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T细胞目标的泛伴奏组
摘要基于T细胞的免疫疗法彻底改变了癌症治疗，但只有少数患者对这些方法做出反应，这受到了对肿瘤特异性抗原知识有限的有限限制。在这里，我们提出了21种癌症类型的T细胞靶标的全面图，显示了86％的肿瘤可起作用的肿瘤特异性靶标。为了定义可操作的T细胞靶标的曲目，我们进行了全面的泛伴奏分析，该分析整合了来自7,473个RNA-Seq数据集，1,564个免疫肽组和208个癌症单细胞数据集的数据，将这些数据与覆盖51个组织的17,384个普通样品进行比较，将这些数据与208个癌症单细胞数据集进行了比较。我们的分析发现了88种可行的表面蛋白靶标和15,079个肿瘤特异性HLA呈现的抗原，源自21种肿瘤类型的11种不同的分子事件，为基于T-细胞的免疫疗法发育提供了全面的资源。我们重点介绍了128个有希望的新肿瘤靶标，并在五个抗原类别中验证20个目标。在未覆盖的抗原中，我们突出显示了339个以前未表征的新抗原，这是一种新的PMEL剪接肽，我们期望它是临床靶标的优质抗原，新型的自抗原，是从前未知的ORF肽衍生而来的肽，这些肽是以前未知的，不知名的蛋白质，以及新型的肿瘤蛋白质，以及新型的肿瘤特异性微生物靶标。这些发现显着扩大了T细胞疗法的治疗景观。为了催化治疗性开发，我们使我们的泛伴奏目标地图集和随附的工具包可供科学界使用，并希望这些资源为多种癌症的免疫疗法铺平道路。
无疤痕去除大型抗性岛可导致抗生素的敏感性和增加的鲍曼尼杆菌的自然转化性
摘要在基因组成方面具有巨大的多样性，包括多种推定的抗生素耐药性基因，阿巴岛是鲍曼尼杆菌杆菌多药的潜在贡献者。但是，ABAR对抗生素耐药性和细菌生理学的有效贡献仍然难以捉摸。为了解决这个问题，我们试图准确删除Abar Islands并恢复其插入站点的完整性。为此，我们设计了一种多功能无疤的基因组编辑策略。我们在最近的两个鲍曼尼菌临床菌株中形成了这种遗传修饰：分别携带19.7 kbp和86.2 kbp的Abar1和Abar1岛的菌株AB5075和菌株AYE。然后，在父母菌株及其固定衍生物之间进行抗生素敏感性。通过该岛的开放阅读框（ORF）的预测功能所预期的，抗抗性的抗抗药性在野生型和ABAR11固定的AB5075菌株之间相同。ABAR1具有25个ORF，预测抗生素类别具有抗性，并且AYE ABAR1固定衍生物显示出对多种类别的抗生素的可疑性。此外，ABARS的固化恢复了高水平的自然转化性。的确，大多数阿巴群岛都被插入与自然转化有关的通讯基因中。我们的数据表明，Abar插入有效地失活，并且还原的通信是功能性的。固化始终导致高度转换，因此很容易遗传诱因。ABAR的修改提供了对Abar获取功能的洞察力的见解。
两种冠状病毒病‐19重组
严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 因其高致病性和侵袭性而对全球构成威胁，在过去 2 年中已导致全球数百万人死亡。时至今日，冠状病毒病 (COVID-19) 大流行仍在威胁生命并引起全球严重担忧。冠状病毒是球形的有包膜病毒，其基因组由约 30 kb 的单链正义 RNA (+ssRNA) 组成，具有 5' 帽和 3' 聚腺苷酸尾巴。典型 CoV 的基因组包含六个或更多开放阅读框 (ORF)。第一个 ORF（ORF1a/b）覆盖整个基因组的约 66%，编码 16 种非结构蛋白（nsp1 – 16），主要参与病毒复制。其余 ORF 覆盖 3' 末端附近基因组的三分之一，编码刺突 (S)、膜 (M)、包膜 (E) 和核衣壳 (N) 蛋白，这些蛋白是病毒形成及其传染性所必需的主要结构蛋白。1 S 糖蛋白的同源三聚体在病毒表面形成刺突，并负责与宿主细胞受体结合。病毒的高传染性是由于这种蛋白质对血管紧张素转换酶 2 (ACE-2) 受体具有高亲和力。2 M 蛋白含有三个跨膜结构域并覆盖核衣壳，形成病毒体的形状并支持膜曲率。E 蛋白参与病毒聚集和释放，也参与病毒致病机制。N 蛋白有两个与病毒基因组结合的结构域，它还能抵消干扰素 (INF) 的抗病毒作用。3
lovis4u：比较基因组学的基因座可视化工具
可用性和实现：Lovis4U在Python3中实现，并在Linux和MacOS上运行。命令行接口涵盖了最实际的用例，而提供的Python API允许在Python程序中使用，集成到外部工具中以及其他自定义。源代码可在github页面上获得：github.com/art- egorov/lovis4u。详细的文档，其中包括示例驱动指南，可以从软件主页上获得：art-egorov.github.io/lovis4u。简介微生物基因组数据库的指数增长已解锁了许多比较基因组分析的机会（1）。各种任务，例如对基因邻域保护的分析（2,3），功能短ORF（4,5）的注释以及基因组变异性热点（6-8）的研究通常需要可视化多个基因组基因局基因局基因局基因局基因局基因局。为此目的开发了几种软件工具。这些子集具有图形用户界面（GUI），例如Artemis比较工具（9），EasyFig（10），Genespy（11）和Geneious Prime（Geneious.com）。另一个类别包括基于Web的应用程序，例如基因图形（12）。此外，还有库，例如r套件genoplotr（13）和gggenes（14），以及python包装Genomediagram（15）。一些工具集成了多种方法，创建混合解决方案。例如，GenView是一种与交互式Web应用程序（16）相结合的Python管道（16），Clinker＆ClusterMap.js（17）是一种流行的工具，具有命令行界面和可以生成矢量图形的交互式Web应用程序。尽管这些工具中的许多工具都通过GUIS或Web应用程序具有交互性，但缺乏适用用户友好的命令行工具
鬃狮蜥腺病毒 1 的完整基因组序列含有三个编码 C 型凝集素样结构域超家族蛋白的基因
鬃狮蜥腺病毒 1 (BDAdV-1)，也称为鬣蜥腺病毒 1，已被全世界描述为内陆鬃狮蜥 (Pogona vitticeps) 的一种流行传染性病原体，鬃狮蜥是一种最常见的有鳞外来宠物爬行动物。之前有限的腺病毒 DNA 聚合酶和六邻体基因序列数据表明，BDAdV-1 是腺病毒科 Atadenovirus 属的成员。Atadenovirus 会感染反刍动物、有袋动物、陆龟类爬行动物和鸟类，但已证明该属源自有鳞爬行动物。在这里，我们报告了一项筛查调查以及 BDAdV-1 的完整基因组序列，该序列直接来自一条死去的幼年鬃狮蜥样本，该幼年蜥蜴在去世前表现出中枢神经系统症状。BDAdV-1 基因组为 35,276 bp，包含 32 个推定基因。它的基因组组织是 Atadenovirus 属成员的特征，然而，发散的 LH3 基因表明与其他属成员（如蛇腺病毒 1）相比，其结构相互作用具有不同的性质。我们鉴定了五种新型开放阅读框 (ORF)，其中三种编码 C 型凝集素样结构域 (CTLD) 超家族的蛋白质。ORF3 具有 CTLD II 组样结构域结构，显示出与自然杀伤细胞表面受体和用于神经趋向性的 α 疱疹病毒毒力因子基因 UL45 的结构相似性。与典型的腺病毒右端基因相比，ORF4 和 6 非常长，可能编码具有新型、以前未描述过的结构域结构的 CTLD 超家族成员。BDAdV-1 是迄今为止 Atadenovirus 属中最具发散性的成员，为腺病毒的多样性、进化和发病机制提供了新的见解。
转录激活的神经元细胞类型工程
诱导的所需基因表达一直是揭示基因功能和调节合成生物学和治疗应用的细胞活性的重要策略。Apart from ectopically expressing additional copies of a gene by introducing their open reading frames (ORFs), methods to arti fi cially activate endogenous copies of genes have been explored, including transcription activating factors tethered to zinc fi nger proteins ( Beerli et al., 2000 ) and transcription activator-like effectors (TALE) ( Miller et al., 2011 ; Zhang et al., 2011 ; Maeder等人，2013b； Perez-Pinera等，2013b）。Originally discovered as a virus-resistance mechanism from bacteria ( Barrangou et al., 2007 ), the CRISPR-Cas system has provided ef fi cient, precise, and scalable ways to modulate expression of genes, and has been successfully adopted for targeted gene activation ( Mali et al., 2013 ; Perez-Pinera et al., 2013a ; Maeder et al., 2013a ; Cheng et al., 2013年，Tanenbaum等人，2014年；为了使用CRISPR-CAS9实现基因激活，创建了催化失活的Cas9（DCAS9），以与特定的基因组区域结合而没有能力创建双链突破（Jinek et al。，2012; Gasiunas et al。，2012; Qi et al。，2013; Qi et al。，2013; Konermann et; Konermann et al an al an eal; konermann et al。，2013; a e e，2013; i。赋予DCAS9具有诱导基因表达的能力，已经探索了不同的转录激活域的基因激活强度（图1A）。第一代CRISPRA的灵感来自锌纤维和基于故事的方法，并使用了包括VP64或P65在内的单个激活域。vp64由VP16的四个副本组成，该副本是源自单纯疱疹病毒的转录激活因子。p65是NF-κB复合物的一部分，负责免疫信号传导中的转录激活。第二代CRISPRA系统制定了不同的策略来招募不同的激活剂的多个副本，包括用于招募10或24份VP64副本的Suntag阵列到给定的基因座，VP64，P65和RTA（VPR）的串联融合到DCAS9，以及
微生物
摘要：由于细菌中抗生素耐药性的增加，对新型抗菌化合物的需求正在迅速增长。因此，迫切需要采用替代方法。抗菌肽（AMP）是有希望的，因为它们是先天免疫系统的自然存在，并且对各种微生物表现出显着的广谱活性和高选择性。海洋无脊椎动物是天然放大器的主要资源。因此，来自cnidarian Moon果冻的aurelia aurita和ctenophore梳子果冻mnemiopsis leidyi的cDNA表达（EST）库是在大肠杆菌中构建的。两个文库的无细胞分级细胞提取物（<3 kDa）连续筛选肽，以防止使用晶体紫罗兰色分析的肽形成机会性病原体。十个单独的克隆的3 kDa比例显示出对克雷伯氏菌的生物纤维预防活性和表皮葡萄球菌的有希望的生物预防活性。对各自的活性限制插入物进行测序，允许识别编码肽（10-22 aa）的小型ORF，随后将其化学合成以验证其抑制潜力。尽管这些肽可能是从EST插入物的随机翻译中是人工产物的，但针对K. oxytoca，Pseudomonas铜绿假单胞菌，表皮链球菌和S. aureus的生物纤维预防效应是针对浓度依赖性依赖于peStration beefterative依赖于pefterative的peptection的peptection的peptertive的peptertive的peptection。The impact of BiP_Aa_2, BiP_Aa_5, and BiP_Aa_6 on the dynamic biofilm formation of K. oxytoca was further validated in microfluidic flow cells, demonstrating a significant reduction in biofilm thickness and volume by BiP_Aa_2 and BiP_Aa_5.总体而言，海洋无脊椎动物衍生的放大器的结构特征，其物理化学特性及其有希望的抗体膜效应突出了它们是发现新抗菌剂的有吸引力的候选者。