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使用图形编译器和容器优化 AI 训练部署
摘要 — 基于深度神经网络 (DNN) 或深度学习 (DL) 的人工智能 (AI) 应用因其在解决图像分析和语音识别等问题方面的成功而变得流行。训练 DNN 需要大量计算，而高性能计算 (HPC) 一直是 AI 发展的关键驱动力。虚拟化和容器技术促成了云和 HPC 基础设施的融合。这些具有不同硬件的基础设施增加了部署和优化 AI 训练工作负载的复杂性。可以使用特定于目标的库、图形编译器以及通过改进数据移动或 IO 来优化 HPC 或云中的 AI 训练部署。图形编译器旨在通过为目标硬件/后端生成优化代码来优化 DNN 图的执行。作为 SODALITE（Horizon 2020 项目）的一部分，MODAK 工具旨在优化软件定义基础设施中的应用程序部署。 MODAK 使用数据科学家的输入和性能建模，将最佳应用程序参数映射到目标基础架构并构建优化的容器。在本文中，我们介绍了 MODAK，并回顾了 AI 的容器技术和图形编译器。我们说明了使用图形编译器和 Singularity 容器优化 AI 训练部署。使用 MNIST-CNN 和 ResNet50 训练工作负载的评估表明，定制的优化容器优于 DockerHub 的官方映像。我们还发现图形编译器的性能取决于目标硬件和神经网络的复杂性。索引术语 —MODAK、SODALITE、HPC、云、性能优化、AI 训练、Singularity 容器、图形编译器
测试二氢吡啶酶缺乏症时，分析过程对血浆尿嘧啶的定量影响
1。Barin-Le Guellec C，Lafay-Chebassier C，Ingrand I等。与含有氟脂膜的化学疗法方案相关的毒性：法国的现实生活评估。EUR J癌。 2020; 124：37-46。 doi：10.1016/j.ejca.2019.09.0282。VanKuilenburg ABP。 二氢嘧啶脱氢酶以及5-氟尿嘧啶的效率和毒性。 EUR J癌。 2004; 40（7）：939-950。 doi：10.1016/j.ejca.2003.12.004 3。 Etienne MC，Lagrange JL，Dassonville O等。 癌症患者中二氢吡啶二氢化胺的种群研究。 J Clin Oncol。 1994; 12（11）：2248-2253。 doi：10.1200/jco.1994.12.11.2248 4。 Mattison LK，Fourie J，Desmond RA，Modak A，Saif MW，Diasio RB。 与高加索人相比，非裔美国人二氢吡啶酶缺乏酶缺乏症的患病率增加。 Clin Cancer Res。 2006; 12（18）：5491-5495。 doi：10.1158/1078-0432.ccr- 06-0747 5。 有santé。 二氢嘧啶脱氢酶缺乏症测试，以防止与氟亚胺相关的严重毒性。 2018。https://www.has-sante.fr/jcms/c_2891090/en/screening-for-dihydropyrimidine-dehydredrogenate-debogenate-decorigation-to-decrase-the-the-the-the-the--------------卡皮替替滨 - 纳阿塔brief。 2022年9月20日访问。 6。 Meulendijks D，Henricks LM，Sonke GS等。 DPYD变体的临床相关性C.1679T> G，C.1236G> A/HAPB3和C.1601G> A作为严重氟吡啶相关毒性的预测因素：对个体患者数据的系统综述和荟萃分析。EUR J癌。2020; 124：37-46。 doi：10.1016/j.ejca.2019.09.0282。VanKuilenburg ABP。二氢嘧啶脱氢酶以及5-氟尿嘧啶的效率和毒性。EUR J癌。 2004; 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12（18）：5491-5495。 doi：10.1158/1078-0432.ccr- 06-0747 5。 有santé。 二氢嘧啶脱氢酶缺乏症测试，以防止与氟亚胺相关的严重毒性。 2018。https://www.has-sante.fr/jcms/c_2891090/en/screening-for-dihydropyrimidine-dehydredrogenate-debogenate-decorigation-to-decrase-the-the-the-the-the--------------卡皮替替滨 - 纳阿塔brief。 2022年9月20日访问。 6。 Meulendijks D，Henricks LM，Sonke GS等。 DPYD变体的临床相关性C.1679T> G，C.1236G> A/HAPB3和C.1601G> A作为严重氟吡啶相关毒性的预测因素：对个体患者数据的系统综述和荟萃分析。2006; 12（18）：5491-5495。 doi：10.1158/1078-0432.ccr- 06-0747 5。有santé。二氢嘧啶脱氢酶缺乏症测试，以防止与氟亚胺相关的严重毒性。2018。https://www.has-sante.fr/jcms/c_2891090/en/screening-for-dihydropyrimidine-dehydredrogenate-debogenate-decorigation-to-decrase-the-the-the-the-the--------------卡皮替替滨 - 纳阿塔brief。2022年9月20日访问。6。Meulendijks D，Henricks LM，Sonke GS等。 DPYD变体的临床相关性C.1679T> G，C.1236G> A/HAPB3和C.1601G> A作为严重氟吡啶相关毒性的预测因素：对个体患者数据的系统综述和荟萃分析。Meulendijks D，Henricks LM，Sonke GS等。DPYD变体的临床相关性C.1679T> G，C.1236G> A/HAPB3和C.1601G> A作为严重氟吡啶相关毒性的预测因素：对个体患者数据的系统综述和荟萃分析。lancet oncol。2015; 16（16）：1639-1650。 doi：10.1016/s1470-2045（15）00286-72015; 16（16）：1639-1650。 doi：10.1016/s1470-2045（15）00286-7
使用定量波前显微镜
1。Barin-Le Guellec C，Lafay-Chebassier C，Ingrand I等。与含有氟脂膜的化学疗法方案相关的毒性：法国的现实生活评估。EUR J癌。 2020; 124：37-46。 doi：10.1016/j.ejca.2019.09.0282。VanKuilenburg ABP。 二氢嘧啶脱氢酶以及5-氟尿嘧啶的效率和毒性。 EUR J癌。 2004; 40（7）：939-950。 doi：10.1016/j.ejca.2003.12.004 3。 Etienne MC，Lagrange JL，Dassonville O等。 癌症患者中二氢吡啶二氢化胺的种群研究。 J Clin Oncol。 1994; 12（11）：2248-2253。 doi：10.1200/jco.1994.12.11.2248 4。 Mattison LK，Fourie J，Desmond RA，Modak A，Saif MW，Diasio RB。 与高加索人相比，非裔美国人二氢吡啶酶缺乏酶缺乏症的患病率增加。 Clin Cancer Res。 2006; 12（18）：5491-5495。 doi：10.1158/1078-0432.ccr- 06-0747 5。 有santé。 二氢嘧啶脱氢酶缺乏症测试，以防止与氟亚胺相关的严重毒性。 2018。https://www.has-sante.fr/jcms/c_2891090/en/screening-for-dihydropyrimidine-dehydredrogenate-debogenate-decorigation-to-decrase-the-the-the-the-the--------------卡皮替替滨 - 纳阿塔brief。 2022年9月20日访问。 6。 Meulendijks D，Henricks LM，Sonke GS等。 DPYD变体的临床相关性C.1679T> G，C.1236G> A/HAPB3和C.1601G> A作为严重氟吡啶相关毒性的预测因素：对个体患者数据的系统综述和荟萃分析。EUR J癌。2020; 124：37-46。 doi：10.1016/j.ejca.2019.09.0282。VanKuilenburg ABP。二氢嘧啶脱氢酶以及5-氟尿嘧啶的效率和毒性。EUR J癌。 2004; 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12（11）：2248-2253。 doi：10.1200/jco.1994.12.11.2248 4。 Mattison LK，Fourie J，Desmond RA，Modak A，Saif MW，Diasio RB。 与高加索人相比，非裔美国人二氢吡啶酶缺乏酶缺乏症的患病率增加。 Clin Cancer Res。 2006; 12（18）：5491-5495。 doi：10.1158/1078-0432.ccr- 06-0747 5。 有santé。 二氢嘧啶脱氢酶缺乏症测试，以防止与氟亚胺相关的严重毒性。 2018。https://www.has-sante.fr/jcms/c_2891090/en/screening-for-dihydropyrimidine-dehydredrogenate-debogenate-decorigation-to-decrase-the-the-the-the-the--------------卡皮替替滨 - 纳阿塔brief。 2022年9月20日访问。 6。 Meulendijks D，Henricks LM，Sonke GS等。 DPYD变体的临床相关性C.1679T> G，C.1236G> A/HAPB3和C.1601G> A作为严重氟吡啶相关毒性的预测因素：对个体患者数据的系统综述和荟萃分析。1994; 12（11）：2248-2253。 doi：10.1200/jco.1994.12.11.2248 4。Mattison LK，Fourie J，Desmond RA，Modak A，Saif MW，Diasio RB。与高加索人相比，非裔美国人二氢吡啶酶缺乏酶缺乏症的患病率增加。Clin Cancer Res。 2006; 12（18）：5491-5495。 doi：10.1158/1078-0432.ccr- 06-0747 5。 有santé。 二氢嘧啶脱氢酶缺乏症测试，以防止与氟亚胺相关的严重毒性。 2018。https://www.has-sante.fr/jcms/c_2891090/en/screening-for-dihydropyrimidine-dehydredrogenate-debogenate-decorigation-to-decrase-the-the-the-the-the--------------卡皮替替滨 - 纳阿塔brief。 2022年9月20日访问。 6。 Meulendijks D，Henricks LM，Sonke GS等。 DPYD变体的临床相关性C.1679T> G，C.1236G> A/HAPB3和C.1601G> A作为严重氟吡啶相关毒性的预测因素：对个体患者数据的系统综述和荟萃分析。Clin Cancer Res。2006; 12（18）：5491-5495。 doi：10.1158/1078-0432.ccr- 06-0747 5。 有santé。 二氢嘧啶脱氢酶缺乏症测试，以防止与氟亚胺相关的严重毒性。 2018。https://www.has-sante.fr/jcms/c_2891090/en/screening-for-dihydropyrimidine-dehydredrogenate-debogenate-decorigation-to-decrase-the-the-the-the-the--------------卡皮替替滨 - 纳阿塔brief。 2022年9月20日访问。 6。 Meulendijks D，Henricks LM，Sonke GS等。 DPYD变体的临床相关性C.1679T> G，C.1236G> A/HAPB3和C.1601G> A作为严重氟吡啶相关毒性的预测因素：对个体患者数据的系统综述和荟萃分析。2006; 12（18）：5491-5495。 doi：10.1158/1078-0432.ccr- 06-0747 5。有santé。二氢嘧啶脱氢酶缺乏症测试，以防止与氟亚胺相关的严重毒性。2018。https://www.has-sante.fr/jcms/c_2891090/en/screening-for-dihydropyrimidine-dehydredrogenate-debogenate-decorigation-to-decrase-the-the-the-the-the--------------卡皮替替滨 - 纳阿塔brief。2022年9月20日访问。6。Meulendijks D，Henricks LM，Sonke GS等。 DPYD变体的临床相关性C.1679T> G，C.1236G> A/HAPB3和C.1601G> A作为严重氟吡啶相关毒性的预测因素：对个体患者数据的系统综述和荟萃分析。Meulendijks D，Henricks LM，Sonke GS等。DPYD变体的临床相关性C.1679T> G，C.1236G> A/HAPB3和C.1601G> A作为严重氟吡啶相关毒性的预测因素：对个体患者数据的系统综述和荟萃分析。lancet oncol。2015; 16（16）：1639-1650。 doi：10.1016/s1470-2045（15）00286-72015; 16（16）：1639-1650。 doi：10.1016/s1470-2045（15）00286-7
摘要 在治疗癌症、心脏病、神经系统疾病或视网膜血管病等慢性和危险疾病时，我们经常
摘要 在治疗癌症、心脏病、神经系统疾病或视网膜血管病等慢性和危险疾病时，我们经常需要最有效的剂量方案，并具有足够的精度和足够的治疗潜力。适体是这些能够以靶向方式发挥作用的实体之一。通常，它们是由一种名为“指数富集配体系统进化 (SELEX)”的迭代筛选程序产生的，该程序用于复杂化核酸库。对于包括靶向治疗在内的多种生物目的，适体具有潜力，并且可以轻松塑造成所需的需求，也可以以不太奢侈或昂贵的方式进行测试。可以采用化学修饰来增强其药理作用或防止酶促降解，从而保证其在生理环境中的化学完整性和生物利用度。最近在药物靶向和使用适体的设计方面取得的进展是本综述的主要主题。本综述将重点介绍当前的发展，并讨论基于适体的靶向治疗（包括适体疗法）领域的前景和问题。关键词：适体、SELEX、靶向治疗、药物发现、慢性病。国际药物输送技术杂志（2024 年）；DOI：10.25258/ijddt.14.3.81 如何引用本文：Mishra A、Abdullah SM、Koley S、Modak S、Das A。适体在治疗药物靶向和设计中的见解。国际药物输送技术杂志。2024；14（3）：1829-1835。支持来源：无。利益冲突：无
循环的EPR上的知识交流...
认可本研究是印度G20环境和气候可持续性工作组（ECSWG）资源效率和循环经济团队以及知识合作伙伴环境管理中心PVT的持续努力的结果。ltd.（EMC）。总统要感谢所有为这项研究贡献的ECSWG代表，通过在ECSWG会议上的讨论，资源效率对话研讨会，于2023年4月和2023年举行。印度政府，布潘德·亚达夫（Bhupender Yadav）先生的领导力和愿景为荣誉环境，森林和气候变化部长奠定了基础。印度总统任期的ECSWG团队由主席Leena Nandan女士领导。环境，森林和气候变化部（MOEFCC）的官员，Naresh Pal Gangwar先生，Satyendra Kumar博士和Bhawna Singh博士确立了ECSWG的资源效率和循环经济优先级。由环境管理中心PVT的Shilpi Kapur Bakshi博士，Rashi Agarwal女士和Krunal Parekh先生进行了整体概念，起草，数据汇编和分析。在Prasad Modak博士的指导下， Ltd.（EMC）。 从学科专家Vaughan Levitzke PSM，Yasuhiko Hotta和Shailendra Mudgal那里收到了宝贵的反馈。 版权所有©印度环境，森林和气候变化部免责声明：该报告不一定提供详尽的文档，以详尽地记录G20成员和客人国家的所有资源效率和与循环经济有关的活动，而是这是2022年11月和2023年7月之间进行的工作结果。Ltd.（EMC）。从学科专家Vaughan Levitzke PSM，Yasuhiko Hotta和Shailendra Mudgal那里收到了宝贵的反馈。版权所有©印度环境，森林和气候变化部免责声明：该报告不一定提供详尽的文档，以详尽地记录G20成员和客人国家的所有资源效率和与循环经济有关的活动，而是这是2022年11月和2023年7月之间进行的工作结果。引用：Moefcc＆Emc，2023。鼓励资源效率和循环经济。环境，森林和气候变化部，印度新德里，第93页。
SARS-CoV-2-人类蛋白质相互作用图揭示药物靶点和潜在的药物再利用
David E. Gordon 1,2,3,4 , Gwendolyn M. Jang 1,2,3,4 , Mehdi Bouhaddou 1,2,3,4 , 徐杰伟 1,2,3,4 , Kirsten Obernier 1,2,3,4 , Matthew J. O'Meara 5 , Jeffrey Z.Guo 1,2,3,4 , Danielle L. Swaney 1,2,3,4，蒂亚·图米诺 1,2,6，露丝·休滕海因 1,2,3,4，罗宾·卡克 1,2,3,4，艾丽西亚·理查兹 1,2,3,4，贝里尔·图通库格鲁 1,2,3,4，海伦·福萨德 1,2,3,4，乔蒂·巴特拉1,2,3,4, 凯尔西·哈斯1,2,3,4，玛雅·莫达克 1,2,3,4，明奎·金 1,2,3,4，佩吉·哈斯 1,2,3,4，本杰明·J·波拉科 1,2,3,4，汉内斯·布拉伯格 1,2,3,4，杰奎琳·M·法比尤斯 1,2,3,4，曼农·埃克哈特 1,2,3,4 , Margaret Soucheray 1,2,3,4 , Melanie J. Bennett 1,2,3,4 , Merve Cakir 1,2,3,4 , Michael J. McGregor 1,2,3,4 , 李琼玉 1,2,3,4 , Zun Zar Chi Naing 1,2,3,4 , 周远 1,2,3,4 , 彭世明1,2,6, 伊尔莎·T. Kirby 1,4,7 , James E. Melnyk 1,4,7 , John S. Chorba 1,4,7 , Kevin Lou 1,4,7 , 戴世忠 1,4,7 , 沉文琪 1,4,7 , 石英 1,4,7 , 张紫阳 1,4,7 , Inigo Barrio-Hernandez 8 , 丹麦 Memon 8 , 克劳迪娅Hernandez-Armenta 8 、Christopher JP Mathy 1,9,10,2 、Tina Perica 1,2,9 、Kala B. Pilla 1,2,9 、Sai J. Ganesan 1,2,9 、Daniel J. Saltzberg 1,2,9 、Rakesh Ramachandran 1,2,9 、习刘 1,2,6 、Sara B. Rosenthal 11 , 洛伦佐·卡尔维罗 12 , Srivats Venkataramanan 12 , Jose Liboy- Lugo 12 , Yizhu Lin 12 , Stephanie A. Wankowicz 1,13,9 , Markus Bohn 6 , Phillip P. Sharp 1,2,4 , Raphael Trenker 14 , Janet M. Young 15 , Devin A. Cavero ,3 , Joseph Hiatt 16,3 , Theodore L. Roth 16,3 , Ujjwal Rathore 3 , Advait Subramanian 1,17 , Julia Noack 1,17 , Mathieu Hubert 18 , Ferdinand Roesch 19 , Thomas Vallet 19 , Björn Meyer 19 , Kris M. White 20 , Lisa Miorin 20 , Oren S. Rosenberg 21,22,23 ,克莱门特·维巴 1,2,6 , 大卫·阿加德 1,24 , 梅兰妮·奥特 3,21 , 迈克尔·埃默曼 25 , 大卫·鲁杰罗 26,27,4 , 阿道夫·加西亚-萨斯特雷 20 , 娜塔莉亚·朱拉 1,14,4 , 马克·冯·扎斯特罗 1,1,4,28 , 杰克·汤顿1,2,4，奥利维尔·施瓦茨 18，马可·维格努齐 19，克里斯托夫·丹弗特 29，沙埃里·慕克吉 1,17，马特·雅各布森 6，哈米特·S·马利克 15，丹尼卡·G·藤森 1,4,6，特雷·伊德克尔 30，查尔斯·S·克雷克 6,27，斯蒂芬·弗罗尔12,27 , 詹姆斯·弗雷泽 1,2,9 , John Gross 1,2,6 , Andrej Sali 1,2,6,9 , Tanja Kortemme 1,9,10,2 , Pedro Beltrao 8 , Kevan Shokat 1,4,7 , Brian K. Shoichet 1,2,6 , Nevan J. Krogan 1,2,3,4 1 QBI COVID-19 研究小组 (QCRG)，旧金山，美国加利福尼亚州，94158
SARS-CoV-2 蛋白质相互作用图揭示了药物再利用的靶点
David E. Gordon 1,2,3,4,35 , Gwendolyn M. Jang 1,2,3,4,35 , Mehdi Bouhaddou 1,2,3,4,35 , Jiewei Xu 1,2,3,4,35 , Kirsten Obernier 1,2,3,4,3 , M. White , Matthew J. , 575 35 , Veronica V. Rezelj 8,35 , Jeffrey Z. Guo 1,2,3,4 , Danielle L. Swaney 1,2,3,4 , Tia A. Tummino 1,2,9 , Ruth Huettenhain 1,2,3,4 , Robyn M. Kaake 1,2, 4 , Alice , Berils , 12 , L. 1,2,3,4 , Helene Foussard 1,2,3,4 , Jyoti Batra 1,2,3,4 , Kelsey Haas 1,2,3,4 , Maya Modak 1,2,3,4 , Minkyu Kim 1,2,3,4 , Paige Haas 1,2,3,4 , Benjamin , 21 , 21 , 24 , Pollaccoberg . ,3,4 , Jacqueline M. Fabius 1,2,3,4 , Manon Eckhardt 1,2,3,4 , Margaret Soucheray 1,2,3,4 , Melanie J. Bennett 1,2,3,4 , Merve Cakir 1,2,3,4 , Michael J. McGregyu , 1,23, 4 , Lijo , Lijo n Meyer 8 , Ferdinand Roesch 8 , Thomas Vallet 8 , Alice Mac Kain 8 , Lisa Miorin 5,6 , Elena Moreno 5,6 , Zun Zar Chi Naing 1,2,3,4 , Yuan Zhou 1,2,3,4 , Shiming Peng 1,2,9 , Ying , 2 , 14 , 14 , Shihang , Zhang , Wenqi Shen 1,2,4,11 , Ilsa T. Kirby 1,2,4,11 , James E. Melnyk 1,2,4,11 , John S. Chorba 1,2,4,11 , Kevin Lou 1,2,4,11 , Shizhong A. Dai 1,2,4 , Danish Herbert 11 , 22 , Claudia Hernandez-Armenta 12 , Jiankun Lyu 1,2,9 , Christopher JP Mathy 1,2,13,14 , Tina Perica 1,2,13 , Kala B. Pilla 1,2,13 , Sai J. Ganesan 1,2,13 , Daniel J. Saltzberg 12 , 12 , 13 , Rakeshrand , 13 . Xi Liu 1,2,9 , Sara B. Rosenthal 15 , Lorenzo Calviello 1,16 , Srivats Venkataramanan 1,16 , Jose Liboy-Lugo 1,16 , Yizhu Lin 1,16 , Xi-Ping Huang 17 , YongFeng Liu 17 , Stephanie Mark 1 , 18 , Wan Boko 18 . hn 1,2,9 , Maliheh Safari 1,2,19 , Fatima S. Ugur 1,2,4,9 , Cassandra Koh 8 , Nastaran Sadat Savar 8 , Quang Dinh Tran 8 , Djoshkun Shengjuler 8 , Sabrina J Fletcher 8 , Michael C . 0 , David J. Broadhurst 20 , Saker Klippsten 20 , Phillip P. Sharp 4 , Nicole A. Wenzell 1,2,4 , Duygu Kuzuoglu 1,2,4,21,22 , Hao-Yuan Wang 1,2,4 , Raphael Trenker , 12 , Jan A. Caver , 24 3,26 , Joseph Hiatt 3,25,26 , Theodore L. Roth 3,25,26 , Ujjwal Rathore 3,26 , Advait Subramanian 1,2,26 , Julia Noack 1,2,26 , Mathieu Hubert 10 , Robert M. Stroud , Alan Oel , 19 , 19 , 19 . by S. Rosenberg 1,2,19,27 , Kliment A Verba 1,2,9 , David A. Agard 1,2,3,19 , Melanie Ott 1,2,3,27 , Michael Emerman 28 , Natalia Jura 1,2,4,23 , Mark von Zastrow 1,2,4, 29 , Alan Verba , 13 , 13 ,21 , Olivier Schwartz 10 , Christophe d'Enfert 31 , Shaeri Mukherjee 1,2,26 , Matt Jacobson 1,2,9 , Harmit S. Malik 24 , Danica G. Fujimori 1,2,4,9 , Trey Ideker 1,32 , Charles N. 12 , 12 , F. 6,21 , James S. Fraser 1,2,13 , John D. Gross 1,2,9 , Andrej Sali 1,2,9,13 , Bryan L. Roth 17 , Davide Ruggero 1,2,4,21,22 , Jack Taunton 1,2,4 , Tanja , 12 , 12 , Bel , Bel , Marco , 13 gnuzzi 8 ✉ , Adolfo García-Sastre 5,6,33,34 ✉ , Kevan M. Shokat 1,2,4,11 ✉ , Brian K.Shoichet 1,2,9 ✉ & Nevan J. Krogan 1,2,3,4,5 ✉