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设计特定群体的引物
本文档介绍如何通过使用 DECIPHER 包中的 DesignPrimers 函数设计组特异性引物。作为案例研究，本教程重点关注链霉菌属不同物种的全测序基因组的内部转录间隔区 (ITS)。ITS 位于编码 16S 和 23S 核糖体 RNA 的基因之间的染色体上。本文档中的示例旨在从多种密切相关的链霉菌物种中寻找针对单一链霉菌物种的引物。但是，任何一组分成组的比对序列都可以使用类似的策略。例如，使用此程序设计的针对 16S 基因的属特异性引物可在 http://DECIPHER.codes 在线获取。分成组的比对 DNA 序列数据库用作该程序的输入。首先，使用 TileSeqs 函数将序列预处理为重叠的图块，这些图块将作为引物设计的模板 DNA。其次，DesignPrimers 函数确定满足某些设计约束的所有可能引物集，例如在特定实验条件下有效扩增目标组的能力。接下来，对完整的引物集进行评分，以确定其与属于
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DECIPHER 包 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 调整对齐. . . . . . . . . . . . . . . . 9 对齐数据库. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 对齐对. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 AlignProfiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 AlignSeqs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 AlignSynteny . . . . . . . . . . . ..................................................................................................................................................................................................................................24 对齐翻译.....................................................................................................................................................................................................................................................................26 放大DNA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................28 数组2矩阵..................................................................................................................................................................................28 ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................30 BLOSUM ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................31 BrowseDB .................. ... 32 浏览序列 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 计算效率 PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 53 创建嵌合体。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 56 个 DB2Seq。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 58 deltaGrules 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 60 deltaGrulesRNA 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 61 deltaH 规则。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 62 deltaHrulesRNA 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 63 增量规则。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 64 deltaSrulesRNA 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 65 设计阵列 . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .................. ... . 83 消除歧义. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 距离矩阵. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92 查找嵌合体 . . . . . . . . . . . . . . 93 查找基因 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96 查找非编码 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98 寻找连锁群 . . . . . . . . . . . . . . . . . 99 形成组 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 基因 . . . . . . . . . . . . . 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 103