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有效的大规模和无疤痕基因组工程可以构建和筛选枯草芽孢杆菌生物燃料过量生产
摘要：枯草芽孢杆菌是一种多功能的微生物细胞工厂，可以生产有价值的蛋白质和增值化学物质。长片段编辑技术对于加速细菌基因组工程以获得理想且遗传稳定的宿主菌株至关重要。在这里，我们开发了一种有效的CRISPR-CAS9方法，用于枯草芽孢杆菌基因组中的大规模和无疤痕基因组工程，该方法的阳性率为100％，最多可删除高达134.3 kb的DNA片段，是先前报告的3.5倍。还研究了使用异源NHEJ系统，线性供体DNA和各种供体DNA长度对工程效率的影响。然后将CRISPR-CAS9方法用于枯草芽孢杆菌基因组简化和一系列个体和累积的缺失突变体的构建，这些突变体进一步筛选了新一代生物燃料的异丁醇过度生产剂。这些结果表明该方法是一种强大的基因组工程工具，用于构建和筛选具有增强功能的工程宿主菌株，突出了合成生物学和代谢工程的潜力。
所选因素影响从食物中分离出的枯草芽孢杆菌降解的因素
摘要：现代食品技术研究已经研究了降低食物中生物胺浓度的可能方法，从而增强并确保食品安全。应用可以代谢生物胺的辅助培养物是达到后者目标的潜在方法。因此，本研究的目的是研究可以使用枯草芽孢杆菌DEPE IB1与Gouda-type奶酪分离出的食物中生物胺浓度降低（组胺，酪胺，苯甲胺，presscine和cadaverine）的关键因素。在有氧和厌氧条件下，培养温度（8℃，23℃和30℃）和培养基（5.0、6.0、7.0和8.0）的初始pH值的综合作用导致测试的生物基因胺在培养时间（另一个因素测试）的降低。在补充有生物胺的培养基中培养了枯草芽孢杆菌（体外），并使用配备有紫外探测器的高性能液相色谱法检测到它们的降解。枯草芽孢杆菌Depe IB1的生物胺降解过程受到培养温度以及培养基的初始pH值的显着影响（p <0.05）。在培养结束时，所有监测的生物胺的浓度显着降低了65-85％（p <0.05）。因此，该菌株可用于预防目的，并有助于增强食品安全性。
从第二次世界大战地点分离的炭疽芽孢杆菌的细菌学和基因组研究，中国
炭疽菌是一种革兰氏阳性细菌，可能导致包括人类在内的野生和家庭伴侣之间的危害威胁性疾病（1）。B.炭疽病可以形成孢子，在不利条件下实现长期生存。先前已经报道了从储存到60年的土壤中分离植物的息肉。 由于其致病性特征，炭疽芽孢杆菌被认为是用于进行生物果或生物恐怖主义的最严重和威胁性的药物之一（3，4）。 In our previous study, 3 of 24 soil samples collect- ed from a World War II (WWII) site in northeastern China (Appendix Figure 1; https://wwwnc.cdc.gov/ EID/article/30/12/23-1520-App1.pdf) tested positive for B. anthracis using RPA/CRISPR-Cas12a, real-time PCR, and metagenomic analysis ( 5 ）。 值得注意的是，这些阳性样品是从731单元（45°36′55.940'n，126°38′33.738'e）的位点获得的，这是日本军队经营的前bacteria实验室（5）。 我们从距离第二次世界大战实验室遗迹的0.5 km，3 km和5 km内的12个收集地点中收集了24个样品（附录图2）。 但是，我们在新收集的样品中没有检测到炭疽芽孢杆菌的痕迹，这意味着我们以前发现的阳性样品可能不是源自局部自然来源。 Using polymyxin B-lysozyme-EDTA-thallous ac- etate agar and API 50CHB-API 50CH biochemical re- agents (BioMérieux, https://www.biomerieux.com), we successfully isolated and identified a B. anthracis strain (named BA20200413YY) from one of the soil samples. 形态学，溶血和生化先前已经报道了从储存到60年的土壤中分离植物的息肉。由于其致病性特征，炭疽芽孢杆菌被认为是用于进行生物果或生物恐怖主义的最严重和威胁性的药物之一（3，4）。In our previous study, 3 of 24 soil samples collect- ed from a World War II (WWII) site in northeastern China (Appendix Figure 1; https://wwwnc.cdc.gov/ EID/article/30/12/23-1520-App1.pdf) tested positive for B. anthracis using RPA/CRISPR-Cas12a, real-time PCR, and metagenomic analysis ( 5 ）。值得注意的是，这些阳性样品是从731单元（45°36′55.940'n，126°38′33.738'e）的位点获得的，这是日本军队经营的前bacteria实验室（5）。我们从距离第二次世界大战实验室遗迹的0.5 km，3 km和5 km内的12个收集地点中收集了24个样品（附录图2）。但是，我们在新收集的样品中没有检测到炭疽芽孢杆菌的痕迹，这意味着我们以前发现的阳性样品可能不是源自局部自然来源。Using polymyxin B-lysozyme-EDTA-thallous ac- etate agar and API 50CHB-API 50CH biochemical re- agents (BioMérieux, https://www.biomerieux.com), we successfully isolated and identified a B. anthracis strain (named BA20200413YY) from one of the soil samples.形态学，溶血和生化
枯草芽孢杆菌高效双碱基编辑平台的构建及应用
构建进化的细菌底盘通常依赖于功能蛋白的定向进化。1 进化的蛋白质替代宿主中的天然对应物，从而形成具有特定表型的进化细菌底盘，2 例如大肠杆菌中进化的RpsE和酵母中的PfDHFR分别赋予壮观霉素抗性 3 和乙胺嘧啶抗性 4。然而，外源DNA的替代会影响宿主的安全性，这限制了宿主在某些领域的应用，特别是在食品工业中。因此，期望宿主自身的蛋白质得到进化。蛋白质定向进化的技术框架已经从体外发展到体内。5 – 7 定向进化的典型策略是随机诱变、半理性设计和理性设计。它们都严重依赖于从基因克隆、体外诱变、异源或整合的几个迭代步骤的过程
枯草芽孢杆菌PM5来自骆驼牛奶增强鸡肉免疫力并废除沙门氏菌感染
摘要：通过使用抗生素成功的牲畜行业的实践，该行业持续了五十年来，研究人员长期以来一直对抗生素生产的抗生素替代品感兴趣。益生菌可以潜在地减少牲畜中的肠道疾病并提高其生产力。这项研究的目的是将推定的益生菌与骆驼牛奶分离，并针对沙门氏菌感染以及宿主免疫发育进行测试。从沙特阿拉伯奶牛场的六个不同的骆驼牛奶样品中获得了13种不同的分离株。在六个分离株（PM1，PM2，PM3，PM4，PM5和PM6）中，三个显示革兰氏阳性特征对过氧化氢酶和溶血分析的反应负面反应。PM1，PM5和PM6显示出对禽病原体的显着非极性表面特性（> 51％疏水）和有效的抗菌活性，即S. enterica，S。typhi，S。aureus和E. coli。PM5表现出很大的益生菌特征；因此，进一步关注了它。pm5被16S rRNA测序方法鉴定为枯草芽孢杆菌OQ913924，并显示出相似性矩阵> 99％。使用体内鸡模型来获得益生菌的健康益处。在沙门氏菌感染后，粘膜免疫反应显着增加（p <0.01），并且没有任何挑战方案引起肠道含量感染后的死亡率或临床症状。S。肠杆菌在脾脏，胸腺和小肠中的效果显着降低。鸡肉粪中的肠肠s。肠载荷从口腔喂养的枯草芽孢杆菌PM5喂养的鸡中的CFU 7.2降低到5.2。益生菌喂养的鸡显示出缓冲的肠含量，并对丁酸（P <0.05）和肠道白介素1β（IL1-β），C反应性蛋白（CRP）和干扰素Gamma（IFN-γ）水平呈阳性（p <0.05）。此外，枯草芽孢杆菌PM5表现出与腹膜巨噬细胞的显着结合并抑制肠链球菌表面粘附，表明巨噬细胞中枯草芽孢杆菌PM5的共聚集。可以得出结论，补充益生菌可以改善肉鸡的生长性能以及针对肠道病原体的肉鸡质量。在不久的将来将这种益生菌引入商业家禽饲料市场可能会有助于缩小现在鸡肉育种和消费者需求之间存在的差距。
静脉内nadofaragene Firadenovec对患有杆菌状态杆菌的患者的功效
研究需求和重要性：Calmette-Gu Erin（BCG）E无反应性的非肌肉侵入性膀胱癌（NMIBC）是一个有限的临床临床，具有有限的治疗选择。2022年12月，美国食品药品监督管理局批准了静脉内纳多芬烯烯烃VNCG（Nadofar-agene）用于治疗BCG-无反应的NMIBC用cis（CIS）（CIS）（CIS），有或没有毛状肿瘤。nadofaragene是一种未复制的腺病毒基因疗法，每3个月服用一次，将干扰素A 2B送到尿路上皮细胞。从第三阶段研究的5年随访中的结果提供了对安全性和效果的见解。我们发现的是：在CIS队列中，Kaplan-Meier E估计的57个月的高级复发E无生存率为13％（95％CI 6.9-21.5），在TA/T1队列中为33％（95％CI 19.5-46.6）。of Note，在顺式队列中，14/55（25％）患者在TA/T1队列中的17/35（49％）患者在随访的任何一结束或最后可用的随访中都有持续的反应（图）。第60个月的无囊切除术生存率为49％（95％CI 40.0-57.1）：在CIS队列中为43％（95％CI 32.2-53.7），在TA/T1队列中为59％（95％CI 43.1-71.4）。这项研究是独一无二的12个月的研究活检及其保守的恢复方法，这仅适用于获得完全反应的患者。没有4年级或5级不良事件。
蜡状芽孢杆菌NJ01通过EDS1-WRKY18模块诱导SA-和ABA介导的对细菌病原体的免疫力
Dacheng Wang, 1 Lirong Wei, 1 Jinbiao Ma, 1 Yingqiao Wan, 1 Keyi Huang, 1 Yiqiong Sun, 1 Huili Wen, 4 Zhipeng Chen, 4 Zijie Li, 1 Dongli Yu, 2 Haitao Cui, 3 Jingni Wu, 1 Yufeng Wu, 4 Sun Tae Kim, 5 Jing Zhao, 1 Jane E. Parker，6 Kenichi Tsuda，7岁， * Chunhao Jiang，1， *和Yiming Wang 1,8， * 1植物病理学系，农作物疾病综合管理和害虫综合管理的主要实验室，Nanjing农业大学教育部Nanjing 210095，NANJING 210095 02115, USA 3 Department of Plant Pathology, College of Plant Protection, Shandong Agricultural University, Tai'an, Shandong 271018, China 4 State Key Laboratory for Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Jiangsu Key Laboratory for Information Agriculture, Bioinformatics Center, Academy for Advanced Interdisciplinary Studies, Nanjing Agricultural University, Nanjing, China 5 Department of Plant Bioscience, Life and Industry Convergence Research Institute, Pusan National University, Miryang 50463, Republic of Korea 6 Department of Plant-Microbe Interactions, Max Planck Institute for Plant Breeding Research, 50829 Cologne, Germany 7 State Key Laboratory of Agricultural Microbiology, College of Plant Science and Technology, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, China 8 Lead contact *Correspondence: tsuda@mail.hzau.edu.cn（K.T.），chjiang@njau.edu.cn（C.J.），ymwang@njau.edu.cn（y.w。）https://doi.org/10.1016/j.celrep.2024.113985
比较多个基于全基因组序列的工具的性能，用于鉴定Cereus cereus sensu sensu stricto biovar biovar tueringiensis
摘要Cereus cereus sensu stricto（S.S。）物种包括以生物杀菌活性而闻名的生物苏云金（BT）菌株，以及具有食物传播致病潜力的菌株。bt菌株（i）。已经开发了多种生物信息学工具，用于基于全基因组测序（WGS）数据检测晶体蛋白编码基因。但是，这些工具的性能尚未使用表型数据来评估。因此，这项研究的目的是评估四种生物信息学工具的性能，以检测晶体蛋白质编码基因。根据基于表型显微镜的筛选，确定了基于序列的BT鉴定的准确性，以生产晶体蛋白。从临床，食品，环境和商业生物农药产品中分离出的总共58种不同的Cereus sensu Lato菌株。分离株的晶体蛋白产生。晶体蛋白编码基因。在58种分离株中，证实了18种分离株的晶体蛋白的表型产生。基于序列的BT识别的特异性和灵敏度为0.85和0.94，BTTOXIN_DIGGE为0.97，IDOPS的BTYPER3、0.95和0.94的特异性和0.97和0.89，对于Cry_processor而言，BTYPER3，0.95和0.94，0.88和1.00。CRY_PROOCESER预测具有最高特异性的晶体蛋白产生，而Bttoxin_digger和IDOPS预测了具有最高敏感性的晶体蛋白质的产生。四分之三的经过测试的生物信息学工具的整体运行良好，IDOP具有高灵敏度和特异性（> 0.90）。
枯草芽孢杆菌对不同钾离子水平下的黄瓜幼苗生长和光合系统的影响
简单摘要：进行了实验，以研究枯草芽孢杆菌对不同钾水平下黄瓜幼苗的生长和光合系统的影响。用“ Xinjin 4”作为测试材料进行了锅实验，并进行了两因素实验。这两个因素是不同浓度的钾离子和枯草芽孢杆菌治疗。研究了不同处理对黄瓜幼苗生长，光合特征，根形态和叶绿素荧光参数的影响。结果表明，当钾离子的浓度为0.2 g/锅时，枯草芽孢杆菌对黄瓜幼苗生长和叶片光合作用的影响最大。这项研究为进一步利用枯草芽孢杆菌制造微生物肥料并提高了黄瓜的营养吸收效率以促进农业的发展。
从红树林土壤和药物废水中分离出来的velezensis和cupriavidus basilensis对新霉素的有效降解 抗生素负载的骨水泥和负压伤口疗法的临床疗效在多药耐药的生物中糖尿病足溃疡：回顾性分析 T淋巴细胞中调节免疫受体的替代剪接：一种新鉴定的抗癌药物免疫疗法的机制 Marfan综合征：动物模型的见解 STEM教育中的计算思维：当前最新... 功能多样性对哥斯达黎加可可农林系统中生态系统服务的影响 携带MCR的临床大肠杆菌的传播... 随机临床试验的荟萃分析 每周一次的半卢比特单药治疗在患有Prader-Willi综合征，肥胖和2型糖尿病的年轻受试者中的功效和安全性：病例报告 比较分析
新霉素是一种氨基糖苷抗生素，被广泛用于预防疾病的兽医医学。生物降解是从环境中去除新霉素的关键途径。迄今为止，仅记录了Ericae的白rot真菌versicolor和Ericoid Mycorrhizal真菌rongus rhizoscyphus ericae，以有效地降解新霉素。然而，尚无报道称为新霉素能力的细菌物种，突显了与新霉素修复有关的微生物研究的显着差距。在这项研究中，分别通过富集培养和逐渐适应性化，从药物废水和无新霉素的红树林土壤中分离出了cuprividus basilensis和velezensis。这些分离株显示新霉素的降解速率为46.4和37.6％，在96小时内，100 mg·l -1新霉素作为唯一的碳源。cuprividus basilensis的补充硫酸铵的降解率达到50.83％，而velezensis芽孢杆菌的降解速率为58.44％的可溶性淀粉的优质降解效率为58.44％。我们的发现为新霉素的微生物降解提供了宝贵的见解。首次分离出两种新霉素的细菌。在4天内，这两种物种都将新霉素降解为唯一的碳源或在合成代谢条件下。微生物适应新霉素应激，并超过了受污染源的微生物。这挑战了以下假设：抗生素降解的微生物主要起源于污染的环境。这些发现扩大了已知的新霉素降解微生物的多样性，并证明了它们从药物废水中去除难治性新霉素的潜力。