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药物样EP300/CREBBP乙酰转移酶抑制剂的比较分析
图3。（a）用于1-3的细胞分析的示意图。（b）用1-3处理后从MCF -7细胞中提取的组蛋白的蛋白质分析。每种凝胶的左车道对应于媒介物处理的对照，然后是浓度五倍增加1、2或3（8、40、200、1000、5000 nm）的细胞。暴露时间在每个组蛋白乙酰化标记中相同。（c）在NCI-60细胞线筛选中用1-3处理细胞引起的热图描绘生长。（d）通过1-3对NCI-60抑制作用的互相关分析，溴结构域抑制剂（E）组蛋白H3 N末端的序列表明乙酰化位点和负责修饰的KAT。EP300/CREBBP调节的K18AC颜色为红色。（F）组蛋白H3乙酰化的定量LC-MS分析。值对应于观察到的归一化强度，该强度的组蛋白肽含有从用3处理的细胞分离的指定修饰，其信号的未处理细胞的信号等于100％。在所有情况下，都使用了单一修饰的肽的强度，除K14AC外，其值均来自单一和双重修饰的K14AC肽的总和（2 ND修改：K9ME1，K9ME2，K9ME2或K9ME3）。值表示n = 3个生物学重复的平均值。
全基因组 CRISPR 筛选揭示了弥漫性大 B 细胞淋巴瘤中 CREBBP 与 EP300 之间的合成致死相互作用
摘要 弥漫性大 B 细胞淋巴瘤 (DLBCL) 是最常见的侵袭性淋巴系统恶性肿瘤，是一种高度异质性的疾病。在本研究中，我们进行了全基因组和转录组测序以及全基因组 CRISPR-Cas9 敲除筛选，以研究活化的 B 细胞样 DLBCL 细胞系 (RC-K8)。我们在 RC-K8 中发现了一种独特的遗传必需性模式，包括对 CREBBP 和 MDM2 的依赖性。对 CREBBP 的依赖性与涉及 EP300 的平衡易位有关，这导致蛋白质的截短形式缺乏关键的组蛋白乙酰转移酶 (HAT) 结构域。CREBBP 和 EP300 基因（B 细胞淋巴瘤中两个经常突变的表观遗传调节剂）之间的合成致死相互作用在之前发表的 CRISPR-Cas9 筛选和抑制剂测定中得到了进一步验证。我们的研究表明，将无偏功能筛选结果与基因组和转录组数据相结合，可以识别 DLBCL 中常见和独特的可用药物弱点，并且组蛋白乙酰转移酶抑制可以成为 CREBBP 或 EP300 突变病例的治疗选择。
腹膜和十二指肠的低粘性胃癌...
研究了四名粘性胃癌较差的患者。 分析的类型包括肠道（C1），标志环单元（C2和C4）和未指定的（C3）。 患者C4表现出胃胃肠道的十二指肠浸润。 尽管进行了几次诊断测试和治疗，但不可能确定肿瘤向十二指肠扩展或改善患者的进展。 肿瘤的测序鉴定出CREBBP中的突变，其变体呈现了精氨酸替代半胱氨酸，TP53癌基因中的突变并未改变氨基酸苏氨酸的位置（Thr125 =）。 C1，C2和C3病例在健康和肿瘤胃中进行蛋白质组学分析。 蛋白质与CREBBP和TP53基因相关的蛋白质，与精氨酸和半胱氨酸，组蛋白HAT和HDAC相关的其他蛋白质，以及泛素 - 蛋白酶体系统的蛋白质。 使用XLSTAT程序，观察到SDCBP，NCBP1，MGMT，RARS，HDAC1，UBE1和UBE2K蛋白的表达显着差异，突出了它们作为这种类型胃癌的生物标志物的潜力。 在实验研究中，Inobrodib在调节p300/cbp和使用MC-tRNA纠正突变引起的氨基酸误差方面显示出疗效。 另外，已经提出了靶向蛋白质降解研究了四名粘性胃癌较差的患者。分析的类型包括肠道（C1），标志环单元（C2和C4）和未指定的（C3）。患者C4表现出胃胃肠道的十二指肠浸润。尽管进行了几次诊断测试和治疗，但不可能确定肿瘤向十二指肠扩展或改善患者的进展。肿瘤的测序鉴定出CREBBP中的突变，其变体呈现了精氨酸替代半胱氨酸，TP53癌基因中的突变并未改变氨基酸苏氨酸的位置（Thr125 =）。C1，C2和C3病例在健康和肿瘤胃中进行蛋白质组学分析。蛋白质与CREBBP和TP53基因相关的蛋白质，与精氨酸和半胱氨酸，组蛋白HAT和HDAC相关的其他蛋白质，以及泛素 - 蛋白酶体系统的蛋白质。使用XLSTAT程序，观察到SDCBP，NCBP1，MGMT，RARS，HDAC1，UBE1和UBE2K蛋白的表达显着差异，突出了它们作为这种类型胃癌的生物标志物的潜力。在实验研究中，Inobrodib在调节p300/cbp和使用MC-tRNA纠正突变引起的氨基酸误差方面显示出疗效。另外，已经提出了靶向蛋白质降解
补充表 1. DNA 损伤反应 (DDR) 基因集中包含的基因列表
基因 p HR 基因 p HR ABCB11 0.00000 18.2 CREBBP 0.93 1.05 ABL1 0.00004 10.5 KIF21A 0.50 1.53 ARHGEF16 0.00000 14.2 KMT2E 0.65 1.32 C5orf42 0.00023 17.7 MKI67 0.04 3.18 CCDC88C 0.00028 8.65 OTOG 0.66 0.746 CEP350 0.00003 11.2 POLQ 0.57 1.48 CHD4 0.00029 10.6 SEMA5A 0.22 0.291 CREBBP 0.004 7.22 SON 0.10 3.91e−09 CTAGE1 0.00039 8.38 SPEF2 0.87 1.12 DHX9 0.00007 10.4 STAB2 0.75 0.822 DMD 0.00021 8.93 TCHH 0.03 3.18 DNAH6 0.00022 11 TPR 0.003 4.89 FAM124A 0.00028 8.65 UNC13C 0.94 1.05 FBN1 0.00078 7.62 USH2A 0.73 0.82 GREB1L 0.00025 10.9 ZNF236 0.17 2.2 KIAA1109 0.00237 1.68E+09 KIF21A 0.002 8.24 KMT2E 0.003 7.56 MKI67 0.003 7.66 NBAS 0.00001 15 NWD2 0.00068 7.93 OTOG 0.002 8.24 PARP14 0.00045 9.92 POLQ 0.00073 7.75 SDE2 0.00001 11.8 SEMA5A 0.00030 8.74 SH3TC2 0.00000 17.1
“癌症表观遗传学”——范伯格医学院
上午 10:30 - 10:50 Karen Adelman 博士，哈佛医学院“ 理解增强子介导的基因活性控制” 上午 10:50 - 11:35 咖啡休息 上午会议 2 上午 11:35 - 12:35 会议主席：Andrea Piunti 博士，芝加哥大学 上午 11:35 - 11:55 Karim-Jean Armache 博士，纽约大学“ 表观遗传调控的分子机制” 上午 11:55 - 12:15 Cheryl Walker 博士，贝勒医学院“ 表观遗传衰老作为环境暴露进行发育重编程的目标” 下午 12:15 - 12:35 Laura Pasqualucci 医学博士，哥伦比亚大学“ CREBBP 错义和截断突变在指导生发中心 B 细胞命运启动淋巴瘤形成中的差异作用” 12:35 PM - 2:00 PM 午休
在前列腺癌中使用PARP抑制剂
结果：21例（75％）患者可检测到CtDNA突变。最常见的突变基因是Crebbb（54％，15/28），KMT2D（50％，14/28），STAT6（29％，8/28），Card11（18％，5/28）（18％，5/28），PCLO（14％，4/28），EP300（14％，4/28），11％，BCL2（11％，3/28） 3/28），突变频率> 10％。患有可检测的CTDNA突变的患者倾向于出现晚期Ann Arbor期（III-IV）（p = 0.009），高FLIPI风险（3-5）（p = 0.023）和严重的淋巴结受累（编号涉及区域≥5）（p = 0.02）。此外，我们发现，晚期Ann Arbor阶段，高危FLIPI，乳酸脱氢酶升高（LDH：0 - 248U/L）的患者中的平均VAF较高，晚期病理学级，骨髓受累（BMI）和淋巴结的参与。此外，KMT2D，EP300和STAT6突变与下PFS相关（P <0.05）。
使用靶向和全基因组测序对 SCLC 患者的循环游离 DNA 进行分析
SCLC 肿瘤的基因组分析已发现大量拷贝数变异 (CNA) 和高突变率。 4、5 肿瘤抑制基因肿瘤蛋白 p53 基因（ TP53 ）和视网膜母细胞瘤 1 基因（ RB1 ）几乎普遍失活和普遍丢失，转录调节因子（SRY-box 转录因子 2 基因 [ SOX2 ]、核因子 IB 基因 [ NFIB ]、v-myc 禽类粒细胞瘤病毒致癌基因肺癌衍生同源基因 [ MYCL1 ]、v-myc 禽类粒细胞瘤病毒致癌基因神经母细胞瘤衍生同源基因 [ MYCN ] 和 v-myc 禽类粒细胞瘤病毒致癌基因同源基因 [ MYC ]）频繁扩增，Notch 和组蛋白乙酰转移酶基因（CREB 结合蛋白基因 [ CREBBP ] 和 E1A 结合蛋白 p300 基因 [ EP300 ]）反复突变。 4-6 肿瘤活检，尤其是连续活检，对于 SCLC 来说是一项重大挑战，7,8
认可参数列表 Oncoscreen Jena v5.xlsx
Oncomine Comprehensive Assay v3 DNA 组：AKT1、AKT2、AKT3、ALK、AR、ARAF、ARID1A、ATM、ATR、ATRX、AXL、BAP1、BRAF、BRCA1、BRCA2、BTK、CBL、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CDK12、CDK2、CDK4、CDK6、CDKN1B、CDKN2A、CDKN2B、CHEK1、CHEK2、CREBBP、CSF1R、CTNNB1、DDR2、EGFR、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERCC2、ESR1、EZH2、FANCA、FANCD2、FANCI、FBXW7、FGF19、FGF3、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、 FOXL2、GATA2、GNA11、GNAQ、GNAS、H3-3A、HIST1H1E、HNF1A、HRAS、IDH1、IDH2、IGF1R、JAK1、JAK2、JAK3、KDR、KIT、KNSTRN、KRAS、MAGOH、MAP2K1、MAP2K2、MAP2K4、MAPK1、MAX、MDM2、 MDM4、MED12、MET、MLH1、MRE11A、MSH2、MSH6、MTOR、MYC、MYCL、MYCN、MYD88、NBN、NF1、NF2、NFE2L2、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NRAS、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PALB2、PDGFRA、PDGFRB、PIK3CA、 PIK3CB, PIK3R1、PMS2、POLE、PPARG、PPP2R1A、PTCH1、PTEN、PTPN11、RAC1、RAD50、RAD51、RAD51B、RAD51C、RAD51D、RAF1、RB1、RET、RHEB、RHOA、RICTOR、RNF43、ROS1、SETD2、SF3B1、SLX4、SMAD4、SMARCA4、SMARCB1、SMO、SPOP、SRC、STAT3、STK11、TERT、TOP1、TP53、TSC1、TSC2、U2AF1、XPO1
低强度的脉冲超声刺激（Lipus）调节心脏内微电极植入后的小胶质细胞活化
forn yuen stessman ruzo 41％50％37％41％44％adcy3 adcy3 adcy5 adnp adnp adnp adnp adnp adnp agap2 agap2 agap2 akap9 ank2 ank2 ank2 ank2 ank2 ank2 ank2 ank2 ank2 ank2 ank2 ank2 ankrd11 ankrd11 ankrd11 ankrd11 ankrd11 ankrd11 ap2s1 ariD1b ARID1B ARID1B ARID1B ARID1B Ash1l Ash1l Ash1l Ash1l Asxl3 ASXL3 ASXL3 Babrb3 Bcl11a Bcl11a Bcl11a BRIN2B BTRC CACNA1E C16ORF13 CELF4 CACNA2D3 CACNA2D3 CACNA2D3 CASK CAPN12 CDC42BPB CCSER1 CHD2 CHD2 CHD2 CHD2 CHD2 CHD8 CHD8 CHD8 CHD8 CHD8 CHD8 CHD8 CIC CIC CIC CMPK2 CLASP1 CLASP1 COL4A3BP CNABP CNABP CTNNNB1 CTNNB1 CTNNB1 CTNNB1 CTNB1 CTNBP2 CUL3 CUL3 CUL3 DEAF1 DDX3X DIP2C DDX3X DDX3X DDX3X DNMT3A DNMT3A DNMT3A DNMT3A DIP2A DNMT3A DPYSL2 DPYSL2 DLGP4 DLGAP4 DLGAP1 DSCAM DSCAM DSCAM DSCAM DSCAM DSCAM DSCAM DSCAM DSCAM DSCAM DOCK8 DSCAM DYSCAM DYSC1H1 DSCAM DSCAM DSCAM DRKAM DYRK1A DYRK1A DYRK1A dyrk1a dyrk1a dyrk1a EIF3G FMR1 FAM47A ERBIN ETFB FAM98C FOXP1 FOXP1 FOXP1 FOXP1 FOXP1 FOXP1 FOXP1 FOXP2 GABRB3 GFAP GFAP GIGYF1 GIGYF1 GIGYF1 GIGYF1 GIGYF2 GIGYF1 GNAI1 GNAI1 GNAI1 GRIN2B Grin2B Gria1 Irf2BPL KDM6A HIVEP3 GRIN2B KCNQ3 ILF2 ILF2 KDM5B ITPR1 INTS6 KDM6B Kdm6B Kdm6B Kiaa0232 Kiaa2022 Katnal2 Katnal2 KMT2A KMT2A KDM5B KMT2C KMT2C KMT2C KMT2C KMT2E KMT2E KMT2E KMT5B KMT5B KMT5B KMT5B KMT5B KMT5B LDB1 LAMC3 MFRP MAP1A MECP2 MECP2 MECP2 MECP2 MECP2 MLANA MBD5 MED13L MED13L MED13 MED13 MED13L div>