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使用...对混合样本进行 DNA 元条形码编码 - Aguirre Lab
牛津纳米孔 Flongle 简介：本方案描述了我们使用纳米孔 Flongle 进行 DNA 元条形码编码的方法。它涵盖了纳米孔测序和 DNA 元条形码编码的简要背景、我们为元条形码编码设计的引物、我们的 PCR 方法、纳米孔文库制备和样品加载以及使用 Ontbarcoder 应用程序进行的数据分析。牛津纳米孔测序：牛津纳米孔测序仪 1 是第三代实时长读测序仪，越来越受欢迎。它相对便宜（起价 1000 美元），小巧便携，可生成长读长（1000 个碱基对），并实时测序，这意味着您可以在测序反应进行时下载和分析序列数据。纳米孔测序的工作原理是检测 DNA 穿过纳米孔时流动池上纳米孔中电荷的变化。DNA 核苷酸（A、C、T、G）在穿过纳米孔时会以不同的方式改变电荷，因此机器可以根据孔电荷的变化确定 DNA 链的序列。 Flongle：纳米孔流动槽有两种类型，常规流动槽适用于大型项目（成本约为 1,000 美元），Flongle 2 流动槽适用于小型实验（每个流动槽成本约为 90 美元）。虽然 Flongle 流动槽成本不算太高，但对单个样本进行测序还是太贵了。常规 Sanger 测序每个样本的成本为 2-6 美元！因此，必须将样本汇集在一起进行测序，也就是说，将几个或多个样本一起装入单个 Flongle 流动槽中。为了稍后分离样本，需要用条形码标记样本，以便识别它们。DNA 宏条形码：DNA 条形码是使用参考序列来识别物种。对指定的条形码基因（传统上是线粒体 COI 基因）进行测序，然后将获得的序列与条形码序列数据库进行比较。DNA 宏条形码是指在单个测序反应中汇集许多个体，以使用 DNA 条形码识别物种。 Nanopore 测序仪可用于 DNA 宏条形码，并在一次测序运行中生成多个样本的序列。我们实验室中的 DNA 宏条形码：在我们的实验室中，我们使用带有 Flongle 流动槽的 Nanopore 测序仪进行 DNA 宏条形码。使用苯酚-氯仿 3 、Qiagen 4 甚至 Chelex 5（昆虫）方案提取 DNA。然后我们进行 PCR 以扩增 COI DNA 条形码基因（也可以使用其他基因，如 12S 和 16S 6 ），在琼脂糖凝胶上运行产物以查看如何
Quantum Science and Engineering的主人
2024年11月1日：Novaseq价格降低，包括。大幅减少10'000mio读取（200个周期）；与UMIS代替Smarter Pico v3的智能seq总pico；由于过时，价格上涨了3'GE v3.1（和cellplex）。添加totalSeq多路复用选项。新的Flex版本和价格调整；现在，inther inth在3个月内完成了2次运行的包装。
DNA在牛津纳米孔上的条形码：多路复用多达24 x 96孔板
本协议描述了用于测序标准COI标记的实验室协议（即DNA条形码），多路复用多达2,280个标本（24 x 96井板，每个板的一个阴性对照孔），以在牛津纳米孔技术上运行，in 10.4.1在占用量序列仪上流动细胞。所有索引都是通过PCR使用标记的引物来完成的，这意味着图书馆准备仅在单个管中进行，所有2,280个PCR均得到了合并。这是通过不对称索引来完成的，其中带有96个唯一分子标识符（UMIS）的正向引物提供了映射到96孔板的孔，而带有24 UMIS的反向引物则将其映射到板上。
开发了纳米孔测序策略，用于检测突变，在金黄色葡萄球菌菌株中赋予万古霉素中间耐药性
摘要金黄色葡萄球菌是菌血症和其他医院感染的主要原因。细胞壁活性抗生素万古霉素通常用于治疗耐甲氧西林（MRSA）和敏感（MSSA）感染。万古霉素中间的金黄色葡萄球菌（Visa）变体可以通过从头突变产生。在这里，我们进行了试点实验，以开发一种基于PCR/长阅读测序的合并的方法，用于检测先前已知的签证突变。引物旨在生成10个含量涵盖与签证表型相关的16个基因。我们对牛津纳米孔衔接子的读数长期读取，我们对据和and go骨流通量进行了测序。然后，我们通过映射读取读取的父母共识或已知参考序列，并比较称为变体与实验室选择中已知签证突变的数据库进行了比较。池中的每个扩增子被测序为高（。1,000）覆盖范围，并且在扩增子长度和覆盖范围之间未发现任何关系。我们还能够检测到因果突变（步行646c。g）在源自USA300菌株的签证突变体中（来自父母菌株N384的N384-3）。将突变体（N384-3）和父母（N384）DNA从0到1个突变体以不同的比例（N384）DNA表明平均次要等位基因频率（6.5％）的突变检测阈值在95％侧置（两个标准的差异高于平均突变频率高于平均值的频率））。该研究奠定了直接的金黄色葡萄球菌抗生素抗生素基因型基因型推断，并使用临床样品的快速纳米孔测序。
2025 年降价
质量控制 A00002 DNA 定量（批次 96 个样本）样本组 188.40 欧元 211.01 欧元 226.08 欧元 A00003 库质量控制（生物分析仪 + qPCR）样本 27.44 欧元 30.73 欧元 32.93 欧元 A00004 样本质量控制（DNA）样本 10.11 欧元 11.32 欧元 12.13 欧元 A00005 样本质量控制（DNA，批次 50 个样本）样本组 322.29 欧元 360.96 欧元 386.75 欧元 A00490 样本质量控制（DNA，高灵敏度）样本 67.53 欧元 75.63 欧元 81.04 欧元 A00006 样本质量控制（DNA，低完整性样本）样本 31.26 欧元 35.01 欧元 37.51 欧元A00009 样品质量控制 (RNA) 样品 7.86 € 8.80 € 9.43 € A00010 样品质量控制 (RNA, 批次 50 个样品) 样品组 269.08 € 301.37 € 322.90 € A00008 样品质量控制 (RNA, 超灵敏度) 样品 13.29 € 14.88 € 15.95 € 文库制备 A00019 定制捕获 Roche (用户提供诱饵) 杂交 118.08 € 132.25 € 141.70 € A00021 人类外显子组捕获 (Roche) 杂交 294.00 € 329.28 € 352.80 € A00468 人类外显子组捕获后池化 (v8, Agilent) 样品 240.98 € 269.90 € 289.18 欧元 A00472 文库制备 5hmC-EM-Seq 样本 120.04 欧元 134.44 欧元 144.05 欧元 A00015 文库制备 5mC-EM-Seq 样本 119.42 欧元 133.75 欧元 143.30 欧元 A00023 文库制备 DNA（用于 Roche 外显子组捕获）样本 55.75 欧元 62.44 欧元 66.90 欧元 A00012 文库制备 DNA（无 PCR）样本 81.26 欧元 91.01 欧元 97.51 欧元 A00014 文库制备 DNA（超低输入）样本 89.14 欧元 99.84 欧元 106.97 欧元 A00091 文库制备 HiC（完整 HiC/OmniC 试剂盒）样本 2,213.82 欧元2,479.48 欧元 2,656.58 欧元 A00013 文库制备 HiC 部分（内部）样本 116.84 欧元 130.86 欧元 140.21 欧元 A00018 文库制备 mRNA（低输入）样本 136.11 欧元 152.44 欧元 163.33 欧元 A00016 文库制备 mRNA（链）样本 57.73 欧元 64.66 欧元 69.28 欧元 A00017 文库制备总 RNA（链）样本 111.28 欧元 124.63 欧元 133.54 欧元 A00025 TruSight Oncology 500 ctDNA 面板样本 440.55 欧元 493.42 欧元 528.66 欧元 A00026 TruSight Oncology 500 FFPE DNA 和 RNA 面板样本793.48 欧元 888.70 欧元 952.18 欧元 A00027 TruSight Oncology 500FFPE DNA 面板样本 452.68 欧元 507.00 欧元 543.22 欧元 短读测序 A00044 大规模测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S4) Gb 4.28 欧元 4.79 欧元 5.14 欧元 A00045 大规模测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S4) FAST TRACK Gb 6.21 欧元 6.96 欧元 7.45 欧元 A00473 测序 Gb (1x35, NovaSeq 6000 S4) Gb 44.80 欧元 50.18 欧元 53.76 欧元 A00474 测序 Gb （1x35，NovaSeq 6000 S4）快速通道 Gb 57.22 欧元 64.09 欧元 68.66 欧元 A00475 测序 Gb （1x35，NovaSeq 6000 S4，4D 通道） Gb 48.04 欧元 53.80 欧元 57.65 欧元 A00476 测序 Gb （1x35，NovaSeq 6000 S4，4D 通道）快速通道 Gb 61.02 欧元 68.34 欧元 73.22 欧元 A00046 测序 Gb （2x100，NovaSeq 6000 S1） Gb 23.44 欧元 26.25 欧元 28.13 欧元 A00047 测序 Gb （2x100，NovaSeq 6000 S1) 快速通道 Gb 29.76 欧元 33.33 欧元 35.71 欧元 A00048 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 S2) Gb 16.56 欧元 18.55 欧元 19.87 欧元 A00049 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 S2) 快速通道 Gb 21.04 欧元 23.56 欧元 25.25 欧元 A00050 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 S4) Gb 9.65 欧元 10.81 欧元 11.58 欧元 A00051 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 S4) 快速通道 Gb 12.42 欧元 13.91 欧元 14.90 欧元 A00054 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 SP) Gb 28.57 欧元 32.00 欧元 34.28 欧元 A00055 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 SP) 快速通道 Gb 35.92 欧元 40.23 欧元 43.10 欧元 A00707 测序 Gb (2x100, NovaSeq X 1.5B) Gb 10.09 欧元 11.30 欧元 12.11 欧元 A00704 测序 Gb (2x100, NovaSeq X 10B) Gb 6.01 欧元 6.73 欧元 7.21 欧元 A00682 测序 Gb (2x100, NovaSeq X 25B) Gb 3.75 欧元 4.20 欧元 4.50 欧元 A00056 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S1) Gb 16.74 欧元 18.75 欧元 20.09 欧元 A00057 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S1) FAST TRACK Gb 21.37 欧元 23.93 欧元 25.64 欧元 A00058 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S2) Gb 11.74 欧元 13.15 欧元 14.09 欧元 A00059 测序Gb (2x150, NovaSeq 6000 S2) 快速通道 Gb 15.20 欧元 17.02 欧元 18.24 欧元 A00060 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S4) Gb 4.87 欧元 5.45 欧元 5.84 欧元 A00065 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S4) 快速通道 Gb 6.25 欧元 7.00 欧元 7.50 欧元 A00063 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 SP) Gb 21.22 欧元 23.77 欧元 25.46 欧元 A00064 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 SP) 快速通道 Gb 26.75 欧元29.96 欧元 32.10 欧元 A00706 测序 Gb (2x150, NovaSeq X 1.5B) Gb 7.32 欧元 8.20 欧元 8.78 欧元 A00676 测序 Gb (2x150, NovaSeq X 10B) Gb 4.34 欧元 4.86 欧元 5.21 欧元 A00670 测序 Gb (2x150, NovaSeq X 25B) Gb 2.82 欧元 3.16 欧元 3.38 欧元 A00066 测序 Gb (2x250, NovaSeq 6000 SP) Gb 17.71 欧元 19.84 欧元 21.25 欧元 A00067 测序 Gb (2x250, NovaSeq 6000 SP) 快速通道 Gb 21.99 欧元 24.63 欧元 26.39 欧元 A00068 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 S1) Gb 32.63 欧元 36.55 欧元 39.16 欧元 A00069 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 S1) 快速通道 Gb 41.27 欧元 46.22 欧元 49.52 欧元 A00070 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 S2) Gb 23.08 欧元 25.85 欧元 27.70 欧元 A00071 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 S2) 快速通道 Gb 29.90 欧元 33.49 欧元 35.88 欧元 A00074 测序Gb (2x50, NovaSeq 6000 SP) Gb 47.51 欧元 53.21 欧元 57.01 欧元 A00075 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 SP) 快速通道 Gb 58.82 欧元 65.88 欧元 70.58 欧元 A00708 测序 Gb (2x50, NovaSeq X 1.5B) Gb 15.92 欧元 17.83 欧元 19.10 欧元 A00705 测序 Gb (2x50, NovaSeq X 10B) Gb 9.34 欧元 10.46 欧元 11.21 欧元 A00683 测序 Gb (2x50, NovaSeq X 25B) Gb 5.98 欧元 6.70 欧元 7.18 欧元A00039 测序通道 (150 次循环，v3，MiSeq) 运行 1,053.46 欧元 1,179.88 欧元 1,264.15 欧元 A00040 测序通道 (300 次循环，v2，MiSeq) 运行 1,197.74 欧元 1,341.47 欧元 1,437.29 欧元 A00041 测序通道 (50 次循环，v2，MiSeq) 运行 936.84 欧元 1,049.26 欧元 1,124.21 欧元 A00042 测序通道 (500 次循环，v2，MiSeq) 运行 1,353.70 欧元 1,516.14 欧元 1,624.44 欧元 A00043 测序通道 (600 次循环，v3，MiSeq) 运行1,737.36 欧元 1,945.84 欧元 2,084.83 欧元 长读 A00076 1D 天然条形码 (ONT) 样品组 212.07 欧元 237.52 欧元 254.48 欧元 A00079 Cas9 富集 + 条形码 (ONT) 样品 119.46 欧元 133.80 欧元 143.35 欧元 A00077 Cas9 富集 + 文库制备 (ONT) 样品 291.93 欧元 326.96 欧元 350.32 欧元 A00471 Cas9 富集 + 池 (ONT) 样品组 215.48 欧元 241.34 欧元 258.58 欧元 A00187 DNA 纯化文库制备前样品 44.27 欧元 49.58 欧元 53.12 欧元 A00080 DNA 快速条形码（ONT）样本组 247.33 欧元 277.01 欧元 296 欧元。80 欧元 A00081 基因组 DNA 提取样品 151.97 欧元 170.21 欧元 182.36 欧元 A00668 文库制备 (PacBio) 样品 458.64 欧元 513.68 欧元 550.37 欧元 A00085 文库制备直接 RNA (ONT) 样品 252.99 欧元 283.35 欧元 303.59 欧元 A00086 文库制备 DNA 1D (ONT) 样品 522.10 欧元 584.75 欧元 626.52 欧元 A00087 文库制备 DNA 1D (ONT, Flongle FC) 样品 363.07 欧元 406.64 欧元 435.68 欧元 A00089 文库制备 DNA 条形码 (ONT) 样品 97.04 欧元 108.68 欧元 116.45 欧元A00090 文库制备 DNA 快速 (ONT)（最多 24 个样本）样本组 156.46 欧元 175.24 欧元 187.75 欧元 A00092 文库制备 PCR-cDNA (ONT) 样本 436.64 欧元 489.04 欧元 523.97 欧元 A00093 文库制备 PCR-cDNA 条形码 (ONT) 样本 144.30 欧元 161.62 欧元 173.16 欧元 A00094 文库制备 Ultra HMW DNA (ONT) 样本 493.31 欧元 552.51 欧元 591.97 欧元