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deeplex®帮助
deeplex®有助于测定依赖于与抗生素耐药性相关的八个幽门螺杆菌基因靶标的深层测序（图3）。基于在这些基因座中观察到的变体的存在或不存在变体，并询问了DeepLex®帮助数据库***，样品中存在的H.幽门菌株预计将对每种抗生素具有抗性或易感性，或具有尚未表征的变体。该测定方法可以预测对克拉霉素，氟喹诺酮，四环素和利福平的耐药性。在结果报告中可以查看描述变体与耐药性的关联的参考文献文献信息。此外，还报道了与甲硝唑和阿莫西林抗性相关的FRXA / RDXA和PBP1中的变体。所有变体描述都包括单个目标位置，以及它们的序列覆盖深度和读取频率。
Deeplex® Myc-TB
Deeplex® Myc-TB 检测依赖于对 18 个主要 MTBC 基因靶点进行深度测序，这些靶点与对一线和二线药物的耐药性有关（图 3）。根据在这些基因座中观察到的突变的存在或不存在情况以及对参考数据库的查询，预测样本中的 MTBC 菌株对每种抗生素敏感或耐药，或具有尚未表征的突变（图 1）。可以轻松看到各个靶点位置和突变以及它们的序列覆盖深度。可通过超链接访问描述突变与耐药性关联的参考文献信息。总的来说，该检测可以预测对 15 种抗结核药物的耐药性，包括最近推出的贝达喹啉和利奈唑胺 4 等化合物，使其成为迄今为止最详尽的可直接应用于样本的基因型检测。
Deeplex Myc-TB 示例报告
基因靶标中检测到的变异或插入/缺失（indel）及其颜色代表的亚群百分比；基因靶标中未检测到变异或插入/缺失，或仅检测到与耐药性无关的变异或插入/缺失；基因靶标覆盖率不理想；鉴定为非结核分枝杆菌（NTM）。分枝杆菌检测到的变异或插入/缺失通过最外层的密码子、氨基酸或核苷酸变化（缺失显示为*）指定，使用与上述相同的颜色代码表示耐药性相关和未表征的类别，或使用灰色（ ）表示与耐药性无关的变异或插入/缺失。目标参考序列根据基因靶标覆盖率着色如下：覆盖率>95%，覆盖率<95%。每个目标的检测限直方图的颜色编码如下：1%检测限3%，3%检测限80%。≤≤<≤
Deeplex Myc-TB 技术说明
Deeplex® Myc-TB 检测依赖于与对一线和二线药物耐药性相关的 18 个主要 MTBC 基因靶点的深度测序（图 3）。根据在这些基因座中观察到的突变的存在或不存在以及对参考数据库*****的查询，预测样本中的 MTBC 菌株对每种抗生素敏感或耐药，或具有尚未表征的突变（图 1）。可以轻松查看单个靶点位置和突变及其序列覆盖深度。可通过超链接访问描述突变与耐药性关联的参考文献信息。总体而言，该检测可以预测对 15 种抗结核药物/药物类别的耐药性，包括最近推出的化合物，如贝达喹啉和利奈唑胺，使其成为迄今为止最详尽的可直接应用于样本的基因型检测。
Deeplex® Myc-TB - 用户手册
该检测依赖于与一线和二线药物耐药性相关的 18 种主要 MTBC 基因靶标的深度测序（表 2）。可以在高读取深度下对分枝杆菌基因靶标进行测序。因此，每个序列位置都可以被许多读取覆盖，从而实现高度可信的突变调用。可以在占样本中细菌 3%（在位置特定读取深度条件下甚至为 1%）的突变/异质耐药亚群中检测到变异，这是其他快速分子检测无法实现的。可以表征代表低至 100-1000 个分枝杆菌基因组/杆菌的提取 DNA，因此低于传统显微镜的检测限。该试剂盒还包括对安全 Web 应用程序 Deeplex® Web 应用程序的访问，以便快速轻松地分析和解释测序数据。
信息表：GenoScreen Deeplex Myc-TB 测试
GenoScreen 拥有基于新一代测序 (NGS) 的试剂盒，可同时识别分枝杆菌种类、进行基因分型并预测结核分枝杆菌复合群 (MTBC) 菌株的耐药性；该试剂盒 (Deeplex® Myc-TB) 可直接用于临床样本 (1) 。该检测依赖于单个 24 重扩增子混合物的深度测序，针对与一线和二线抗结核药物（利福平、异烟肼、吡嗪酰胺、乙胺丁醇、氟喹诺酮类、阿米卡星、卡那霉素、卷曲霉素、链霉素、乙硫异烟胺、贝达喹啉、氯法齐明和利奈唑胺）耐药性相关的 18 个主要 MTBC 基因区域。 hsp65 基因是分枝杆菌种属识别的靶标，而 spoligotyping 靶标（CRISPR/直接重复 [DR] 基因座）和耐药相关靶标中的系统发育单核苷酸多态性 (SNP) 用于 MTBC 菌株基因分型。
脑脊液靶向测序快速鉴定耐药结核性脑膜炎
摘要 结核性脑膜炎 (TBM) 的死亡率仍然保持在 30% 左右，大多数死亡发生在开始治疗后的 2 个月内。耐药菌株的死亡率更高，因此及早发现耐药性 (DR) 至关重要。靶向下一代测序 (tNGS) 产生高读取深度，可以检测低频率的 DR 相关等位基因。我们将 Deeplex Myc-TB（一种 tNGS 检测）应用于 72 名经微生物学确诊的 TBM 成人的脑脊液 (CSF) 样本，并将其基因组药物敏感性预测与表型敏感性测试 (pDST) 和全基因组测序的综合参考标准以及临床结果进行了比较。Deeplex 在 24/72 (33.3%) 个 CSF 样本中检测到结核分枝杆菌复合体 DNA，并为 22/24 (91.7%) 生成了完整的 DR 报告。 Deeplex 生成的读取深度与 MTB/RIF Xpert 的半定量结果相关。在与一线 DR 相关的典型基因座上可以看到频率 <20% 的等位基因。忽略这些低频等位基因，Deeplex 与除吡嗪酰胺和链霉素以外所有药物的综合参考标准 100% 一致。三名患者在治疗 30 天后脑脊液培养呈阳性；参考测试和 Deeplex 在其中两名患者中鉴定出异烟肼耐药性，而 Deeplex 单独在一名患者中鉴定出低频利福平耐药等位基因。五名患者死亡，其中一名患者通过 pDST 鉴定出吡嗪酰胺耐药性。脑脊液 tNGS 可以快速准确地检测出耐药 TBM，但其应用仅限于细菌负荷较高的患者。对于细菌负荷较低的患者，需要开发诊断和耐药性检测的替代方法。
引入新工具项目 (i NTP) 靶向下一代测序在药物依赖性检测中的应用
2022 年，icddr,b 开始使用 MiniSeq 测序系统（美国圣地亚哥 Illumina）和 Deeplex® Myc-TB 检测（法国里尔 GenoScreen），该检测可检测导致对 15 种抗结核药物产生耐药性的突变。到 2022 年 12 月，已对 icddr,b 的结核病筛查和治疗中心 (TBSTC)、国立胸科医院疾病研究所 (NIDCH) 和 Shaymoli 250 张床位的结核病医院登记的 310 名患者采集的痰液样本进行了 tNGS。同时，还使用固体（Löwenstein-Jensen）和液体培养（Bactec TM MGIT TM ）对样本进行表型药物敏感性测试 (pDST) 以及通过线探针测定（GenoType MTBDRplus 和 MTBDRsl）进行测试。