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揭开心脏代谢与心脏再生之间的相互作用
摘要T细胞反应先于抗体，并可以早期控制感染。我们分析了SARS-COV-2感染后这种快速反应的克隆基础。我们使用T细胞受体（TCR）测序立即定义了个体T细胞克隆的轨迹。在SARS-COV-2 PCR+个体中，TCR的一波强烈但瞬时扩展，经常与第一个阳性PCR测试同一周达到峰值。这些扩展的TCR CDR3被富集，以便在功能上注释为SARS-COV-2特定的序列。在SARS-COV-2菌株之间高度保守的，而不是通过循环的人冠状病毒，表位是高度保守的。 许多扩展的CDR3在大流行前曲目中以高频存在。 早期反应TCRS特定的淋巴细胞脉络膜脑膜炎病毒病毒表位还以高频在幼稚的曲目中发现。 高频天真的前体可能使T细胞反应在急性病毒感染的关键早期阶段迅速反应。表位是高度保守的。许多扩展的CDR3在大流行前曲目中以高频存在。早期反应TCRS特定的淋巴细胞脉络膜脑膜炎病毒病毒表位还以高频在幼稚的曲目中发现。高频天真的前体可能使T细胞反应在急性病毒感染的关键早期阶段迅速反应。
TCR CDR3-CMV 抗原化学互补与肾细胞癌的不良预后相关
摘要。背景/目的：由于病毒是癌症的主要病因还是合并症的问题仍未得到解决，我们使用基因组学和生物信息学方法研究了肾细胞癌 (RCC) 环境中对巨细胞病毒 (CMV) 的潜在免疫反应。材料和方法：具体来说，我们评估了实体组织正常驻留、T 细胞受体 (TCR) 互补决定区 3 (CDR3) 和 CMV 抗原的化学互补性评分 (CS)，并确定较高或较低的 CS 组是否与较高或较低的生存概率相关。结果：事实确实如此，所有此类分析一致表明，代表较高 TCR CDR3-CMV 抗原化学 CS 的病例的总体和无进展生存率较低。这一基本结果是针对两个独立的 RCC 数据集和多个 CMV 抗原获得的。结论：结果提出了一个问题，即全身性 CMV 感染在多大程度上可能代表 RCC 的重要合并症。肾细胞癌 (RCC) 是肾脏最常见的恶性肿瘤，是男性第六大常见癌症。RCC 的最大风险因素是吸烟 (1, 2)。遗传因素也可能发挥作用，例如存在 VHL 基因的突变形式 (2)。RCC 通常预后良好，五年生存率
用增强的基因组注释来解开鸡T细胞库
T细胞受体（TCR）曲目测序已成为理解宿主免疫系统中T细胞多样性和功能的强大工具。然而，尽管鸡在农业中的重要性和作为免疫学模型，但由于对TCR基因群的不完整基因组注释，鸡肉TCR曲目仍然很少理解。在这里，我们通过使用5'互补DNA末端（5'种族）TCR曲目测序的5'快速放大来解决这个关键问题。同时，我们增强了TCR变量（V）的基因组注释，多样性（D，仅存在于B和D基因座中），并在鸡基因组中加入（J）基因。为提高TCR注释的效率，我们开发了VJ-Gene-Finder，这是一种算法，旨在从脱氧核糖核酸（DNA）序列中提取VJ基因候选物。使用此工具，我们完成了所有已知鸡TCR基因座的全面注释，包括染色体上的A / D基因座。< / div>。进化分析表明，每个基因座通过长长同源单元的重复分别演变。为了定义健康鸡的基线TCR多样性并证明了该方法的可行性，我们表征了脾脏A / B / G / D TCR库。对曲目的分析揭示了在所有链中特异性V和J组合的优先用法，而总体特征是无偏曲线的特征。但是，B和D曲目主要是每只鸟的独特之处。我们观察到了A和G链曲目内的单个鸟类中的中等水平的共享互补性区域3（CDR3）clonotypes，包括最常见的clonotypes。总的来说，我们的TCR曲目分析使我们能够破译鸡T细胞的组成，多样性和功能。这项工作不仅代表了理解禽类T细胞生物学的重要一步，而且还将阐明宿主病原体相互作用，疫苗发育和鸟类免疫学的进化史。
利用生成人工智能解锁从头抗体设计
生成式人工智能 (AI) 有可能大大提高抗体设计的速度、质量和可控性。传统的从头抗体发现需要耗费大量时间和资源来筛选大型免疫或合成库。这些方法对输出序列的控制也很少，这可能导致先导候选药物结合效果不佳且可开发性较差。几个研究小组已经引入了生成式抗体设计模型，并获得了有希望的计算机证据 [1–10]，但是，没有一种方法能够通过实验验证基于 AI 的生成式从头抗体设计。在这里，我们使用生成式深度学习模型以零样本方式从头设计针对三个不同靶标的抗体，其中所有设计都是单轮模型生成的结果，没有后续优化。具体来说，我们使用高通量湿实验室功能筛选了超过 100 万种设计用于结合人表皮生长因子受体 2 (HER2) 的抗体变体。我们的模型成功设计了抗体重链中的所有 CDR，并计算了通过结合校准的似然度。我们分别实现了重链 CDR3 (HCDR3) 和 HCDR123 设计的 10.6% 和 1.8% 的结合率，比从观察到的抗体空间 (OAS) 中随机抽样的 HCDR3 和 HCDR123 高四倍和十一倍 [11]。我们进一步使用表面等离子体共振 (SPR) 表征了 421 种 AI 设计的结合剂，发现其中三种比治疗性抗体曲妥珠单抗结合更紧密。这些结合剂高度多样化，与已知抗体的序列同一性低，并采用可变的结构构象。此外，这些结合剂在我们之前引入的自然性指标 [12] 上得分很高，表明它们可能具有理想的可开发性特征和低免疫原性。我们开源 1 HER2 结合剂并报告测得的结合亲和力。这些结果为利用生成式人工智能和高通量实验加速新治疗靶点的药物创造开辟了道路。
截至2024年9月20日的电流
截至2024年9月20日的海报会议A（将于10月19日下午6-8：15介绍）A001上皮癌症证明了Langerhans细胞IL34相关的功能障碍。Thi viet trinh dang。弗雷泽学院，昆士兰州大学，布里斯班，澳大利亚昆士兰州。A002 ifetroban通过通过血管杆菌A2级联阻断血小板激活来阻止转移性血管内壁ni。Veeresh Toragall。密西西比大学，牛津，美国，美国。A003 DPEP1在肿瘤微环境界面上保持大肠癌的微卫星稳定性。Sarah Glass。 范德比尔特大学，田纳西州纳什维尔，美国。 A004 FC优化的激动CD40抗体可诱导肿瘤排斥和全身性抗肿瘤免疫 - 从长凳到床边和背部。 Polina Weitzenfeld。 美国纽约洛克菲勒大学。 A005手术干预措施减少了INO-3107的复发性呼吸乳头状瘤病，与患者气道中的富集巨噬细胞，树突状细胞和T细胞签名有关。 马修·莫罗（Matthew Morrow）。 Inovio Pharmecuticals，美国宾夕法尼亚州普利茅斯会议。 A006组织驻留记忆（TRM）T细胞和树突状细胞形成了原位原型，可改善对转移性黑色素瘤中免疫检查点治疗的反应。 保罗·内森（Paul Neeson）。 澳大利亚墨尔本的Peter MacCallum癌症中心。 katiane tostes。 巴西巴雷托群岛的巴雷托癌医院。 Nandini Goel。 USF Morsani医学院，美国坦帕，美国。Sarah Glass。范德比尔特大学，田纳西州纳什维尔，美国。 A004 FC优化的激动CD40抗体可诱导肿瘤排斥和全身性抗肿瘤免疫 - 从长凳到床边和背部。 Polina Weitzenfeld。 美国纽约洛克菲勒大学。 A005手术干预措施减少了INO-3107的复发性呼吸乳头状瘤病，与患者气道中的富集巨噬细胞，树突状细胞和T细胞签名有关。 马修·莫罗（Matthew Morrow）。 Inovio Pharmecuticals，美国宾夕法尼亚州普利茅斯会议。 A006组织驻留记忆（TRM）T细胞和树突状细胞形成了原位原型，可改善对转移性黑色素瘤中免疫检查点治疗的反应。 保罗·内森（Paul Neeson）。 澳大利亚墨尔本的Peter MacCallum癌症中心。 katiane tostes。 巴西巴雷托群岛的巴雷托癌医院。 Nandini Goel。 USF Morsani医学院，美国坦帕，美国。范德比尔特大学，田纳西州纳什维尔，美国。A004 FC优化的激动CD40抗体可诱导肿瘤排斥和全身性抗肿瘤免疫 - 从长凳到床边和背部。Polina Weitzenfeld。美国纽约洛克菲勒大学。A005手术干预措施减少了INO-3107的复发性呼吸乳头状瘤病，与患者气道中的富集巨噬细胞，树突状细胞和T细胞签名有关。马修·莫罗（Matthew Morrow）。Inovio Pharmecuticals，美国宾夕法尼亚州普利茅斯会议。 A006组织驻留记忆（TRM）T细胞和树突状细胞形成了原位原型，可改善对转移性黑色素瘤中免疫检查点治疗的反应。 保罗·内森（Paul Neeson）。 澳大利亚墨尔本的Peter MacCallum癌症中心。 katiane tostes。 巴西巴雷托群岛的巴雷托癌医院。 Nandini Goel。 USF Morsani医学院，美国坦帕，美国。Inovio Pharmecuticals，美国宾夕法尼亚州普利茅斯会议。A006组织驻留记忆（TRM）T细胞和树突状细胞形成了原位原型，可改善对转移性黑色素瘤中免疫检查点治疗的反应。保罗·内森（Paul Neeson）。 澳大利亚墨尔本的Peter MacCallum癌症中心。 katiane tostes。 巴西巴雷托群岛的巴雷托癌医院。 Nandini Goel。 USF Morsani医学院，美国坦帕，美国。保罗·内森（Paul Neeson）。澳大利亚墨尔本的Peter MacCallum癌症中心。katiane tostes。巴西巴雷托群岛的巴雷托癌医院。 Nandini Goel。 USF Morsani医学院，美国坦帕，美国。巴西巴雷托群岛的巴雷托癌医院。Nandini Goel。 USF Morsani医学院，美国坦帕，美国。Nandini Goel。USF Morsani医学院，美国坦帕，美国。USF Morsani医学院，美国坦帕，美国。A007全血细胞计数值和肿瘤浸润淋巴细胞的预后意义在接受免疫检查点抑制剂治疗的非小细胞肺癌患者中。A008与检测抗EBV TCR CDR3相关的卵巢癌的更好结果：与扩散大型B细胞淋巴瘤相关的潜在相关性。A009 T细胞免疫景观在黑色素瘤患者之前，并在免疫检查点封锁治疗后进行治疗。ying luo。UT西南医疗中心，美国德克萨斯州达拉斯。 A010肿瘤反应性T细胞克隆动力学跨处理时间点促进了晚期胃癌的耐药性和进展到前线化学免疫疗法。 塞缪尔·赖特（Samuel Wright）。 美国马萨诸塞州剑桥市麻省理工学院和哈佛大学广泛研究所。 A011 A Trop2/Claudin程序介导免疫排除以阻碍乳腺癌的检查点阻滞。 Bogang Wu。 马萨诸塞州癌症中心，哈佛医学院，美国马萨诸塞州，美国马萨诸塞州。UT西南医疗中心，美国德克萨斯州达拉斯。A010肿瘤反应性T细胞克隆动力学跨处理时间点促进了晚期胃癌的耐药性和进展到前线化学免疫疗法。塞缪尔·赖特（Samuel Wright）。美国马萨诸塞州剑桥市麻省理工学院和哈佛大学广泛研究所。A011 A Trop2/Claudin程序介导免疫排除以阻碍乳腺癌的检查点阻滞。Bogang Wu。 马萨诸塞州癌症中心，哈佛医学院，美国马萨诸塞州，美国马萨诸塞州。Bogang Wu。马萨诸塞州癌症中心，哈佛医学院，美国马萨诸塞州，美国马萨诸塞州。