Gradiant 与一家全球领先的高科技行业设施设计、工程和交付公司合作,为一家美国半导体公司(全球顶级制造商之一)提供工业用水和回收解决方案。这家终端用户位于新加坡的半导体制造厂产生大量本地洗涤器废水,其中 TSS、有机物、二氧化硅和氟化物含量很高。他们寻求一种 LSR 解决方案来处理和回收废水,以便在制造业务中回收和再利用——这将通过减少淡水提取需求和工厂产生的废水量,为其运营带来可持续性。由于 LSR 系统可用的占地面积有限,并且需要高回收率,因此需要完全定制的解决方案来满足运营和可持续性目标。
最近的微生物基因组测序工作揭示了大量含有整合酶的移动遗传元件,这些整合酶可能成为有用的基因组工程工具。大型丝氨酸重组酶 (LSR),例如 Bxb1 和 PhiC31,是噬菌体编码的整合酶,可以促进噬菌体 DNA 插入细菌基因组。然而,之前仅鉴定了少数 LSR,它们在人类细胞中的效率有限。在这里,我们开发了一个系统的计算发现工作流程,通过识别数千个新的 LSR 及其同源 DNA 附着位点。我们通过在人类细胞中对 LSR 进行实验表征来验证这种方法,从而产生了三类根据其效率和特异性彼此区分的 LSR。我们识别了可有效整合到与人类基因组正交的合成安装附着位点的着陆垫 LSR、具有计算可预测伪位点的人类基因组靶向 LSR,以及可以单向整合货物的多靶向 LSR,其效率与常用转座酶相似,特异性更高。每个类别的 LSR 在人类细胞中都进行了功能鉴定,总体而言,其质粒重组率比 Bxb1 高出 7 倍,基因组插入效率为 40-70%,载物大小超过 7 kb。总体而言,我们建立了一个范例,用于大规模发现微生物重组酶并直接从微生物测序数据重建其靶位。该策略提供了丰富的资源,包括 60 多种经过实验鉴定的 LSR,这些 LSR 可以在人类细胞中发挥作用,以及数千种额外的候选 LSR,可用于大负载基因组编辑,而不会暴露 DNA 双链断裂。
• LSR-finder 是一种由 Editas 开发的生物信息学流程搜索算法,可以高精度地发现功能性 LSR。• 使用 LSR-finder 从公共宏基因组数据库中识别出数千个候选 LSR 及其 attB/attP 序列。• 根据聚类算法选择了 159 个代表性 LSR,以代表大多数 LSR,用于在人类细胞中进行高通量功能筛选。• 数百种新型 LSR 在人类细胞中表现出强大的重组和基因组整合活性和特异性。• 这些重组酶蛋白可能有助于开发新型基因编辑技术,该技术能够在体内敲入大型转基因,从而有可能针对其他治疗适应症。
大型丝氨酸重组酶 (LSR) 是一种 DNA 整合酶,可促进移动遗传元件在细菌基因组中的位点特异性整合。迄今为止,只有少数 LSR(如 Bxb1 和 PhiC31)被鉴定,作为人类细胞中 DNA 整合的工具,其效率有限。在这项研究中,我们开发了一种计算方法来识别数千个 LSR 及其 DNA 附着位点,将已知的 LSR 多样性扩大了 100 倍以上,并能够预测它们的插入位点特异性。我们在人类细胞中测试了它们的重组活性,将它们归类为着陆垫、基因组靶向或多靶向 LSR。总体而言,我们实现了比 Bxb1 高出七倍的重组率,基因组整合效率为 40-75%,货物大小超过 7 kb。我们还展示了无病毒的质粒或扩增子文库的直接整合,以改进功能基因组学应用。这种直接从微生物测序数据中系统地发现重组酶的做法,提供了超过 60 种在人体细胞中经过实验表征的 LSR 资源,可用于大负载基因组插入,且不会暴露 DNA 双链断裂。
A2007 1 OC DEPO计算为OCB速率X100/OCB EFF A2007 2 OCB EFF =平均值(1.8,2.3)A2007 3 OCB EFF =平均值(1.2,1.6)A2007 4 OCB EFF =平均值(4.5,6)A2007 5 OCB EFF =平均值OCB EFF = OCB EFF(0.7,1.1.8)A201.8)A2016 1.8/a2016 1.8/ocbe B2013 1 OCB EFF计算为OCB速率X100/OC DEPO D2008 1 OC含量按照作者指示的LOIX100/2.13计算(LOI:点火点的沉积物损失)。LSR计算为沉积的沉积物体积除以湖面积。F2014 1 OCB eff was calculated as OCB rate x100/OC depo G2013 1 OC content calculated as OCB rate x100/mean mass accumulation rates H2013 1 OC content calculated as OCB rate x100/sediment total (erosional+in-lake) mass accumulation rates K2013 1 age was determined by radiocarbon dating, paleomagnetic dating or deglaciation/ isolation of the basin.K2020 1 OCB EFF计算为OCB速率X100/OC DEPO。Molc M -2 y -1中的原始OCB速率值。M2004 1 OCB速率=平均值(31,137)。lsr =平均值(0.32,1.23) - Irion(1984)使用14 C年代计算出平均LSR为0.16 cm年-1。用于计算SED DEPO,OC DEPO和OCB EFF,数据取自Smith-Morrill(1987)。M2004 2 LSR =平均值(0.4,1.34)。OC含量被计算为沉降粒子中OC含量范围的平均值。sed depo和oc depo是所有站点的平均值。OCB EFF计算为OCB速率X100/OC DEPO。O2012 1 LSR =平均值(0.2,0.4)。OCB速率计算为全局OCB速率除以湖面面积。O2014 1 OCB速率=平均值(12,62)
车队管理服务 为了持续保持运营控制,EPI 提供位于基地或办公室内的物流支持代表 (LSR)。我们还提供其他服务的专业知识,例如跟踪引擎配置、在用数据监控和 MRO 管理。
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