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Nipponbare是一种Japonica水稻品种,已被广泛用作水稻的标准参考基因型[1]。大米(Nipponbare)基因组是20多年前测序的最早测序的作物基因组之一[2]。大米基因组的第1个序列于2002年完成,是国际水稻基因组测序项目,2005年的植物基因组学领域的主要英里石[3]。这些国际合作努力提供了作物工厂的第一个基因组。Nipponbare基因组组装含有间隙,主要是由于重复的DNA序列。在2005年,这些差距总共约为18.1 MB,大部分来自centromeres和端粒区域。对技术进步和正在进行的研究工作的测序,随着时间的推移改善了水稻基因组序列[4,5]。thor的努力,以提高2013年的裸露参考基因组组件的质量,从而大大提高了cDNA序列和基因注释的精度,而它仍然不完整[5]。在人类基因组中,在组装和特征化方面已取得了最新的迈进,先前未开发的8%的人类基因组,尤其是包括端粒序列[6]。