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World File Search SystemHDAC3
HDAC3 调节牙周炎中的牙龈成纤维细胞炎症反应
炎症反应在细胞水平上主要由组蛋白和非组蛋白的可逆乙酰化调控。组蛋白乙酰转移酶 (HAT) 和组蛋白去乙酰化酶 (HDAC) 分别催化组蛋白 N 端赖氨酸残基的乙酰化和去乙酰化之间的严格控制平衡，是表观遗传调控的重要组成部分 (Bannister and Kouzarides 2011)。该过程的失调会导致许多由免疫系统异常激活引起的疾病的病理：据报道，类风湿性关节炎 (RA)、哮喘、慢性阻塞性肺病和系统性红斑狼疮 (Zhang and Zhang 2015) 中组蛋白乙酰化标记和 HAT/HDAC 平衡的改变。致病菌靶向 HDAC 依赖性调节机制以逃避宿主免疫反应 (Grabiec and Potempa 2018)，这一发现也凸显了蛋白质乙酰化在炎症反应中的重要性。哺乳动物细胞表达 18 个 HDAC 家族成员，包括经典的锌依赖性 HDAC 和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸 (NAD) 依赖性 sirtuins (Sirt-1-7)。
HDAC3抑制剂
认知活力报告®是由神经科学家在阿尔茨海默氏症药物发现基金会（ADDF）上撰写的报告。这些科学报告包括分析药物，开发药物，药物靶标，补充剂，营养学，食品/饮料，非药物干预措施和危险因素。神经科学家评估了可能影响脑部健康的与年龄相关的健康问题（例如心血管疾病，癌症，糖尿病/代谢综合征）的潜在益处（或危害）。此外，这些报告还包括对安全数据的评估，如果可用的临床试验以及临床前模型的评估。CETP抑制剂（Cetrapibs）证据摘要基因变异降低CETP活性与心脏保护有关。 通常发现 CETP抑制剂是安全的，但在RCT中尚未可靠地显示出保护作用。CETP抑制剂（Cetrapibs）证据摘要基因变异降低CETP活性与心脏保护有关。CETP抑制剂是安全的，但在RCT中尚未可靠地显示出保护作用。
基于 CRISPR/Cas9 的非洲锥虫血液中必需基因的精准标记
目的蛋白质经常用融合标签来表达，以方便实验分析。在通常为二倍体的锥虫中，标签编码 DNA 片段通常与一个天然等位基因融合。然而，由于重组细胞在转染后占群体的 0.1% 以下，这些 DNA 片段还包含一个标记盒用于正向选择。因此，天然 mRNA 非翻译区 (UTR) 被替换，可能会扰乱基因表达；在锥虫中，UTR 通常会在广泛和组成性多顺反子转录的背景下影响基因表达。我们试图开发一种标记策略，以保留血流形式非洲锥虫的天然 UTR，在这里我们描述了一种基于 CRISPR/Cas9 的敲入方法来驱动精确和无标记的必需基因标记。使用简单的标签编码扩增子，我们标记了四种蛋白质：组蛋白乙酰转移酶，HAT2；组蛋白去乙酰化酶，HDAC3；切割和多聚腺苷酸化特异性因子 CPSF3；以及变体表面糖蛋白排除因子 VEX2。该方法保留了天然 UTR，并产生了表达功能性重组蛋白的克隆菌株，通常两个等位基因都被标记。我们展示了基于免疫荧光的定位和富集蛋白质复合物的实用性；在本例中是 GFP HAT2 或 GFP HDAC3 复合物。这种精确标记方法有助于组装表达必需重组基因的菌株，同时保留其天然 UTR。
利用蛋白质家族和蛋白质网络数据来识别膀胱癌的新药物
膀胱癌仍然是最常见的癌症形式之一，但小分子的靶向疗法有限。在这里，我们提出了一个计算平台，以确定膀胱癌疗法的新潜在靶标。我们的方法最初利用了一组已知驱动基因的膀胱癌，并结合了来自突变富集的蛋白质结构域家族的预测膀胱癌基因。我们使用蛋白质网络数据丰富了这组基因，以确定一组323个推定的膀胱癌靶标。途径和癌症标志分析强调了推定的机制与先前报道的该癌症的机制一致，并揭示了高度富集潜在驱动因素的蛋白质网络模块，这可能是靶向疗法的良好靶标。21我们潜在的药物靶标由FDA批准的其他疾病的药物靶向 - 其中一些是已知的驱动因素或已经针对膀胱癌（FGFR3，ERBB3，HDAC3，HDAC3，EGFR）。通过在我们内部的CATA内域功能家族（Funfams）中遗传药物映射来确定另外4个潜在的药物靶标。我们的Funfam数据还使我们能够鉴定出不太容易发生副作用的家族的药物靶标，即在结构相似的蛋白质结构域亲属在人类蛋白网络中分散较少。我们提供有关新型潜在癌症驱动基因的信息，以及与预测和已知膀胱癌驱动因素相关的途径，网络模块和标志的信息，我们强调了我们预计可能是药物靶标的驱动因素。
ENT1抑制剂 迷走神经刺激 HDAC3抑制剂 CETP抑制剂（Cetrapibs） TRPM2抑制剂 bumetanide 带状疱疹（带状疱疹）疫苗 mp101/mp201 甜叶菊
认知活力报告®是由神经科学家在阿尔茨海默氏症药物发现基金会（ADDF）上撰写的报告。这些科学报告包括分析药物，开发药物，药物靶标，补充剂，营养学，食品/饮料，非药物干预措施和危险因素。神经科学家评估了可能影响脑部健康的与年龄相关的健康问题（例如心血管疾病，癌症，糖尿病/代谢综合征）的潜在益处（或危害）。此外，这些报告还包括对安全数据的评估，如果可用的临床试验以及临床前模型的评估。ENT1抑制剂证据摘要ENT1抑制剂在临床前模型中表现出了希望，尽管与咖啡因相互矛盾的数据使结果令人怀疑。
MORC驱动的转录开关控制弓形虫发育轨迹和性承诺
T. gondii具有复杂的生命周期，该生命周期是脊椎动物发生的无性发育，并且仅在FELID中发生的有性繁殖，因此研究较少。发育过渡依赖于基因表达模式的变化，最近的研究为包括组蛋白修饰在内的染色质塑料作用，在为每个给定阶段建立特定的表观遗传程序中。在这里，我们将T. gondii Microrchidia（Morc）蛋白确定为性承诺的上游转录阻遏物。MORC与Apetala（AP2）转录因子合作，显示出募集组蛋白脱乙酰基酶HDAC3，从而阻碍了预定的基因的染色质可及性，该基因预定了在性阶段独家表达。我们发现，缺乏Morc的细胞发生了明显的转录变化，从而表达了特定的基因曲目，并揭示了从无性增殖到性别分化的转变。MORC充当指导次级AP2因子层次表达的主调节剂，后者可能有助于
HIV 依赖性因子的 CRISPR 筛选表明，CCNT1 在 T 细胞中不是必需的，但对于 HIV-1 从潜伏状态重新激活是必需的
摘要：我们试图探索 HIV-1 复制所需的宿主因子也在潜伏期逆转中发挥作用的假设。利用假定 HIV 依赖因子的 CRISPR 基因库，我们进行了筛选以确定潜伏期再激活所需的基因。我们确定了几个在 HIV-1 潜伏期再激活中起关键作用的 HIV-1 依赖因子，包括 ELL、UBE2M、TBL1XR1、HDAC3、AMBRA1 和 ALYREF。敲除 Cyclin T1 (CCNT1) 是 P-TEFb 复合物的一个组成部分，对转录延长很重要，是筛选中的最佳结果，对使用多种潜伏期逆转剂的 HIV 潜伏期逆转具有最大的影响。此外，CCNT1 敲除可防止 HIV 潜伏期原代 CD4+ T 细胞模型中的潜伏期再激活，而不会影响这些细胞的激活。 RNA 测序数据显示，CCNT1 调节 HIV-1 前病毒基因的程度比任何其他宿主基因都要大，并且在激活后对原代 T 细胞中的 RNA 转录没有显著影响。我们得出结论，CCNT1 功能在 T 细胞中不是必需的，但对于逆转 HIV 潜伏期来说绝对是必需的。
针对嵌合细胞外囊泡的蛋白水解用于治疗三阴性乳腺癌的治疗开发
蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC) 是一种新兴的癌症靶向治疗方法，但由于细胞靶向性和穿透性较差以及体内不稳定性，PROTAC 的广泛临床应用受到限制。为了克服这些问题并提高 PROTAC 药物的体内疗效，开发了基于微流控液滴的电穿孔 (µDES) 作为一种新型细胞外囊泡 (EVs) 转染系统，可实现高效的 PROTAC 装载和体内有效递送。我们之前开发的 YX968 PROTAC 药物已显示出对 HDAC3 和 8 的选择性降解，通过双重降解有效抑制乳腺肿瘤细胞系（包括 MDA-MB-231 三阴性乳腺癌 (TNBC) 系）的生长，而不会引起整体组蛋白高乙酰化。在本研究中，我们证明基于 µDES 的 PROTAC 在 EVs 中的装载显着增强了 PROTAC 药物在 TNBC 乳腺肿瘤小鼠模型中的体内治疗功能。 NSG 小鼠已建立 MDA-MB-231 肿瘤，并通过腹膜内注射 EVs 进行肿瘤抑制研究，结果显示 HDAC 3 和 8 降解效率和肿瘤抑制率明显高于仅使用 PROTAC 的组。收集肝脏、脾脏、肾脏、肺脏、心脏和脑进行安全性测试，结果显示毒性有所改善。PROTAC 药物的 EV 递送提高了药物在体内的稳定性和生物利用度、可运输性和药物靶向能力，填补了 PROTAC 治疗功能在体内和临床转化中当前发展的重要空白。这种基于 EV 的新型药物转染和递送策略可应用于各种疗法，以增强体内递送、功效和安全性。
利用 CRISPR/Cas9 介导的靶向整合生成 Y 染色体中含有 EGFP 基因的转基因克隆水牛胚胎
性别控制技术在家畜生产中具有重要意义，尤其对于快速繁殖的水牛（bubalus bubalis）具有重要意义，本研究以水牛为研究模型。我们已证实整合到小鼠Y染色体上的荧光蛋白可用于小鼠植入前胚胎的性别鉴定。首先，我们优化了增强型绿色荧光蛋白（eGFP）和mCherry外源基因在Neuro-2a细胞、小鼠胚胎干细胞、小鼠胚胎细胞（NIH3T3）、水牛胎儿成纤维细胞（BFF）中的靶向整合效率。结果表明，靶标两侧同源臂长度为800 bp比300 bp或300 bp/800 bp更有效。当细胞补充了 pifithrin-µ（一种抑制 p53 与线粒体结合的小分子）时，BFF 细胞中同源定向修复 (HDR) 介导的敲入也得到了显著改善。250 V 的三个脉冲在 BFF 细胞中产生最有效的电穿孔，并且发现 1.5 µ g/mL 嘌呤霉素是筛选的最佳浓度。此外，利用 CRISPR/Cas9 介导的基因编辑结合体细胞核移植 (SCNT) 技术成功生成了 Y-Chr-eGFP 转基因 BFF 细胞和克隆水牛胚胎。在第 6-8 代时，Y-Chr-eGFP 转基因 BFF 细胞的生长率和细胞增殖率明显低于非转基因 BFF 细胞；甲基化相关基因 DNMT1 和 DNMT3a 的表达水平相似；然而，与非转基因细胞相比，Y-Chr-eGFP 转基因 BFF 细胞中乙酰化相关基因 HDAC1 、 HDAC2 和 HDAC3 的表达水平显著较高（p < 0.05）。Y-Chr-eGFP 转基因 BFF 被用作 SCNT 的供体，结果表明 eGFP 报告基因适用于胚胎性别的可视化。克隆水牛胚胎的囊胚率相似；然而，与对照相比，转基因克隆胚胎的卵裂率明显较低。总之，我们优化了产生转基因 BFF 细胞的方案，并使用这些细胞作为供体成功产生了 Y-Chr-eGFP 转基因胚胎。