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循环肿瘤DNA动态分析预测转移性三阴性乳腺癌患者预后及监测治疗反应
背景：关于在转移性三阴性乳腺癌 (mTNBC) 患者中应用循环肿瘤 DNA (ctDNA) 的数据有限。在本文中，我们研究了 ctDNA 在预测 mTNBC 患者预后和监测治疗反应方面的价值。方法：我们前瞻性地招募了 70 名在≤2 线化疗后病情进展的中国 mTNBC 患者，并采集血液样本以提取 ctDNA 进行 457 个基因靶向面板测序。结果：ctDNA+ 患者（定义为 12 个预后相关突变基因）的无进展生存期 (PFS) 短于 ctDNA- 患者（5.16 个月 vs . 9.05 个月，p=0.001），并且多变量分析显示 ctDNA+ 与较短的 PFS 独立相关（HR，95% CI：2.67，1.2–5.96；p=0.016）。突变等位基因肿瘤异质性 (MATH) 评分较高 (≥6.316) 或 ctDNA 分数较高 (ctDNA%≥0.05) 的患者的 PFS 明显短于 MATH 评分较低的患者 (5.67 个月 vs .11.27 个月，p=0.007) 和 ctDNA% 较低的患者 (5.45 个月 vs . 12.17 个月，p<0.001)。MATH 评分 (R =0.24，p=0.014) 和 ctDNA% (R =0.3，p=0.002) 与治疗反应呈正相关，但 CEA、CA125 或 CA153 无相关性。此外，动态监测期间保持 ctDNA+ 的患者的 PFS 往往短于非 ctDNA+ 的患者 (3.90 个月 vs . 6.10 个月，p=0.135)。结论：ctDNA 分析可以深入了解 mTNBC 的突变情况，并可能可靠地预测 mTNBC 患者的预后和治疗反应。资金：这项工作得到了国家自然科学基金（批准号 81902713）、山东省自然科学基金（批准号 ZR2019LZL018）、山东省医学会乳腺疾病研究基金（批准号 YXH2020ZX066）、山东省肿瘤医院启动基金（批准号 2020-PYB10）、北京科技创新基金（批准号 KC2021-ZZ-0010-1）的支持。
利用可分散磁性纳米电极上的表面限制基因扩增进行超灵敏和快速循环肿瘤 DNA 液体活检
摘要：循环肿瘤DNA（ctDNA）检测已被认为是一种有前途的癌症诊断液体活检方法，各种ctDNA检测用于早期检测和治疗监测。基于可分散磁性纳米粒子的电化学检测方法已被提议作为基于检测性能和平台材料的特点的ctDNA检测的有前途的候选方法。本研究提出了一种纳米粒子表面局部基因扩增方法，将Fe3O4-Au核-壳纳米粒子整合到聚合酶链式反应（PCR）中。这些高度分散且磁响应的超顺磁性纳米粒子充当纳米电极，在PCR扩增后在纳米粒子表面原位扩增和积累目标ctDNA。随后捕获这些纳米粒子并进行重复的电化学测量以诱导重构介导的信号放大，以实现超灵敏（约3aM）和快速（约7分钟）的体外转移性乳腺癌ctDNA检测。该检测平台还可以检测体内样本中的转移性生物标志物，凸显了其临床应用的潜力，并可进一步扩展到对各种癌症进行快速、超灵敏的多重检测。关键词：循环肿瘤DNA、液体活检、基因扩增、电化学检测、磁性纳米粒子、表面功能化、超顺磁性
解锁无细胞DNA生物标志物的功能
无细胞的DNA（CFDNA）生物标志物已成为革命性肿瘤学精确医学的有效工具。这些生物标志物源自各种细胞来源，为肿瘤的遗传景观提供了宝贵的见解，促进了癌症患者的早期发现，诊断，治疗选择和监测。CFDNA生物标志物的一种突出类型是循环肿瘤DNA（CTDNA），其中包括由肿瘤细胞脱落到血液中的DNA片段。ctDNA具有肿瘤特异性突变和遗传改变，反映了肿瘤的遗传异质性。对CTDNA的检测和分析允许对肿瘤动力学，治疗反应评估以及抗电阻机制的侵入性监测。此外，CTDNA分析可以在治疗后发现最小残留疾病（MRD），帮助预后和个性化的治疗决定。
行业指南
I. 引言 本指南旨在帮助计划在根据新药研究申请 (IND) 进行的癌症临床试验中使用循环无细胞血浆衍生的肿瘤 DNA (ctDNA) 作为生物标志物，和/或支持用于治疗早期（治愈性）实体瘤恶性肿瘤的药物和生物制品 2 的上市批准。本指南反映了 FDA 目前对药物 2 开发和临床试验设计问题的想法，这些问题与在治愈性实体瘤恶性肿瘤临床试验中使用 ctDNA 作为生物标志物有关。本指南还将讨论 ctDNA 检测和方法的标准化和协调，特别关注评估分子残留疾病 (MRD) 的检测考虑因素。有兴趣开发用于临床的实体瘤特定 MRD 检测的制造商应咨询设备和放射健康中心 (CDRH) 的体外诊断办公室。本指南未涉及使用 ctDNA 进行癌症早期检测或癌症筛查（例如，尚未诊断出癌症的情况）。本指南也未涉及在转移性癌症环境中使用 ctDNA，尽管某些原则可能适用于多种疾病环境（例如，用于临床验证早期终点的荟萃分析方法）。由于本指南的重点是使用 ctDNA 进行药物开发，因此本指南并未详细说明仅作为体外诊断来监测疾病复发的 ctDNA 检测的开发。有关在血液系统恶性肿瘤中使用微小残留病的相关主题的更多信息，请参阅行业指南《血液系统恶性肿瘤：在开发用于治疗的药物和生物制品中使用微小残留病的监管考虑因素》（2020 年 12 月）。3
化学上的循环肿瘤DNA监测 -
摘要◥目的：化学免疫疗法（化学疗法）是晚期驾驶员阴性非小细胞肺癌（NSCLC）的普遍治疗，诱导后进行了维持治疗。然而，持续时间，剂量和临时治疗临床治疗的临床变异性显着。，我们使用循环肿瘤DNA（CTDNA）监测来告知晚期NSCLC接受化学作用的患者的结果。实验设计：这项回顾性研究包括221名来自阿唑珠单抗的III阶段试验的卡泊铂试验，nsclc中的nab-紫杉醇与卡泊蛋白nab-paclitaxel（Impower131）。ctDNA监测使用了基础跟踪器，涉及预处理肿瘤组织的全面基因组促进，使用算法的变体选择来排除非肿瘤变体，以及最多16个变体的多重PCR来检测和量化ctDNA。结果：在96％的预处理样品（中位数，93个平均肿瘤分子/ml）和
胆道癌中循环肿瘤DNA
摘要。癌症患者的外周血“生理上”呈现出源自原发性或转移性部位的细胞和细胞成分，包括循环肿瘤细胞（CTC），循环游离DNA（CFDNA）和含有蛋白质，脂质，脂质和核酸的外部循环。一词循环肿瘤DNA（CTDNA）指示CfDNA的一部分，该部分源自原发性肿瘤和/或转移性部位，携带肿瘤特异性遗传或表观遗传学改变。CTDNA的分析在癌症管理的各个阶段都有巨大的潜在应用，包括早期诊断癌症，驾驶员改变，监测治疗反应和耐药机制的检测。因此，CTDNA有可能通过从组织到外周血作为信息来源来深刻改变当前的临床实践。在此，我们回顾了有关CTDNA在胆道癌（BTC）患者中的潜在作用的当前文献，特别关注这种高度侵略性疾病的状态技术和未来观点。
循环肿瘤DNA预测转移性胃食管癌的结果
抽象背景循环肿瘤DNA（CTDNA）在局部和转移性癌症中具有预测性和预后价值。这项研究使用特定区域特异性的下一代测序（NGS）面板分析了基线和治疗CTDNA的预后值和治疗CTDNA的预后值。方法在一线姑息性全身治疗开始之前和9周和18周后，从患者的血浆中分离出无细胞DNA。设计了两个NGS面板，其中包括GEC中最常见的突变基因和靶向突变。匹配的转移活检中的肿瘤衍生的突变用于验证测序面板评估了真正的肿瘤衍生的变体。肿瘤体积，并与变异等位基因频率（VAF）相关。使用单变量和多变量COX-回归分析进行生存分析。在72例患者中有75％的预处理血浆中检测到ctDNA，并且与转移性活检中的突变很好地相关（86％符合度）。VAF与基线肿瘤体积相关（Pearson的R 0.53，P <0.0001）。在血浆中基线时多个基因突变的检测与总体存活率较差（OS，HR 2.16，95％CI CI 1.10-4.28; P = 0.027）和无进展生存率有关（PFS，HR 2.71，95％CI CI 1.28-5.73; P = 0.009）。在治疗9周后，患有残留可检测CTDNA的患者（OS：HR 4.95，95％CI 1.53-16.04; P = 0.008; PFS：HR 4.08，95％CI 1.31-12.75; P = 0.016）。基于我们的NGS小组的结论，一线化学疗法开始之前的CTDNA突变的数量具有预后价值。此外，三个循环全身治疗后的残留ctDNA与下生存率有关。
使用基于标记扩增子的 NGS 检测方法通过液体活检基因组分析确定具有可操作突变的致癌成瘾晚期 NSCLC 患者的预后
基于循环肿瘤 DNA (ctDNA) 的分子分析正在通过多基因下一代测序 (NGS) 面板在晚期癌症患者的临床实践中迅速获得关注。然而，临床结果仍然描述不详，需要通过对血浆 ctDNA 中检测到基因组改变的患者进行个性化治疗来进一步验证。在这里，我们描述了通过 ctDNA 液体活检检测 InVisionFirst ® -Lung 在血浆中发现可操作改变的致癌成瘾晚期 NSCLC 患者的结果、3 个月时的疾病控制率 (DCR) 和无进展生存期 (PFS)。对 81 名晚期 NSCLC 患者进行了汇总回顾性分析，这些患者具有预测对目前 FDA 批准药物有反应的所有类型的改变：致敏常见 EGFR 突变（78%，n = 63）和 T790M（73%，46/63）、ALK / ROS1 基因融合（17%，n = 14）和 BRAF V600E 突变（5%，n = 4）。所有患者均通过先前的组织基因组分析确认了液体活检中检测到的可操作驱动改变，并且所有患者都接受了个性化治疗。在接受匹配靶向治疗的 82 名患者中，10% 为一线患者，41% 为二线患者，49% 为二线以上患者。 73% (46/63) 的患者在 TKI 复发时被检测到获得性 T790M，所有潜在患者 (34/46) 均根据 ctDNA 结果开始奥希替尼治疗。81 名可评估患者的 3 个月 DCR 为 86%。中位 PFS 为 14.8 个月 (12.1-22.9 个月)。基线 ctDNA 等位基因驱动基因分数与个性化治疗的反应率无关 (p = 0.29)。ctDNA 分子分析是一种准确可靠的工具，可用于检测晚期 NSCLC 患者中临床相关的分子改变。靶向治疗的临床结果支持将基于扩增子的 NGS ctDNA 分析液体活检用于晚期 NSCLC 患者的一线和复发检测。
使用基于标记扩增子的 NGS 检测方法通过液体活检基因组分析确定具有可操作突变的致癌成瘾晚期 NSCLC 患者的预后
基于循环肿瘤 DNA (ctDNA) 的分子分析正在通过多基因下一代测序 (NGS) 面板在晚期癌症患者的临床实践中迅速获得关注。然而，临床结果仍然描述不详，需要通过对血浆 ctDNA 中检测到基因组改变的患者进行个性化治疗来进一步验证。在这里，我们描述了通过 ctDNA 液体活检检测 InVisionFirst ® -Lung 在血浆中发现可操作改变的致癌成瘾晚期 NSCLC 患者的结果、3 个月时的疾病控制率 (DCR) 和无进展生存期 (PFS)。对 81 名晚期 NSCLC 患者进行了汇总回顾性分析，这些患者具有预测对目前 FDA 批准药物有反应的所有类型的改变：致敏常见 EGFR 突变（78%，n = 63）和 T790M（73%，46/63）、ALK / ROS1 基因融合（17%，n = 14）和 BRAF V600E 突变（5%，n = 4）。所有患者均通过先前的组织基因组分析确认了液体活检中检测到的可操作驱动改变，并且所有患者都接受了个性化治疗。在接受匹配靶向治疗的 82 名患者中，10% 为一线患者，41% 为二线患者，49% 为二线以上患者。 73% (46/63) 的患者在 TKI 复发时被检测到获得性 T790M，所有潜在患者 (34/46) 均根据 ctDNA 结果开始奥希替尼治疗。81 名可评估患者的 3 个月 DCR 为 86%。中位 PFS 为 14.8 个月 (12.1-22.9 个月)。基线 ctDNA 等位基因驱动基因分数与个性化治疗的反应率无关 (p = 0.29)。ctDNA 分子分析是一种准确可靠的工具，可用于检测晚期 NSCLC 患者中临床相关的分子改变。靶向治疗的临床结果支持将基于扩增子的 NGS ctDNA 分析液体活检用于晚期 NSCLC 患者的一线和复发检测。
BSC_CON_2.10 肿瘤学：循环肿瘤 DNA 和循环肿瘤细胞（液体活检） 原始政策日期：2023 年 6 月 1 日 生效日期：11 月 1 日
注释和定义 无细胞循环肿瘤 DNA (ctDNA) 是血液中循环的碎片状肿瘤衍生 DNA，它未被细胞携带。ctDNA 直接来自肿瘤或循环肿瘤细胞。循环肿瘤细胞 (CTC) 是从原发性肿瘤或转移部位脱落到血流或淋巴系统的完整细胞，通过血液循环在体内循环。 临床考虑 无细胞循环肿瘤 DNA 分析不应代替组织学组织诊断，但是，在上述特定临床考虑下，可以考虑使用 ctDNA。 无细胞循环肿瘤 DNA 分析不应与实体瘤的组织检测同时进行。如果无细胞循环肿瘤 DNA 分析结果为阴性，建议进行基于组织的分析。 描述 无细胞循环肿瘤 DNA (ctDNA) 直接来自肿瘤组织（原发性或转移性）；随着肿瘤细胞死亡，其内容物被释放到血液中。对无细胞循环肿瘤 DNA (ctDNA) 进行的基因测试（也称为液体活检）可能为检测“驱动突变”或获得性基因突变提供一种非侵入性组织活检替代方法，可指导靶向治疗，也可用于追踪疾病进展。循环肿瘤细胞 (CTC) 是从肿瘤细胞脱落到血液或淋巴系统的完整肿瘤细胞。大多数检测通过使用表面上皮标志物（如 EpCAM 和细胞角蛋白）来检测 CTC。检测 CTC 的主要原因是通过量化循环水平进行预后，而不是指导治疗选择。相关政策本政策文件提供了循环肿瘤 DNA (ctDNA) 和循环肿瘤细胞检测（液体活检）的覆盖标准。有关其他肿瘤学相关检测，请参阅：