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蜡状芽孢杆菌NJ01通过EDS1-WRKY18模块诱导SA-和ABA介导的对细菌病原体的免疫力
Dacheng Wang, 1 Lirong Wei, 1 Jinbiao Ma, 1 Yingqiao Wan, 1 Keyi Huang, 1 Yiqiong Sun, 1 Huili Wen, 4 Zhipeng Chen, 4 Zijie Li, 1 Dongli Yu, 2 Haitao Cui, 3 Jingni Wu, 1 Yufeng Wu, 4 Sun Tae Kim, 5 Jing Zhao, 1 Jane E. Parker，6 Kenichi Tsuda，7岁， * Chunhao Jiang，1， *和Yiming Wang 1,8， * 1植物病理学系，农作物疾病综合管理和害虫综合管理的主要实验室，Nanjing农业大学教育部Nanjing 210095，NANJING 210095 02115, USA 3 Department of Plant Pathology, College of Plant Protection, Shandong Agricultural University, Tai'an, Shandong 271018, China 4 State Key Laboratory for Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Jiangsu Key Laboratory for Information Agriculture, Bioinformatics Center, Academy for Advanced Interdisciplinary Studies, Nanjing Agricultural University, Nanjing, China 5 Department of Plant Bioscience, Life and Industry Convergence Research Institute, Pusan National University, Miryang 50463, Republic of Korea 6 Department of Plant-Microbe Interactions, Max Planck Institute for Plant Breeding Research, 50829 Cologne, Germany 7 State Key Laboratory of Agricultural Microbiology, College of Plant Science and Technology, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, China 8 Lead contact *Correspondence: tsuda@mail.hzau.edu.cn（K.T.），chjiang@njau.edu.cn（C.J.），ymwang@njau.edu.cn（y.w。）https://doi.org/10.1016/j.celrep.2024.113985
靶标富集纳米孔测序和从头组装揭示了由 CRISPR-Cas9 诱导的 1 个复杂的靶基因组重排同时发生
靶标富集的纳米孔测序和从头组装揭示了 CRISPR-Cas9 在人类细胞中诱导的 1 个复杂的靶基因组重排的共现 2 3 4 5 Keyi Geng 1、Lara G. Merino 1、Linda Wedemann 1、Aniek Martens 1、Małgorzata Sobota 1、6 Yerma P. Sanchez 1、Jonas Nørskov Søndergaard 1、Robert J. White 2、Claudia Kutter 1 * 7 8 1 瑞典卡罗琳斯卡医学院生命科学实验室微生物学、肿瘤和细胞生物学系 10 2 约克大学生物系，英国约克 11 * 通讯作者。电话：+46 (0) 70 4933896。电子邮件：12 claudia.kutter@ki.se 13 14 15 标题：Xdrop-LRS 揭示 CRISPR-Cas9 的靶向效应 16 17 18 关键词 19 意外的 CRISPR-Cas9 编辑、组合基因组复制-倒置-整合、20 基于液滴的靶向富集、长读测序、从头序列组装 21 22 23 摘要 24 CRISPR-Cas9 系统被广泛用于通过双 25 向导 RNA 永久删除基因组区域。CRISPR-Cas9 可能会引起基因组重排，但持续的技术发展使得表征复杂的靶向效应成为可能。我们将创新的基于液滴的靶向富集方法与长读测序相结合，并将其与定制的从头序列组装相结合。这种方法使我们能够在靶基因组位点内以千碱基规模剖析序列内容。我们在此描述了 Cas9 造成的广泛基因组破坏，包括靶区域基因组重复和倒置的等位基因共现，以及外源 DNA 的整合和聚集的染色体间 DNA 片段重排。此外，我们发现这些基因组改变导致功能异常的 DNA 片段，并可能改变细胞增殖。我们的研究结果拓宽了 Cas9 删除系统的结果范围，强调了细致的基因组验证的必要性，并引入了数据驱动的工作流程，从而能够以卓越的分辨率详细剖析靶序列内容。