线虫是丰富而普遍存在的动物,在种内水平上鲜为人知。这项工作是第一次尝试填补原遗传变异和分化的基本知识的差异,这是原骨oryctolagi,lagomorphs的线虫寄生虫。68 Cox1序列是从意大利北部和中部五个位置收集的棕色野兔获得的,突出了该物种内部大量遗传变异的存在。鉴定出的11个单倍型(等于0.702的单倍型多样性)分为两个谱系:谱系A(包括六个不同的单倍型,A1-A6)和谱系B(B1-B5)。遗传变异的平均内部量为0.3%,而差异差异百分比高十倍(3%)。这两个谱系在调查的地区非随机分布。血统A即使在北部地区(Emilia-Romagna)也偶尔发现了对意大利中部(Tus-Cany)的偏爱,而B-Haplotypes仅在Emilia-Romagna中存在。分子变量的分析确定了基因流的两个主要障碍:(i)将意大利中部(PIA和GR7)与北方的强大障碍(RE1,RE3和MO1;φST= 0.750,p = 0.00)分开。 (ii)一个二次微弱屏障,将钢琴岛与grosseto分开(φST= 0.133,p = 0.00)。在北部样品中发现了任何差异(φST= 0.009,p = 0.00)。最后,非常规缩短的扩增子的存在揭示了p中存在数字(线粒体基因的核副本)。观察到的数据可以通过几个因素来解释,从寄生虫的生物学(存在狭窄的宿主谱),最终宿主的行为(小型家用范围),宿主 - 寄生虫二元组的自然分散体发生在过去或最近的Passive人介导的迁移中。oryctolagi核基因组,建议使用DNA条形码作为鉴定属于该属的物种的独特标记时谨慎。
我们在这里提出了棕色野兔(Lepus europaeus pallas)的高质量基因组组装,该组件基于来自芬兰东部利珀里(Liperi)的雄性标本的纤维细胞细胞系。这个棕色的野兔基因组代表了芬兰对欧洲参考基因组试验e ort e ort的第一个贡献,以生成欧洲生物多样性的参考基因组。使用HI-C染色体结构捕获方法,使用25倍PACBIO HIFI测序数据组装了基因组,并使用了SCA的旧基因组。在手动策划后,组装的基因组长度为2,930,972,003 bp,N50 sca egs为125.8 MB。93.16%的组装可以分配给25个识别的染色体(23个常染色体加X和Y),与已发布的核型匹配。染色体根据大小编号。基因组基于BUSCO分数(MAM-malia_odb10数据库)具有高度的完整性,完成:96.1%[单副本:93.1%,重复:3.0%],片段为0.8%,缺少2.9%。对细胞系的线粒体基因组进行测序并分别组装。最终注释的基因组具有30,833个基因,其中21,467个多肽代码。棕色野兔基因组特别有趣,因为该物种很容易与北部欧亚大陆物种接触区的山野兔(Lepus timidus L.)杂交,从而产生肥沃的春季,并导致这两个物种之间的基因流。除了为人群研究提供有用的比较外,基因组还可以深入了解一般的毛刺和lagomorpha之间的染色体演化。基因组的染色体组装还表明,细胞系在培养过程中尚未获得核型变化。