方案(Schleimer等,2003; Roberts等,2004)是正向方案,可保证以原始序列以它们出现的顺序对K -Mers进行采样。这些属性特别有吸引力,因为它们保证没有任何区域未卸下。这些方案的目的是减少下游方法的计算负担,同时维护窗户保证,大多数新方案的主要目标是最大程度地减少密度,即采样k -mers的预期比例。在过去的十年中,已经提出了许多新方案,其密度明显低于原始随机最小化方案。例如,有基于打击集的计划(Orenstein等,2016;Marçais等人,2017,2018; Deblasio等,2019; Ekim等,2020; Pellow等,2023),而不是k -mers loukides and loukides and loukides and loukides and loukides和202,使用t -mers(t 尽管有所有这些改进,但这些方案与达到最低密度有多近。 窗口保证给出的密度的微不足道的下限为1尽管有所有这些改进,但这些方案与达到最低密度有多近。窗口保证给出的密度的微不足道的下限为1
方案(Schleimer等,2003; Roberts等,2004)是正向方案,可保证以原始序列以它们出现的顺序对K -Mers进行采样。这些属性特别有吸引力,因为它们保证没有任何区域未卸下。这些方案的目的是减少下游方法的计算负担,同时维护窗户保证,大多数新方案的主要目标是最大程度地减少密度,即采样k -mers的预期比例。在过去的十年中,已经提出了许多新方案,其密度明显低于原始随机最小化方案。For example, there are schemes based on hitting sets (Orenstein et al., 2016; Marçais et al., 2017, 2018; DeBlasio et al., 2019; Ekim et al., 2020; Pellow et al., 2023; Golan et al., 2024), schemes that focus on sampling positions rather than k -mers (Loukides and Pissis, 2021; Loukides等,2023),在t -mers(t 尽管有所有这些改进,但这些方案与达到最低密度有多近。 窗口保证给出的密度的微不足道的下限为1尽管有所有这些改进,但这些方案与达到最低密度有多近。窗口保证给出的密度的微不足道的下限为1
18. Manali ED、Kannengiesser C、Borie R、Ba I、Bouros D、Markopoulou A、Antoniou K、Kolilekas L、Papaioannou AI、Tzilas V、Tzouvelekis A、Daniil Z、Fouka E、Papakosta D、Xyfteri A、Karakatsani A、Loukides S、Korbila、Igosti AK、Konogo、Steusti、AK P、Papanikolaou IC、Bazaka C、Haritou A、Vassilakopoulos T、Maniati M、Kagouridis K、Markozannes E、Bouros E 等。遗传性特发性肺纤维化的基因型-表型关系:希腊国家队列研究。呼吸。他们。冻结。胸腔。这。 2022; 101:531–543。