包括活动的细分,有关时间表和所涉及的人员的详细信息以及他们对每项活动的责任的详细信息,通常评分低于可行性的阈值3分数。撞击和输出,输出与FBIP目标一致的程度以及输出数(例如,标本和物种的条形码数量并提交给大胆的,与达尔文核心标准相一致的发生记录,物种页面的数量),以及这些输出在谁将使用它们的目的以及如何为全球变化的理解或与生物经济学的问题相关的问题方面所产生的这些输出的影响。
原始测序数据以POD $,FASTQ和BAM格式为单位。基本符号是在测序过程中实时在POD9文件上进行的,以使用牛津纳米孔技术提供的预训练模型来确定基本身份。默认模式的基本模式为HAC(高精度),但是其他模式也可用(例如,SUP超级准确性和双工; https://nanaporetech.com/platform/accuracy)。可以启用修改的基本调解来捕获表观遗传基础修改,该修改仅存储在BAM文件(不协调)中。我们还提供了针对条形码数据的脱氧化。所有数据都可以上传到创建(https://docs.er.kcl.ac.uk/)。
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图1。高通量杂交捕获量的长基因组片段工作流程。 (a)高分子量(HMW)基因组DNA需要长片段的制备和富集。 (b)使用高通量兼容的G管将HMW DNA碎片至〜10 kb。 (c)使用特殊准备的尺寸选择珠通过尺寸选择去除多余的较小片段。 (d)尺寸选定的片段被最终修复(ER)A-Tail(AT),并将适配器连接到适配器序列,并带有样品识别条形码序列。 (e)样品池与XGEN自定义HYB面板杂交,并捕获并富集。 (f)富集的目标片段通过远程PCR扩增。 (g)放大的富集片段是第二次尺寸选择的或清理以进行最佳测序读取长度。 然后,富集和条形码的样品池接受所需的第三代测序工作流程。高通量杂交捕获量的长基因组片段工作流程。(a)高分子量(HMW)基因组DNA需要长片段的制备和富集。(b)使用高通量兼容的G管将HMW DNA碎片至〜10 kb。(c)使用特殊准备的尺寸选择珠通过尺寸选择去除多余的较小片段。(d)尺寸选定的片段被最终修复(ER)A-Tail(AT),并将适配器连接到适配器序列,并带有样品识别条形码序列。(e)样品池与XGEN自定义HYB面板杂交,并捕获并富集。(f)富集的目标片段通过远程PCR扩增。(g)放大的富集片段是第二次尺寸选择的或清理以进行最佳测序读取长度。富集和条形码的样品池接受所需的第三代测序工作流程。
高通量的witturb-seq实验遵循CRISPRI屏幕,单细胞库准备,测序和数据分析的工作流程(图1)。虽然多种单细胞测序方法与wisturb-seq兼容,但该实验是由合同研究组织(荷兰乌特雷希特的单细胞发现)进行的,但使用了组合索引套件来最大程度地提高细胞吞吐量。CRISPR液滴测序(农作物Seq)指导RNA(GRNA)载体用于CRISPRI屏幕引入Polya尾巴,以确保与试剂盒中的GRNA捕获引物的兼容性。在CRISPRI屏幕之后,固定细胞并将其存储在-80°C下,直到库制备。生成了两种不同类型的条形码测序库:SCRNA-SEQ库和CRISPR库。对于涵盖100,000至1,000,000个单元的项目,建议使用25B流单元的Novaseq X Plus系统(表1)。
简介 seqWell 的 Tagify™ i5 UMI 适配器负载转座酶试剂旨在催化通过 Tn5 转座酶用寡核苷酸有效载荷片段化和标记 DNA 的反应。具体而言,这些试剂可提供由全长、与 Illumina 兼容的 P5/i5/UMI/R1 引发序列组成的寡核苷酸,这些序列还包含 10 个碱基的条形码和 10 个碱基的唯一分子标识符 (UMI) 区域。这些试剂可作为靶向测序检测的一部分加入,例如 UDiTaS 1 或 RGen-Seq 2 应用、CRISPR QC 以及细胞和基因工程 QC。该产品以 24 种或 96 种不同的条形码 UMI 试剂形式提供。本用户指南介绍了试剂的一般用途,并非旨在作为特定文库制备方法的完整协议。建议个人用户查看其应用程序 3 并根据需要进行修改。