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低生物量样品的宏基因组分析：JGI 用户设施视角
JGI 使命：提供先进的基因组学能力、大规模数据和专业知识，以支持全球研究界对复杂生物和环境系统的研究。我们通过负责任地管理我们的人员和资源来优化我们对社区的服务。
创新基因组学以服务于不断变化的星球
最初是作为人类基因组项目的序列生产设施而建立的，在过去的26年中，JGI已进化为世界唯一的基因组中心，专门致力于帮助科学家在环境和能源挑战中揭示生物学的奥秘。在28个DOE科学办公室（SC）支持的用户设施中，JGI在为研究人员和用户提供高通量（HTP）（HTP）和最先进的艺术测序技术，功能性基因组学，DNA综合和代谢计算分析端口和丰富的计算分析工具和数据端口的访问方面是独一无二的。JGI支持2,300多名主动项目建议，超过20,000多名二级用户与JGI-Provided Systems进行交互和工具，以分析JGI生产的数据，以及无数的其他人通过进一步的DOE Science Mission
博士后位置 - 植物/微生物功能基因组学...
联合基因组研究所（JGI）有一个令人兴奋的博士后机会，可以参与旨在了解其最基本水平的复杂植物 - 微生物相互作用的研究。JGI在推动协作科学方面有助于更好地了解植物微生物群落。与包括本杰明·科尔（Benjamin Cole），亨里克·谢勒（Henrik Scheller），阿克塞尔·维斯特（Axel Visel），黛安·迪克尔（Diane Dickel），罗南·奥马利（Ronan O'Malley）在内的团体进行了协调，选定的候选人将利用空间分辨的单细胞表征策略，以更好地理解定植微生物的植物组织和细胞类型。候选人将使用已建立的模型物种（例如拟南芥，木baracypodium distachyon，Medicago truncatula）和已知的植物殖民化微生物物种，研究了植物 - 微生物相互作用的各个方面，包括定植，生长促进以及对碳序列化的影响。这些努力最终将激发生物能源作物改善的生物工程策略。该项目将利用JGI的各种基于序列的科学和计算能力，以及与劳伦斯·伯克利实验室，联合生物能源研究所以及外部团体的科学家的新或现有合作。该职位将位于劳伦斯·伯克利实验室校园的全新研究机构综合基因组大楼。特定职责：
结构和功能的基因组
美国能源部（DOE）生物学和环境研究（BER）计划的目标是实现对复杂的生物，地球和环境系统的预测理解，目的是促进国家的能源和基础设施安全。（https://www.energy.gov/science/ ber/birogical-and-environmental-research）。为了实现这一目标，在导致多学科项目的各种研究领域的专家之间的合作是必不可少的。DOE用户设施的作用，为此类研究项目提供了独特而强大的资源，并且对设施的期望正在增加。响应用户的需求，联合基因组研究所（JGI）和环境分子科学实验室（EMSL）在2014年启动了整合用户科学协作（FICUS）计划的设施。这项合作已发展为一个受欢迎且成功的计划，迄今为止推进了100多个多学科项目。同样，在基本能源科学（BES）计划的同步器和中子设施中，JGI，EMSL和用户资源之间的新的间隔合作对尖端的跨学科科学至关重要。
利用量表加速天然产品发现
Mouncey博士于2017年3月加入DOE联合基因组研究所，成为其20年历史的第四任主任。 Mouncey博士拥有近20年的工业生物技术私营部门的丰富研究和管理经验，以及二级代谢产物和合成生物学方面的研究专业知识。 Mouncey博士对微生物遗传学有着长期的兴趣，该遗传学始于他的教育，并在新泽西州Roche Vitamins，Inc。和瑞士的DSM Nutritional Products担任高级研究科学家，并担任Dow Agrosciiss in Dow Agrosciences的生物工程和生物处理和生物处理。 在行业期间，Mouncey博士指示研发团队，重点是对新型生产生物的发现，开发和商业化以及维生素，杀虫剂，杀菌剂，平台化学物质，化妆品和新作物特征的发酵过程。 除了担任JGI主管外，Mouncey博士还在JGI领导了二级代谢科学计划，他还参加了国家微生物群组数据合作的领导团队。 Mouncey博士还曾担任工业微生物学协会和生物技术学会主席2022-2023。Mouncey博士于2017年3月加入DOE联合基因组研究所，成为其20年历史的第四任主任。Mouncey博士拥有近20年的工业生物技术私营部门的丰富研究和管理经验，以及二级代谢产物和合成生物学方面的研究专业知识。Mouncey博士对微生物遗传学有着长期的兴趣，该遗传学始于他的教育，并在新泽西州Roche Vitamins，Inc。和瑞士的DSM Nutritional Products担任高级研究科学家，并担任Dow Agrosciiss in Dow Agrosciences的生物工程和生物处理和生物处理。在行业期间，Mouncey博士指示研发团队，重点是对新型生产生物的发现，开发和商业化以及维生素，杀虫剂，杀菌剂，平台化学物质，化妆品和新作物特征的发酵过程。除了担任JGI主管外，Mouncey博士还在JGI领导了二级代谢科学计划，他还参加了国家微生物群组数据合作的领导团队。Mouncey博士还曾担任工业微生物学协会和生物技术学会主席2022-2023。
实施了Cybio集成系统，以将其等分放大的DNA和DNA测序化学分配化学，Martin Pollard，Bruce Gra
Cybio，Cybi-Well Vario移液器和两个集成的CybiDrop分配器正在JGI生产测序系中实施，以取代两种老化的液压仪器和两个Cavro分配器。Vario一次性尖端25ul头部用于从Axygen PCR源板中等分的低体积放大DNA样品，并将1-4ul Dispense 1-4ul放入两个新的预装前的目的地板中。扫描源板以确认数据库的一致性，并“飞行”扫描目标板，以记录使用Cybi-Drop 3D分配（2-4ul）的前向或反向引物测序化学试剂。吞吐量的速度至少是我们当前的Hydra-Twister和手动加载Cavro仪器的两倍。
微生物基因组学和宏基因组学研讨会乐器
研讨会针对生物学，生物医学研究，健康科学和相关领域的学生和专业人员，他们有兴趣学习和共享基因组学，宏基因组学和人类微生物组的概念，工具和研究结果。研讨会将通过理论讲座和研讨会以及生物信息学和生物统计学中的实践动手会议来培训该领域最先进的分析方法的参与者。几次会议将用于培训用于使用集成微生物基因组系统（IMG）的培训，这是美国DOE联合基因组研究所（加利福尼亚州伯克利）开发的数据库和分析平台，以综合研究基因组和Metagenomes。IMG系统将由JGI的Microbial Genomics＆Metagenomics Scientific Program（负责IMG开发的小组）的Natalia Ivanova博士和Rheka Seshadri博士提出。
Invesgator：Ernst Cebert（阿拉巴马州A＆M大学）
通过与先进的生物能源和生物产物中心合作，通过Innovera ng高通量表型来研究环境（G×E）的基因型，Innovaɵon（CABBI）/伊利诺伊州 - 伯恩加纳大学 - 伯恩加纳 - 宾夕法尼亚大学 - 伯恩加纳 - 宾夕法尼亚大学（Innova）（CABBI），每年都有两个不好的人。这些MISCANTHUS试验还将用于与DOE联合基因组Insɵtute（JGI）合作进行微生物组湿型和BioinformaɵCS研究，该项目希望通过该研究每年培训两名本科生。在WTARS种植的高粱协会面板（SAP）将用于研究氮缺乏症的效果，每年将对两名本科生进行培训；基因 - 高高粱系的表型和分子特征将用于训练一名研究生。高粱研究和学生培训将与Cabbi和HudsonalphaInsɵtute合作。
Acuité评级与研究有限公司
Jai Ganesh I spat and Ferro Alloys Private Limited (JGIFAPL) 是一家位于果阿的公司，成立于 2004 年。Siddharth Goyal 先生和他的妻子 Sonia Goyal 女士是该公司的董事。该公司从事钢铁和钢铁产品贸易，经营多种产品。JGI 是 JSW Steel Ltd. 在果阿的产品的唯一授权经销商。它在果阿设有一个名为“JSW Explore”的服务中心，通过分切、切割、剪切等增值服务为客户提供定制尺寸的钢铁产品。该公司的业务涉及多个领域，包括采矿、土方机械、船舶和驳船维修、面板行业、汽车制造、白色家电、液化石油气、房地产、酒店、医院、跨国公司、教育机构、机场、国家公路、基础设施项目。董事有
与长期水族馆设施中的热带八放珊瑚相关的四种新型 Endozioicomonas 菌株的基因组序列
我们报告了从葡萄牙里斯本海洋馆 19 立方米热带展览水族馆中保存的两个 Litophy ton sp. 标本中分离出的四种 Endozoicomonas 菌株的基因组。如前所述 (2) 回收宿主衍生的微生物细胞悬浮液。将一克珊瑚组织在 9 mL 无菌 Ca 2+ - 和 Mg 2+ - 人工海水中均质化 (2)。将匀浆连续稀释，分别接种在 1:2 稀释的海洋琼脂和 1:10 稀释的 R2A 培养基上，并在 21°C 下孵育 4 周。使用 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒 (Promega, USA) 从 1:2 海洋肉汤中新鲜生长的培养物中提取单个菌落的基因组 DNA。使用通用引物 (F27 和 R1492) 从基因组 DNA 中扩增 16S rRNA 基因，通过 Sanger 测序来确认纯度。使用 SILVA 比对、分类和树服务 (v1.2.12) 和数据库 (v138.1) 进行分类分配。使用 PacBio 测序技术 (5)，相同的基因组 DNA 样本在 DOE 联合基因组研究所 (JGI) 进行基因组测序。对于每个样本，将基因组 DNA 剪切至 6-10 kb，使用 SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 进行处理，并用 SMRTbell 清理珠 (PacBio) 进行纯化。使用条形码扩增寡核苷酸 (IDT) 和 SMRTbell gDNA 样本扩增试剂盒 (PacBio) 富集纯化产物。构建了 10 kb PacBio SMRTbell 文库，并使用 HiFi 化学在 PacBio Revio 系统上进行测序。使用 BBTools v.38.86 ( http://bbtools.jgi.doe.gov ) 根据 JGI 标准操作规范 (SOP) 协议 1061 对原始读段进行质量过滤。使用 Flye v2.8.3 (6) 组装过滤后的 >5 kb 读段。生物体和项目元数据存放在 Genomes OnLine 数据库中 (7)。使用 NCBI 原核基因组注释流程 (PGAP v.6.7) (8) 和 DOE-JGI 微生物基因组注释流程 (MGAP v.4) (9) 对重叠群进行注释，并与集成微生物基因组和微生物组系统 v7 (IMG/M) 相结合进行比较分析 (10)。使用 CheckM 评估基因组完整性和污染