METIS

使用Promega'sWizard®HMWDNA提取试剂盒从蓝细菌中提取高分子重量DNA，并具有修改的方案，Metis

提取高分子量（HMW）DNA进行长读测序，几乎没有碎片和高纯度是从蓝细菌物种中获取的。在这里，我们描述了一种使用Promega的向导R○HMW DNA提取试剂盒从两个蓝细菌物种中获取高分子量DNA的修改方法。套件中使用的协议是“ 3.D。从革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌中分离HMW DNA”方案。在协议中的关键步骤中，我们建议除去细胞碎片的挥之不去的残留物，例如蓝细菌物种的粘液层，以防止其粘在产生的DNA颗粒上。此自定义的修改是在步骤11和12之间进行的，并称为METIS（最大化提取，转移异丙醇步骤）。此步骤大大减少了剩余的粘液层，如果保留将粘贴在DNA上，并使DNA不适合敏感的下游下一代测序，例如PACBIO测序。该方案已用于组装来自蓝细菌的两个基因组（Sychococcussp。和微囊孢子虫），一个来自革兰氏阴性细菌，lacibacter。它还允许在不使用有毒化学物质（例如苯酚）的情况下快速提取HMW DNA，而无需购买额外的试剂。