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机器学习驱动的糖蛋白质组学分析标识了新型糖尿病相关的糖基化生物标志物
糖基化在包括糖尿病在内的蛋白质功能和疾病进展中起着至关重要的作用。这项研究进行了全面的糖蛋白分析，比较了健康的志愿者（HV）和DM样品，并鉴定出19,374肽和2,113种蛋白质，其中11104种是糖基化的。总共将287种不同的聚糖映射到3,722个糖基化的肽，揭示了HV和DM样品之间糖基化模式的显着差异。统计分析确定了29个显着改变糖基化位点，在DM中上调了23个，在DM中下调了6个。值得注意的是，在DM中，在Prosaposin的位置215处的Glycan HexNAC（2）Hex（2）FUC（1）在DM中显着上调，标志着其首次报道的与糖尿病的关联。机器学习模型，尤其是支持向量机（SVM）和广义线性模型（GLM），在基于糖基化特征（Glycans，糖基化蛋白质和糖基化位点）区分HV和DM样品时，可以在区分HV和DM样品时获得高分类精度（〜92％：96％）。这些发现表明，改变的糖基化模式可能是糖尿病相关病理生理和治疗靶向的潜在生物标志物。
激酶抑制剂下拉分析鉴定基于嘌呤结合蛋白的三阴性乳腺癌的化学疗法反应签名
转化相关性鉴定对新辅助化学疗法的病理完全反应（PCR）预测性生物标志物将推进三阴性乳腺癌（TNBC）的精确治疗。为了补充标准的蛋白质组学分析，在分析图43个基线TNBC活检样品的分析中，在分析了多西他赛和甲状腺素新辅助素新辅助化学疗法之前，对激酶抑制剂下拉测定法（KIPA）的优化版本进行了分析。虽然没有基于激酶的显着PCR关联出现，但七个非激酶嘌呤结合蛋白与PCR具有正相关，包括GBP2，GBP5，RAC2，RAC2，ATP6V1B2，NEDD4L，LDHB和KPNA4。使用正交mRNA数据集进行验证表明，复合嘌呤结合蛋白的信号预测了化学疗法的反应性和有利的TNBC结果。也观察到与IFN反应途径，免疫评分和免疫检查点水平（PD-L1）的显着相关性。单细胞RNA测序将GBP5和RAC2鉴定为T细胞相关。因此，KIPA是一种新型的生物标志物发现工具，具有定义免疫反应性和化学疗法敏感肿瘤类型的潜力。
振动光谱法鉴定了心力衰竭中的心肌化学修饰，而保留的射血分数
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2023年3月21日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.03.20.533577 doi：Biorxiv Preprint
通过计算设计的聚合物纳米颗粒（PNP）递送质粒DNA
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年2月23日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.22.639634 doi：Biorxiv Preprint
无反应患者的大脑活动保存识别MCS Star
目的：床边无反应的脑损伤患者（即，营养状态/无反应性的觉醒综合征 - VS/UWS）可能会表现出与最低意识状态（MCS）中患者相似的大脑活动。这种特殊的条件被称为“非行为MCS”或“ MCS *”。在本研究中，我们旨在研究MCS *患者的大脑特征和潜在的大脑特征。方法：脑18 F-氟脱氧葡萄糖正电子发射断层扫描（FDG-PET）是在长期VS/UWS（n = 48）或MC（n = 87）中诊断出的135名脑损伤患者（fdg-pet）。从现有的数据库中，额叶网络中的相对代谢前景（用标准化摄取值测量）由三名专家进行视觉检查。额叶网络缺乏代谢的患者被标记为“ VS/UWS”，而其（部分）保留的患者要么确认了“ MCS”的行为诊断，要么在没有意识的行为迹象的情况下，表明对“ MCS *”的诊断表明。在1年随访，功能连通性，灰质萎缩和区域脑代谢模式的临床结果（VS/UWS，MCS *和MCS）中进行了研究。结果：67％的行为与/UWS呈现了脑代谢的部分保存（即MCS *）。与VS/UWS患者相比，MCS *患者表现出更好的结果，全球功能连通性和灰质的前景与MCS的诊断更兼容。与MCS患者相比， MCS *患者在后脑区域中呈现较低的脑代谢。 Ann Neurol 2021; 00：1 - 12MCS *患者在后脑区域中呈现较低的脑代谢。Ann Neurol 2021; 00：1 - 12解释：MCS *是一种常见现象，与诊断VS/UWS的诊断相比，与更好的预后和更好的大脑保存相关。在做出医疗决定之前，应向所有反应迟钝的患者提供互补考试。
2025; 16（6）：1768-1781。 doi：10.7150/jca.107232研究论文系统分析将MYBL2识别为转移性前列腺的新型癌基因靶标
骨转移显着导致前列腺癌患者观察到的不利预后。Myb原始癌基因（MyBl2）被确定为与肿瘤进展有关的潜在靶基因。尽管如此，MyBl2在前列腺癌（PCA）骨转移中的致癌作用和潜在机制尚未阐明。生物信息学分析用于识别转移性PCA关键的基因。随后，在体内进行了一系列体外的分子生物学实验，并在体内进行了PCA骨转移模型，用于验证MYBL2的促抗转移效应和基本机制。生物信息学分析确定了72个基因的候选基因，该基因用于建立PFS预后模型，突出了16个关键基因。基于这16个关键基因的表达，将来自TCGA数据库的498例PCA患者分为四个亚组。C1和C4亚组中的患者预后较差。 通过与C2和C3队列相比，通过分析来自C1和C4队列的测序数据，我们将MYBL2确定为转移性PCA中的关键预后基因。 值得注意的是，我们发现MYBL2在转移性PCA中显着表达，并且与预后不良正相关。 的机理研究表明，MYBL2过表达促进了PCA细胞的侵袭和EMT，而Notch3敲低部分废除了这一点。 此外，MYBL2过表达可以促进PCA异种移植生长和体内骨转移。 这项研究发现PCA中的MYBL2过表达与转移和预后不良呈正相关。C1和C4亚组中的患者预后较差。通过与C2和C3队列相比，通过分析来自C1和C4队列的测序数据，我们将MYBL2确定为转移性PCA中的关键预后基因。值得注意的是，我们发现MYBL2在转移性PCA中显着表达，并且与预后不良正相关。的机理研究表明，MYBL2过表达促进了PCA细胞的侵袭和EMT，而Notch3敲低部分废除了这一点。此外，MYBL2过表达可以促进PCA异种移植生长和体内骨转移。这项研究发现PCA中的MYBL2过表达与转移和预后不良呈正相关。MYBL2通过激活Notch3促进了PCA骨转移。针对MYBL2/NOTCH3轴可以帮助防止转移性PCA。
体内 CRISPR/Cas9 筛选确定 Pbrm1 是小鼠髓系白血病发展的调节因子
对于表观遗传汇集筛选，对具有强力霉素诱导的 Cas9 等位基因 (KH2/iCas9;杰克逊实验室，库存编号 029415) 的 8 至 12 周龄小鼠实施安乐死，并对总共 100 万个 Lin – Sca-1 + c-Kit + (LSK) 细胞进行分选并用含有表观遗传 sgRNA 文库的慢病毒进行体外转导 (补充表 1) 14，然后移植到 B6/129 受体小鼠中 (有关更多详细信息，请参阅补充材料)。简而言之，LSK 细胞在 96 孔圆底微孔板中培养，培养基为 StemSpan 无血清扩增培养基（StemCell Technologies），其中添加了 100 ng/mL 重组鼠干细胞因子 (rmSCF)、10 ng/mL rm 白细胞介素-11 (IL-11) 和 5 ng/mL rmFlt3l (R&D Systems)，并以低感染复数共转导，慢病毒表达 Tet2 sgRNA (Tet2_e10.1；完整序列见补充表 1) 和表观遗传 sgRNA 文库，以实现 ~50% 的感染效率。24 小时后，将培养的细胞汇集、洗涤
基于图像的可解释人工智能准确识别1
13 Krizhevsky A，Sutskever I，Hinton GE。具有深卷积280神经网络的Imagenet分类。在：第281届神经281信息处理系统国际会议论文集 - 第1卷。Curran Associates Inc。：Red Hook，NY，282 USA，2012年，第1097–1105页。283
蛋白质语言模型识别无序的，保守的基序驱动阶段分离
图2：ESM2预测结构化和无序残基的适应性景观。（a）呈现了人类HP1α蛋白（Uniprot ID：P45973）中氨基酸的ESM2评分，残基的PLDDT得分低于70，以蓝色突出显示，以表示缺乏确定结构的区域。（b）在结构秩序不同程度的三个区域的健身景观的详细观点。在左侧，人类HP1α蛋白的Alphafold2预测的结构以卡通表示显示，其颜色为PLDDT分数。三个特定区域，代表柔性无序（残基75-85），保守无序（残基87-92）和折叠（残基120-130）段，分别用蓝色，橙色和红色突出显示，使用球形粘贴样式。右侧的面板描绘了每个区域中每个区域的ESM2 LLR预测。（c，d）PLDDT和ESM2分布分布的直方图（C）和无序（D）残基。轮廓线表示计算为 - log P（PLDDT，ESM2）的自由能水平，其中P是基于其PLDDT和ESM2分数的残基的概率密度。轮廓以0.5个单位间隔间隔，以区分不同密度的区域。
naltrexone-bupropion组合不影响可卡因自我
胰腺导管腺癌（PDAC）预计将成为2040年（1）年的癌症死亡的第二大原因。在被诊断为局部化的患者（分别为14％和3％）中观察到的生存率明显更高，这强调了早期检测和拦截策略的需求以改善患者的结果（2）。导管内粘液性肿瘤（IPMN）是产生粘蛋白的胰腺囊肿最常见的类别，可以由主要的胰管或一个或多个分支管道引起。IPMN是PDAC的真正的前体病变，〜5-10％的非侵入性囊性病变发展为浸润性腺癌（3,4）。基于异型的程度，IPMN的衬里上皮分为低级（LG）或高级（Hg）发育异常，后者具有更大的进展倾向，即侵入性肿瘤的进展倾向（5）。此外，基于来自其他胃肠道器官的上皮细胞的形态特征和相似之处，IPMN的衬里上皮也已分为胃，肠或胰腺纤维 - 毛线亚型（6）。胃子类型是迄今为止最常见的IPMN亚型，主要是在分支管道内引起的，通常与LG发育不良有关。相比之下，肠道和胰腺珠子亚型的IPMN可以在主管或分支管道中出现，通常对应于Hg IPMN。否则，表征最常见的IPMN类别的放松调节的转录程序，即胃部亚型，主要是一个谜。继续进行辩论，肠道和胰腺细胞亚型的系统发育，一些研究表明，胃IPMN代表了这两种类别的Hg病变（7,8）的共同前体（7,8），而另一些则是胃和胰腺iPMNS的开发物具有9个不同的Intelinal Inteltient（9均与9个不同之处）。识别IPMN上皮内胃分化的驱动因素不仅会促进对这些早期囊性病变的发病机理的见解，而且还将为对HG IPMN进一步发展的分类改变提供基础，并最终伴随着癌症。