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使用Bowtie2映射到840万个基因口服目录[3](https://doi.org/10.15454/wq4utv),并仅考虑使用每个读数的前80个核苷酸(Trim-to 80)来创建基因计数表V1(trim-to)的前80个核苷酸。 https://forgemia.inra.fr/metagenopolis/meteor)[4]。唯一的映射读数(映射到目录中唯一基因的读取)归因于其相应的基因。共享读取(以相同的对齐分数映射到目录中的多个基因的映射)根据其唯一映射计数的比率归因于。然后,使用R套件元元员v1.31(https://forgemia.inra.inra.fr/metagenopolis/momr)[5]降低了所得的基因计数表[5],以考虑映射和未绘制的读数,以考虑到测序深度的差异(通常是saliva persem saliva样品)。基因计数表的基因长度归一化,并最终使用FPKM策略转化为频率矩阵。