CROPseq

CROPseq-multi

正向遗传筛选试图通过系统地扰动遗传元素并观察由此产生的表型来解剖复杂的生物系统。虽然标准筛选方法引入了单个扰动，但多重扰动可提高单靶筛选的性能，并实现用于研究遗传相互作用的组合筛选。当前用于多重扰动的工具与需要嵌入 mRNA 条形码的汇集筛选方法不兼容，包括一些显微镜和单细胞测序方法。在这里，我们报告了 CROPseq-multi 的开发，这是一种受 CROPseq 1 启发的慢病毒系统，用于多重化脓性链球菌 (Sp) Cas9 扰动和嵌入 mRNA 条形码。CROPseq-multi 具有与 CROPseq 相同的每引导活性和较低的慢病毒重组频率。 CROPseq-multi 与富集筛选方法和光学池筛选兼容，并可扩展到具有单细胞测序读数的筛选。对于光学池筛选，优化和多路复用的原位检测方案可将条形码检测效率提高 10 倍，能够检测重组事件，并将解码效率提高 3 倍（相对于 CROPseq）。CROPseq-multi 是一种广泛适用的多路复用解决方案，适用于各种基于 SpCas9 的遗传筛选方法。