为了找到一个可解释的解决方案,需要一个简单而有效的模型来在许多会话中共享行为相关的神经变化。同样,动物的行为不仅受当前任务的影响,也受动物以前试验的经验的影响。例如,[10]发现小鼠的决策表现出在数十到数百次试验中持续存在的内部状态,这可以通过隐马尔可夫模型(HMM)有效地建模。这些潜在状态可以在不同动物和实验会话中重现。许多神经科学实验表现出由这种可重现的潜在状态引起的试验间行为相关性。除了对会话间神经相似性进行建模之外,明确考虑连续试验中的这些行为相关性还可以潜在地提高神经解码性能。在这项工作中,我们开发了两种互补的方法来利用这些神经和行为相关性来改进神经解码。对于神经数据,我们采用多会话降秩模型,该模型在跨会话时具有相似的神经活动时间模式,同时保留会话特定的差异以适应个体差异。对于行为数据,我们使用多会话状态空间模型从多个会话中动物行为的试验间相关性中学习潜在行为状态。然后使用这些学习到的神经和行为表征来改进单次试验、单会话解码器。与现有的通过复杂黑盒模型在会话间共享数据的深度学习方法不同,我们的模型简单、可解释性强且易于拟合。我们使用来自国际脑实验室 [ 11 , 12 ] 的小鼠神经像素记录来评估我们的神经和行为数据共享模型,其中包括 433 个会话和 270 个大脑区域。结果显示,在不同行为任务中解码准确率有所提高。我们的方法在计算上是高效的,使我们能够创建与行为相关的时间尺度的全脑图,并识别与每个行为任务相关的关键神经元。
线粒体-溶酶体相互作用在健康和疾病中调节神经元突触。指导团队:Mike Devine(克里克大学主要指导老师)和 Selina Wray(伦敦大学学院)揭示 TGF-b 家族信号通过 SMAD1 和 SMAD5 在驱动转移中的作用。指导团队:Caroline Hill(克里克大学主要指导老师)和 Debashis Sarker(伦敦国王学院)多发性骨髓瘤中内源性逆转录病毒包膜糖蛋白的免疫原性。指导团队:George Kassiotis(克里克大学主要指导老师)和 Anastasios Karadimitris(伦敦帝国理工学院)设计用于移植和疾病建模的肠移植物。指导团队:Vivian Li(克里克大学主要指导老师)和 Paolo De Coppi(伦敦大学学院)胃肠道疾病的几何形状。督导团队:Irene Miguel-Aliaga(克里克大学首席督导)和 Declan O'Regan(伦敦帝国理工学院)体细胞突变对代谢性肝病克隆动力学的作用。督导团队:Foad Rouhani(克里克大学首席督导)和 Alberto Sanchez-Fueyo(伦敦国王学院)使用神经像素探针进行神经外科单元记录。督导团队:Andreas Schaefer(克里克大学首席督导)、Tom Mrsic-Flogel(伦敦大学学院/SWC)、Hani Marcus(伦敦大学学院)和 William Muirhead(伦敦大学学院)阐明自身抗体在精神病中的功能作用。指导团队:Katharina Schmack(克里克大学主要指导老师)、Tom Pollak(伦敦国王学院)和 James MacCabe(伦敦国王学院) 识别肌萎缩侧索硬化症 (ALS) 的分子亚型,以便对患者进行分层和治疗。 指导团队:Anne Schreiber(克里克大学主要指导老师)和 Rickie Patani(伦敦大学学院/克里克大学) 全基因组分辨率下的肺癌转移性播散、代谢功能障碍和免疫逃避:TRACERx EVO 指导团队:Charles Swanton(克里克大学主要指导老师)和 Nicholas McGranahan(伦敦大学学院) 唐氏综合症中的炎症和自身免疫。 指导团队:Victor Tybulewicz(克里克大学联合主要指导老师)和 James Lee(克里克大学联合主要指导老师)以及 David Sansom(伦敦大学学院) ALS 小鼠和 iPSC 模型中的蛋白质组学特征。督导团队:Sila Ultanir(克里克大学首席督导)和 Rickie Patani(伦敦大学学院/克里克大学)