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CUTANA™ 止动缓冲液
CUT&RUN 方法 CUT&RUN 使用 CUTANA™ChIC/CUT&RUN 试剂盒进行，起始于 500k K562 细胞，含 0.5 µg IgG（EpiCypher 13-0042）、H3K4me3（EpiCypher 13-0060）、H3K27me3（EpiCypher 13-0055）或 0.125 µg CTCF（EpiCypher 13-2014）抗体，一式两份。使用 CUTANA™CUT&RUN 文库制备试剂盒（EpiCypher 14-1001/14-1002）以 5 ng DNA（或回收总量，如果少于 5 ng）进行文库制备。文库在 Illumina NextSeq2000 上运行，采用双端测序（2x50 bp）。样本测序深度为 5.5/18.8 百万个读数 (IgG Rep 1/Rep 2)、14.2/17.0 百万个读数 (H3K4me3 Rep 1/Rep 2)、24.7/18.1 百万个读数 (H3K27me3 Rep 1/Rep 2) 和 8.6/5.5 百万个读数 (CTCF Rep 1/Rep 2)。使用 Bowtie2 将数据与 T2T-CHM13v2.0 基因组比对。过滤数据以删除重复、多比对读数和 ENCODE DAC 排除列表区域。
CUTANA™ ChIC/CUT&RUN 套件 v5 - 手册 v5.0
将 K-MetStat Panel 加入指定用于 H3K4me3、H3K27me3 和 IgG 对照抗体的反应中。如果使用 500,000 个细胞/反应，则添加 2 µL。对于较低的细胞数，请按照手册说明减少 K-MetStat Panel。轻轻涡旋试管以混合并快速旋转。
快速清理DNA纯化套件版本1用户手册...
高质量DNA的纯化对于剪切和剪切和标记测定至关重要。与使用自旋柱纯化DNA的许多套件不同，Cutana™快速清理DNA纯化套件采用基于Spri珠的纯化策略。在这种方法中，以特定比率添加了Spri珠，以同时选择靶DNA的大小选择和纯化。更高的珠子：DNA比捕获了不同长度的DNA片段，而较低的比率优先恢复了更长的片段。值得注意的是，这些顺磁珠与8条管兼容，可以在Cutana剪切和运行和切割和标记工作流程中精简积分。
CUT&Tag 套件版本 3 用户手册版本 3.0
靶标下切割和标记 (CUT&Tag) 是一种突破性的表观基因组图谱策略，它以之前的免疫束缚技术 CUT&RUN 和 ChIC 1-6 为基础。在 CUTANA ™ CUT&Tag 中，细胞核被固定在固体支持物上，抗体原位结合其染色质靶标。蛋白 A 和 G 与原核转座酶 5 (pAG-Tn5) 的融合用于选择性切割和标记抗体结合的染色质，并带有测序接头 (图 1)。使用 EpiCypher 独有的单管 (“直接 PCR”) 方法直接对标记片段进行 PCR 扩增，得到可测序的 DNA 6,7。
14-1048 技术数据表
CUTANA™ChIC/CUT&RUN 试剂盒可简化组蛋白翻译后修饰 (PTM) 和染色质相关蛋白的染色质分析。CUT&RUN 试剂盒版本 5 (v5) 现在包含额外的对照抗体 (H3K27me3)。阳性 (H3K4me3 和 H3K27me3) 和阴性 (IgG) 对照抗体与 SNAP-CUTANA™spike-in 对照配对，用于优化测定和持续测定监测 (图 2)。包含大肠杆菌 DNA 以进行数据标准化。SPRI 磁珠用于 DNA 纯化，可在整个工作流程中实现无缝多通道移液，从而最大限度地提高通量和可重复性。该试剂盒与各种输入兼容，包括源自天然、冷冻保存或交联样本的细胞或细胞核。虽然建议从 500,000 个细胞开始，但只需 5,000 个细胞即可生成可比数据。纳入对照以及与多种目标类型、样本输入和低细胞数量的兼容性，使该试剂盒成为染色质映射实验的首选解决方案。