STAR ( Spliced Transcripts Alignment to a Reference )是用于将 RNA-seq 读取数据与 参考基因组序列进行高度准确和超快速的剪接感知( splice aware ) 比对的工具。注意, STAR 是一个专门针对 RNA-seq 数据映射的比对工具,这意味着不能用于比对 DNA 数据。与 其它的 RNA-seq 比对工具相比,其具有较高的准确率,映射速度较其他比对软件高 50 多 倍。 STAR 在识别经典和非经典剪接位点方面具有很高的精确性,还可以检测到嵌合(融 合)转录本。除了映射短读取数据(例如 ≤ 200 bp ), STAR 还可以准确地映射长读取数据 (例如来自 PacBio 或 Ion Torrent 的数 Kbp 读取数据)。 STAR 在变异检测( SNP 和 INDEL ) 方面具有更好的灵敏度,因此, STAR 被用于 GATK 最佳实践工作流程,用于从 RNA-seq 数据 中识别短变异。
布朗先生拥有超过 25 年的多元化包容性经验;熟悉休斯顿当地建筑要求;透彻理解 49 CFR 第 26 部分,并了解当地法令,这使得 BWA 能够开发行业最佳实践服务。
课程单元目录1。序列分析 - 了解DNA序列,序列相似性,身份和同源性的基本概念,数据库搜索:BLAST,FASTA,FASTA和其他序列分析工具分配同源性。底漆设计,PCR和Sanger序列分析。2。转录组分析 - RNA-seq数据分析中的概念:数据预处理和数据处理步骤:映射算法,例如BWA和BOWTIE2;使用RNA-seq数据,统计方法,各种平台的相对优点进行差异基因表达分析。下游验证的底漆设计。从RNA-seq数据中测量基因,lncRNA,siRNA。3。微生物组分析-16S rRNA数据分析,基于比对的聚类/系统发育树,基于组成的聚类。基于数据库,主组件分析和其他聚类工具的注释。4。SNP分析 - 靶基因或整个基因组,基因预测算法,变体的鉴定 - SNP/SNV的鉴定。基因组广泛关联研究背后的概念。介绍各种
课程单元目录1。序列分析 - 了解DNA序列,序列相似性,身份和同源性的基本概念,数据库搜索:BLAST,FASTA,FASTA和其他序列分析工具分配同源性。底漆设计,PCR和Sanger序列分析。2。转录组分析 - RNA-seq数据分析中的概念:数据预处理和数据处理步骤:映射算法,例如BWA和BOWTIE2;使用RNA-seq数据,统计方法,各种平台的相对优点进行差异基因表达分析。下游验证的底漆设计。从RNA-seq数据中测量基因,lncRNA,siRNA。3。微生物组分析-16S rRNA数据分析,基于比对的聚类/系统发育树,基于组成的聚类。基于数据库,主组件分析和其他聚类工具的注释。4。SNP分析 - 靶基因或整个基因组,基因预测算法,变体的鉴定 - SNP/SNV的鉴定。基因组广泛关联研究背后的概念。介绍各种
课程单元目录1。序列分析 - 了解DNA序列,序列相似性,身份和同源性的基本概念,数据库搜索:BLAST,FASTA,FASTA和其他序列分析工具分配同源性。底漆设计,PCR和Sanger序列分析。2。转录组分析 - RNA-seq数据分析中的概念:数据预处理和数据处理步骤:映射算法,例如BWA和BOWTIE2;使用RNA-seq数据,统计方法,各种平台的相对优点进行差异基因表达分析。下游验证的底漆设计。从RNA-seq数据中测量基因,lncRNA,siRNA。3。微生物组分析-16S rRNA数据分析,基于比对的聚类/系统发育树,基于组成的聚类。基于数据库,主组件分析和其他聚类工具的注释。4。SNP分析 - 靶基因或整个基因组,基因预测算法,变体的鉴定 - SNP/SNV的鉴定。基因组广泛关联研究背后的概念。介绍各种
第 2 天:2024 年 5 月 28 日,星期二 – 合作伙伴介绍采样点 9:00 9:30 Jaroslav Černi 水研究所 – JCWI,Србија 9:30 9:45 讨论 9:45 10:05 布达佩斯技术与经济大学 – BME,Magyarország 10:05 10:15 讨论 10:15 10:35 保加利亚水协会 – BWA,България 10:35 10:45 讨论 10:45 11:05 国家管理局“罗马尼亚水域” – NARW,România 11:05 11:15 讨论 11:15 11:30 咖啡休息 11:30 11:50 水研究所 – WRI,Slovensko 11:50 12:00 讨论 12:00 12:20 克罗地亚水域 – HV、Hrvatska 12:20 12:30 讨论 12:30 12:50 Jožef Stefan 研究所 – JSI、斯洛文尼亚 12:50 13:00 讨论 13:00 13:15 结论 – 需要采取的行动 (Radmila Milačič, JSI) 13:15 14:15 午餐
HKG JPNKOR CAN FIN MAC SWE IRL NLD GBREST NZL SVN NOR AUS PRT FRA BELCHE CYP DNK POL CZEDEUAUT ISL ISR ESP ITA HRV MLT LVA LTU USA BLR GRC VNMLUX HUN RUS SRB ARE SVK CHN BHR CHL TUR QAT ALB MNE SYCUKR CRI KAZ BRN UZB MUS MNG BGR MEX MYS THA OMN PER COL TTO LCA ARG URY LKA KGZ ATG ECU IRN PLW KNA ROU MDA PSE BIH ARM AZE SAU GEO GRD KWT MKD JOR BRA WSM KEN SLV DMA IDN JAM DZA VCT TON PRY TUN PHL LBN FJI NRU NIC FSM NPL TJK MAR DOM PAN GUY EGY印度 KIR KHM HND MMR BTN ZWE BGD GTM GAB 老挝 VUT TLS GHA TUV HTI 南 TGO PNG ZAF MHL GMB SEN SLB COG BWA MWI IRQ PAK COM LSO BEN AFG CMR ZMB MDG TZA BDI UGA BFA ETH MRT CIVRWASDN YEM SWZ GIN COD SLE AGO MOZ NGA
首字母缩写bav海滩行动价值海滩海滩环境评估和沿海健康BMP最佳管理实践BWA棕色水咨询CCH市和檀香山县合作社扩展CIP资本改善项目CMS综合监测策略综合监测策略 Revolving Fund CZARA Coastal Zone Act Reauthorization Amendments of 1990 CZM Coastal Zone Management DBEDT Department of Business, Economic Development and Tourism DLNR Department of Land and Natural Resources DLNR-DAR Division of Aquatic Resources DLNR-DOBOR Division of Boating and Ocean Recreation DLNR-DOFAW Division of Forestry and Wildlife DOH Department of Health DOH-CWB Clean Water Branch DOH-HEER Hazard Evaluation and Emergency Response Office DOH-SDWB Safe Drinking Water Branch DOH-SWPB Surface Water Protection Branch DOH-WWB Wastewater Branch DWSRF Drinking Water State Revolving Fund EMD Environmental Management Division EPA Environmental Protection Agency EQIP Environmental Quality Incentives Program FAST Funding Agency Support Team GIS Geographic information system GRTS Grants Reporting and Tracking System HACD Hawai‘i Association of Conservation Districts HAR Hawai‘i Administrative Rules HAWP Hawai‘i Association of分水岭伙伴关系HCRS夏威夷珊瑚礁战略HDOA夏威夷农业部HIMB夏威夷海洋生物研究所HRS HRS HRS HRS HRS夏威夷修订了kirc kirc kaho’olawe Island Reserve委员会委员会委员会KWRAS KWRAS KWRAS KOWRAS KO’OLAUPOKO KO’OLAUPOKO KO’OLAUPOKO’市政单独的雨水系统
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(粗体表示分类变化) 经济体 代码 地区 收入组 阿富汗 AFG 南亚 低收入 阿尔巴尼亚 ALB 欧洲和中亚 中上收入 阿尔及利亚 DZA 中东和北非 中下收入 美属萨摩亚 ASM 东亚和太平洋 中上收入 安道尔 AND 欧洲和中亚 高收入 安哥拉 AGO 撒哈拉以南非洲 中下收入 安提瓜和巴布达 ATG 拉丁美洲和加勒比地区 高收入 阿根廷 ARG 拉丁美洲和加勒比地区 中上收入 亚美尼亚 ARM 欧洲和中亚 中上收入 阿鲁巴 ABW 拉丁美洲和加勒比地区 高收入 澳大利亚 AUS 东亚和太平洋地区 高收入 奥地利 AUT 欧洲和中亚 高收入 阿塞拜疆 AZE 欧洲和中亚 中上收入 巴哈马 BHS 拉丁美洲和加勒比地区 高收入 巴林 BHR 中东和北非 高收入 孟加拉国 BGD 南亚 中下收入 巴巴多斯 BRB 拉丁美洲和加勒比地区 高收入 白俄罗斯 BLR 欧洲和中亚 中上收入 比利时 BEL 欧洲和中亚 高收入 伯利兹 BLZ 拉丁美洲和加勒比地区 中上收入 贝宁 BEN撒哈拉以南非洲 中下收入 百慕大 BMU 北美 高收入 不丹 BTN 南亚 中下收入 玻利维亚 BOL 拉丁美洲和加勒比地区 中下收入 波斯尼亚和黑塞哥维那 BIH 欧洲和中亚 中上收入 博茨瓦纳 BWA 撒哈拉以南非洲 中上收入 巴西 BRA 拉丁美洲和加勒比地区 中上收入 英属维尔京群岛 VGB 拉丁美洲和加勒比地区 高收入 文莱达鲁萨兰国 BRN 东亚和太平洋 高收入 保加利亚 BGR 欧洲和中亚 中上收入 布基纳法索 BFA 撒哈拉以南非洲 低收入 布隆迪 BDI 撒哈拉以南非洲 低收入 佛得角 CPV 撒哈拉以南非洲 中下收入 柬埔寨 KHM 东亚和太平洋 中下收入 喀麦隆 CMR 撒哈拉以南非洲 中下收入 加拿大 CAN 北美 高收入 开曼群岛 CYM 拉丁美洲和加勒比地区 高收入 中非共和国 CAF 撒哈拉以南非洲 低收入 乍得 TCD 撒哈拉以南非洲 低收入 海峡群岛 CHI 欧洲和中亚 高收入 智利 CHL 拉丁美洲及加勒比地区 高收入 中国 CHN 东亚及太平洋 中上等收入 哥伦比亚 COL 拉丁美洲及加勒比地区 中上等收入 科摩罗 COM 撒哈拉以南非洲 中下等收入