肠道微生物组是通过婴儿期形成的,并影响免疫系统的成熟,从而在生命后期预防慢性疾病。噬菌体或感染细菌的病毒,通过裂解和裂解性调节细菌生长,后者在婴儿肠道中尤为突出。病毒宏基因组(病毒瘤)很难分析,因为它们涵盖了未知的病毒多样性,缺乏标记基因和标准化的检测方法。在这里,我们系统地解决了来自哥本哈根属于哥本哈根的647名1岁儿童的粪便病毒多样性,该研究是2010年儿童哮喘的前瞻性研究,这是一个未选择的丹麦母子对的丹麦人群。通过组装和策划,我们从248个病毒家族水平进化枝(VFC)中发现了10,000种病毒物种。大多数(232个VFC)以前未知,属于小尾病毒病毒类别。使用来自同一儿童的细菌宏基因组中的簇状常规短滴定重复垫片确定噬菌体的79%的噬菌体。典型的细菌 - 感染的碎屑被未描述的噬菌体家族感染了梭菌和双歧杆菌。噬菌体生活方式在病毒家族水平上保守,有33个有毒和118个温带噬菌体家族。有毒的噬菌体更加丰富,而温带噬菌体则更为普遍和多样化。一起,在这项研究中发现的病毒家庭扩大了现有的噬菌体分类法,并提供了一种帮助未来婴儿肠道病毒蛋白研究的资源。
请注意,棋盘的这种编号方式会产生一个魔方:所有行、列和对角线的总和为 15。这意味着我们可以简化检查可能获胜的过程。除了在移动时标记棋盘外,我们还为每个玩家保留一份他或她已经玩过的方格列表。为了检查一个玩家可能获胜,我们考虑该玩家拥有的每对方格,并计算 15 与两个方格之和之间的差值。如果这个差值不为正数或大于 9,则原来的两个方格不共线,因此可以忽略。否则,如果代表差值的方格为空白,则移动到那里将产生胜利。由于没有玩家一次可以拥有超过四个方格,因此使用此方案检查的方格将比使用程序 2 的更直接方法少得多。这表明表示的选择如何对问题解决程序的效率产生重大影响。
(‡等等贡献。∗应向谁解决。)9公共存储库中可用的生物测序数据量正在成倍增长,形成了10个宝贵的生物医学研究资源。然而,使其在11种生活和数据科学中的研究人员可以访问且易于访问是一个未解决的问题。在这项工作中,我们利用了最近开发的,非常有效的12个数据结构和算法来表示序列集。我们在所有13个生命的进化枝中制作了DNA序列的石柄,包括病毒,细菌,真菌,植物,动物和人类,都可以完全搜索。我们的索引可供研究社区免费使用。在单个消费者硬盘驱动器(≈100USD)上,输入序列(最多15 5800×)的高度压缩表示形式,使使用可使用的有价值的资源成本效益和16个易于运输。我们提出了一种基本的方法论框架,称为Metagraph,该框架使我们使用注释的DE Bruijn图可缩减索引非常大的DNA或蛋白质序列。我们证明了18个可行性,即索引现有的测序数据的全部范围,并提出新的方法,以实现高效和成本-19有效的全文搜索,按点数为0.10美元,每个查询的MPB $ 0.10。我们探索了几个实际用例20,以挖掘现有的档案,以进行有趣的关联,并证明了我们对综合21分析的索引的实用性。22
我们提供了一个系统的框架,用于构建具有目标固定(混合)状态的非平衡动力学的通用模型。我们的框架确定了(几乎)哈密顿式和耗散动力的所有组合,这些动力学放松到稳定的感兴趣状态,从而概括了戴维斯发电机在有限温度下以销量的耗散放松为靶向任意固定状态的非列表动力学。我们专注于稳定器哈密顿人的吉布斯状态,通过限制耗散和统一过程的速度来确定当地的林文化学兼容。在Lindbladian中给定的术语与目标状态不兼容,我们的形式主义确定了操作(包括综合征测量和本地反馈),必须适用以纠正这些错误。我们的方法还揭示了量子动力学的新模型:例如,我们提供了“测量引起的相变”,其中可测量的两点函数表现出关键的(电力法)缩放,并在横向场的临界比例和测量和反馈的速率下以距离为单位。时间逆转对称性(自然而然地定义在我们的形式主义中)可以以有效的经典和本质上的量子方式被打破。我们的框架提供了一个系统的起点,用于探索开放量子系统中动态通用类别的景观,并确定量子误差校正的新协议。
• Co-location with defence, space, cyber and creative industries clusters with a focus on enabling critical technologies • Secure working environments, underpinned by a robust district security framework • Close proximity to leading education and training institutions • Avenues for collaboration between industry, world- class universities and research organisations • Accessible CBD location with state-of-the-art facilities • A focus on sustainability and wellbeing as a certified 6-Star Green Star Community和良好的社区标准区•强调支持原住民和文化。
• 荣誉论文讨论会协调员(16 年秋季 - 20 年春季) • 终身教职人员咨询委员会(15 年秋季-) • 优秀人员咨询委员会(16、15 年秋季) • 高级研讨会委员会(19 年秋季) • 系主任搜索委员会(15 年秋季) • 研究方法委员会(15 年秋季) • 国际事务 (INTA) 重大修订计划委员会(14 年秋季) • IR 终身教职教员搜索委员会(12 年秋季) • IR 讲师搜索委员会(11 年秋季) • 最佳论文奖委员会(18、17、15、14、12、11 年春季) • 环境管理委员会(10 年春季)
蛋白质是所有细胞过程的关键,其结构对于理解其功能和进化很重要。基于蛋白质结构的基于序列的预测在精度1中增加了,超过214)在Alphafold数据库2中可用预测结构。但是,在此规模上研究蛋白质结构需要高度焦虑的方法。在这里,我们开发了一个基于结构对齐的聚类算法4foldseek cluster4that可以群集数亿个结构。使用此方法,我们聚集了Alphafold数据库中的所有结构,识别2.30)百万个非辛氏结构簇,其中31%缺乏代表可能先前未描述过结构的注释。没有注释的群集往往很少有代表覆盖Alphafold数据库中所有蛋白质的4%。进化分析表明,大多数簇的起源都是古老的,但似乎有4%是物种,代表了较低的质量预测或从头基因出生的示例。我们还展示了如何使用结构比较来预测领域家庭及其关系,从而确定了远程结构相似性的示例。在这些分析的基础上,我们确定了与原核生物中假定的远程同源性人类免疫相关蛋白质的几个例子,这说明了该资源对研究蛋白质功能和生命树的进化的价值。
开放式对象检测(OSOD)已成为当代研究方向,以解决对未知对象的检测。最近,很少有作品通过使用Con-Contrastive聚类来分开未知类,在OSOD任务中实现了可观的性能。相比之下,我们提出了一种新的基于语义聚类的方法,以促进语义空间中有意义的群集的对齐,并引入一个类去相关模块以实现群间间的分离。我们的方法进一步不适合对象焦点模块预测对象分数,从而增强了未知对象的检测。此外,我们采用了i)一种评估技术,该技术对低置信度输出进行了惩罚,以减轻对未知对象的错误分类的风险,ii)一种称为HMP的新指标,该指标使用hMP使用Har-nonic Mean结合了已知和未知的精度。我们的广泛实验表明,所提出的模型可以在OSOD任务上对MS-Coco&Pascal VOC数据集有显着改进。