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使用 Enrichment Dx 进行 Illumina DNA 制备
Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 是一种文库制备和富集解决方案，符合欧盟 (EU) 关于体外诊断医疗器械的法规 2017/746，并受美国食品药品管理局 (FDA) 监管。它支持来自人体细胞和组织的各种基因组 DNA (gDNA) 的文库制备，包括从全血或福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 组织中提取的 gDNA（表 1）。作为下一代测序 (NGS) 工作流程的一部分，Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 使临床实验室能够将有针对性的测序富集面板添加到其诊断应用程序中（图 1）。
使用IniLicoseq
动机：元基因组数据集的计算机模拟中的准确性对于基准生物信息学工具以及实验设计至关重要。用户不仅取决于大规模的模拟，不仅是设计实验和新项目，而且还取决于项目中计算需求的准确估计。不幸的是，当前大多数读取模拟器都不适用于过时的宏基因组学，或者记录了相对较差。在本文中，我们描述了Inilicoseq，这是一个软件包，用于模拟宏基因组光明测序数据。Inilicoseq具有简单的命令行接口和广泛的文档。结果：iNilicoseq在Python中实现，能够以具有明智的默认参数的并行方式模拟现实的Illumina（Meta）基因组数据。可用性和实施：源代码和文档可在https://github.com/hadrieng/insilicoseq和https://insilicoseq.readthedocs.io/上获得。联系人：hadrien.gourle@slu.se补充信息：补充数据可从BioInformatics在线获得。
序列准备库Illumina Technology
本文档描述了使用Illumina技术请求库排序时要遵循的过程。本指南中提供了准备工作，图书馆提交，运输要求以及任何其他信息的详细说明。要避免请求处理的任何延迟，必须仔细遵循本指南中提供的说明。请注意，库的处理延迟将根据项目的大小而有所不同。建议与客户管理办公室联系以获取有关处理时间的信息。本指南中提到的要求还适用于图书馆质量控制项目。绘制流动池上群集边界并进行基本调用的Illumina软件取决于末端的序列复杂性，尤其是在插入的任一端，尤其是第一个十二左右的碱基对。因此，必须正确识别在这些区域中表现出足够序列复杂性的任何类型的库，否则测序数据将不足以最佳。这包括但不限于：•扩增子•BD狂想曲单细胞库•减少了基因组表示方法，例如限制性与位点相关的DNA（RAD）标记库•具有较低核苷酸复杂性（如双硫酸盐）的库中的库。为了通过低复杂性库克服此问题，可以在车道的10-50％处将控制库（例如，由Illumina提供的控制PHIX174库）升入，具体取决于初始库的复杂性。将PHIX添加到车道中将导致感兴趣的库的读数较低。上述相同的核苷酸复杂性问题适用于多路复用库时的索引序列。为了获得最佳结果，在多路复用库时，每条车道应至少使用3个索引。将按原样提供测序结果。CES对与库的设计，质量或序列复杂性有关的问题负责。
导航Illumina DNA甲基化数据
1 Institute of Human Genetics, Ulm University and Ulm University Medical Center, Albert-Einstein-Allee 11, Ulm 89081, Germany 2 Department of Genome Regulation, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Ihnestraße 63-73, Berlin 14195, Germany 3 Digital Health Cluster, Hasso Plattner Institute for Digital Engineering, Digitial Engineering Faculty, University of POTDSDAM，教授 - 赫尔默特 - 斯特尔。2-3，Potsdam 14482，德国4临床和生物心理学，心理学与教育研究所，乌尔姆大学，艾伯特 - 因斯坦 - 阿利47号，乌尔姆89081，德国5生物医学信息学信息学信息学，数据挖掘和数据分析，应用计算机科学和医疗学院，邮政编码8，邮政编码。德国2-3，Potsdam 14482，德国4临床和生物心理学，心理学与教育研究所，乌尔姆大学，艾伯特 - 因斯坦 - 阿利47号，乌尔姆89081，德国5生物医学信息学信息学信息学，数据挖掘和数据分析，应用计算机科学和医疗学院，邮政编码8，邮政编码。德国
药物开发中的人工智能研讨会系列 - Illumina
Kyle Farh 博士是 Illumina 人工智能 (AI) 基因组解释实验室的副总裁，他在该实验室中解析罕见和常见疾病中遗传变异的临床影响。为了实现这一目标，Kyle 领导着一支由深度学习科学家、统计遗传学家和分子生物学家组成的多学科研究团队。在加入 Illumina 之前，Kyle 是波士顿儿童医院的主治医师。Kyle 在 Broad 研究所完成了医学和群体遗传学博士后研究，并在麻省理工学院获得分子生物学博士学位、哈佛医学院医学博士学位以及莱斯大学计算机科学学士学位。
EpiNext™ DNA 文库制备试剂盒（Illumina）
用途：EpiNext™ DNA 文库制备试剂盒 (Illumina) 适用于使用 Illumina 测序仪为下一代测序应用制备 DNA 文库，包括基因组 DNA 测序、ChIP 测序、MeDIP/hMeDIP 测序、亚硫酸盐测序和靶向重测序。该试剂盒的优化方案和组件允许快速构建非条形码 (单重) 和条形码 (多重) DNA 文库，并减少偏差。起始材料和输入量：起始材料可以包括从各种组织或细胞样本中分离的碎片 dsDNA、从 ChIP 反应、MeDIP/hMeDIP 反应或外显子捕获中富集的 dsDNA。DNA 应相对不含 RNA，因为大量的 RNA 会损害末端修复和 dA 尾部，从而降低连接能力。DNA 的输入量可以是 5 ng 到 1 ug。为了获得最佳制备效果，输入量应为 100 ng 到 200 ng。对于无扩增，需要 500 ng 或更多。注意事项：为避免交叉污染，请小心地将样品或溶液移入试管/小瓶中。使用气溶胶屏障移液器吸头，并在液体转移之间始终更换移液器吸头。整个过程中都要戴手套。如果手套和样品接触，请立即更换手套。
Illumina DNA准备外显子组2.5富集
Illumina DNA Prep和Exome 2.5富集提供经济的人类全外观测序（WES）结果，具有出色的性能和数据质量。易于使用的库的准备和富集解决方案是从样本到报告的端到端工作流程的一部分（图1）。Illumina合格的方法可通过我们的合作伙伴提供一系列自动化平台。Illumina DNA与Exome 2.5富集的PrEP始于提取的基因组DNA（GDNA）或直接血液或唾液输入，并结合了快速的珠宝上标记文库制备化学化学，然后进行混合捕获外部体富集（图2）。1具有富集化学的Illumina DNA准备支持高质量输入DNA（≥50ng）的综合归一化，这可以实现简单的基于体积的合并进行杂交，并提供来自每个富集外来图书馆的测序输出。库在Novaseq
Illumina DNA准备富集数据表
Illumina自定义丰富面板产品为各种目标基础设施工作流提供快速，灵活的内容。您可以设计一个完整的自定义面板，将Spike-In面板添加到EXSOM或其他现成的面板，或根据您的要求更改面板设计。您可以使用免费的在线工具DesignStudio™来设计内容并创建专门的面板。还允许您使用设计过程中提供的动态反馈来优化覆盖范围。可以在Illumina礼宾设计团队的支持下设计非人类研究内容。Illumina自定义富集面板V2是最新格式，它支持Antarget Inliments和120 bp的双链，并且可以与Illumina DNA Prep兼容带有富集的Illumina DNA Prep和其他示波器道具（图6，表6，表5，表5）。
Illuminaio：解析Illumina微阵列输出文件
对于两个文件类型，返回列表中最重要的条目是项目Quants。在读取未加密的文件时，这包含平均强度（平均值），珠子数（nbead）和阵列上每种珠类型的可变性（SD）度量。除了这些其他其他信息外，还提供了表达阵列，包括平均强度的中位数和修剪均值的估计值，平均局部背景强度以及排除在外的离群值之前存在的珠子数量。