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基因分型
或者，您可以使用依赖于 Sanger 测序的 EditCo 的 CRISPR 编辑推断 (ICE) 工具来分析单指导、多指导和敲入 CRISPR 编辑。值得注意的是，EditCo 的 ICE 工具目前是分析多指导衍生的 CRISPR 编辑的唯一公开可用选项。CRISPR 编辑推断 (ICE) 工具是一款免费的在线软件，可分析 Sanger 测序数据以确定编辑效率。在使用 ICE 之前，必须准备编辑和对照 DNA 样本进行 Sanger 测序。该协议提供了如何设计引物、分离基因组 DNA 和进行 PCR 的说明。这些说明可用于每个靶标使用一个 sgRNA（或 cr:tracr）或每个靶标使用多个 sgRNA（即 EditCo 的多指导设计）的敲除实验。该协议也可用于敲入实验。如果您需要 Sanger 测序引物，可以联系 Technicalsupport@editco.bio。请注意，Sanger 引物建议是使用标准生物信息学算法计算得出的。EditCo 并未对其进行功能验证。
工程永生的细胞快速启动指南
1。Editco建议尽快（在1-3个段落内）尽快对细胞进行基因分型。要评估您编辑的单元格的基因型，您可以使用下一代测序（NGS）或Sanger测序。用于单个指南淘汰赛和CRISPR编辑，如果您想使用NGS分析基因型，我们建议使用Crispresso。ngs启动序列可在质量控制报告中为您的项目提供，您可以使用Editco的CRISPR编辑（ICE）工具来分析单指，多指定和敲门CRISPR编辑，该工具依赖于Sanger测序。值得注意的是，Editco的ICE工具是目前唯一用于分析多指南派生CRISPR编辑的公开选项。对于Sanger测序，将根据要求提供PCR引物。您可以联系technicalsupport@editco.bio，以获取有关您的订单的Sanger Primer建议。 请注意，我们的Sanger底漆建议是使用标准生物信息学算法计算的。 它们未通过Editco在功能上验证。 有关如何隔离基因组DNA，PCR扩大靶向区域以及为Sanger测序准备的说明，可以在我们的基因分型方案中获得。 分别在我们的ICE基因敲除和敲入分析方案中详细介绍了使用ICE评估敲除或敲入编辑效率的说明。 对于小敲门剂，我们建议通过Sanger测序和冰分析来识别细胞的编辑基因型。 对于大型敲击，可以使用PCR产物的Junction PCR和Sanger测序来识别插入的序列。您可以联系technicalsupport@editco.bio，以获取有关您的订单的Sanger Primer建议。请注意，我们的Sanger底漆建议是使用标准生物信息学算法计算的。它们未通过Editco在功能上验证。有关如何隔离基因组DNA，PCR扩大靶向区域以及为Sanger测序准备的说明，可以在我们的基因分型方案中获得。分别在我们的ICE基因敲除和敲入分析方案中详细介绍了使用ICE评估敲除或敲入编辑效率的说明。对于小敲门剂，我们建议通过Sanger测序和冰分析来识别细胞的编辑基因型。对于大型敲击，可以使用PCR产物的Junction PCR和Sanger测序来识别插入的序列。
Arryed Crispr grna库
感谢您为您的实验选择Arrayed Crispr Grna库！Editco的人类和小鼠筛选库利用多指导SGRNA的策略性设计来消除您感兴趣的人类或小鼠蛋白质编码基因。SGRNA在靶向基因组基因座处共同引起片段缺失，因此破坏了基因功能并使其非常适合丧失功能筛选。Editco库的阵列格式，其中一个基因在多井板上的每个孔都被靶向，从而消除了对复杂数据反卷积的需求，并且与各种功能测定兼容。此快速启动指南提供了有关如何准备，使用，存储和量化SGRNA库的说明。
基因敲除试剂盒
我们强烈建议您在使用靶向特异性多向导 sgRNA 之前，先使用特定细胞类型的阳性对照优化转染条件。为了优化人类细胞系的条件，EditCo 提供了转染优化试剂盒，其中包含靶向人类 TRAC 的阳性对照多向导 sgRNA。对于小鼠细胞系，我们建议使用靶向小鼠 Rosa26 的阳性对照单向导 sgRNA 来优化您的条件（请参阅第 2 页所需的其他材料）。我们建议为您的基因组编辑实验形成核糖核蛋白 (RNP) 复合物，以最大限度地提高编辑效率并减少脱靶效应。选择 EditCo 的电穿孔、脂质转染或核转染方案与此试剂盒一起使用。所有方案均可在 editco.com/resources 上找到。
CRISPR使用霓虹灯电穿孔对永生的细胞系编辑
该方案描述了如何将核糖核蛋白（RNP）复合物组成，这些复合物由纯化的CAS9核酸酶复制，用化学改良的合成单导剂RNA（SGRNA）复制到永生的粘附或悬浮液中。包括一个敲门选项。RNP递送是使用Thermo Fisher Neon™转染系统完成的。包括各种细胞类型的电穿孔设置的参考。化学修饰的SGRNA旨在抵抗可导致细胞死亡的外核酸和先天的细胞内免疫级联反应。Editco化学修改的合成SGRNA具有特殊的纯度，并且始终驱动高编辑频率。
使用 24 孔板脂质体转染技术对含有 RNP 的永生化细胞系进行 CRISPR 编辑
本方案描述了如何将由纯化的 Cas9 核酸酶与化学修饰的合成单向导 RNA (sgRNA) 组成的核糖核蛋白 (RNP) 复合物递送至标准永生化细胞系（粘附或悬浮）。尽管针对 HEK293（人胚胎肾 293 细胞）进行了优化，但本方案可能适用于许多其他细胞系（例如 A549、U2OS、HeLa、CHO、MCF-7）。RNP 递送是使用 Lipofectamine™ CRISPRMAX™ 转染试剂完成的。化学修饰的 sgRNA 旨在抵抗核酸外切酶的降解并防止可能导致细胞死亡的先天性细胞内免疫级联。本方案可用于转染 EditCo 的多向导基因敲除试剂盒。
使用核转染技术利用 RNP 对人类 iPS 细胞进行 CRISPR 编辑
• 建议戴上手套并使用无核酸酶试管和试剂以避免 RNase 污染。 • 始终保持无菌技术，并使用无菌过滤移液器吸头。 • 所有 EditCo 试剂应根据制造商的建议储存。 • 合成 sgRNA 应溶解在 TE 缓冲液中，并使用无核酸酶水稀释至工作浓度。请参阅 EditCo.com/resources 以查找与溶解和储存合成 sgRNA 相关的最佳实践。 • RNP 可直接在 Nucleofector™ 溶液中形成。 • RNP 复合物在室温下可稳定保存长达 1 小时（可在 4°C 下保存长达一周，或在 -20°C 下保存长达 1 个月）。请注意，在 4°C 下储存的 RNP 可能会在长时间后受到微生物生长的污染。