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通过硫酸盐还原细菌修饰的细菌驱动在缺氧海洋沉积物中的微生物群落组装
抽象硫酸盐还原细菌（SRB）是在缺氧海洋环境中降解有机物（OM）的必不可少的功能性微生物分类群。但是，关于SRB如何调节微生物群落的实验数据很少。在这里，我们通过抑制SRB来阐明其在OM退化期间对微生物群落的贡献，采用了自上而下的微生物社区管理方法。基于五个不同的孵化阶段的高度复制的缩影（n = 20），我们发现在抑制SRB（包括组成，结构，网络和社区组装过程）后，许多微生物群落特性受到影响。我们还通过正频依赖性选择发现了SRB和其他丰富的系统发育局部之间的强共存模式。Fami的相对丰度在抑制OM降解期间抑制SRB后同时抑制SRB后，同时抑制了Srixibaccaceae，Dethiosulfatibactacteraceae，prolixibacteraceae，Marinilabiliaceae和Mariniieae。SRB与共存分类单元之间的Marinilabiliales之间的密切关联是最突出的。他们在网络演替期间有助于保存的模块，是介导网络社区的基石节点，并有助于同质的生态选择。对海洋质体分离菌株的钼耐受性检验表明，抑制的SRB（不是SRB本身的抑制剂）触发了海洋质体的相对丰度的降低。这些数据支持SRB可以修改生态位以影响物种共存。我们还发现，抑制SRB导致pH值降低，这不适合大多数海洋属性菌株的生长，而在SRB抑制处理中，添加pH缓冲液（HEPE）可恢复这些细菌的pH和相对丰度。
大规模定量蛋白质组学中TMT标记效率的评估：样品pH
摘要：通过串联质量标签（TMT）试剂通过lc-ms/ms之前的样品多路复用，促进高通量大规模定量蛋白质组学。一致且有效的标记反应对于实现强大的量化至关重要。因此，嵌入我们的临床蛋白质组学方案中的是质量控制（QC）样品，其中包含来自TMT集中每个样品的小等分试样，称为“混合QC。”此混合QC可以通过LC -MS/MS检测到TMT标记问题，然后再将完整样品结合起来允许对较差的TMT标记反应进行挽救。虽然TMT标记是一种有价值的工具，但导致反应不良的因素尚未得到充分研究。我们观察到，重新标记不一定会挽救TMT反应，并且在50 mM HEPES BU遇到重悬于50 mM的HEPE（pH 8.5）之后，有时会保持酸性（pH 8.5），这与低标记的效率（LE）相吻合（相对较低的中位数报告者）和中位数的离子离子强度（MRIIS）。为了获得更具弹性的TMT标记程序，我们研究了LE，记者离子缺失，平均TMT设置MRII与单个通道MRII的比率以及混合QC样品的Log 2报告基因离子比率的分布。我们发现样品pH是LE的关键因素，在重新标记之前，标记不佳的样品中的浓度增加了浓度，从而成功地营救了TMT标记反应。此外，在500 mM HEPES中重悬于TMT标记的肽中，导致LE始终更高和较低的数据。■简介通过更好地控制样品pH，用于在结合样品之前标记和实施多种评估标签质量的方法，我们证明了可实现大规模定量研究的强大TMT标记。
MAD7：IP友好CRISPR酶
细胞，并重悬于裂解中（20 mM Tris，500 mM NaCl和10 mM Imidazole，pH 8.0），并补充了“完整的蛋白酶抑制剂鸡尾酒”（Merck，CAT，CAT＃11697498001）。重悬于重悬酶后，苯并酶核酸酶（默克，CAT＃E1014-5KU，每40 ml裂解物10μl）和溶菌酶（默克，CAT＃10837059001，1 mg/ml裂解物），并加入冰上30分钟。细胞在Avestin乳液C-5均质器（15-20 kpsi）上被破坏，并通过离心（15,000 g，4°C，15分钟）去除不溶性细胞碎片。在10°C下进行所有随后的色谱步骤。清除的裂解物被加载在5 ml Histrap FF柱上（Cytiva，Cat＃17525501）。将树脂用10列的洗涤液（裂解效果）洗涤（但使用20 mM咪唑）洗涤，并用10列的洗脱体洗脱蛋白（裂解效果，但用250毫米咪唑）洗脱。馏分合并，并在透析中稀释至25 mL（250 mM KCl，20 mM HEPES和1 mM DTT和1 mM EDTT和1 mM EDTA，pH 8.0）。使用透析膜管透析在10°C下透析，使用分子量切割为6-8 kDa（光谱/POR标准级再生纤维素，宽23毫米）的透析膜管。1-2小时后，将透析液替换，透析继续过夜。第二天，将透析样品在10 mM HEPE（pH 8）中稀释了两倍（pH 8），并立即加载在5 mL HITRAP肝素HP柱（Cytiva，CAT，CAT＃17040601）上，并用Bu效率a（20 mM Hepes，150 mm Hepes，150 mm KCl，pH 8.0）。关注的分数被汇总并上升。将树脂用2柱体积洗涤，并使用bu虫B（20 mM Hepes，2m kcl，pH 8.0）的线性梯度在12柱体积上洗脱蛋白质。含量为2 mL；通过在120 mL SuperDex200凝胶滤光管（Cytiva＃28989335）上注射上浓缩样品，以50 mM磷酸钠，300 mM NaCl，300 mM NaCl，0.1 mm EDTA，pH 7.5 AS分离bu e e e e e e e e e e o 进行了最终的色谱步骤。进行了最终的色谱步骤。