同源性的成对对齐 - 概念 - 具有差距和仿射差距的评分模型 - 全球(Needleman和Wunsch)和局部对齐(Smith - Waterman)算法, - PAM和Blosum评分矩阵,DOT图及其相关性。
缩写定义AFSI农业和粮食系统研究所爆炸基本的本地对准搜索搜索工具Blosum blosum阻止替代矩阵基质BP碱基对CCI机密商业信息比较全面的蛋白质过敏原资源DNA脱氧核糖核酸dw/dw dw/dw dw/dw dw/dw dw dw dw dw dw dw dw fiellated Elcimentime Elagence Elagence Elimantime Actic actica Inscip fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa。 Organization of the United Nations FSANZ Food Standards Australia New Zealand GM Genetically modified h Hours kDa Kilodalton LC-MS/MS Liquid chromatography-tandem mass spectrometry LOD Limit of detection LOQ Limit of quantification Min Minutes MT Million tonnes NCBI National Centre for Biotechnology Information ng Nanogram NGS Next Generation Sequencing OECD Organisation for Economic Cooperation and Development OGTR Office of the Gene Technology调节器ORF开放阅读框
DECIPHER 包 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 调整对齐. . . . . . . . . . . . . . . . 9 对齐数据库. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 对齐对. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 AlignProfiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 AlignSeqs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 AlignSynteny . . . . . . . . . . . ..................................................................................................................................................................................................................................24 对齐翻译.....................................................................................................................................................................................................................................................................26 放大DNA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................28 数组2矩阵..................................................................................................................................................................................28 ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................30 BLOSUM ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................31 BrowseDB .................. ... 32 浏览序列 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 计算效率 PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 53 创建嵌合体。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 56 个 DB2Seq。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 58 deltaGrules 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 60 deltaGrulesRNA 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 61 deltaH 规则。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 62 deltaHrulesRNA 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 63 增量规则。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 64 deltaSrulesRNA 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 65 设计阵列 . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .................. ... . 83 消除歧义. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 距离矩阵. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92 查找嵌合体 . . . . . . . . . . . . . . 93 查找基因 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96 查找非编码 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98 寻找连锁群 . . . . . . . . . . . . . . . . . 99 形成组 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 基因 . . . . . . . . . . . . . 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 103
questions Syllabus: Theory Biomolecular sequence analysis (2) o Overview o Concepts Analysis of single sequence (2) o Nucleotide o Protein Pairwise sequence alignment algorithms (3) o Needleman & Wunsch o Smith & Waterman Scoring matrices for Protein and Nucleotide sequences (3) o MDM/PAM series o BLOSUM series o CSW 数据库相似性搜索(6)o快速o爆炸多个序列比对算法(6)o clustalw o肌肉o dalign o dalign o t-coffee序列徽标,共识和模式(3)序列配置文件的基本概念,配置文件的衍生;应用程序(5)O Gribskov的配置分析方法o Psi-Blast实践/教程:目标:本课程将使学生能够:了解如何使用各种算法进行生物分子序列分析了解各种参数在相应算法中使用各种参数及其对结果的影响学习和练习编码和练习一些差异,以<练习<<<<
Abbreviation Description AFSI Agriculture and Food Systems Institute BLOSUM BLOcks SUbstitution Matrix bp base pair BSA bovine serum albumin COMPARE COMprehensive Protein Allergen Resource CTP chloroplast transit peptide DNA deoxyribonucleic acid dw dry weight ELISA Enzyme Linked Immunosorbent Assay FASTA fast alignment search tool – all FAO Food and Agriculture Organisation of the United Nations FSANZ Food Standards Australia New Zealand g gram GM genetically modified kDa kilodalton LLOQ lower limit of quantitation MT million tons NCBI National Centre for Biotechnology Information ng nanogram(s) nt nucleotide OECD Organisation for Economic Co-operation and Development OGTR Office of the Gene Technology Regulator PCR polymerase chain reaction RF reading frame RNA核糖酸SDS-PAGE十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电离TNA转移DNAμg微克(S)