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大肠杆菌旋转酶超涂料抑制测定
使用该酶的浓度。应在将使用的DMSO的最终浓度下进行酶的初始滴定（请参见上面的注1）。可以使用5-10％（v/v）DMSO（最终浓度），但这将导致活动巨大损失。在存在DMSO的情况下，需要添加更多酶，以允许其抑制作用。例如，如果酶在5％DMSO的存在下仅具有50％的活性，则是两倍（即2U）将需要添加以获得完整的超螺旋。在这种情况下，可能需要添加更多的抑制剂才能获得50％的抑制作用。4）稀释缓冲液含有高浓度的甘油，因此添加了总稀释缓冲液
DNA回旋酶中的能量耦合和作用机理
抽象的大肠杆菌DNA速酶催化封闭的双链DNA的否定性超涂层，以ATP为代价。酶的酶的另外活性阐明了超涂层反应的能量偶联成分是ATP至ADP和ADP和PI的DNA依赖性水解，以及ATP通过gyrase裂解反应的DNA位点特异性的ATP改变。这两种DNA链的这种裂解是由稳定的Gy- Rase-DNA复合物的十二烷基硫酸钠处理的，该配合物被抑制剂氧甲酸捕获。ATP或不可水解的类似物，腺基-5'-二氨基磷酸酯（APP [NHLP），都会在Colel DNA上移动主要的裂解位点。这种切割重排的Novobiocin和Coumermycin al的预防将抗生素的作用位点放置在ATP水解之前的一个反应步骤中。步骤阻塞是ATP的结合，因为香豆素和Novobiocin在ATPase和SuperCoiling分析中与ATP竞争相互作用。 K;对于ATP而言，值比KM少四个数量级以上。这种简单的机制解释了药物对DNA回旋酶的所有影响。使用APP [NHP [NHP的另一种有效的反应竞争抑制剂催化YGYRASE的竞争抑制剂，表明将DNA驱动到更高的能量超胶结形式不需要高能键的裂解。 与Gyrase，App的底物水平（NHLP诱导与酶量成正比的超串联； a -0.3超螺旋转弯是根据Gyrase Frotomer A引入的。 我们假设ATP和APP [NH] P是回旋酶的构象变化的变构效应器，导致一轮超涂层。使用APP [NHP [NHP的另一种有效的反应竞争抑制剂催化YGYRASE的竞争抑制剂，表明将DNA驱动到更高的能量超胶结形式不需要高能键的裂解。与Gyrase，App的底物水平（NHLP诱导与酶量成正比的超串联； a -0.3超螺旋转弯是根据Gyrase Frotomer A引入的。我们假设ATP和APP [NH] P是回旋酶的构象变化的变构效应器，导致一轮超涂层。通过ATP水解的核苷酸解离，将回旋酶返回其原始构型，从而允许酶转移。伴随核苷酸亲和力改变的这种环状构象变化似乎也是其他多种操作中能量转导的共同特征，包括肌肉收缩，蛋白质合成和氧化磷酸化。
同时与DNA和回旋酶同时结合对膀胱菌的抗菌活性很重要？
本质上，芳香族寡酰胺的行为就像分子变色龙一样，它们可以符合蛋白质和DNA中存在的α-螺旋，并介入蛋白质蛋白质和蛋白质核酸复合物。自然也以膀胱二胺和阿昔霉素的形式出现在这种类型的特权结构[15]中，但也可以在此处列出Netropsin。cystobactamids首先由Müller和同事[16]描述，他们将它们与囊肿属的粘菌病分离出来。CBV34。后来，它们也被发现在囊肿，粘膜球菌和冠状球菌的菌株中。囊肿 - 二酰胺4 - 8 [17]可以分为两个子类，这些子类携带同甲氧蛋白酶或β-甲氧基 - 帕拉金部分连接到寡酰亚胺的子类（图3）。在已知的自然存在的膀胱胺中，861-2（8）是最活跃的成员，它抑制了几种临床相关的革兰氏阳性和革兰氏阴性菌株（baumannii：mic =0.5μg/ ml，cintrobacter freundii：mic = 0.06μg/ ml，mic =0.5μg/ ml WT-III marR Δ 74bp: MIC = 0.5 μ g/mL, carbapenem-resistant P. aeruginosa CRE: MIC = 1.0 μ g/mL, and Proteus vulgaris : MIC = 0.25 μ g/mL) [17] whereby the activity of bacterial type IIa topoisomerases is inhibited.已经报道了膀胱菌的几种总合成[17,18]以及衍生物的文库，作为药物化学计划的一部分。[19]
大肠杆菌DNA回旋酶DNA交叉捕获的结构基础
对于大多数生物体，DNA采用了负超螺旋的状态[（ - ）SC]，该状态已知促进DNA螺旋的疾病，从而促进与关键细胞过程有关的分子机械获得遗传信息的获取（1）。相比之下，在DNA复制和转录机械之前生成正涂层[（+）SC]（2）。在没有放松（+）SC的拓扑异构酶的情况下，这些基本过程受到阻碍（3）。IIA型DNA拓扑异构酶（topoiia）是进化保守的大分子，通过通过短暂的双链断裂，使DNA弛豫，衰减和脱节来调节DNA拓扑，从而调节DNA拓扑。拓扑素酶是用于传染病和癌症治疗的治疗剂的主要靶标（5，6）。
大蒜素，一种来自大蒜的天然抗菌防御物质...
大蒜素（diallthiosulfinate）是一种有效的抗菌物质，是由大蒜组织在损伤中产生的，作为防御病原体和害虫的防御。大蒜素是一种反应性硫种（RSS），可氧化谷胱甘肽和蛋白质中的可及性半胱氨酸。我们使用了差异同位素标记方法（OXIXAT）来鉴定细菌蛋白质组中的大shic氏靶标。我们比较了大鼠素荧光症的蛋白质组织PF 0-1和丙酸s耐鼠素暴露后的PF AR-1。在暴露于大蒜素之前，蛋白质主要降低，其中约77％的蛋白质表现出小于20％的半胱氨酸氧化。蛋白氧化在暴露于大蒜素后增加，仅来自大蒜素敏感的PF 0-1的蛋白质中只有50％，但来自大丙酸酯耐受性PF AR-1的蛋白质仍低于20％的氧化。DNA回旋酶被鉴定为大蒜素靶标。Cys 433大约6％。在大蒜素处理后，易感PF 0-1的CYS 433氧化程度增加到55％，但在耐受性PF AR-1中仅增加至10％。大蒜素在体外抑制了大肠杆菌DNA旋转酶的活性，其浓度与纳利迪酸相同的浓度范围。纯化的PF AR-1 DNA回旋酶在体外抑制比PF 0-1酶更大程度地抑制。将PF AR-1 Gyra替换为PF 0-1，使交换突变体比PF 0-1野生型更容易受到大种呼吸的影响。在一起，这些结果表明，在耐大slic蛋白耐sap的PF AR-1背景中，GYRA免受体内的氧化保护，而不是PF AR-1 Gyra亚基本质上比PF 0-1 gyra subunit在本质上易于抗原氧化。DNA回旋酶是药物重要的抗生素的靶标。因此，大蒜素及其类似物可能具有单独或与其他治疗剂结合的旋酶抑制剂的潜力。
文章
目的：设计基于ISATIN的化合物，在计算机研究中进行，并确定具有生物活性的伊萨蛋白衍生物。方法：使用ChemDraw设计了14种基于伊萨蛋白的化合物（a至n）。此外，将设计化合物的硅酸研究（分子对接，药物可能性，胃肠道吸收，log P和毒性）与环丙沙星进行了比较。基于计算机研究的结果，选择了三种化合物（G，H和L）进行合成，并通过光谱分析阐明G，H和L的化学结构。评估了G，H和L的抗菌活性和DNA陀螺酶抑制活性，并与环丙沙星的抗菌活性和比较。结果：化合物G，H和L的对接得分（-5.90，-5.72和-5.98 kcal/mol）相对较大，比环丙沙星（-5.41 kcal/mol）的对接得分相对好。在计算机研究中，数据还揭示了G，H，L和环丙沙星的非热毒性性质，药物型特性和良好的胃肠道吸收。The in vitro antimicrobial activity (p < 0.05) and DNA gyrase inhibitory activity of G (102.33 %, p < 0.05), H (104.43 %, p < 0.05), and L (106.77 %, p < 0.05) were better than those of ciprofloxacin (100.0 %, p < 0.05).结论：化合物G，H和L是有希望的DNA陀螺酶抑制剂。应进一步探索这些化合物，以确定它们的广谱抗菌效力，安全性和功效。关键字：伊萨蛋白，分子对接，合成，抗菌活性，DNA旋转酶抑制剂
融洽的Sur Les贡献
虽然在理论上和体外都很好地理解了转录和DNA超串联之间的反馈，但在体内仍有待量化。在这次演讲中，我将介绍我们的工作，通过在大肠杆菌中的质粒上意识到这一差异，这是理论和体外研究的基础概念性的“双转录 - 环模型”。，我们测量了基因表达如何随启动子和拓扑障碍的距离而变化。我们发现基因表达取决于与上游屏障的距离，但不取决于下游屏障，其依赖性强度依赖于启动子。i然后将提出DNA转录的第一原则生物物理模型，该模型能够对这些发现进行定量合理化。该模型与可用的体外测量值进行了参数化的RNA聚合酶的结合，启动和伸长，以及拓扑异构酶的作用，这些参数受到我们的实验结果的约束。通过将其与数据进行比较，它支持Topoi和Gyrase必须在基因上游和下游分别具体起作用，并预测Topoi比Gyrase不那么活跃。它还突出了托托伊的拮抗作用，托图伊既促进伸长率又倾向于抑制起始。
实质性肌酸通过链接复制染色体
（d AGO）菌株均为各种DNA复制抑制剂，以研究TT AGO是否确实在DNA复制中起作用。受到回旋酶A抑制剂环氧蛋白的抑制剂，TT AGO编码细胞的外观正常，而D前细胞变得伸长并形成纤维。tt ogo对正常表型的恢复仅在cipro伏那霉素的某些浓度下观察到。透射电子显微镜和刺激的发射消耗显微镜表明，在这些环氧蛋白浓度下，由于DOGO细胞中的cat染色性染色体未能使细胞分裂完成（图1）。因此，得出的结论是，当抑制回旋酶A时，TT AGO通过解开夹层染色体来有助于进行性复制。通过共免疫沉淀，然后进行质谱分析，作者表明，即使在DNase I的处理后，TT AGO与参与DNA复制和修复的许多蛋白质相互作用。
抗菌耐药性（AMR）信息 - 兽医
1。抗生素失活（例如β-内酰胺酶，扩展光谱β-乳糖酶（ESBL）和氨基糖苷修饰酶）2。更改目标站点（例如改变了青霉素结合蛋白，如甲基甲基蛋白 - 金黄色葡萄球菌或改变的DNA回旋酶所见）3。限制细胞内抗生素的浓度（例如改变了膜孔蛋白和外排泵）。
抗生素表
抗生素耐药性 作用方式 靶点 常见用途 (mm) 氨苄西林 <21 结合青霉素-细胞壁 (PBPs)，抑制肽聚糖的最终转肽状态（大肠杆菌、奇异变形杆菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌） 杆菌肽B-10 <9 结合脂质载体分子（紫杉醇 A / B-10） 细胞壁窄谱（革兰氏+肽聚糖生物体：构建块、葡萄球菌、链球菌） 氯霉素 <13 结合核糖体亚基 50S 蛋白，防止氨基酸转移到脑膜炎球菌，生长多肽H. influenzae) 链 Novobiocin <17 与酶 DNA 窄谱 (NB) DNA 旋转酶结合，复制 (主要用于防止抗革兰氏阳性菌 S. aureus 复制过程中 DNA 解开) 有关抗生素列表，请参阅单元 5 末尾的完整表 15.1