促进植物生长的能力，以及针对植物病原细菌，真菌和线虫的Brevibacilli的强生生物防治潜力。基因组开采鉴定的157天然产物生物合成基因簇（BGC），包括Mibig数据库中不存在的36种新型BGC。我们的发现表明与植物相关的Brevibacilli是推定抗菌化合物的丰富来源，并且可能是开发新型生物防治剂的宝贵起点。
sungeidines来自非规范的Enediyne Biosynthetic ...
摘要：我们报告了Sungeidines的基因组引导的发现，Sungeidines是一类具有独特结构特征的微生物二级代谢产物。尽管与天代型的进化关系，但士ggidines是由生物合成基因簇（BGC）产生的，这些基因簇（BGC）与已知的Enediyne BGC表现出明显的差异。我们的研究表明，从两个术链组装出的sungeidines是与分流型型式链型链条不同的。生物合成还会引入促进脱水反应的独特激活硫代转移酶。基因的丧失，包括推定的环氧酶基因，可能是降亚途径与其他规范的eNe-diyne途径的分歧的主要原因。这些发现揭示了Enediyne途径的令人惊讶的演变能力，并为在Sungeidine Biosynthe-sis中引人入胜的酶促步骤奠定了基础。天然存在的endiynes是一个微生物二级代谢产物家族，其中包含一个高度不同的1，5-diyne-3-ene核心，这些核心嵌入了十或九元的骨骨架中。1-6在过去的三十年中，Enediyne天然产品因其未经原理的分子体系结构和有效的DNA损害生物活性而受到了极大的关注。在存在化学触发的情况下，1，5-diyne-3-Ene核心通过Bergman或Myers-Saito环化机制重新排列为反应性的Diradical。7-9，活性的Diradical可以从DNA的Deox- yribose主链中抽象氢原子，从而导致铬som-somal DNA的裂解。10-13基因组开采显示了多种神秘的Enediyne BGC，14-16表明，Enediyne天然产物的结构性含量仍然是充分的。在这里，我们报告了Sungeidines的发现，Sungeidines是由生物合成途径进化产生的一系列代谢产物，与产生二代型的途径相关。大太蛋白的特征是融合到蒽醌moi-ety的十个元素核心。5,15,17-19 Sungeidines和Dynemicins之间的显着结构差异信号的分歧5,15,17-19 Sungeidines和Dynemicins之间的显着结构差异信号
算法，专家还是两者？评估特征选择方法对用户偏好和Reliance
sof umer洞穴是一个未开发的极端环境，可容纳新型微生物和潜在的遗传资源。来自洞穴的微生物组已被遗传适应以产生各种生物活性代谢产物，使它们能够生存并耐受苛刻的结合。然而，尚未探索Sof umer Cave微生物中与生物合成相关的基因簇标志。因此，使用高通量shot弹枪测序来探索sof umer Cave的微生物组中与生物合成相关的基因簇（BGC）。Geneall DNA土壤迷你试剂盒用于从均质样品中提取高分子量DNA，并使用Novaseq PE150对纯化的DNA进行测序。根据微-RN数据库，乌默洞穴中最常见的微生物属是原细菌，静脉细菌，verrucomicrobobiota和蓝细菌。对与生物合成相关的基因簇进行了注释并分类，并使用抗石和NAPDOS1预先对BGC进行预令。确定了编码广泛的二级代谢物的BGC的460个推定区域，包括RIPP（47.82％），萜烯（19.57％），NRPS（13.04％），杂种（2.18％）和其他新的注释（10.87％）com punds。此外，NAPDOS管道还从链霉菌素的链霉菌素（链霉菌素基因肌链霉菌素）中鉴定出钙依赖性的抗生素基因簇，来自链霉菌Chrysomallus的放线菌素基因簇和来自链霉菌链霉菌的博霉素基因簇。这些发现突出了Sof Umer Cave微生物组的未开发的生物合成潜力，以及其发现天然产物的潜力。
利用 CRISPR-Cas9 和体外组装的核糖核蛋白操纵全局调节器 mcrA 上调温曲霉中的次级代谢产物
摘要：丝状真菌基因组测序表明，大多数次级代谢物生物合成基因簇 (BGC) 在标准实验室条件下处于沉默状态。在这项研究中，我们在温氏曲霉中建立了一个体外 CRISPR-Cas9 系统。为了激活原本沉默的 BGC，我们删除了负转录调节因子 mcrA 。当菌株在马铃薯葡萄糖培养基 (PDA) 上培养时，mcrA (mcrA Δ) 的缺失导致总共产生 17 种 SM。在 15 种 SM 中，有 9 种已得到充分表征，包括大黄素 ( 1 )、大黄酸乙酯 ( 2 )、sulochrin ( 3 )、大黄酸乙酯二蒽酮 ( 4 )、14- O-脱甲基sulochrin ( 5 )、( 反式 / 顺式 )-大黄素二蒽酮 ( 6 和 7 ) 和 ( 反式 / 顺式 )-大黄素大黄酸乙酯二蒽酮 ( 8 和 9 )。经发现，这些化合物均由相同的聚酮合酶 (PKS) BGC 产生。随后，我们在 mcrA Δ 背景下针对该 PKS 簇进行了二次敲除。双敲除菌株的代谢物谱揭示了先前未在 mcrA Δ 亲本菌株中检测到的新代谢物。从双敲除菌株中纯化出另外两种 SM，并被鉴定为曲霉酸 B ( 16 ) 和一种结构相关但之前未鉴定的化合物 ( 17 )。这项工作首次提出了一种能够在 A.wentii 中进行靶向基因编辑的简便遗传系统。这项工作还说明了进行双敲除以消除主要代谢产物的实用性，从而能够发现更多的 SM。■ 简介