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健康基因技术（HGT）TNGS解决方案与MGI的DNBSEQ平台兼容，可检测病原体和耐药性基因
Streptococcus Streptococcus Streptococcus constellatus Streptococcus intermedius Human Betaherpusvirus 7 Prevotella Loescheii Campylobacter spermo Fusobacterium nucleatum Neisseria subflava Streptococcus yellow Prevotella Buccae Stenotrophomos Maltophoma Morganella Morganii Parvimonas Micro Schaalia Odontolytica Streptococcus Prevotella intermedia Prevotella intermediates Enterococcus Faecalis Porphyromonas gingivalis tiny Streptococcus tiny Streptococcus anginoidea Streptococcus mild melaninogenica Haemophilus influenzae Corynebacterium diphtheriae Klebsiella pneumoniae肺炎链球菌假单胞菌铜绿 div>Streptococcus Streptococcus Streptococcus constellatus Streptococcus intermedius Human Betaherpusvirus 7 Prevotella Loescheii Campylobacter spermo Fusobacterium nucleatum Neisseria subflava Streptococcus yellow Prevotella Buccae Stenotrophomos Maltophoma Morganella Morganii Parvimonas Micro Schaalia Odontolytica Streptococcus Prevotella intermedia Prevotella intermediates Enterococcus Faecalis Porphyromonas gingivalis tiny Streptococcus tiny Streptococcus anginoidea Streptococcus mild melaninogenica Haemophilus influenzae Corynebacterium diphtheriae Klebsiella pneumoniae肺炎链球菌假单胞菌铜绿 div>
水平基因转移推断
水平基因转移（HGT）是核进化的基本驱动力，促进了新的特征并适应新环境。尽管其重要性，但很少有系统地比较用于推断HGT的方法，这在我们对它们的相对优势和局限性的理解上留下了差距。验证HGT推理方法是由于缺乏可以证实历史转移事件的基因组化石记录而面临的质疑。没有经验黄金标准，通常会验证新的推理方法的模拟数据；但是，这些模拟可能无法捕获生物学复杂性，并且经常嵌入推理方法本身中使用的相同假设。在这里，我们利用HGT事件的趋势涉及多个相邻的基因来评估不同HGT插入方法的准确性。我们表明，分析基因树木之间基因的存在/不存在模式的方法始终优于基于基因树种树的重新征服的方法。我们的发现挑战了显式系统发育和解方法优于模拟者隐式方法的普遍假设。通过提供全面的台式标记，我们提供了选择适当方法的实用建议，并指示了未来方法论进步的途径。
科学早期职业研究峰会
真菌 Andrew Urquhart（生物科学） 水平基因转移 (HGT) 是指基因在不经有性生殖的情况下在生物体之间转移的过程，它挑战了传统的遗传观点，即基因从亲本传递给后代。HGT 的一个重要特性是它可以在不同物种的个体之间移动基因。虽然 HGT 在细菌中已有详尽的记录，但它在真菌中的作用一直存在争议。最近的证据表明，HGT 确实发生在真菌中，并且可能在塑造关键表型（包括毒力）方面发挥重要作用。然而，我们不知道基因是如何在不同真菌物种之间移动的。我们的工作为这个谜团提供了一个答案，那就是巨大的转座因子能够携带不同种类真菌之间的基因。这个答案主要通过我们在真菌 Paecilomyces variotii 的基因组中发现一种名为 Hephaestus 的巨大转座因子来阐明。赫菲斯托斯携带大量抗金属离子的基因，并且能够在不同种类的真菌之间转移。这项研究为真菌如何快速进化出新特性提供了见解。
Mourkas, E., Yahara, K., Bayliss, S C., Calland, J K., Johansson, H. 等人 (2022) 宿主生态学调节细菌的跨物种重组
摘要 水平基因转移 (HGT) 可以使一种细菌物种中进化的性状转移到另一种细菌物种中。这有可能迅速促进新的适应轨迹，例如人畜共患疾病转移或抗生素耐药性。然而，要做到这一点，需要在给定的时间范围内消除重组障碍。这些障碍中最重要的是生态环境不同的物种在不同的生态位中的物理分离。在弯曲杆菌属中，存在生态环境各异的物种，从很少孤立的单宿主专化者到多宿主通化者，它们是人类细菌性胃肠炎最常见的全球病因。在这里，通过表征这些对比鲜明的生态环境，我们可以量化自然种群中同域和异域物种的 HGT。通过分析 30 种弯曲杆菌基因组中的受体和供体种群血统，我们发现在同一宿主中共存可导致物种间的 HGT 增加六倍。这占特定物种内所有 SNP 的 30%，并识别出具有宿主适应性和抗菌素耐药性等功能的高度重组基因。正如在一些动物和植物物种中所描述的那样，生态因素是细菌物种形成的主要进化力量，宿主景观的变化可以通过 HGT 促进不同物种的部分趋同。
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多方向起飞 1500 英尺 QFE MAX，但 QFU 的 ARR 扇区（ER 和 IP 之间）除外，使用 1000 英尺 QFE MAX。滑行时报告 HGT 和出口点。空中时，DEP 在 2500 英尺 QFE 或以下，预计在 CH TWR CH 14 上接触；在 2500 英尺 QFE 以上，预计在 CH 15 上接触 特殊说明：当 AD 为绿色状态“OAT Victor Special”时：在 1000 英尺 QFE 或云层以下可能出现 OAT Victor Special 下的 DEP。滑行时报告 HGT 和出口点。通过 ARR 扇区的 DEP 在 TKOF 之前提交给 APP。
叶蝉进化新特征的基因组基础
进化创新产生了表型和物种多样性。阐明此类创新背后的基因组过程对于理解生物多样性至关重要。在这项研究中，我们探讨了农业害虫玻璃翅神枪手（Homalodisca vitripennis，GWSS）进化新奇性的基因组基础。叶蝉的突出进化创新包括支体，这是一种排出并用于覆盖身体的蛋白质结构，以及与两种细菌类型的强制性共生关系，这两种细菌类型驻留在不同细胞类型的细胞质中。使用 PacBio 长读测序和 Dovetail Omni-C 技术，我们为 GWSS 生成了染色体水平的基因组组装，然后使用流式细胞术和核型分析验证了该组装。额外的转录组学和蛋白质组学数据用于识别支体产生的新基因。我们发现，支体相关基因包括通过串联重复而多样化的新基因家族。我们还确定了与细菌共生体相互作用的基因位置。GWSS 的祖先通过水平基因转移 (HGT) 获得了细菌基因，这些基因似乎有助于共生体支持。使用系统基因组学方法，我们推断了 HGT 的来源和时间。我们发现一些 HGT 事件可以追溯到半翅目 Auchenorrhyncha 亚目共同祖先，代表了动物中已知的一些最古老的 HGT 例子。总体而言，我们表明叶蝉的进化新颖性是通过获得新基因（从头产生和通过串联重复产生）、获得新的共生关联（允许使用新的饮食和生态位）以及招募外来基因来支持共生体和增强食草性而产生的。
简介材料和方法结果
背景：塑性污染，气候变化和抗生素耐药性（AR）是互连的全球危机。微塑料提供了生物膜形成的底物，从而培养了抗生素耐药基因（ARGS）的水平基因转移（HGT）。气候变化加速了微生物活性，加剧了ARG传播。方法：该研究整合了全球数据集，统计分析和实验室实验。预测因子，包括温度，塑性密度，ARG患病率，紫外线暴露和抗生素浓度，分析了它们对ARG传播的影响。结果：在温度和arg传递速率之间观察到显着的相关性（R²= 0.987，p <0.05）。实验室实验显示，在升高温度（35°C）时，HGT增加了40％。该模型确认塑性密度，并成为强烈预测因子。结论：缓解ARG传播需要解决塑料污染，气候变化和抗生素使用调节的综合政策。版权所有©2025，Sagam Dinesh Reddy博士。这是根据Creative Commons归因许可分发行的开放访问文章，该文章允许在任何媒介中不受限制地使用，分发和复制，前提是原始作品被正确引用。
动态微生物组和移动抵抗组在多用途的生物膜中揭示了多用途的分水岭
通过各种环境传播抗生素耐药性（AR），而AR热点在公共卫生危机中的作用正在越来越受到关注。水生生物膜被推测，由于它们收集了不同的微生物和促进水平基因转移（HGT），因此在AR扩散中起着重要作用。然而，很少有研究表征自然生物膜中存在的AR基因（抵抗）。这项研究的目的是使用小脑子长阅读测序分析叶丁顿（Epilethic Bioflms）中的微生物组，抵抗组和移动遗传元素（MGE）（N = 56）（n = 56），从俄亥俄州的多用途水域中，以阐明临床相关的Periphyton在临床上相关的角色。周围微生物组的主要成员包括黄杆菌和气管。总体而言，围叶顿微生物群落随季节和位置发生了变化。特别是，在夏季，生物膜中的卟啉菌和蓝细菌的物种更为丰富。潜在的致病性细菌，包括家族肠杆菌科，病原体koreensis和人类病原体志贺氏菌浮华，在大城市，哥伦布斯，OH，OH，比上游的地点更丰富。多种类别的甲基抗抗抗原抗性体带有多种AR基因，但临床相关性很小。大肠杆菌，大肠杆菌和穆氏菌是AR基因（ARGS）和MGE的常见宿主。假单胞菌和蓝细菌经常是MGE宿主，但不是AR基因，表明这些分类单元在HGT内和周围生物膜周围的潜在重要作用。虽然这项研究的测序深度相对较浅，但这些发现突出了在生物膜中ARG传播的迁移率潜力。
藏有星舰
1 Universite Paris-Saclay, CNRS, AgroParisTech, Ecologie Systématique et Evolution, 91190, Gif-sur- Yvette, France *Corresponding authors: samuel.a.odonnell@gmail.com , jeanne.ropars@cnrs.fr S. O'Donnell : Conceptualization, Data Curation, Formal Analysis, Investigation, Methodology, Software, Validation,可视化，写作草稿，写作评论和编辑。G. Rezende：调查。J.-P。 Vernadet：数据策划，调查，软件。 A. SNIRC：调查。 J. Ropars：概念化，数据策划，资金获取，调查，方法论，项目管理，资源，监督，验证，写作原始草案，写作评论和编辑。 orcids samuel O'Donnell：https：//orcid.org/0000-0000-0003-2447-1993 Jeanne Ropars：https：//orcid.org/0000-0000-0000-0002-3740-9673关键字适应；转座元素；模具；丝状真菌；发酵食品；临床;青霉；曲霉；人造环境；准确的系统发育； HGTJ.-P。 Vernadet：数据策划，调查，软件。A. SNIRC：调查。 J. Ropars：概念化，数据策划，资金获取，调查，方法论，项目管理，资源，监督，验证，写作原始草案，写作评论和编辑。 orcids samuel O'Donnell：https：//orcid.org/0000-0000-0003-2447-1993 Jeanne Ropars：https：//orcid.org/0000-0000-0000-0002-3740-9673关键字适应；转座元素；模具；丝状真菌；发酵食品；临床;青霉；曲霉；人造环境；准确的系统发育； HGTA. SNIRC：调查。J. Ropars：概念化，数据策划，资金获取，调查，方法论，项目管理，资源，监督，验证，写作原始草案，写作评论和编辑。orcids samuel O'Donnell：https：//orcid.org/0000-0000-0003-2447-1993 Jeanne Ropars：https：//orcid.org/0000-0000-0000-0002-3740-9673关键字适应；转座元素；模具；丝状真菌；发酵食品；临床;青霉；曲霉；人造环境；准确的系统发育； HGT
机会主义者的兴起
图1导致机会主义者兴起的因素。因素包括环境挑战（全球变暖，极端天气事件的频率和强度增加和强度，环境污染和异种生物学以及营养径流），饮食挑战（饮食中的挑战，抗微生物因素，水上饲料中的残留和乳化剂），生产强化挑战（生产挑战的挑战）（增加的频率频率（增加派出措施诸如parasite的频率）和更改perase Peremations和Pereagsighate和Ererereragsight和Ererereragsight和Ererereresgit。在这里，我们使用词汇词来包括海虱，变形虫，氟kes和粘菌素。对环境压力源和饲料介导的上皮屏障功能（泄漏屏障）的损害可能有利于共生和环境机会主义者的感染。有毒菌株也可能从机会主义者通过水平基因转移（HGT），重组和突变出现。在图中，带有红色边框的橙色框代表效应子；红色边界圆圈表示影响（例如，溶解氧的变化，DO）；红色箭头指示链接；双头箭头表示连续的方向上运动，浅蓝色框是图中元素的标签。