机器学习提供了适合探索各种医学研究问题的多种技术,但具有凝聚力的协同框架可以促进对统一模型开发和解释中新方法的整合和理解。因此,我们引入了医学人工智能工具箱(MAIT),这是一种可解释的开源Python管道,用于在表格数据集上开发和评估二进制分类,回归和生存模型。MAIT解决了关键挑战(例如,高维度,类不平衡,混合变量类型和缺失),同时促进报告中的透明度(Tripod+AI兼容)。为初学者提供自动配置,并为专家提供可自定义的源代码,MAIT简化了两个主要用例:Discovery(通过统一评分通过统一评分的特征重要性,例如Shapley添加性解释 - Shap -Shap)和预测(模型开发和使用具有优化解决方案的模型开发和部署)。此外,MAIT提出了新技术,包括对二进制分类中概率阈值的微调,将累积危险曲线转换为二进制分类的翻译,对混合数据类型的模型解释的增强可视化以及通过半纯粹的学习进行审查,以适应广泛的数据约束和研究设计。我们使用四个开放访问数据集在GitHub上提供详细的教程,以证明如何使用MAIT来改善医学研究中ML模型的实施和解释。
机器学习提供了适合探索各种医学研究问题的多种技术,但具有凝聚力的协同框架可以促进对统一模型开发和解释中新方法的整合和理解。因此,我们引入了医学人工智能工具箱(MAIT),这是一种可解释的开源Python管道,用于在表格数据集上开发和评估二进制分类,回归和生存模型。MAIT解决了关键挑战(例如,高维度,类不平衡,混合变量类型和缺失),同时促进报告中的透明度(Tripod+AI兼容)。为初学者提供自动配置,并为专家提供可自定义的源代码,MAIT简化了两个主要用例:Discovery(通过统一评分通过统一评分的特征重要性,例如Shapley添加性解释 - Shap -Shap)和预测(模型开发和使用具有优化解决方案的模型开发和部署)。此外,MAIT提出了新技术,包括对二进制分类中概率阈值的微调,将累积危险曲线转换为二进制分类的翻译,对混合数据类型的模型解释的增强可视化以及通过半纯粹的学习进行审查,以适应广泛的数据约束和研究设计。我们使用四个开放访问数据集在GitHub上提供详细的教程,以证明如何使用MAIT来改善医学研究中ML模型的实施和解释。
(未通过同行评审认证)是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年1月3日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.03.631124 doi:Biorxiv Preprint
尽管哮喘治疗的最新进展,但仍然需要寻找新的疗法,因为仍然有复发性哮喘患者患者患者对现有疗法的反应不佳。由于第2组先天淋巴样细胞(ILC2)通过触发和加剧2型腹膜弹性在哮喘中起关键作用,因此控制ILC2S功能是对抗严重哮喘的关键。粘膜相关的不变T(MAIT)细胞是人类丰富的先天T细胞,并以T细胞受体依赖性和非依赖性方式激活。mait细胞分别基于转录因子T-bet和ror g t的表达组成。mait细胞在宿主防御病原体和组织修复中起关键作用,对于维持免疫和止血至关重要。我们最近的研究表明,MAIT细胞抑制了ILC2的增殖和气道炎症模型中的功能。mait细胞可以通过促进气道上皮细胞屏障修复和抑制ILC2来减轻两种方式的气道炎症。因此,促进MAIT细胞介导的ILC2增殖和功能抑制的试剂,或设计师MAIT细胞(基因设计以抑制ILC2或促进气道损害的修复),可能是严重哮喘的治疗方法。©2023日本过敏症学会。由Elsevier B.V.这是CC下的开放访问文章(http://creativecommons.org/licenses/4.0/)。
参考文献1。Pollard CA。 大流行互联19:可用于危机健康。 基因组物理学。 2020; 52(11):549-57。 2。 Yuki K,Fujiogi M,S。covid-1 临床免疫。 2020; 215:1 3。 Hoffmann M,Web Cross H,Schroeder S,CrügerN,Herrler T,Erichsen S等。 sars-cov-2此条目 单元格。 2020; 181(2):271-80.e8。 4。 Shi Y,Wang G,Cai XP,Deng JW,Zheng L,Zhu HH和Al。 COVID-19的概述。 jous Sci B. 2020; 21(5):343-60。 5。 Anka au,SD,Alsabbagh M,Zian Z,Hamedifier H和Al。 2019 Clearavirus(Covid-19)。 scandin j Imboreal。 2021; 93(4):E12998。 6。 E验证,公司,COVID-19: 疫苗。 2021; 9(6)。 7。 Huang S,Yin L. Cythokine Storm和Covid-19。 j带Virol。 2021; 93(1):250-6。 8。 Park J,Cohen B. 系统的概述。 lanced。 2001; 357(9270):1777-8Pollard CA。大流行互联19:可用于危机健康。基因组物理学。2020; 52(11):549-57。2。Yuki K,Fujiogi M,S。covid-1临床免疫。2020; 215:13。Hoffmann M,Web Cross H,Schroeder S,CrügerN,Herrler T,Erichsen S等。sars-cov-2此条目单元格。2020; 181(2):271-80.e8。4。Shi Y,Wang G,Cai XP,Deng JW,Zheng L,Zhu HH和Al。COVID-19的概述。jous Sci B.2020; 21(5):343-60。5。Anka au,SD,Alsabbagh M,Zian Z,Hamedifier H和Al。2019 Clearavirus(Covid-19)。scandin j Imboreal。2021; 93(4):E12998。6。E验证,公司,COVID-19:疫苗。2021; 9(6)。7。Huang S,Yin L. Cythokine Storm和Covid-19。 j带Virol。 2021; 93(1):250-6。 8。 Park J,Cohen B. 系统的概述。 lanced。 2001; 357(9270):1777-8Huang S,Yin L. Cythokine Storm和Covid-19。j带Virol。2021; 93(1):250-6。8。Park J,Cohen B. 系统的概述。 lanced。 2001; 357(9270):1777-8Park J,Cohen B.系统的概述。lanced。2001; 357(9270):1777-8
根据申请书中的 52 Pa. Code § 1.9(a),MAIT 还请求豁免委员会法规第 57.74(d) 节,即 52 Pa. Code § 57.74(d)。如申请书中所述,由于 COVID-19 疫情持续,MAIT 目前无法在亚当斯县的实体地点提供申请书的纸质副本。作为替代方案,MAIT 还提议在申请书和申请通知中指定的网站上在线提供申请书和申请通知的电子版,供公众查阅。